在清朝王爷中，恐怕没有谁留下的千古谜团比多尔衮多：努尔哈赤死时，他的母亲阿巴亥是被逼殉死还是自尽？他担任摄政王，孝庄太后是否下嫁于他？他称“皇父摄政王”的真实含义是什么，是否太后下嫁的旁证？他一生多病，39岁猝死塞外的病因是什么？还有，他死后先是被追封为皇帝，为什么又在一夜之间被焚骨扬灰，成了死不足赦的罪人？这些谜团，至今扑朔迷离，给后人留下了极大的想象空间。
生母殉葬之谜多尔衮的母亲阿巴亥，乌拉那拉氏，是清太祖努尔哈赤的第四个妻子。她是海西乌拉部长满泰贝勒的女儿，生于明万历十八年（1590），12岁嫁努尔哈赤。当时，努尔哈赤已43岁。两年后，大妃（大福晋）孟古姐姐叶赫那拉氏（皇太极之母）病逝，努尔哈赤很快立阿巴亥为大妃。她先后生下努尔哈赤的第十二子阿济格、第十四子多尔衮、第十五子多铎。后金天命五年（1620），努尔哈赤因阿巴亥倾心于大贝勒代善，与她愤而离异。但感情难以割舍，不久又与她复婚。天命十一年（1626）八月，努尔哈赤在返回盛京途中病危，速召阿巴亥。她立即乘船沿浑河而下，在船上与努尔哈赤相见。行至距盛京尚有40里的叆鸡堡，努尔哈赤病逝，遗体当夜急送盛京。努尔哈赤临终前，对阿巴亥仍充满眷恋。但她做梦也想不到，努尔哈赤撒手尘寰之日，也就是她死期来临之时。
关于阿巴亥的死，在清朝的官修史书中就有不同说法。
在成书最早的《清太祖武皇帝实录》中，阿巴亥被描绘成容貌艳丽，却心怀嫉妒的人，因此屡屡引起努尔哈赤不悦。努尔哈赤担心自己死后，阿巴亥会危害国家，所以，预先遗言给年长诸子，到时候必须令她殉死。就在努尔哈赤死去的第二天清晨，努尔哈赤年长诸子代善、皇太极等告诉阿巴亥，按照父亲遗言，她必须自尽，以便死后继续服侍他。当时，阿巴亥只有37岁，丰姿绰约，正值盛年。基于对人生的留恋和对爱子的牵挂，她百般支吾，不愿殉死。代善、皇太极坚持必须遵从先帝遗命。阿巴亥被逼无奈，只好盛装打扮，佩带珠宝饰物，请求诸贝勒善待两幼子多尔衮、多铎，随即在辰时（早晨7—9时）自尽。阿巴亥死时，阿济格22岁已经成年，多尔衮15岁，多铎13岁。但这种有意丑化阿巴亥的说法，似乎有些牵强，因而有研究者推测，这部编写于清太宗时代的《实录》企图隐瞒历史上的某些真相。
根据朝鲜史籍《春坡堂日月录》记载，努尔哈赤临终时，曾遗命由幼子多尔衮继承汗位，代善为摄政。但努尔哈赤死后，代善支持皇太极登极。为确保多尔衮母亲不加反对，必须逼迫其自尽。还有一种说法，努尔哈赤并未确指继承人，但他曾明确宣布，日后将由掌管八旗的八和硕贝勒共同执政，并从中推举一名新汗。努尔哈赤死时，阿济格、多尔衮和多铎各领一旗。其他和硕贝勒担心，在其母阿巴亥的支持下，他们三人联合在一起，力量会变得十分强大。因此，四位年长的和硕贝勒代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极，才决定阿巴亥必须自尽。如果这种推测言之成理，阿巴亥应是被迫自尽的，并非遵照努尔哈赤的遗诏。所谓“遗诏”，纯属伪造。《实录》中有关阿巴亥的记述，也是无中生有。
此后，关于多尔衮生母的记载，在清朝官修史书《实录》中几经修改。
清朝入关后，顺治帝福临年幼，多尔衮总摄朝政，权势达到顶点，他追谥其母为“孝烈武皇后”，并配享太庙。他还命令编写本朝历史的史官，从《实录》中删除不利于其母的记载。然而，一旦多尔衮逝世，在诸王罗致他的诸多“罪状”中，就包括篡改历史、使其母配享太庙。随即，“孝烈武皇后”的谥号被追夺，并重新恢复了《实录》中已被删除的有关阿巴亥的内容。
最后，在乾隆年间编纂的《清太祖实录》的最后定本中，关于阿巴亥的死，做了新的解释：一是否定了努尔哈赤生前有遗嘱的说法，“上（指努尔哈赤）于国家政事，子孙遗训，平日皆预定告诫，临崩（死）不复言及”；一是对阿巴亥的死做了含糊其词的处理，只用了“以身殉焉”四个字。至于是被逼殉死，还是主动殉死，完全没有交代。但如此更改，难免有欲盖弥彰之嫌，说明阿巴亥的死，很可能是诸王矫诏，逼她殉死。
太后下嫁之谜
在北京东北方向大约120公里的清东陵，分别安葬着顺治、康熙、乾隆、咸丰、同治五位皇帝以及他们的后妃。在陵区周围，一道长达20公里的“风水墙”将大大小小150多个陵墓紧紧地围了起来，给人一种生死不离的印象。然而，惟独昭西陵建在风水墙外面。陵中安葬的是清太宗皇太极的大妃——庄妃，也就是顺治帝福临的生母和康熙帝玄烨的祖母孝庄皇太后。孝庄皇太后一生历经四个朝代，竭力辅佐两代幼主，受到清代皇室的尊崇。
孝庄太后是清东陵所有入葬者中辈分最高的一位。她为什么没有与丈夫皇太极合葬在盛京的昭陵，而与自己的儿子、孙子葬在了一处？又为什么没有葬在东陵内，而是葬在陵园外？这些疑问，还关联着一个更大的谜团——“太后下嫁”公案。孝庄太后与多尔衮是否成亲，二人究竟是一种什么关系，至今仍是史学界争论不休的疑案之一，而且是清史三大谜团（太后下嫁、顺治出家、雍正夺嫡）中最聚讼纷纭的一个。
孝庄太后布木布泰（1613—1687），博尔济吉特氏，是科尔沁蒙古贝勒寨桑的女儿。科尔沁蒙古是最早归附后金政权的蒙古部落之一。为了巩固这种政治联盟关系，寨桑采取联姻的手段先后将自己的妹妹和女儿嫁给了后金贵族。后金天命十年（1625），13岁的布木布泰嫁给了33岁的皇太极。11年前，她的亲姑姑哲哲已嫁给皇太极为大福晋。9年后，皇太极又娶了她的姐姐海兰珠。所以说，她们姑侄三个共侍一夫。
崇德元年（1636），皇太极改国号为大清，在盛京称帝。分封五宫后妃时，布木布泰被封为庄妃，位居西宫，她的姑姑哲哲位居中宫，后入宫的姐姐海兰珠被封为宸妃，位居东宫。崇德三年（1638）正月，最受皇太极恩宠的宸妃生的皇八子夭折。无巧不成书，两天后庄妃生的皇九子福临呱呱落地，给悲痛中的皇太极以极大的安慰。福临即位后，尊她为皇太后。
关于多尔衮与孝庄太后的关系，历来有种种传闻和猜测，最有名的是“太后下嫁”。民国初年出版的《清朝野史大观》中，把太后下嫁多尔衮写得绘形绘色，说当时太后年纪尚轻，美冠后宫，性尤机智，担心多尔衮一手遮天，危及福临皇位，于是毅然下嫁多尔衮，宁肯牺牲一身，以成大业。此说一出，在民间不胫而走，以致地无南北，人无老幼，凡爱述故老传说者，无不能言之。但因为缺乏充分的证据，对此说表示质疑的也大有人在。时至今日，关于“太后下嫁”依旧众说纷纭。
不妨把主张太后下嫁的一方作为正方，把否定这种说法的作为反方，将其正反两方的主要依据概括如下：
（1）清初抗清义士张煌言（张苍水）诗集中有一首七绝，叫做《建夷宫词》，中有四句：
正方认为，诗中明确提到太后下嫁，是一条最有力的证据。反方认为，努尔哈赤出自建州女真，《建夷宫词》把建州即满族称作“夷”，明显带有民族偏见。当时张苍水在江南拥南明抗清，与清朝势不两立，他的诗词对清廷极尽丑诋之能事，捕风捉影、无中生有，都是可能的，不能作为历史的证据。
（2）顺治五年（1648），多尔衮由“叔父摄政王”进为“皇父摄政王”。正方认为，“皇父摄政王”虽不是高一级爵位名称，却证明多尔衮已从福临的亲叔成为他的父亲。反方认为，古代君主尊臣，有“尚父”、“仲父”等说法，所以“皇父”虽有“父”字，并不能作为太后下嫁的确据。
（3）1964年刘文兴所撰《清初皇父摄政王多尔衮起居注跋》一文提到，清末宣统年间，他的父亲刘启瑞受命翻检内阁库藏，曾看到顺治时太后下嫁皇父摄政王诏，于是奏报朝廷。正方认为，这是一条确凿证据。反方认为，拿不出太后下嫁诏书的实物，就不能认定“太后下嫁”。还有刘启瑞的老同事说，曾向刘问及此事，刘坦言为制造热点卖文谋得稿费。
（4）蒋良骐写的《东华录》一书中，引顺治八年（1651）郑亲王济尔哈朗等检举多尔衮生前“谋篡大位”奏疏中，有“自称皇父摄政王，又亲到皇宫内院”语。正方认为，这是多尔衮与太后成婚的隐讳说法。反方则称，多尔衮因公也好，因私也好，都有入宫与太后商量的可能，不能因此说明太后下嫁。
（5）孝庄太后死于康熙二十六年（1687），没有与皇太极合葬在盛京昭陵，而是葬在河北遵化的东陵。正方认为，太后因下嫁之故，心有愧怍，与亡夫无颜相见地下，所以与儿子福临葬到一处。反方认为，太宗昭陵，已有孝端皇后合葬。第二后另葬别处，在清代就有不少，如顺治帝的孝惠后、雍正帝的孝圣后（乾隆帝生母）、嘉庆帝的孝和后、道光帝的孝静后、咸丰帝的孝贞后、孝钦后（即慈禧太后）等，都没有与丈夫合葬，而是各随己意择定葬地，为什么孝庄太后不能以遗言自指葬地呢？所以不能因此把这作为“太后下嫁”的证据。
（6）满洲早期曾流行兄死弟娶其嫂的旧俗。正方认为，孝庄太后中年丧偶，春花秋月，嫁给年龄相仿的多尔衮，以嫂嫁弟，顺理成章。反方认为，存在弟妻其嫂的风俗，不等于多尔衮就一定娶了其嫂。这完全是两回事。
还有人指出，联系多尔衮身后遭到清算一事，不难破解“太后下嫁”的疑团。如果太后确实下嫁了多尔衮，在多尔衮尸骨未寒的情况下，谁敢出来陷害他？换句话说，如果多尔衮确实娶了孝庄太后，他就成了顺治帝的继父。顺治帝如此丑诋继父，不就等于承认自己曾经认贼作父吗？
争执归争执，事到如今，“太后下嫁”之案的真相依旧笼罩在重重迷雾中。归根结底，执论双方都缺乏充分的证据，谁也说服不了谁。“太后下嫁”因此成为影响广泛、争论不休、为后人所痴迷、为影视所热衷的千古之谜。
塞外猝死之谜多尔衮摄政7年后突然死去，关于他的死因，官方史书记载含糊。
满族早先是娴于骑马射箭的民族。贵族酷好放鹰围猎，一则游乐，一则习武，寓教于乐，何乐而不为？多尔衮从小也乐此不疲。顺治元年（1644），一群日本人乘船遇险，漂流到今图门江口一带，辗转来到北京，居留一年之久，被清政府礼送回国。在他们的报告《鞑靼（ｄáｄá）漂流记》中写到：“在北京，有一次我们亲眼看到九王子（多尔衮）出城打猎，后面跟随着很多人马，带上很多大鹰，足有一千多只，实在是太多了。”多尔衮每年多次出猎，有时在郊区，有时往塞外。顺治七年（1650）十一月，多尔衮出猎古北口外，不慎坠马，膝盖受伤，涂以凉膏。
十二月初九日死于喀喇城，年仅39岁。
多尔衮正值壮年，因何而死？原因至少有三：
其一，体弱多病。用豪格诅咒他的话说，他是个“有病无福”之人。多尔衮身材细瘦，素患风疾，入关后病情日重，常常头昏目眩，一度病情加剧，以致在小皇帝面前跪拜都很困难，所以特别恩准他免于跪拜。即便疾病缠身，多尔衮仍日理万机，始终兢兢业业。他一再谕令臣下，奏章务求简明扼要，不许有浮泛无据之辞，以免徒费精神。据多尔衮自己说，他之所以体弱神疲，是由于关外松山之战时亲自披坚执锐、劳心焦思种下的病根。
其二，精神创伤。顺治六年（1649）三月，多尔衮的亲弟弟，年仅36岁的多铎因出天花而死，两个弟妹（多铎的两位福晋）坚持一同殉死；接着两位嫂子即阿济格的福晋也因出天花相继而亡。这对体弱多病的多尔衮来说，形成沉重的心理负担，冥冥中总感觉灾祸的降临。不久，他的元妃博尔济吉特氏又因天花去世。亲人们接二连三死去，犹如巨大的阴影，笼罩在多尔衮心头，他终日闷闷不乐，病情加剧。
其三，纵欲过度。俗话说“英雄难过美人关”，多尔衮这样的旷世奇才也不例外。他的妻妾究竟有多少，很难说清楚，有名分可查的至少有10个妃子（六妻四妾），其中蒙古女子6人，朝鲜女子1人。在成群的佳丽中，值得一提的有3个人：
元妃博尔济吉特氏，蒙古科尔沁部桑噶尔寨贝勒的女儿。后金天命九年（1624）她与多尔衮成婚时，多尔衮只有13岁。顺治六年博尔济吉特氏逝世。他们相濡以沫，在一起生活了25年，多尔衮对她的感情很深，追封她为敬孝忠恭正宫元妃。多尔衮去世，博尔济吉特氏又被追封为敬孝忠恭义皇后。次年追封被夺。
五妃博尔济吉特氏，蒙古科尔沁部索诺布台吉的女儿。原是肃亲王豪格的福晋。豪格被幽禁而死，多尔衮把她迎进王府，成为自己的王妃。
六妃李氏，朝鲜人，朝鲜金林郡公李开音之女，即朝鲜义顺公主。顺治七年（1650），多尔衮在迎娶豪格遗孀的同时，又派亲信去朝鲜选美，结果16岁的李氏被选中。多尔衮亲自前往迎娶，未举行任何仪式，就迫不及待地与李氏在连山成婚。不久，多尔衮就撒手尘寰。
多尔衮妻妾成群，仍不满足，还四处搜访美女，曾命八旗选美女送入王府，又曾从新归附的蒙古喀尔喀部索取有夫之妇。纵欲过度，久病缠身，这成为他猝死的又一个原因。