顺治二年（1645）三月一日，太监李继周奉弘光皇帝朱由崧之御札，将盛传正流落于苏州、杭州的皇太子接到南京。据说，太子本不愿去南京，行前曾问李继周说："迎我进京，让皇帝与我做否？"李继周说："此事奴婢不知。"皇太子入南京后，被安排在兴善寺暂住。弘光帝派两名太监去见太子，辩认真伪。两人一见太子，就抱头恸哭，脱下衣服给太子穿。弘光帝得知之后，大怒，说："真假未辩，何得便尔。"接着便处死了两名太监，并杀了李继周灭口。原总督京营太监卢九德也来探视，正视良久，不敢表态。太子呵斥道："卢九德，汝何不叩首？"卢九德下意识地跪下便叩首，说："奴婢无礼。"太子说："你才隔多长时候，肥胖至此，可见在南京受用！"卢九德只敢叩头："小爷保重。"卢九德向弘光帝的报告是："有些相像，却认不真。"皇太子在南京的消息传出去之后，引发了弘光朝的政治危机。处于长江中游的左良玉，就以护太子的名义进逼南京；在江北的黄得功、刘良佐等总兵也上疏要求善视太子。但是，弘光帝深知，如果太子是真，自己捡来的皇位可能就不保了。因此，在他的布置下，辩认工作慢慢地便朝"假太子"的方向转移。尤其是曾经充任太子讲官的王铎，更是一口咬定太子是假。最后，审讯的结果是：假太子真名叫王之明。接下来的审讯过程颇有意思。三月初八，一审问官指太子为王之明，太子说："我南来，从不曾说自己是太子，你等不认罢了，何必更名改姓？李继周持皇伯谕帖来召我，非我自来者。"三月十五日，都察院左都御史李沾提审。李沾大喊王之明，太子不应。李沾怒道："为何不应？"太子说："何不喊'明之王'？"李沾大怒，吩咐用刑，太子高呼皇天上帝。当时，南京士民都说弘光朝廷欲绝先帝血脉。因此，到最后弘光政权虽然不承认太子的真实性，却也不敢加害太子。五月十日，清军大举南下，弘光帝逃到了太平府。南京市民冲入监狱，殴打王铎，放出太子，并拥太子登上皇位。只可惜5天之后，清军即进入南京城。当时，清军的统帅多铎问："太子何在？"投降的弘光朝大臣们说："太子是假的，真名叫王之明。"多铎笑道："逃难之人，自然改姓易名，若说姓朱，早就被你们杀了。"一名降臣说："太子原也不承认自己叫王之明，是马士英安排下的。"多铎笑道："奸臣！奸臣！"五月二十五日，多铎设宴招待刚擒获的弘光帝，并将他的位置安排在皇太子之下。皇太子对弘光帝说："皇伯手札召我来，反不认，又改姓名，极刑加我，岂奸臣所为，皇伯或不知？"弘光帝支支吾吾，不敢出声。几个月以后，多铎将太子和弘光帝都带往北京，随后都被清廷处死。
皇太子案刚结束，清初又接连出现了朱三太子案。顺治八年（1651），有冒称崇祯第三子名朱慈焕者；康熙十二年（1673），有名杨起隆者冒称朱三太子；康熙四十六年（1707），又有化名王士元者，自称为朱三太子朱慈焕，后被凌迟处死；康熙六十年（1721），朱一贵之子自称朱三太子，聚众造反。因此，朱三太子案先后出现四次。但是，朱三太子到底是思陵
不是指思宗的第三子？思宗的第三子名朱慈炯，即定王。按照皇位继承的顺序来说，皇太子既已被杀，则年龄最大的皇三子朱慈炯是最合法的明朝皇位继承人，这也就是"朱三太子"名字吸引人之处。还有一点，朱三太子案中两次指朱三太子为"朱慈焕"，而不是真正的皇三子"朱慈炯"。原因何在？朱慈焕是思宗的第五子，生5岁即病死。据《明史》记载，朱慈焕死前曾对思宗说："九莲菩萨说:'皇上待外戚太薄，将让他的儿子都死掉。'"九莲菩萨即神宗的生母李太后。思宗觉得此事奇怪，便封朱慈焕为"玄机慈应真君"。所以，朱三太子案中频频以朱慈焕为号召，大概是因为此类活动多依托于民间宗教，所以朱慈焕"玄机慈应真君"的身份具有更大的蛊惑力，应当与真正的皇子没有什么关系。
朱由检个人小档案
姓名：朱由检出生：万历三十八年（1610）十二月
属相：犬卒年：崇祯十七年（1644）
享年：35岁在位：17年
年号：崇祯谥号：庄烈愍皇帝
庙号：思宗，后改毅宗、怀宗陵寝：思陵
父亲：朱常洛母亲：刘贤妃
初婚：18岁配偶：周皇后
子女：7子，6女继位人：无
最得意：除魏忠贤最失意：面对内忧外患，无法应对
最痛心：亡国自杀最不幸：幼年丧母；手刃亲女
最擅长：猜忌