光绪临朝亲政后，五十三岁的慈禧，表面退居颐和园颐养天年，实则权势依旧，裁决政事，一如既往。她一方面处处限制光绪的权利，国家重要大事都要秉承她的懿旨去办理；一方面又通过自己的侄女——隆裕皇后及亲信太监李连英等人，暗中监视光绪的行踪。并规定：光绪每隔一日，必须亲往颐和园向她汇报政务，听候训示。以致光绪经常披着星星来，头顶月亮去，饱受奔波，遇有重大事情，更得随时请示，名为皇帝，实为傀儡。光绪的政治抱负不能得以实现，日久天长，精神更加抑郁，情志愈益不畅，旧病不去，又添新愁。从“脉案”看，在相当一段时间内，光绪体质虽未见好，遗精及腰背酸沉等病仍在继续，但诊病和吃药的次数却相对减少。这主要是光绪力图在政治上有所作为，以挽救他那岌岌可危的政权，整日忙于政务，关注政治改革，另外，还要随时应付慈禧的训斥，一时无暇顾及诊病吃药。
疾病缠身的光绪亲政后的第一件大事，就是遭逢日本侵略朝鲜，进而侵略中国。光绪帝违背母后之意，决心援朝抗日，但腐败的体制导致战争失败，被迫签定《马关条约》，失地赔款，这虽使他受到重大打击，加深了“母子”的不和，但也激发他力图改革政治，富国强兵的雄心。光绪帝在康有为、梁启超等人的影响下，在珍妃的积极支持下，于光绪二十四年四月二十三日（１８９８年６月１１日），颁布“明定国是诏”，宣布变法，强调博采西学，推行新政，授予康有为“专折奏事”特权。那些守旧的亲贵重臣害怕光绪皇帝在改革政治中触动他们的地位，纷纷投靠慈禧并竭力挑拨他们“母子”的关系。慈禧也深恐光绪改革的成功会影响到她的独裁。这样朝臣内出现了“后党”与“帝党”，双方展开了激烈的斗争。光绪亲政的十年，是他与慈禧进行政治和权利斗争的十年，从中日甲午战争到戊戌变法运动，双方矛盾日益尖锐化。光绪二十四年七月二十九日，光绪帝到颐和园见慈禧太后，慈禧太后明确表示要废掉光绪帝，并密谋由北洋总督荣禄，在九月初皇帝、太后到天津阅兵时政变，废除光绪帝，形势危急。光绪帝当天就给帝党人物杨锐发下密谕：“朕惟时局艰难，非变法不足以救中国，非去守旧衰谬之大臣，而用通达英勇之士，不能变法。而皇太后不以为然，朕屡次进谏，太后更怒。今朕位几不保，汝康有为、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等，可妥速密筹，设法相救。朕十分焦灼，不胜期望之至。特谕。”杨锐胆小，将密谕扣住不传他人，光绪等不到回音，急不择路，于八月初一、初二连续两次召见袁世凯，提升他为侍郎衔，让他专办练兵事宜，想以此使袁世凯感恩报德，效忠皇帝。同时，光绪帝于八月二日还有一道密谕给林旭，让他转告康有为迅速离京。林旭将两道密谕同时转给康有为、谭嗣同等人，大家看了十分感动，但都束手无策，最后也觉得只有拉袁世凯，由谭嗣同出面请袁世凯，马上举兵，先杀掉荣禄，回兵包围颐和园。袁世凯表面上满口答应，八月五日回到天津，却在八月六日马上向荣禄告密。
八月初四日，慈禧太后由颐和园回城，住中南海仪鸾殿，第二天祭蚕神，当即回颐和园。回园顷接荣禄密电，马上乘轻轿返城，重返南海瀛台。返瀛台后立即传光绪来见，见到光绪，慈禧太后破口大骂，骂他忘恩负义，恩将仇报。在以慈禧为首的守旧势力的反对和镇压下，变法运动最终失败，康有为、梁启超出逃，谭嗣同等“戊戌六君子”遇害，光绪本人亦被软禁在中南海瀛台，他的政治生涯实际上到此已经结束。此后，光绪度过了十年没有人身自由的囚徒生活。他虽然名义上仍保持着皇帝的名位，但实际已没有了皇帝的权力。戊戌变法失败后，慈禧又将光绪挚爱的珍妃囚禁在钟粹宫后北三所，并且给她立下了一条规矩，今后不许觐见皇上。
南海瀛台，与水云榭岛、琼华岛分处太液池三海之中，象征东海三仙岛蓬莱、瀛洲、方丈。瀛台四面环水，只在北端架一板桥，通至岸上，板桥中间有一段是活动的，光绪被囚此之后，慈禧太后便命令人把桥板撤掉了，以免光绪帝走出瀛台岛。
瀛台的中心建筑为涵元殿，殿后为涵元门，门外为翔鸾阁，阁下即木吊桥。殿前为香扆殿，该殿从北面看为单层，从南面湖边看则为两层，名为“蓬莱阁”。光绪住在涵元殿里，太监每天送饭时架起桥板，走到瀛台来，用饭完毕，就抽掉桥板。光绪心情十分忧郁，万般无奈之中写下了“欲飞无羽翼，欲渡无舟楫”等诗句。冬天三海结冰，从瀛台不通过木桥也可以从冰上到达岸边。据说有一次光绪带了小太监踏冰离开瀛台，被发现后，总管太监李连英立刻下令凿冰，以防光绪离开。光绪十分想念心爱的珍妃，传言他让小太监暗中给珍妃送信，偷偷相会。每到此时，他更加痛恨出卖自己的袁世凯，临死之时，他不言不语，用手在空中写着“斩袁”两字。
涵元门内东向为庆云殿，殿内挂有一副《宋司马光谕人君用人之道》立轴，跋文是：“光绪丙午（１９０６）十月上浣录，臣全忠敬书。”还有一些匾额斗方之类，下款都写着“臣全忠敬书”。其实这都是光绪的御笔，之所以这样写，是因为光绪试图以对慈禧太后称臣，表明自己忠于慈禧太后的心迹，来换取老佛爷的谅解。可此时，慈禧太后又怎么能让光绪再次亲政呢。