巫蛊乱后，武帝曾对田千秋反省说：“朕之不德，自左丞相与贰师阴谋逆乱，巫蛊之祸流及士大夫。”武帝的这番话古今之研究巫蛊事件者几乎都没有予以注意。所以过去一直认为巫蛊之乱的祸首只是江充，而不是刘屈氂和李广利集团。相反，甚至认为刘屈氂是站在刘彻一边受命平定了这场动乱的功臣。
实际上，刘彻检讨这个事件的始末时还曾说过：“巫蛊始发，诏丞相、御史督二千石求捕。廷尉治，未闻九卿廷尉有所鞫也。曩者，江充先治甘泉宫人，转至未央椒房，以及敬声之俦、李禹之属谋入匈奴。有司无所发。
今丞相亲掘兰台蛊验，所明知也。至今（令）余巫颇脱不止，阴贼及身，远近为蛊。朕愧之甚。”
史料中这一段话的交代不是很明白。但值得注意的是，武帝明确指出：正是由于“左丞相与贰师谋逆乱，巫蛊之祸才流及士大夫。”武帝又指出，巫蛊之案的最高行政负责人实际并不是江充，而是亲掘兰台（即太子宫）验蛊的左丞相刘屈氂与御史章赣。而江充又曾陷害公孙贺之子敬声及部属李禹与匈奴有勾结（“谋入匈奴”）。所有这些大案，并未经有关检察执法机构举证核查（“未闻九卿廷尉有所鞫问也”）。因此，武帝不再信任这些执法机构，而只信任刘、章、江组成的专案小组。
还值得注意的是，“巫蛊案之初，廷尉所治未及九卿。”本来廷尉是没有权力直接审治公卿的。只有丞相得到皇帝授权，才可能审理王公大臣们。那么正是刘屈氂指使江充（抛开了“廷尉”），然后才与胡巫设谋，而把椒房中的公主们、公孙敬声及李禹之属牵连陷害，甚至诬陷他们与匈奴勾结。又是刘屈氂亲自去兰台掘地，寻找证验，才制造了这起大祸乱。
由此可见，正是李广利身后的刘屈氂所代表的新兴李氏集团（丞相御史），伙同江充以及来自匈奴背景的胡巫势力，形成了某种形式的默契与合作，才能以非常手段摧毁以卫太子为代表的“守文”政治势力。
而对于李氏集团来说，搞垮卫氏的真正目的就是要废除卫太子，改变继承皇位的人。这是巫蛊之变之所以引发的重要原因。
在卫氏集团被粉碎后，李氏集团开始着手筹谋夺取皇位继承权。征和三年（前90年），在李广利受命率兵出征匈奴的前夕，刘屈氂与李广利合谋立昌邑王为太子。史载：
“征和三年，贰师将军李广利将兵出击匈奴。丞相为祖道，送至渭桥，与广利辞决。广利曰：‘愿君侯早请昌邑王为太子。如立为帝，君侯尚（长）何忧乎？’（此言颇耐寻味。屈氂时任丞相，本来又有什么忧虑呢？只能是担忧陷害太子的阴谋被皇帝醒悟发现罢？））屈氂许诺。昌邑王者，贰师将军女弟李夫人之子也。”
然而，这一密谋却被内者令郭穰听知并密报武帝。郭穰又举报丞相夫人因为丞相曾遭武帝谴责，使巫师“祠社，祝诅主上，有恶言。及与贰师共祷祠，欲立昌邑王为帝。”武帝于是明白了真相，乃命有司案验，查证后属实。
这一事件彻底暴露了李氏集团制造巫蛊事件的真正目的。因此，王夫之《读通鉴论》谓：刘屈氂对卫太子“必出于死战，此其心欲为昌邑王地耳！太子诛，而王以次受天下，路人知之矣。其要结李广利，徇姻娅而树庶孽，屈氂之慝，非一日之积矣。”
王夫之的这一见解是深刻的。在李广利与刘屈氂阴谋暴露后，武帝可能由此意识到，巫蛊之乱背后实际存在着一个巨大的阴谋。
征和三年，刘屈氂“坐谋立昌邑王及使巫祝诅。”武帝毅然将李氏家族全部消灭了。刘屈氂被腰斩东市，妻子枭首华阳街。同时李广利的妻子亦被收入狱，“贰师闻之，降匈奴，宗族遂灭。”
贰师将军李广利是武帝宠幸的李夫人的兄长、昌邑王刘髆的舅父。而李广利又与丞相刘屈氂为儿女亲家。阴谋被告发，刘屈氂被杀，于是李广利在前方投降匈奴。
但是这个叛徒被匈奴所轻蔑，不久就被卫律、阏氏找理由杀死。而曾积极参与江充陷害卫太子事件的武帝近侍马何罗，在江充被灭族后，又试图行刺武帝而被诛杀。
征和四年（前84），汉遣使入匈奴，单于使左右以巫蛊乱事难汉使者。曰：“汉，自以为礼义国也。然贰师将军降匈奴言前太子发兵反，何也？”使者曰：“然。乃丞相与太子争斗，太子发兵欲诛丞相。丞相诬之，故诛丞相。此子弄父兵，罪当笞，小过干。孰与冒顿单于身杀其父而代立，常妻后母，禽兽行也。”单于留使者，三岁乃得还。
此事对武帝的震动是极其巨大的。
“久之，‘巫蛊’事多不信。”汉武帝 “知太子惶恐无他意”。臣子中虽有不少人认为太子无罪，但不敢向盛怒中的武帝陈明，只有并州壶关（今山西屯留东）的三老令狐茂最早上书，说：
“臣闻父者犹天，母者犹地，子犹万物也。故天平地安，阴阳和调，物乃茂成；父慈母爱室家之中，子乃孝顺。阴阳不和则万物夭伤，父子不和则室家丧亡。
故父不父，则子不子，君不君，则臣不臣，虽有粟，吾岂得而食诸！昔者虞舜，孝之至也，而不中于瞽叟；孝已被谤，伯奇放流，骨肉至亲，父子相疑。何者？积毁所生也。
由是观之，子无不孝，而父有不察。今皇太子为汉嫡嗣，承万世之业，体祖宗之重，亲则皇帝之宗子也。江充，布衣之小，闾阎之隶臣耳，陛下显而用之，衔至尊之命以迫蹴皇太子。造饰奸诈，群邪错谬，是以亲戚之路隔塞而不通。
太子进则不得上见，退则困于乱臣，独冤结而无告，不忍忿忿之心，起而杀充，恐惧逋逃，子盗父兵以救难自免耳，臣窃以为无邪心。”
这位三老的上书，使盛怒中的汉武帝回归于理性思考。但是，当时刘屈氂、李广利的阴谋尚未彻底暴露，因此武帝仍未下定为太子平反的决心。
直到李广利叛变，马何罗谋刺，江充胡巫阴谋集团陷害太子的罪案逐渐一一暴露出来后，武帝重新反思，终于知道巫蛊事件是一场大冤案。
恰在此时，高庙寝郎田千秋“上急变讼太子冤”。武帝以此为契机而彻底感悟。于是，武帝亲自召见这位人微言轻的田千秋，说：“父子之间，人所难言也，公独明其不然。此高庙神灵使公教我，公当遂为吾辅佐。”立即晋升他为大鸿胪。
紧接而来的就是为卫太子彻底平反昭雪。于是，他“族灭江充家”，将江充同党苏文焚死在横桥上。他开始“怜太子无辜”，在刘据自杀去世的地方筑作“思子宫”与“归来望思之台”，以示哀念，“天下闻而悲之”。
不久，武帝即任命田千秋代替已灭族的刘屈氂为丞相。
其后，武帝开始重新思考卫太子曾经谏阻过的停止对四夷的用兵征伐以及转变政策的问题。
马通、商丘成、景建等在巫蛊事件中以迫害卫太子得功封侯者，包括当年积极搜捕逃难中的卫太子，将其父子逼死而立功封侯的新安令史李寿及县卒张富昌，在汉武帝统治的最后三年内，全部一一被杀或被逼自杀，以至灭族。
他们之死，史籍中记有不同的罪名。但集中起来看一看，就知道其实都是出于为卫太子昭雪和复仇，同时也为转变大政方针扫清道路。
问题更复杂的一面还在于，除此之外，还有一批始终忠实于武帝路线的重臣如桑弘羊等，他们也反对太子与匈奴议和的新政理念。因此，他们虽然并未参预江充的阴谋，甚至与李氏集团有矛盾，但是，在政治上是一直支持武帝的开边征战路线的。
武帝临终前的征和四年（公元前89年），桑弘羊曾建议在西域轮台扩大屯戌，修建亭障，将开拓西域战争向前推进。修亭障，包括修成以后置卒戍守，这两者本来都是剪除匈奴右翼西进方略中的大计。但是汉武帝却断然拒绝了桑弘羊的建议。他由此而发布了历史上极其著名的“轮台罪已诏”。
在这个诏书中，武帝公开对天下人作自我谴责：
“朕即位以来，所为狂悖。使天下愁苦，不可追悔！自今事有伤害百姓，糜费天下者，悉罢之！”“当今务在禁苛暴，止擅赋，力本农。修马政复令以补缺，毋乏武备而已。”
由此诏可见，武帝已决意把施政重心转移到和平与生产方面来。为了推行亲民政策，武帝册封谨慎温和的丞相田千秋为“富民侯”，“以明休息，思富养民也。”
司马光在《资治通鉴》中曾经这样评价汉武帝的晚年：“孝武穷奢极欲，繁刑重敛，内侈宫室，外事四夷，信惑神怪，巡游无度，使百姓疲敝，起为盗贼，其所以异于秦始皇无几矣。
然秦以之亡，汉以之兴者，孝武能尊王之道，知所统守，受忠直之言，恶人欺蔽，好贤不倦，诛罚严明，晚而改过，顾托得人，此其所以有亡秦之失而免亡秦之祸乎！”
田千秋就任丞相以后，决心改变君臣、君民，尤其是统治集团内部关系紧张的局面。他委婉地在一次酒会中借祝寿向武帝进言，提议武帝退到二线去“玩听音乐，养志和神。”
“乃与御史，中二千石共上寿颂德美，劝上施恩惠，缓刑罚，玩听音乐，养志和神，为天下自虞乐”。
面对这一寓劝于颂的祝祷，武帝并未愤怒，相反，他再次作了如下自白和反思：
“朕之不德……朕日时时弃食者累月，乃何乐之听？痛士大夫常在心，既事不咎。”
他拒绝了大臣们的颂贺之辞。
征和四年（前89年），武帝封泰山时，又一次对群臣谴责自己说：“朕即位以来，所为狂悖，使天下愁苦，不可追悔。自今事有伤害百姓，糜费天下者，悉罢之！”
后元元年（前88年）七月，武帝准备立刘弗陵为太子。但是，在武帝下诏公布天下之前，他却下令将其生母、年轻的钩弋夫人赐死。此一举措又一次将朝野惊得目瞪口呆。
面对臣民“且立其子，何去其母乎”的疑惑，武帝解释说：“是非儿曹愚人之所知也。往古国家所以乱，由主少，母壮也。女主独骄蹇，淫乱自恣，莫能禁也。汝不闻吕后邪！故不得不先去之也。”表明武帝对未来身后之局是有深谋远虑的。
后元二年二月乙丑，七十一岁高龄的武帝病卧五柞宫，自知不久于人世，于是正式下诏册立刘弗陵为皇太子。同时任命车骑将军霍光任大司马、大将军，授予了军国大权。而值得注意的是，这位霍光乃是卫青的外甥、霍去病的异母兄弟。
一天后，武帝崩逝。临终遗命，命霍光、金日磾、桑弘羊、田千秋四人为监护小皇帝的托孤大臣。这四个人的安排也是作了精心选择的。
在这四个人中，被授予主要军政实权的霍光是卫霍集团的代表，田千秋是新进大臣，桑弘羊是一直忠于武帝军政路线的老臣。
而金日磾则原是匈奴休屠王王子，而休屠部则是匈奴右路之大部落。东汉末（公元202年），曹操逼降南匈奴末代单于呼厨泉，收编匈奴王部，其中最大一支即是“休屠胡”，这一支匈奴的首长当时已被赐汉姓“刘”。此事表明，直到东汉末年休屠部匈奴仍是南归匈奴中的一支强大势力。因此汉武帝在临终前安排休屠前王子金日磾为托孤大臣，显然寓有安抚强大的南匈奴部落的深刻用意。
汉昭帝刘弗陵八岁即位，在位仅十三年，在二十一岁的青年时期病死。他没有后嗣。主持朝政的大司马、大将军霍光倡议推立故昌邑王刘髆之子刘贺继位。
霍光在诸王中提出这一人选是颇为奇怪的。刘髆是李夫人的儿子。李广利、刘屈氂当年就是因为策划谋立昌邑王刘髆为太子而被武帝识破其有篡位阴谋而灭族的。刘髆早死，其王位由长子刘贺继承。
霍光招刘贺入京的方式也是极为奇怪的。名义上是让他进京当皇帝，但采用的是武装征招的方式，“乘七乘传诣长安邸。”由宗王刘德、光禄大夫丙吉、中郎将利汉等陪伴，实际形同武装押送。半夜朝命宣到，日中即起行离国，下午至定陶，“行百三十五里，侍从者马死相望于道。”实际在途中刘贺已
失去行动自由。（“大奴善以衣载女子入侍王，郎中令龚遂入问王。即责善，交卫士长行法。”）
这个新皇帝仅在位二十七天，实际是在皇宫中被软禁了二十七天。仅二十七天，霍光就指责其“淫乱不孝”，召集群臣廷议，向孝昭皇后奏废贺“归昌邑”，但已撤销其王国，改为山阳郡。
消除了昌邑王刘贺这一政治隐患之后，霍光尊立卫太子唯一的遗孙刘病已为宣帝。（这位新皇帝的命运也是颇为奇特的。他是卫太子家族中唯一存活的遗孤，被狱吏丙吉所救，自幼变换姓名而匿藏生长于民间，至霍光主政时方得复出。于昭帝夭死后被立为皇帝。）
“大将军更尊立武帝曾孙是为孝宣帝。即位，（大将军）心内（仍）忌废帝刘贺。元康二年霍光遣使者赐山阳太守张敝玺书曰：‘谨备盗贼，察往来宾客。毋下所赐书。’”即要当地官员密切监视刘贺。为此，张敞给朝廷写了一个详细的汇报，表明刘贺已无能作为，“上由此知贺不足忌。”
在改弦易辙的昭帝一朝，在朝主政者中以霍光为一方，以桑弘羊、田千秋等武帝旧臣为另一方；前者是卫氏集团中人，后者是追随武帝多年深受信任的重臣。二者同为武帝临终受命托孤的股肱大臣，武帝显然是希望他们能捎弃前嫌而合作的。
但是，巫蛊事变中两大集团的对峙和积怨已经太深。这种矛盾终于在宣帝一朝彻底爆发。先有对桑弘羊直接发难的盐铁官营政策的质疑和辩论。始元六年（前81），举行了包括盐铁问题在内的扩及全部国事问题的政策性大辩论。
《盐铁论·轻重》记述文学言曰：“大夫君（案指桑弘羊）以心计策国用，构诸侯，参以酒榷。（东郭）咸阳、孔仅增以盐铁，江充、杨可之（按即杨可）等各以锋锐，言利末之事析缕毫。”
桑弘羊是为武帝理财的财政专家。江充曾任水衡都尉，协助从事财政事务。所谓江充“言利末”，是指他准许犯罪的贵戚子弟入钱赎罪，因而“各以秩次输钱北军，凡数十万”。在昭帝临朝霍光当政之时，文学之士出来揭发指证桑弘羊与已伏法的江充曾属于一个团伙，这即暗伏了桑弘羊后来被昭宣时代的首席执政霍光清除而杀头的原因。（昭宣二帝的谥号是颇耐人寻味的。昭，昭雪也。宣，光宣也。）
支持辩论的丞相田千秋“括囊不言，容身而去”，实际是支持桑弘羊但又不敢公开表态。
盐铁辩论的最后结果是霍光推翻了武帝的这一政策。接着，就发生了扑朔迷离的燕王旦、上官桀与盖长公主等阴谋反叛事件，桑弘羊牵连被杀，罪名是“伐其功，欲为子弟得官，怨望霍光”。
在武帝朝中，桑弘羊自少年入宫，从十三岁为侍中，自武帝即位初年起，长期侍从在武帝身边，作为一个经济奇才而深受武帝信任。由搜粟都尉迁御史大夫，位列三公。治绩显著，使“民不益赋而天下用饶”，是对武帝忠心耿耿的兴利开边之臣的代表人物。
清洗桑弘羊、上官桀以及燕王，实际是霍光走向大权独揽的一次政变。通过这次政变，卫太子之孙得以继大统成为宣帝。通过彻底为卫霍集团昭雪平反，霍光主持了昭宣两朝的大政。这些后继事件都可以视为巫蛊事件的余波。
但直得注意的是，在霍氏柄政的宣帝时代，霍光继续推行屯田、开拓西域打击匈奴右翼的路线，并最终实现了武帝所经营而未能完成的这一战略目标。
翦伯赞先生在分析“巫蛊之祸”前后的历史过程时指出：“历史动向向我们昭示，汉武帝作为早期的专制皇帝，实际上是在探索统治经验，既要尽可能地发展秦始皇创建的专制主义中央集权的统一国家，又要力图不蹈亡秦覆辙。由此开启了昭宣两代的国家安定和中兴局面，表明汉武帝的探索获得了相当的成功。”