崇德八年（1643）八月初九日，皇太极在盛京（沈阳）清宁宫猝死。关于他的死因，朝鲜史书披露说，他得的是“风眩症”，症状为肝郁不舒、易于发怒、血流上涌，导致头脑昏眩，引发中风症、高血压。从皇太极的死亡之速看，很可能是脑血栓引起的脑溢血。
皇太极突然驾崩，最高权力一下子出现真空，在皇位继承问题上，皇室内部发生激烈的冲突。其中，皇太极的长子肃亲王豪格与十四弟睿亲王多尔衮，是帝位的主要竞争者。皇太极领有的两黄旗大臣力主立豪格为帝，多尔衮与其同母弟阿济格、多铎拥有的两白旗则坚决拥戴多尔衮。双方发生尖锐对立，剑拔弩张。济尔哈朗一向为人谨慎，在继统的大是大非问题上，同样不愿卷入太深。他先是赞同立豪格为帝的意见，继而看到两种势力势同水火，又转为调和的立场。争斗的最后结果是双方妥协，立皇太极的第九子、6岁的福临登极，由多尔衮和济尔哈朗共同辅政。
福临即位，以明年为顺治元年（1644）。他虽然君临天下，毕竟只是一个幼童，国家大事全委托给两位叔父多尔衮和济尔哈朗。在此后的12年中，济尔哈朗主要做了三件事：
第一件事，辅助多尔衮，处理朝政。福临即位时，济尔哈朗45岁，多尔衮32岁，济尔哈朗年长13岁，两人同为辅政王。济尔哈朗的排名本来在前，但论才智、经验、气魄、眼光，他都不如多尔衮，所以不久，济尔哈朗就不得不提出让贤，他谕令部院各官，以后有事先启知睿亲王，把自己的名字放在后头。从此，多尔衮排名在前。
济尔哈朗能力固然有限，但办起事来一向兢兢业业。担任辅政王后，他在盛京尽心辅佐幼帝，多尔衮则率领大军攻明，直捣北京。顺治元年九月，济尔哈朗护驾进入北京。福临首先加封多尔衮为叔父摄政王，接着封济尔哈朗为信义辅政叔王。
短短几个月间，清朝的形势已经发生巨大变化，多尔衮统率的清军，一路势如破竹，他的威望也如日东升。历史的机遇，把多尔衮推向了前台，使他成为众人景仰的大英雄，清王朝无往不胜的象征。与此同时，济尔哈朗却在幕后做些日常性工作。一个在前台发号施令，一个在后台默默无闻，两个人在众人心目中的差距越拉越大了。
多尔衮为人专擅，权力欲极强，济尔哈朗却一事当前，首先考虑如何明哲保身。这种性情的差异，决定了济尔哈朗在处理与多尔衮的关系时，总是一味退让，甘居下风。顺治四年（1647），由济尔哈朗领衔，与其他王公联名上书多尔衮，称国家已经安定，享有升平，都是由于蒙受皇叔父摄政王的福泽，考虑到摄政王素有风疾，跪拜不便，请求在皇上面前免于跪拜。对于这样的请求，多尔衮竟也恬然受之。
济尔哈朗一再退让，不惜阿谀奉承，固然为了避免矛盾，维护皇族内部的团结与统治集团的最高利益，同时也助长了多尔衮的野心，促使他不断以合法方式加强自己的权力。多尔衮先是称叔父摄政王，接着称皇叔父摄政王，又称皇父摄政王，大权独揽，专擅自恣，最后连皇帝的印玺也搬到自己的家中。
济尔哈朗虽一再隐忍退让，却没能维护住自己的权位。济尔哈朗请准多尔衮免于跪拜不久，多尔衮就唆使亲信大臣巩阿岱检举济尔哈朗，说济尔哈朗在福临即位后，曾向他表示：“皇子即帝位，顺理成章，只是担心有人篡夺帝位。”言外之意，这是在影射多尔衮。济尔哈朗因此获罪，罢辅政。次年，又有人揭发他在皇太极死后，曾迎合两黄旗，赞同立肃亲王豪格为君。为此，他的爵位从亲王降为郡王。后来，虽然恢复了他的亲王爵，但他在朝中已威信扫地。接着，多尔衮将济尔哈朗彻底排除出权力中枢，委派他为定远大将军，率师下湖广，与南明军队作战。济尔哈朗在湖南等地整整作战一年，顺治七年（1650）正月才凯旋回师。
第二件事，定罪多尔衮，还大政于帝。顺治七年十二月，多尔衮病死，只有39岁。多尔衮年纪轻轻，已成就一番轰轰烈烈的大事业。他的早死，无疑给自己留下了许多遗憾，但对他的堂兄济尔哈朗来说，却是人生一次难得的转机。
在此前的7年里，济尔哈朗在多尔衮面前，唯唯诺诺，加倍小心，仍免不了受排斥受打击。一旦多尔衮撒手尘寰，他成为朝中资历最老、地位最高的亲王。于是，他审时度势，联合诸王参劾多尔衮一党，将大权归于顺治帝。这成为他一生中最光辉的业绩。
多尔衮摄政7年，重用亲信，诛除异己，在朝中形成盘根错节的关系。济尔哈朗清算其党羽，采取了循序渐进，分化瓦解，各个击破的策略。
首先，清算多尔衮的亲兄阿济格。阿济格一向恃功自傲，在朝中积怨甚多。他听到多尔衮死讯后，首先想到的是承袭摄政王位。他私下派人往召自己的儿子劳亲，让他多带兵前来。多尔衮灵车到京，福临亲迎，阿济格父子分左右坐在福临两旁的首座。但出乎他们意料的是，济尔哈朗等人早已暗中伏下甲兵，一举擒获了阿济格父子。接着，以阿济格身带佩刀、“举动叵测”等罪名，将他削爵幽禁。阿济格争取摄政王不成，反而落得人财两空，身陷牢狱，性情越发狂暴。顺治八年（1651）十月，福临赐阿济格自尽。
其次，整肃多尔衮的亲信。拜音图、巩阿岱、锡翰是努尔哈赤幼弟巴雅喇之子。皇太极时，拜音图任镶黄旗固山额真，封贝勒，弟巩阿岱、锡翰封授辅国将军。皇太极死后，巩阿岱、锡翰、拜音图随同两黄旗大臣，坚决拥立皇太极长子豪格为嗣君。巩阿岱和锡翰还是前往豪格家中密议立汗大事的八大臣之一。当豪格即位失败，他们又与两黄旗图赖、索尼、谭泰、鳌拜四人共立盟誓：“誓辅幼主（福临），六人如一体。”后来他们看到多尔衮权势日益强大，就将誓言置之脑后，卖身投靠新主。他们把当初拥立豪格的责任完全推给两黄旗大臣，乞求多尔衮宽恕。多尔衮为了分化两黄旗大臣，对巩阿岱等投附者也予以提拔重用。
巩阿岱、锡翰为了博得多尔衮欢心，不惜反咬故主，甚至主张将肃亲王豪格的儿子全部斩草除根。当多尔衮令两黄旗大臣商议如何抚养豪格幼子富绶时，巩阿岱竟冷酷地说：“这种苗裔，不全除灭，养他有什么用？”巩阿岱还曾出面告发郑亲王济尔哈朗，使其获罪降爵。在风云多变的政治舞台上，巩阿岱左右逢源，背主卖友，一味钻营，得封固山贝子，官至吏部尚书。他在多尔衮面前，最受信任，也因此积怨甚深。一旦冰山倾颓，巩阿岱等人的下场也就可想而知了。
多尔衮死后，济尔哈朗先是利用巩阿岱兄弟反戈一击，将多尔衮定罪，继而清算了他们的老账。结果，巩阿岱、锡翰以“党附睿王，媾陷忠良”等16条大罪伏诛；拜音图也受到牵连，被削爵、幽禁，黜去宗籍（废除宗室资格）。直到嘉庆四年（1799），嘉庆皇帝才下令恢复巩阿岱后裔的宗籍。鸦片战争后代表清政府与英国签署《南京条约》的云贵总督伊里布，就是巩阿岱的七世孙。
再次，争取理政三王。多尔衮主政，在打压济尔哈朗的同时，重用依附自己的巽亲王满达海、端重亲王博洛、敬谨亲王尼堪。三王都是清太祖努尔哈赤的孙辈，多尔衮、济尔哈朗的侄辈。满达海是礼亲王代善的儿子，博洛是饶余郡王阿巴泰的儿子，尼堪是广略贝勒褚英的儿子。顺治七年，多尔衮任命三人为理政三王，协助自己处理朝政。多尔衮死后，济尔哈朗首先拉拢三王联名追论多尔衮的罪状，三王深知多尔衮一派大势已去，就顺水推舟，在伯父济尔哈朗主持下联名向福临举发多尔衮。
清算多尔衮一派，是济尔哈朗一生最大的贡献。此举结束了自皇太极逝世以来、长达数年之久的皇室内斗，还大权于皇帝，使清朝在入关之初、百废待兴的关键时期实现了政治稳定，对以后的发展产生了深远影响。
第三件事，急流勇退，保持晚节。福临亲政时只有14岁，郑亲王济尔哈朗通过清算多尔衮一系，地位尊显，一时权势集于一身，但他并没有去追求多尔衮生前那样炙手可热的权势，而是选择了功成身退。所以在福临亲政后，他的称号也只是“叔和硕郑亲王”，不再主掌朝政。福临对这位伯父则非常尊敬，凡他的上疏、建议，福临都认真对待，积极采纳。
济尔哈朗晚年，身体日渐不支。顺治十二年（1655）五月初，病情加剧。福临在他临终前亲往探视，流着泪问：“叔王还有遗言吗？”济尔哈朗老泪纵横地回答：“臣受三朝厚恩，未能仰报，不胜悲痛。只希望早日取云贵，灭桂王，统一四海。”济尔哈朗到临终，惦念的还是国家的统一大业。福临听了伯父这番话，更加悲痛，仰面大呼：“苍天啊！为什么不让朕的伯父长寿呢？”说罢又大哭。群臣急劝福临回宫。福临出房门，又坐在王府院内大哭，许久不忍离去。初八日，济尔哈朗病逝，葬在北京西直门外的白石桥。福临对济尔哈朗的死，悲痛不已，诏令休朝七天，赠祭葬银万两，置守陵园十户，并为他立碑纪功。
郑亲王府位于北京西城区大木仓胡同。府邸建成后，历代袭王有所修缮或扩建。需要指出的一点是，郑王府曾一度改换主人，后又失而复得。咸丰十一年（1861）辛酉政变后，十三代郑亲王端华被赐自尽，同时世爵降为不入八分（所谓八分，指八旗旗主有均分财产、人口、土地的特权）辅国公，郑王府被收回，改赐钟郡王奕詥。同治三年（1864），恢复郑亲王世爵，同治七年，袭王承志搬回发还的郑王府。郑王府现为国家教育部办公地点。