一、“三顺王”航海来归
清太祖首创八旗制度，起初，只有四旗，后增至八旗。它的基本成员主要是满族，故称为八旗满洲，或满洲八旗。其中也有少量蒙古人和汉人，分隶各旗管辖。太宗即位后，由于蒙古人特别是明朝官兵归附日益增多，八旗满洲无法容纳，于是创立八旗蒙古、八旗汉军，加上原有的八旗满洲，合满、蒙、汉共二十四旗。这就使八旗制度臻于完备，充分体现了满蒙汉地主阶级的联合专政。
八旗汉军是最后组建的。其始创必从恭顺王孔有德，怀顺王耿仲明，智顺王尚可喜先后率众航海来归谈起。“三顺王”降后金是当时具有重大意义的事件，与太宗编制八旗汉军有着十分密切的联系。
孔有德、耿仲明，均为辽东人，太祖进兵辽沈时，逃到皮岛（朝鲜湾椴岛），投奔毛文龙，充任末弁，改姓毛氏。毛文龙被杀后，二人被山东登莱巡抚孙元化征用，孔有德任参将，耿仲明任游击。天聪五年（1631年），太宗围大凌河城，孙元化调孔有德率兵三千渡海增援，遭飓风，几乎丧命。渡海不成，十一月，孙元化又令孔有德率骑兵八百从陆上驰援。孔有德不胜愤恨，行到邹平县（山东邹平）滞留月余。后到吴桥县（河北吴桥）又缺粮饷，因此军心混乱。这时正好遇到孙元化派遣去塞外购买马匹的参将李九成，两人密议，宣布起义叛明。率军回师，连陷临邑、陵县、商河、青城诸县（均在山东济南市北）。第二年正月孔有德等挥兵登州城下。城里有他的好友耿仲明联合一批辽将做内应，内外夹攻，迅速攻克，巡抚孙元化被俘，念其以往交谊，释放归去，航海到天津。崇祯得报，下令就地处决。不久，又有驻旅顺的明朝参将陈有时，广鹿岛（辽宁长山列岛的一个岛屿）副将毛承录等率部分官兵造反，渡海到登州，加入孔有德部队，兵势大盛，共推孔有德为王。他谦让不受，自称都元帅，李九成为副元帅，耿仲明为总兵官，于是，整饬兵马，攻城略地，山东大乱。明朝调集大批兵马前来镇压，孔有德等退守登州。明将祖大弼率兵数万将登州包围，双方相持五月有余，终因众寡悬殊，无法打破明军的围攻，李九成在一次战斗中阵亡。而明军继续增援，孔有德感到力不能支，决计突围投奔后金。
十一月，在一个漆黑的夜里，孔有德、耿仲明携带家眷，率万余名士兵，从临海的北面出城，分乘数百支战船，撤出登州，在海上漂流数月，于天聪七年（1633年）春，驶向旅顺。驻守此城的明朝总兵黄龙料孔有德逃跑必经这里，早已严兵以待。当孔有德率众来到时，黄龙遣水师截击。孔有德被迫退到双岛龙安塘暂驻。他撤退登州前后，已三次派人与后金联系。这时，他又派游击张文焕，都司杨谨等带一百余人，从盖州登陆（辽宁盖县），与后金取得了联系，他自率大队人马去镇江上岸。太宗得到报告，极为重视，先派出吴赖、范文程等率部分将士前去旅顺探听虚实。原来，他并不完全相信孔有德来归，等张文焕到达盖州，备述经过，才信以为真，连续作出决定：一，孔有德、耿仲明航海来归，应先赏给两匹马，他带头拿出自己乘用的马，诸贝勒各出上等带鞍的马一匹，不带鞍的马四匹，共四十匹；满洲、蒙古、汉人按职务每十名备御出马一匹，约计百匹。从这里再选良马赏大帅，其余由他分给各级将官。二，派文馆范文程、罗硕、刚林，给孔、耿及官兵安排驻地：孔、耿可统领所部兵马驻扎东京（即辽阳），号令、鼓吹、仪仗一律照旧，惟有用刑、出兵两事，应当向上报告批准。其余随来的百姓可住盖州、鞍山，如不愿意，可令其住东京邻近的地方以上参见《清太宗实录》，卷13、14；《东华录》，天聪六年、七年；《明崇祯实录》，卷5、6；《国榷》，卷91、92；《开国方略》，卷17。。
五月，孔、耿率众抵镇江，遣副将曹绍宗、刘承祖等向太宗报告起程赴沈阳日期。太宗马上传令正在督修岫岩、揽盘、通远堡（辽宁东部）三城的济尔哈朗、阿济格、杜度率兵速往镇江迎接，并带去二千匹马，供孔有德部众上岸乘骑。与此同时，宁远、登州、旅顺口明兵乘船从海上尾追而来，朝鲜也出兵助威。正好济尔哈朗等率军也赶到镇江，与明兵夹江立营。明兵与朝鲜兵见后金兵强盛，不敢开战，便悄悄撤走了。孔、耿部众这才靠岸，将携带的大量兵器枪炮全部搬运上岸。济尔哈朗等设大宴欢迎孔、耿航海千里来归。
跟随孔、耿归附后金的副将、参将、游击等将官共一百零七人；精壮官兵三千六百四十三人，他们的家属共七千四百三十六人；水手壮丁四百四十八人，其家属六百二十四人。以上通共一万二千二百五十八人《明清史料》，丙编第一本。。孔、耿这支庞大的队伍历经艰险，顺利来归，这对后金是个巨大的鼓舞，太宗隆礼相待，关怀备至。他们一离开镇江，太宗陆续调拨马匹接应，送去营帐供途中使用，谕令勿急于赶路，须从容休息而行。他们到达东京后，太宗又派人告知孔、耿：“你们都很劳顿，应先休息，从容到沈阳来见。”五月二十六日，太宗派文馆官员龙什、爱巴礼、范文程、敦多惠到东京，召孔、耿及其官属赴沈阳会见《清太宗实录》，卷14，9页。。
六月二日，孔、耿来沈阳之前，太宗发下一道专意保护孔、耿及其部众的谕旨：“向者我国将士于辽民多所扰害，至今诉告不息。今所附之众，一切勿得侵扰。此辈乃攻克明地，涉险来归，求庇于我，若仍前骚扰，实为乱首，违者并妻子处死，必不姑恕！”《清太宗实录》，卷14，10页。
次日，龙什等引导孔、耿和他们的部将官员抵达沈阳郊区，太宗率诸贝勒大臣出德盛门十里，来到浑河岸边，举行盛大的欢迎仪式：中间设一座黄色大帐篷，左右各设五座青色帐篷。太宗与大贝勒代善和诸贝勒率孔有德、耿仲明及各官首先拜天，行三跪九叩头礼，然后就座，讨论接见孔、耿的礼节。太宗想以满族最隆重的礼仪——抱见礼接见。诸贝勒提出：皇上不宜抱见，以礼相待就可以了。太宗不同意，说：“从前张飞尊上而凌下，关公敬上而爱下，今天朕以恩遇，岂不更好！元帅、总兵（指孔、耿）曾取登州，攻城略地，正当强盛而纳款输诚，三次遣使来，率其兵民，航海御敌，来归于我，此功劳没有比这更大的了。朕意应当行抱见礼，以示优隆之意。”《清太宗实录》，卷14，11页。议决后，孔有德耿仲明率各官以次序立，他们二人先行汉族礼，复至御座前叩头，双手抱太宗膝，接着，与代善和诸贝勒一一抱见。孔、耿行礼毕，各官上前行三跪九叩头礼。太宗让孔、耿坐在他的座位旁边。丰盛的宴会开始了，太宗亲自手捧金卮，向孔、耿敬酒。宴会结束，向孔、耿各官赏赐蟒袍、貂裘、撒袋、鞍马等物品，孔、耿亦献上金银及金玉诸器衣物等。回到沈阳后，太宗、代善和诸贝勒逐日设宴款待。六月十三日，太宗正式宣布封孔有德为都元帅，耿仲明为总兵官，赐给敕印，保持原有官职。其他各官也视功劳分别封赏。然后举行宴会庆贺。席间，先向孔有德宣读敕文：
朕惟任贤使能，崇功尚德，乃国家之大典；乘机会，达变通权，诚明哲之芳踪。尔元帅孔有德原系明臣，知明运之倾危，识时势之向背，遂举大众，夺据山东，战破数城，实为我助，且又携军士官民，尽载甲胄器械，航海来归，伟绩丰功，超群出类，朕深嘉尚，用赞王，给都元帅敕印，功名富贵，远期奕世之休，带砺河山，永无遗弃之义，凡有一切过犯，尽皆原宥，尔宜益励忠勤，恪共乃职，勿负朕命。钦哉！
发给耿仲明一道同一内容的敕文也当众宣读《清太宗实录》，卷14，16~17页。。
四个月后，明朝广鹿岛副将尚可喜率广鹿、长山、石城三岛数千名官兵和百姓叛明来归。尚与孔、耿都曾是毛文龙的部下，彼此交往很密切。毫无疑问，孔、耿的行动对他是个榜样，促使他接踵而至《清太宗实录》，卷16，8~16页。《尚氏宗谱》，“先王实迹”。。由于孔、耿、尚相继叛明，使明朝用以牵制后金的辽东沿海防线土崩瓦解。就在尚可喜投顺之前，孔、耿率军协同八旗满洲攻克了旅顺城。孔有德非常怨恨明朝旅顺守将黄龙，伺机报复。恰好黄龙把水师派出去进攻鸭绿江方面的敌人，旅顺空虚无备，太宗趁机今贝勒岳托、德格类率师，以孔有德为向导攻袭旅顺，黄龙屡战屡败，走投无路自杀，后金克其城。孔有德投顺后金首立大功。明朝在辽东半岛的最后一个据点丧失，其统治势力，完全被逐出辽东半岛，所剩皮岛，仅余的一点残兵也在崇德二年（1637年）被孔、耿、尚率兵攻破，明将沈志祥杀监军投顺后金。
孔、耿、尚率众来归，不仅给后金带来了巨大的政治影响，使后金在同明朝进行的改朝换代斗争中打开了更广阔的道路，而且在后金社会内开始了一个新变化。而清太宗下令孔、耿所部旗纛用皂（黑）色，军士按时演习枪炮弓箭；马和甲胄都在牌子或带子上写“满洲”二字以为识别。后来又规定孔、耿与八和硕贝勒同列一班，并派官为他们营建府第。崇德元年（1636年）太宗接受尊号为皇帝，孔有德被封为恭顺王，耿仲明封怀顺王、尚可喜封智顺王。这些措施，从命名、辨旗色，到特许孔、耿与尚独立分管这两支由汉人组成的部队，获得类同八旗旗主一样的权利，这实际上等于新设两旗汉军，他们三人处于旗主的地位。所以，可以认为，孔、耿、尚来归，也就是太宗编制汉军旗的开始。
二、正式编旗
孔、耿、尚归附后，太宗没有打乱他们的编制，而是原封不动地继续让他们统率，并且给他们以种种优待，无“低人一等”或惧怕歧视之感，因而得到广大汉兵的拥护，“故其将卒皆用命”昭梿：《啸亭杂录》，卷1，“收孔、耿二王”。。对后金来说，这比分散到满洲各旗管辖更有利。同时，太宗从孔、耿、尚率军来归的雄姿盛容中看到了汉兵是一支不可忽视的力量，他们“谙水战，习地利”谷应泰：《明史纪事本末补遗》，卷4，“毛帅东江”。，满族骑兵则望尘莫及。在同明朝的争战中，以汉兵为“前驱”，可发挥满族骑兵无所施其技的作用。不仅如此，随着战争规模不断扩大和深入，单靠满族征兵已经远远不能适应其需要。太宗看到了又一个广大的兵源，这就是他统治下的辽东汉人和归附及阵获的明朝官兵。太祖时，“俘掠辽沈之民，悉为满臣奴隶”昭梿：《啸亭杂录》，卷2，“汉军初制”。。被奴役的广大汉人不会对“满臣”贵族抱有好感，也不能激起对生产的积极性。太宗决意打破民族畛域，把汉族中的优秀人才逐步选拔出来，使其为国效力。就在孔、耿归附不久，即天聪七年（1633年）七月一日，太宗令分隶满洲各旗所属汉人壮丁，每十名抽一丁披甲入伍，共得一千五百八十人，组成一旗汉兵，由汉官马光远统领，旗帜用黑色。这是正式建汉军旗之始。
崇德二年（1637年）七月，太宗又把一旗汉军分作左右翼两旗：以汉官石廷柱为左翼固山额真，马光远为右翼固山额真，都按照八旗满洲的样式编壮丁为牛录。到了崇德四年（1639年）六月，太宗再分二旗为四旗，每旗设牛录十八员，固山额真一员，梅勒章京二员，甲喇章京四员，任命马光远为正黄旗固山额真，马光辉、张大猷为梅勒章京；石廷柱为正白旗固山额真，达尔汉、金维城为梅勒章京；王世选为正红旗固山额真；吴守进、孟乔芳为梅勒章京；巴额为正蓝旗固山额真；李国翰、佟图赖为梅勒章京。原先两旗均用黑色，现改为马光远旗用蓝色，以黄色镶边；石廷柱旗用蓝色镶白边；王世选旗也用蓝色，镇红边；巴颜旗则纯用蓝色。按清制，每一牛录以百名左右为满额，一旗含十八牛录，共计一千八百人左右。四旗合计共七千人左右。直到太宗去世的前一年，崇德七年（1642年）六月，他将原四旗改编为八旗，称为八旗汉军。旗色、名称、官员设置一如八旗满洲之制，所不同的，前者的旗主可以由皇帝随时撤换任命，后者则是世袭。这次任命祖泽润、刘之源、吴守进、金砺、佟图赖、石廷柱、巴颜、墨尔根侍卫李国翰八人分别为八旗固山额真。同年八月，孔有德、耿仲明、尚可喜、沈志祥奏请“以所部兵随汉军旗下行走，上允其请。”《清太宗实录》，卷62，10页。他们虽然没有编入八旗，但应属于八旗汉军的一部分。这样，太宗在他去世前终于逐步完成了对八旗汉军的创建性工作。
太宗创建八旗汉军是有很深的用意的。它扩大兵源，以供战争之需；利用汉军同明军作战，也就是“选用招降，以汉攻汉，则无不可矣。”《明清史料》，丙编第1本，“正红旗固山备御藏国祚奏本”。这些都是他考虑到的因素，但更深一层的用意，是借助建汉军八旗（包括建蒙古八旗）帮助他巩固皇权，使八旗满洲诸王贝勒的权势削弱。另建新的八旗组织，实际是分割他们手中的权力，从而打破他们对军队的垄断，因之也就削弱了他们与皇权相抗衡的手段，八旗满洲亦失去“独尊”的地位。不管太宗主观上是否意识到这一点，客观效果必然是这样。八旗制度作为后金（清）国家的一种新体制，单有八旗满洲是很不完备的，它强烈地表现了满族贵族狭隘的民族主义的倾向。它忽视其他民族例如汉族、蒙古族的客观存在，有意地降低了他们的历史地位和作用，因此后金的统治是不能维持长久的。太宗创建汉军与蒙古八旗，是他意识到了国内主要存在的满、蒙古、汉族之间的复杂的民族关系，而给予汉族、蒙古族的历史地位以某种肯定。它们与八旗满洲并立，这就是从法律和制度上把这种联合的关系进一步确定下来，这标志着以满族贵族为核心的，与汉、蒙封建地主阶级联合统治的基础更广泛了。八旗制度的完善，为清朝二百六十多年的统治打下了牢固的根基。
八旗汉军是八旗制度的三个组成部分之一。汉军旗人的旗属问题，本来是无须怀疑的。有的学者认为汉军既然是八旗成员，也就是满族人。其实从族源上考察加入汉军八旗的人，正如《啸亭杂录》（卷二）所说；“盖虽曰旗籍，皆辽沈边氓，及明之溃军败卒。”他们原是汉人，是否满族人，恐怕难定。历史上汉族中一些人由于种种因素(例如通婚，有血缘关系、满化程度深、或自报为满族人，等等)而成为满族人，这是事实。但是不能说加入了八旗就成为满族，旗籍与族籍不能混为一谈。八旗满洲，其意就是满族自己内部的旗组织；同样，八旗汉军，也是将旗制推广到汉族内部，通过旗的形式把汉人组织起来。在“八旗”的后边附以或者在前边冠以“满洲”、“蒙古”、“汉军”字样，这就毫不含混地标示了三个不同的民族的族属。因此，八旗分为满、蒙、汉已表明这是以三个民族的成员组成的组织，不能说有了八旗，三个民族就不存在了。太宗当初创建满、蒙、汉八旗不是要消灭民族，而是要承认并联合这些民族的各个阶层人民。满洲、汉军、蒙古八旗并立存在于一个统一的政权之下，犹如几个部落的联盟，而满洲则充当了这个联盟的“盟主”。以此而论，就不难理解诸如《八旗满洲氏族通谱》、《满洲名人传》中把一些汉人、蒙古人都列入“满洲名臣”或“满洲氏族”之内。既然满洲统治者把自己看成是“盟主”，当然它可以把八旗满洲、蒙古、汉军中的謽要姓氏、知名人士都概括在它的总名头之下。所谓汉人“在旗”与“不在旗”，仅仅区别是否加入八旗组织，不能看成是成为满族的标准。只有隶属满洲八旗的人才是真正的满族人。