清初，在人口户籍管理方面还出现了一种特殊的身份管理办法，居民分为“熟身”与“生身”。“熟身”是指出过天花或经历过天花的人；“生身”就是没有出过天花或被怀疑有可能携带病源的人。政府规定：一旦发生疫情预报，“生身”皆不准留在城中。
蒙古各部落一向被清朝视为最可依赖的力量，早在入关前，和睦蒙古已定为不可动摇的基本国策。清太宗皇太极立下规矩，每年蒙古各部落首领都要入朝觐见皇帝。即使在天花流行时期，太宗也坚持执行。清初内国史院满文档案记载：天聪九年（１６３５），蒙古科尔沁部土谢图农济等入盛京元旦朝贺，大汗皇太极欲亲往送行，土谢图济农等极力劝止，说：“汗若亲送，其礼我等实不敢受，况汗尚未出痘，汗住所附近有痘疾，可畏！请汗勿亲送。”最后皇太极还是象征性地率诸贝勒大臣出北门，送客人们到演武场而回。到了顺治皇帝，由于畏惧天花传染，竟然破坏祖制，不再接见“生身”身份的蒙古王公。据清初内国史院满文档案记载：顺治三年（１６４６）蒙古喀尔喀杞萨克图汗岱青哈谈巴图鲁青台吉等来朝，按照惯例“本由皇上赐宴，然因有痘疹事，故迎至礼部”，设宴招待。有人统计，因为惧怕天花传染，顺治皇帝从亲政第八个年头起，竟然连续六年没有接见前来朝见的蒙古王公。
顺治皇帝对天花的畏惧，超过乃父。《世祖实录》记载，除了宫中避痘，在天花盛行时，“上避痘南苑”。更为严重的是，为了避痘，顺治皇帝甚至会停朝。顺治八年（１６５１）京城天花大爆发，是年十二月，顺治皇帝下谕：
“近日痘疹甚多，朕避处净地。凡满汉蒙古官民，有被冤控告者，内而赴各该衙门，外而赴各该地方官千理。此时奏告之人，概行禁止。如有违旨奏告者，按律治罪。”
据史载，谕旨下发时，顺治才从外地回京。此前，他一直“携太后、皇后行猎”于遵化（今河北遵化）一带的山中。十月出发，十二月才“回銮”。这是一次奇特的出宫行猎活动。皇帝行猎通常在秋天举行，冬季行猎闻所未闻。显然行猎不过是少年天子的一个堂皇的托词。鉴于当时京中天花大流行，皇帝是在避痘。一代天子，竟为天花所迫，不得不将自己放逐于北方的寒山冻水之间。
顺治皇帝一生都在躲避天花，但命运偏偏和他开了个玩笑。顺治十七年（１６６０）底，京城已在张灯结彩，准备迎接新春到来。这时从宫中传出了消息，顺治皇帝染上了天花。为此清廷上下做了最大的努力，最好的御医被召到了养心殿；为了祈祝皇上平安度过大难，宫中供奉了痘神娘娘，民间传统的为过春节所挂的春联、已贴的门神、张挂的彩灯全部被撤下；同时谕令全国“毋炒豆、毋点灯、毋泼水”，并颁诏大赦天下。但这一切都无济于事，顺治皇帝还是被天花夺去了生命。
顺治死后，被埋在了生前曾避痘的遵化山中，后来这里成了清代皇帝的重要陵寝之一，即东陵。