思宗能除去魏忠贤，固然说明了明代皇权的至高无上地位，再有权势的宦官，其实只是能借助皇权为恶罢了，很难动皇权分毫。然而，思宗在除去魏忠贤过程中所表现出来的胆略，还是令人钦佩。紧接着钦定逆案，无疑更进一步肃清了魏忠贤的政治影响。这些，都体现了思宗的远见卓识。然而，思宗以一己之力除魏忠贤一事，显然让他对于自己的政治才能产生了过高的估计。他在此后十余年的统治中，事事独断，事事亲为，过度迷信自己的能力。这样，思宗的自信，慢慢地变成了自负，变成了刚愎自用。所以，一方面他成为明代最勤袁崇焕像政的皇帝之一，但另一方面，他的事事亲为却没有收到很好的效果。正如他自己所说，他虽然不是亡国之君，但事事乃亡国之象。然而，崇祯帝之亡国，未必与己无关，如杀袁崇焕一节，即是愚蠢的自毁长城之举。
多疑：杀袁崇焕
思宗的多疑，在明代历史中也是有名的。在他即位不久，就曾经有一个名叫陕嗣宗的御史上疏指出思宗的性格中有"五不自知"，其中有一条即"日涉于猜疑而不自知"。在处理袁崇焕问题上，思宗从极度信任逐渐转为极度生疑。
袁崇焕，字元素，号自如，祖籍广东东莞县，落籍于广西藤县。由于是南方人，思宗私下里称他为"蛮子"。明代两广并不是文化发达的地域，所以当地出身的官员倒确有另外一种气质。像出身于广东琼州府（今海南省）的海瑞，也曾经是一代名臣。袁崇焕的才能，体现在军事方面。即使在他被杀之前的一段时间，思宗仍是以为"守辽非蛮子不可"。可以说，他是明末最善于与后金军队作战的明军将领。他是一名文臣，万历四十七年（1619）的进士，却在天启六年（1626）就做上了肩负东北防务重任的辽东巡抚。这充分说明了他的军事才能。曾经向思宗推荐过袁崇焕的官员吕纯如，对袁崇焕就有"不怕死，不爱钱"的评价。"文官不爱钱，武官不怕死"，就足以开出一个太平盛世来。明代的边将中，不贪财的极少。像万历年间著名的边将谭纶、戚继光，都非常善于敛财。明代的许多次兵变，多半是因为边将的贪财和克扣军饷造成的。因此，袁崇焕"不爱钱，不怕死"的性格，也就决定了他必然能够取得士兵们的拥戴。袁崇焕的军队在明末也就成为最能作战的军队。
从万历四十七年（1619）的萨尔浒之战后，在明军与后金军队的力量对比中，后金军队明显占据优势。幸好宁远一战，袁崇焕用新式武器红衣大炮胜了一次，暂时使辽东战局在天启六年出现转机。但是，袁崇焕很快被魏忠贤罢免。思宗即位，在处理完魏忠贤一事之后，便全力应付辽东战局。天启七年（1627）十一月重新召还了袁崇焕。次年元月，即任命袁崇焕督师蓟辽，兼督登莱天津军务，等于是将辽东的防务全部委托给了袁崇焕。然而仅仅3年过后，崇祯三年（1630）三月十六日的下午，袁崇焕便在京城的西市被凌迟处死，然后传首边关示众。这可说是思宗统治期间最大的冤案。历史学家们对袁崇焕之冤死，有过许多的解释，例如袁崇焕"五年平辽"的夸夸其谈、擅杀毛文龙、党争的后遗症、皇太极的反间计，这些恐怕都是致袁崇焕于死地的重要原因。但是，杀袁崇焕的决定，毕竟是由思宗亲自做出，而且立即派刑部侍郎涂国鼎前去执行，更可怕的是实行非常残忍的凌迟之刑。对比3年前的平台召见、君臣面晤、赐尚方宝剑，已是天壤之别。其间变化，固不能没有思宗的心理因素。所谓外因通过内因起作用，若不是思宗素来多疑，皇太极的反间计也未必能成功。关于皇太极的反间计，阎崇年先生在其《正说清朝十二帝》中曾经细述过，无非是效仿《三国演义》中周瑜利用蒋干盗书的模式，让俘来的宦官杨某偷听得"袁经略有密约"的对谈，再纵杨某逃跑。杨某一回京城向思宗汇报，自然袁崇焕便麻烦了。况且，此事又发生在后金军队逼近京城之时。
袁崇焕在崇祯元年（1628）七月接受皇帝召对时，夸下"五年平辽"的海口。这不但让皇帝欣喜，更让在旁的大臣们惊讶。因为，在当时明朝与后金的对抗中，明军能在辽东抑住后金军队的进攻，已属不易。"五年而辽东外患可平，全辽可复"的豪言壮语，无异梦呓。袁崇焕这么说，据他自己讲，不过是为了"聊慰上意"，暂时宽慰宽慰思宗而已。然而，思宗是一个急于求功、遇事刻苛的主子，到时可是要循名责实的。平心而论，袁崇焕在辽东宁远、锦州一线的防卫布置得很好。所以，最终后金军队选择进攻的路线是绕过宁远、锦州一线，从蓟门南下，进逼京师。崇祯二年（1629）十月下旬，后金军队10万到达遵化城下，距京师不过二三百里。十一月初一日，京师戒严。袁崇焕的反应是立即命山海关总兵赵率教增援，然后自己也于十一月初五日率兵入关。按照当时总督京城防卫的大学士孙承宗的意见，明军应当拒敌于顺义、蓟州、三河一线，而不应退守通州、昌平。但是，袁崇焕先是没有设法阻截后金军队，接着又退守京城。十一月十六日，袁崇焕的大军到达京师广渠门外。这样，袁崇焕此举无异于纵敌深入，而京城内外的官民因此更受骚扰。一时间，谣言四起，说袁崇焕与后金有密约在先，是故意引后金军队入关的。这也是后来袁崇焕被处死时遗体被民众"抢食"的原因。皇太极及其谋臣范文程策动了除去袁崇焕的反间计，也许正是受当时谣言的启发。思宗对于袁崇焕的容忍与信任，伴随着宦官杨某的入告，肯定也荡然无存了。十一月二十日，满桂在德胜门，袁崇焕在广渠门，同时与后金军队开战。满桂退守德胜门之瓮城，而袁崇焕身先士卒，将皇太极逼退。二十三日，袁崇焕入城晋见皇帝，请求像满桂一样，辽宁兴城祖氏牌坊（思宗为表彰祖大寿、祖大乐的军功而建）