明清两代有二十四个皇帝在紫禁城里居住过，皇帝虽然不少，但他们所居住过的宫殿并不多，只有乾清宫和养心殿。清代的皇帝入主紫禁城后，顺治、康熙帝沿袭明代旧制居住乾清宫。但顺治帝经常在养心殿居住，最后死于养心殿。只有康熙皇帝长住乾清宫的西暖阁。雍正皇帝即位后，又居住养心殿。此后，清代的皇帝都以养心殿为寝宫。
自明代至清初，皇帝住乾清宫、皇后住坤宁宫。乾清宫作为“天子之常居”，它对应的是天上紫微垣中“天皇大帝”的星座。乾清宫到乾清门之间的甬道代表着天空紫微垣前方的“阁道”，雄伟阔大，巍巍壮观。“乾清”一词最早见于韩愈诗“乾清坤夷”句，意为天下清平、大地安宁。乾清宫是紫禁城内后三宫——乾清宫、交泰殿、坤宁宫的第一座宫殿。后三宫殿名均出自《周易》：“乾，天也，故称乎父。坤，地也，故称乎母”；“乾为天，为圜，为君，为父……，坤为地，为母”。“交泰”：即“天地交泰”，有兴旺发达的意思。紫禁城用此命名有双关意，喻皇帝、皇后家庭幸福、国家清平宁和之意。明代帝后分别住乾清宫和坤宁宫。
乾清宫坐落在三大殿迤北，为重檐庑殿顶，覆以黄琉璃瓦，面阔九间，进深五间。宫殿前丹陛上设有日晷和嘉量。东、西两边设两只铜鹤和两只铜龟。南端陈设四尊铜镀金大香炉。丹陛东、西两侧设有江山社稷金殿。
乾清宫正间正中设御案、宝座、屏风等，高悬清顺治帝御笔亲书的墨地金字“正大光明”匾，表明皇帝执政光明磊落和正大无私。左右四柱四幅楹联，是康熙、乾隆要求后代子孙的道德标准和治国安邦的道理。乾清宫东暖阁匾为“抑斋”，西暖阁匾为“温室”。清顺治、康熙住乾清宫时，乾清宫东的昭仁殿和西弘德殿，是他们学习的地方。与此二殿南墙相连的东、南、西三面庑房都是为皇帝服务的机构：东庑房从北往南排列，最北边的三间为御茶房（为皇帝管理、晋献茗饮、果品以及节令宴席等），其次三间端凝殿（专门收贮皇帝的冠袍履带衣物），再次三间为鸣钟处（收贮藏香及西洋钟表，收贮康熙、雍正、乾隆三朝所用的砚墨），自日精门南侧为御药房（掌管带领御医到各宫请脉、煎药及坐更）、南一室敬事房（宫殿监办事处，专门管理执掌宫内一切事务，奉行御旨和承办内务府各衙门一切文书），其次为懋勤殿（懋勤翰林侍值处，收藏御用图书、文房四宝以及准备皇帝用的颁赐文件）。这些地方环绕乾清宫周围，把乾清宫围成一个封闭、独立的庭院。
乾清宫西暖阁为皇帝的寝宫，屋内九间，上下共置二十七张寝床。也许是出于安全的考虑，为方便皇帝随处居寝，制度殊异。但是还是发生了“嘉靖宫变”。嘉靖二十一年（１５４２）十月，在妃嫔曹氏、王氏的策动下，十多名宫女合谋，欲杀皇帝于乾清宫。随之还发生了“挺击案”、“红丸案”、“移宫案”等，乾清宫成了多事之宫。
雍正帝迁居养心殿，皇后与其他嫔妃分住在东、西六宫。坤宁宫只是名义上的内宫。按照清皇室规定，幼年即位的皇帝年满十五岁即为成婚的年龄。皇帝大婚典礼后，新婚夫妇在坤宁宫东暖阁洞房共住三天，皇帝回到自己的寝宫养心殿，皇后则选东西六宫中的一处作为宫殿。
养心殿与乾清宫相比，开间、进深相对严谨。这是否是雍正帝移皇帝寝兴之所出乾清宫而居养心殿的原因，实在难以琢磨。但雍正以后的诸皇帝也都没有迁出这里，安全之说似有些道理。尤其是乾隆皇帝本来打算退位后住到宁寿宫，颐养天年。但他退位仍训政，直到八十九岁寿终正寝在养心殿。
养心殿的建筑布局和结构，与其他宫殿大不相同。前殿歇山黄琉璃瓦顶面阔七间，正间占据三间与西暖阁前檐接出高大的抱厦，而东暖阁窗前则宽敞开阔。前殿东西各建配殿五间，为养心殿一区的佛堂。前殿正中偏后，设一低平方台，台上设宝座，宝座前设御案，宝座后置屏风、宫扇，上面高悬雍正皇帝御笔亲书的“中正仁和”匾。天花板正中是浑金的蟠龙藻井。皇帝批阅奏章、召对臣工、接见外国使臣，都在这里进行。东暖阁有康熙、雍正圣训，西暖阁设坐榻，后墙上悬“勤政亲贤”匾额亦为雍正亲书。西暖阁外安装木板屏，环境较隐蔽，雍正常与军机大臣及亲信商议军机大事。清代晚期的同治、光绪两朝时，养心殿东暖阁便成为两宫太后垂帘听政的地方。
养心殿后殿五间，与前殿之间有穿堂连通，形成“工”字形平面。皇帝在前殿办公，只要通过宝座后的左、右门就可回到寝宫。除被召的后妃和随侍外，任何人不得随便出入寝宫。
寝宫正间和西间是皇帝休憩的地方，沿西墙设木座床，也称宝座床。床上铺织锦缎坐褥、迎手、靠背垫。东、西稍间分别设有寝床，是皇帝的卧室。皇帝的寝床宽二百厘米、长三百五十厘米，是典型的东北大炕。寝床前安装镶玻璃镜炕罩，床上铺着大红毡，明黄毯，这些都是只有皇帝才能享用的特殊物件。寝床冬用绣花的丝绸夹帐、夏用纱罗帐。帐内挂有装香料的荷包和香囊，既散发香味净化空气，又是华丽的装饰品。寝床上被、褥、枕头、炕单都是锦缎丝绣，色彩艳丽。皇帝寝宫内冬暖夏凉，冬天铺毡毯、置炭盆和“地龙”取暖。地龙在室内地面的表层砖下，人工搭成弯曲错落的烟道，连接室外屋檐下烧柴的大坑。坑内烧火，热气通过烟道遍及地面，足以驱寒。到了夏季院子里搭芦席凉棚，既遮阳又通风，十分宜人。