这一故事中的两位主人公境遇既然如此，太后下嫁之说显然难以成立了。如果孝庄确实曾下嫁多尔衮为妻，无论是与多尔衮两情相悦而自愿下嫁，抑或是出于笼络多尔衮以保护顺治而勉强委身，都难以出现多尔衮尸骨未寒即遭陷害清算的结局，因为批倒批臭多尔衮，对于孝庄和顺治母子的名誉尊严都大有损害，相反，继续维护多尔衮的名誉，才是孝庄和顺治有利的选择。
几十年来，不少历史学者对这一问题进行了严肃的研究和考证。著名清史学家孟森先生首先驳难，在其《太后下嫁考实》一文中对下嫁之据辩驳甚力，指出不仅下嫁为虚，甚至两人连同居关系都不存在。继其后者，仍不断有人撰文，否定者有之，肯定者有之，或认为虽无下嫁之名，至少有同居之实，观点仍难以统一。推原其故，在于现有证据之不足，以及各人解读之不同。
野史中所载的大婚恩诏，显为文学笔法，系好事者杜撰，自不足信。也有人声称，清末宣统之际在内阁大库检得过太后下嫁诏书，但却无人佐证其事，现存清代档案早已经过整理，迄未发现这一诏书，所言亦难以为据。
张煌言确实写了那首《建夷宫词》，但不能奉为信史。张煌言本为抗清名将，后来兵败被俘，誓不降清，惨遭杀害，他的许多诗文都是表明反清复明志向的。或许，顺治七年正月，多尔衮娶了其侄妇肃亲王豪格之妻也姓博尔济吉特氏，与两宫皇太后同姓，而且是孝庄的妹妹，以讹传讹，张煌言听说后，就信手写入诗中，甚至有意加以歪曲，借以讥讽贬斥清宫没有伦理道德，也未可知。
传闻的依据之一是多尔衮“皇父摄政王”之称号——多尔衮既非皇帝，又不是皇帝之父，既称“皇父”，则必然是娶了皇帝的母亲。其实，多尔衮的称号，是一步步抬高的。顺治元年（１６４４）十月，即顺治帝被迎入北京再次举行登基大典后，多尔衮因功被封为“叔父摄政王”，共同辅政的郑亲王济尔哈朗被封为“辅政叔王”，自然低了一格。顺治二年（１６４５）五月，有个御史赵开心疏称多尔衮以皇叔之亲而兼摄政王之尊，仪制宜定，“称号必须正名”，他说原来的“叔父摄政王”不妥，“夫叔父，为皇上叔父，惟皇上得而称之。若臣庶皆呼，则尊卑无异矣，”建议正名为“皇叔父摄政王”，经礼部等议定批准。到了顺治五年（１６４７）十一月，以南郊礼成，颁布恩诏大赦天下，第一条即称“叔父摄政王治安天下，有大勋劳，宜增加殊礼，以崇功德”。经部院大臣集体讨论，多尔衮的称号定为“皇父摄政王”。自此，直到多尔衮病逝，清政府的公文中都是这样称呼的，现存清代档案可为确证，而且据朝鲜李朝《实录》记载，顺治六年（１６４８）二月接到的清朝咨文中已称“皇父摄政王”。从时间上看，这一称号的确定，比传闻太后下嫁的时间早了一年多，因为多尔衮的妻子是顺治六年十二月去世的，传说下嫁是在顺治七年初。显然，“皇父摄政王”之称号实为崇显表彰其功德，沿用古代国君尊称臣下“尚父”（周武王称姜子牙）、“仲父”（齐桓公称管仲）、“相父”（蜀汉后主刘禅称诸葛亮）之遗意而已，绝非多尔衮真的做了顺治小皇帝的继父。
持下嫁说者，多举清人蒋良骐《东华录》所载当初给多尔衮定罪时有“又亲到皇宫内院”一语，认为实属暧昧，有秽乱宫廷之嫌。然而这句话的上下原文为“自称皇父摄政王，又亲到皇宫内院，以太宗文皇帝之位原系夺立以挟制皇上”，文意非常清楚，说多尔衮曾亲到皇宫内院向人发牢骚，称太宗皇太极得位不正，自然顺治继位亦不正，以此要挟顺治小皇帝，这是多尔衮的一条重要罪状。无论这一指控是否属实（指责多尔衮“自称皇父摄政王”一条，已非事实），“亲到皇宫内院”一语只是指出多尔衮说太宗得位不正的地点和对象，将其单独抽出作为多尔衮曾秽乱宫廷甚至作为太后下嫁的证据，显然是断章取义，没有任何说服力。
太后下嫁之说流传很广，但在清代档案和典籍中却没有任何记载。有人认为，那是因为后来清朝统治者觉得这件事不光彩，于是销毁了有关档案，删改了史籍中的记录。这种推断也颇为牵强，因为我们在当时朝鲜李朝的《实录》中同样也找不到“太后下嫁”的任何记载。如果太后下嫁是公开的，并曾颁布恩赦诏明告天下，那当然会颁诏给朝鲜，朝鲜《实录》中肯定会收录，或有所记载与议论。即使这件事是秘密的，每年几批来华进贡、谢恩及陈奏的朝鲜使臣也会得之街谈巷议，因为在明清鼎革的非常时期，这些朝鲜使节都负有多方收集各种情报的任务，回国后要向国王报告，其《实录》中载清朝之事甚详，就是这样得来的。在清初很长一段时期，朝鲜看不起清朝，认为他们是未开化的夷人，而且对清朝怀有敌意，在其《实录》中常见对清朝的不满和蔑称，在公开场合奉清朝正朔，但其官员告身等内部文件却只署年月而不书年号。如果太后下嫁实有其事，朝鲜当然不会为清朝隐讳，必然载之史册，事后也不必有删削之举。
总之，太后下嫁这桩疑案流传虽广，却无任何的证据。但是作为人们的茶余谈资，或是文学作品的绝佳素材，它还会一直流传下去。
俗话说“寡妇门前是非多”，即使贵为国母皇太后，也不免为流言非议。孝庄九泉有知，她会做何感想呢？