由于上述种种传闻，使光绪之死成为清末历史上一大疑案，众说纷纭。关于光绪之死这一疑案无论当时或在日后，虽有种种传说，但因事涉清代宫禁秘档，人们无从知其真实内幕，均缺乏真实可靠的依据。那么，光绪究竟是怎么死的？让我们且从太医院御医和皇宫医案（也称“脉案”）谈起。
在中国历代封建王朝的宫苑中，都设置有专门为皇帝、皇后、妃、嫔、王公大臣等诊治疾病、调养身体的太医院。在这里，集中了祖国传统医学中的国医高手，备藏了从全国各地搜集到的珍奇名贵药材。太医院有着上千年的历史，积累了许多既稳妥又有一定疗效的处方，以及许多宝贵的临床医疗经验，是祖国传统医学的精英荟萃之地。然而，皇宫医学却历来被深锁宫禁，秘而不宣；究竟皇帝及其后、妃等怎样看病，御医又如何为他们把脉治病、施药护理，等等，一向令人神秘莫测。
清太医院沿袭明制，其官署最初设在正阳门内东交民巷内。光绪二十六年（１９００）八国联军入侵北京，清政府屈服西方列强的压力，被迫与之签订不平等的丧权辱国《辛丑条约》。依据条约第七款，将这一地区划为各国驻华使馆区。太医院只得另在地安门外建立新署，现在遗址尚存，但已是面目全非。太医院在紫禁城内东墙下，上驷院之北，设有待诊、休息的处所，旧称“他坦”，岁月流失，现已倾毁无存。
清太医院为五品衙门，其最高行政长官为院使。副职二人，称为左院判、右院判，官居六品。太医院有御医十三人官居八品；医士二十人、医生三十人（皆没有品级），享有从九品的待遇，统称御医。清初按医科分为：大方脉、小方脉、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、接骨、伤寒、咽喉、豆疹十一科。光绪时期，合并为五科，即大方脉、小方脉、外科、眼科、口齿科。平日，有太医院院使、院判及其属员在宫中当班。每当皇帝驻跸园庭，或出巡各地，太医院御医也随之前往。
太医院御医在从事医疗活动中，皆建有详细的病历，即所谓“医案”（又称“脉案”）。在中国第一历史档案馆保存有大量的清代皇宫医案。其中包括皇帝、皇后、妃嫔、皇子、公主、太监、宫女以及王公大臣的原始诊病记录、内务府抄件、帝后用药底簿、配方秘本、御药房、御膳房和御茶房的各项记录，以及皇帝及个别皇后的起居注、皇帝有关医药的朱批、宫中敬事房的档案，等等。特别是乾隆以后诸帝及其后、妃等的脉案保存得较为完整，其中尤以光绪的脉案为最多。清代皇宫的医案总数约有四万件。在这些医案史料中，其诊治处方大都出自太医院御医之手。但也有少数非太医院的官方处方，如施焕、吕用宾、陈秉钧等地方名医为光绪诊病的处方，便是其例。这些人都是懂得医道的大小官员，或在京城，接近宫廷，或在地方，而由地方总督、巡抚奉诏保举来京入宫为光绪看病的。