关于顺治出家，主要有两种说法。
一是说顺治并非在二十四岁亡于天花，而是在这一年脱去龙袍换上袈裟，于五台山修身向佛，并于康熙五十年（１７１１）左右圆寂。期间，康熙皇帝曾经数次前往五台觐见父亲，但都没有得到顺治的相认，所以康熙才会写出“文殊色相在，惟愿鬼神知”的诗篇。至于其出家的原因，则是因为爱妃董鄂氏，也就是被掳献进宫的江南名妓董小宛的去世。选择五台山修行，则是因为梦见董小宛在那里。这种说法的有关记录，主要存在于《顺治演义》、《顺治与康熙》等野史和文学作品中。尤其是当时著名才子吴伟业（梅村）写的一组《清凉山赞佛诗》，诗文影射顺治在五台修行，并用“双成”的典故和“千里草”代指“董”姓。由于吴伟业的诗素有“史诗”之称，而他苦恋着的，是与董小宛齐名、才高气傲的名妓卞玉京，所以信者云云。而这一切，又可以在五台山找到相关的附会。
另一种说法，来自于《大觉普济能仁国师年谱》、《旅庵和尚奏录》、《敕赐圆照茆溪森禅师语录》、《北游集》、《续指月录》等僧侣书籍的记载。这些书用语录及偈语的形式，记载顺治曾经在十七年（１６６０）十月中旬于宫中，由湖州（浙江吴兴）报恩寺和尚茆溪森为其举行了净发仪式。但剃了光头本已出家的顺治，又在茆溪森的师父、报恩寺主持玉林琇的谆谆诱导和要烧死茆溪森的胁迫下，回心转意，蓄发留俗了。
如此，我们首先需要搞清的，是顺治帝在二十四岁那年，是不是真的去世了。
中国第一历史档案馆，藏有明朝、清朝遗留的原始档案一千余万件。在这些珍贵的历史资料中，最受其时皇家尊崇保护的，是《实录》、《圣训》和《玉牒》。它们在漫长的清朝统治时期，被单独专门保护在皇史宬（位于北京南池子）的金匮里，由专职守尉看护。其中的《实录》，是由继位的皇帝组织人员，依据各种文书档案，按照年月日的顺序，为去世的皇帝编写的事实记录。由于精心的保护，《清世祖实录》金黄色的绫面到现在还像新的一样。在该《实录》卷一百四十四，这样记录着：“顺治十八年，辛丑，春正月，辛亥朔，上不视朝。免诸王文武群臣行庆贺礼。孟春时享太庙，遣都统穆理玛行礼。壬子，上不豫……丙辰，谕礼部：大享殿合祀大典，朕本欲亲诣行礼，用展诚敬。兹朕躬偶尔违和，未能亲诣，应遣官恭代。著开列应遣官职名具奏。尔部即遵谕行。上大渐，遣内大臣苏克萨哈传谕：京城内，除十恶死罪外，其余死罪，及各项罪犯，悉行释放。丁巳，夜，子刻，上崩于养心殿”。这段话的意思是：在顺治十八年正月初一，顺治帝免去群臣的朝贺礼仪，而且当日应该举行的春季第一月祭祀太庙的礼仪，也派官员前往。初二日，顺治帝身体不适。初六日，顺治帝传谕，应该由自己参加的大享殿礼仪，因为身体不适，需要派官员代祀，让礼部列出代祀官员的名单，并且因为病情迅速加剧，又传谕赦免京城内十恶死罪以外的一切罪犯。初七日的凌晨相当于现在零点到一点这段时间内，顺治帝就去世了。
从以上《清世祖实录》的详细记载中我们可以看到，顺治皇帝被明确记载患病，是在初二日，而初六日，则“大渐”了。“大渐”这个词在皇帝身上应用，应该是非常慎重的。因为这个词表示病情急剧加重而且很危险。至于去世的具体时间，记载是“丁巳，夜，子刻”。这里，“丁巳”是初七日的天干地支记日。“子刻”，虽然相当于现在的二十三点到一点，但在旧历的记时方法中，表示的是“开始”——记时是从“子时”开始往后按子丑寅卯的顺序推算。所以“丁巳子刻”，应该是初七这一天的凌晨零点或一点的时候。中间的“夜”字，只是表示深夜而已。但在大部分的史学研究专著中，都解释成是初七的深夜，也就是将顺治的去世时间，拖延了十二小时。这样，从原始的《清世祖实录》这一史料中证明，顺治皇帝病逝于顺治十八年正月初七日子刻。但病因未述。
档案馆藏有的《玉牒》，则是清朝皇帝的家谱。它从努尔哈赤的父亲塔克世开始记录。塔克世子孙后代这一支，称“宗室”，使用黄色；塔克世兄弟的子孙各支，称“觉罗”，使用红色，而且在家谱格式上，分“横格”和“竖格”两种版式。横格玉牒只简单记录世系，竖格玉牒则不仅有世系的表述，而且还详细记录该人的生卒和婚姻。记录顺治皇帝情况的《玉牒》，其去世的时间，与《清世祖实录》的记载相同，但同样没有说明病因。
另外，档案馆还存有顺治皇帝的《遗诏》。该《遗诏》长五百四十八厘米，宽九十三厘米，黄纸墨迹，卷轴状保存。遗诏中，顺治皇帝对自己渐习汉俗、早逝无法尽孝、与亲友隔阂等事做了自责，同时宣布由八岁的儿子玄烨即皇帝位。这份遗诏，由于充满了自责，使不少人猜度它并非出自顺治帝，而是出自顺治帝的母亲孝庄皇太后，因为自责的内容，多是皇太后对顺治帝的不满之处。但仅以自责内容就判定《遗诏》并非出自顺治帝，也有些牵强。如果沿着顺治帝的成长轨迹去摸索他的思想感情基础和思维方式，这种白责也并非解释不通。首先，顺治是一个初主中原的满族皇帝，对这片土地与人民、生活与文化充满陌生，要实施统治，就不得不尽力熟悉与适应它，并且迅速地背离自身的传统，这是一种深深的矛盾困扰，其自责，在情理之中。另外，顺治早年曾深受德国传教士汤若望的思想影响，一度笃信基督教，形成了感恩所得、自我忏悔的性格。在位期间，他经常把各种灾害或者动乱归于自己的“政教不修，经纶无术”，屡次下诏白责，并要求各种文书不能称自己为“圣”。在十六年１６５９正月讨平李定国实现一统大业后，面对各种举行祝贺的请求，他冷淡地说能有今天的这种事业，并不是自己的德行所能实现的，拒绝贺礼。十七年１６６０，在祭告天地、宗庙时，他对自己在位的十七年做过简单的总结，通篇是自谴自责之词，并且下令暂时终止官员上给自己的庆贺表章。这些史实都可以在《清世祖实录》中翻看到。所以说，这份《遗诏》充满自责，也并不完全违背顺治皇帝的思维方式。