天花，中医称“痘疮”。作为一种烈性传染病，它很早就已开始为害人类。考古发现，古埃及法老拉美西斯五世（公元前１１６０年）木乃伊上曾出现天花病菌。在中国，晋朝时就已有明确的痘疹病理记载。直到清初，天花依然被视为不治之症，令人谈虎色变。实际上，清朝时期，天花曾多次泛滥，为害生灵。清史上多起清宫疑案也与它有关。由于事涉宫闱，官方忌讳，致令众多相关内幕档案长期锁藏深宫，鲜为外人所知。下面就让我们走进这些清宫秘档，阅读一下那些已被尘封的历史疑案种种细节。
顺治十八年正月初七日（１６６１年２月５日）新年还没结束，未满二十三岁的顺治皇帝死于养心殿。顺治之死，被称为清初三大疑案之一，围绕着他的死因，有种种传说与猜测。民间盛传着少年天子为情所困，跑到五台山剃发出家的传说，但清宫档案告诉我们：顺治皇帝死于天花。
崇德七年（１６４３）九月，清太宗皇太极突然病逝。在经历了一场刀光剑影的宫廷权利斗争后，皇太极第九子福临出人意料地继承了帝位，即顺治皇帝。不久清军入关打败李自成，入主北京。顺治皇帝成为大清王朝入关后第一位天子。
六岁登基的顺治皇帝是位忧郁敏感的少年天子。继位后，他始终置身于政治危机及情感挫折的漩涡中，承受着同龄人想象不到的磨难。在很长一段时间里，他一直处于傀儡皇帝的尴尬境地，忍受着“皇父摄政王”多尔衮的跋扈与专权以及随时可能出现的宫廷危机的困扰；另一方面他性格内向，体质孱弱，情绪不稳定，不得不时时提防疾病的袭击。尤其“避痘”一事，曾经是他生活中的一个重要内容。
“避痘”一事，早在清入关前太祖、太宗时期就已风行。１７世纪以来，一场大规模的天花疫情席卷亚欧大陆，断断续续持续了近一个世纪。当时中国北方是天花的重灾区之一。这一时期，恰逢清政权在中国北方关外骤然崛起。
据《满洲实录》记载。清政权第一次遭遇天花，发生在清太祖努尔哈赤天命三年（１６１８）。这年九月，努尔哈赤起兵四万征讨另一个强敌部落——蒙古叶赫，曾挥兵直入发生“痘疫”的乌苏城，收降三百户。
到了清太宗皇太极时期，天花更加猖獗流行。“避痘”一词开始在官方史书上频繁出现。史书记载，天花流行时，身为君王的皇太极不得不常常离开宫中，出外避痘。盛京城外的长宁寺（现沈阳市内，后被毁）一度曾是皇家避痘的重要场所。除了躲在深宫不出，皇太极还常以打猎的名义，带上眷属粮食，跑到叶赫大山里去“避痘”。《东华录》记载：天聪五年（１６３１）六月，大贝勒代善第五子巴喇玛病逝。当时天花流行，皇太极正在“避痘”，没有前往临丧。之后，皇太极甚感过意不去，欲由避痘所前往代善住处慰问。代善连忙叫人阻止，说：“圣躬犹未出痘不宜来。”皇太极却执意前往，最终协商结果，两个人跑到十里以外人烟稀少没有痘疫传染源的荒郊野外，完成了一次特殊的君臣会面。
清初的天花疫情形势十分严峻。不仅威胁皇室，而且在社会上造成大量人员死亡及社会恐慌，引发严重的社会政治危机。
当时满洲八旗官兵也遭受到天花的严重威胁。由于他们才从冰天雪地的白山黑水间进入温暖的关内，体质的差异及对气候的不适，似乎更容易被天花感染。许多人没有死于疆场，竟死于天花。比如名将多铎，为努尔哈赤第十五子，骁勇善战。入关后下江南，擒史可法，制造过骇人听闻的“扬州屠城”等事件。顺治六年（１６４９），他死于天花，年方三十六岁。
《清世祖实录》记载：顺治元年（１６４４）四月，清朝军队准备入关，大军出发在即。肃亲王（豪格）心惊胆战地对另一位将军说：“我未经出痘，此番出征，令我同往，岂非特欲致我于死地乎？”
天花流行，造成清初人丁大量死亡，直接影响了清朝初年八旗人丁繁衍的数量与质量。从档案记载来看，当时八旗的生育率是非常高的，但婴儿的死亡率也高得惊人。比如顺治皇帝，生有八子六女，八岁前死亡者为皇子四人，皇女五人，超过半数以上。造成婴幼儿大量死亡的原因主要是疾病，而天花则为主要病因。雍正三年（１７２５）四月八日曾有一道谕旨指出：“看来满洲、蒙古等艰于子息者，大都为出痘所殇”。
八旗以外的广大百姓境遇更为悲惨。当时来华的西洋传教士Ｄｙｅｒ．Ｂａｌｌ在给教友的一封信中提到他在山西疫区看到的情形，说由于没有有效的治疗方法，百分之五十到六十的感染者只能面临死亡。
其实早在未入关前，清朝统治者们就已颁布了许多相关的民间防痘法令，各旗设有专门“查痘者”，负责贯彻实施。一旦发现出痘之人，立即发往远处隔离。皇太极时，最初定为百里之外。后来虑其太远，改为六十里外，顺治入关后，又改为四十里、二十里外。《东华录》记载，顺治二年（１６６５），巡视南城御史赵开心在一份奏章中提到：由于凡民间有出痘的人，立即迁出城外四十里进行隔离，以防传染蔓延。当时甚至一些感冒发烧、风疹疥疮等症状与天花相似的患者，也被一刀切地迁出城外。“贫苦小民移居城外，无居无食，遂将弱子稚女，抛弃道旁。”