消息一传开，舆论一片哗然。两个多月后，监察御史朱一新于八月二十四日借山东、山西、河北等省发生水灾，遂以遇灾修省为由，上折谏曰：
我朝家法，严驭宦寺。世祖宫中立铁牌，更亿万年，昭为法守。圣母垂帘，安得海假采办出京，立置重典。皇上登极，张得喜等情罪尤重，谪配为奴。是以纲纪肃然，罔敢恣肆。今夏巡阅海军。太监李连英随至天津，道路哗传，士庶骇谔，意深宫或别有不得已苦衷，匪外廷所能喻。然宗藩至戚，阅军大典，而令刑余之辈厕乎其间，其将何以诘戎兵崇体制？
在折中朱一新还反复强调阉官是“巧于奉迎而昧于大义”之辈。他们“售其小忠小信”，“阴窃作福作威之柄”，为此，希望不要重蹈唐朝太监监军之覆辙。
奏折呈上后，慈禧太后极为不满。第二天，她就颁了一道长达六百多字的懿旨。亲自为李连英辩解，并斥责朱一新是“危词耸听”和“附会不经”，要求拿出确证和明白回奏说“深宫或别有不得已苦衷”是什么意思。由于朱一新也只是听说，拿不出李连英干预政事的实据，又无端触及朝廷及皇室中最敏感、最微妙之处，在慈禧太后的淫威高压下，他在回奏中无法说清楚，实际上也不敢说清楚此事的原委，只好轻描淡写的答复。折上后，慈禧太后益加愤怒，又发懿旨，大骂朱一新“书生迂拘”，“才识执谬”，并下令把他降为主事。
事后，许多人都认为慈禧太后是明显地偏袒太监李连英，对朱一新的打击压抑是不公正的。那么，李连英是否在随行巡阅海军过程中交接外官、干预政事了呢，醇亲王是一口否定，但众人却异口同声咬定此事，惟有晚清诗人王小航力证李连英并无此事，他在《方家园杂咏二十首并记事》中说：
及王赴烟台阅海军，懿旨赐杏黄轿。王不敢乘而心益加惕，力请派李连英偕往。出宫后，每见文武各员，皆命李连英随见。王意在避本生（父）擅权之嫌也。而连英怵于安得海之祸，布靴布衣，每日手执王之旱烟筒，大皮烟荷包，侍立装烟。退则入王之夹室中，不见一人。时直鲁两省卑鄙官员，欲乘机逢迎大总管者，皆大失所望。王之左右与李连英皆一介不取而归，王大赞赏之。
按王小航的说法，李连英又完全是一个谨慎本分的贤良太监了。但是，这样基本站在太监一边的评价在一个完全被封建正统思想统治的社会中是太少见了。
两年以后，李连英又受到了第二次激烈的抨击。光绪十四年（１８８８），江苏学政王先谦以太监李连英招摇奏请惩戒，他在折中说：
宦寺之患，自古为昭，本朝法制森严，从无太监揽权害事。皇太后垂帘听政，一禀前谟，毫不宽假，此天下臣民所共知共见者。乃有总管太监李连英，秉性奸回，肆无忌惮，其平日秽声劣迹，不敢形诸奏牍。惟思太监给使宫禁，得以日近天颜，或因奔走微长，偶邀宸顾，度以事理所有。独该太监夸张恩遇，大肆招摇，致太监篦小李之名，倾动中外，惊骇物听，此即其不安分之证明。易曰：履霜坚冰，渐也。皇太后、皇上于制治保邦之道，靡不勤求夙夜，遇事防维。今宵小横行，已有端兆，若不严加惩办，无以振纲纪而肃群情。
王先谦，湖南长沙人，字益吾，曾任国子监祭酒、江苏学政等职，是近代有名的史学家。王先谦参劾太监李连英，虽然言词激烈，却没有提出任何实证。而慈禧太后碍于朱一新案时曾说过：“如仅只李连英一人之事，无论如何诬枉断不因宫监而加罪言官”，同时迫于朝廷内外的压力，撤帘归政在即，因此顾不上与王先谦过多理论，这倒使他博得一个“直言”的好名声。
光绪二十年（１８９４），甲午战败，全国舆论大哗。慑于慈禧太后的淫威，无人敢直接批评她本人，于是北洋大臣、直隶总督李鸿章就成了替罪羊和众矢之的。陕西道御史恩溥、福建道御史安维峻、吏科给事中褚成博等人纷纷上折，参奏李鸿章及北洋将领贻误军机、丧权辱国，同时，他们也再次捎到了李连英。其中许多人都提到这样一个“事实”，就是太监李连英由于受贿而出面包庇了北洋这批无能的将帅，于是人们似乎都相信了太监李连英此时已公然把持朝政这个“事实”。其实，谁都清楚，包庇北洋将帅的并不是做奴才的李连英，而是做主子的慈禧太后，只不过谁也不敢直说罢了。到了这一年的十一月，终于有人向慈禧太后挑战了，这个人就是御史安维峻。安维峻在奏折中尖锐地指出：人们都说“和议出自皇太后，李连英实左右之”，我就不敢相信，因为太后已经归政了，要还牵制政事，就上对不起祖宗下对不起天下臣民了；李连英是什么人？他哪敢干预政事？如果这是真的，祖宗家法岂能容？安维峻这里说的是十足的反话，说穿了就是直接要求慈禧太后不要再牵制皇帝并且严厉处置李鸿章。此折一上，慈禧太后异常震怒，马上以皇帝名义发谕：
军国要事，仰承懿训遵行，天下共谅。安维峻封奏，托诸传闻，竟有皇太后遇事牵制之语，妄言无忌，恐开离间之端，命革职发往军台。
这场风波，在慈禧太后的干预下，又平平安安地渡过了。
总之，作为慈禧太后的宠监和奴才，置身在错综复杂的政治漩涡中，李连英没有权利选择，也没有任何资格申辩，只能默默地忍受这一切。