"神明自运"四字，是明末清初松江（今上海市）名士夏允彝对思宗除去太监魏忠贤一事的评价。稍后的历史学家如谈迁等人，对于思宗在除魏忠贤一事上所表现出来的稳重、魄力，都叹赏不已。的确，在天启末年和崇祯初年，思宗的政治才能曾昙花一现般绚丽夺目。他在接替自己的长兄朱由校的皇位之后，很快进入角色，并顺利排除一切影响他皇位和执政的因素。在明代历史中，思宗干得最漂亮的一件事，无疑是在不动声色中除去了权倾朝野的魏忠贤。天启七年（1627）八月二十四日，天启皇帝死后的第三天，朱由检正式即皇帝位，定次思宗手书"九思"
年改元崇祯。当时，魏忠贤以司礼监秉笔太监提督东厂。魏忠贤的亲信田尔耕为锦衣卫提督；崔呈秀为兵部尚书。朝廷内外自内阁、六部乃至四方总督、巡抚，遍布魏忠贤的死党。魏忠贤不敢公然加害思宗，只是因为明代皇权的权威而不敢轻举妄动，但是，暗中的毒害还是有可能的。所以，思宗在八月二十三日入宫当天，一夜未眠，取来巡视宦官身上的佩剑以防身，又牢记皇嫂张皇后的告诫，不吃宫中的食物，只吃袖中私藏的麦饼。整个宫中，都处在一种非常恐怖和压抑的气氛当中。登基之后的思宗，深知要除去魏忠贤，必须要首先稳固自己的地位并保证自己的安全。他一面像他的哥哥朱由校一样，优待魏忠贤和客氏，一面将信王府中的侍奉宦官和宫女逐渐带到了宫中，以保证自己的安全。
魏忠贤对于思宗，则始终无法揣透其心意。他不知道新上任的皇帝，到底将如何对待他。他的策略，就是送一些美女给思宗。思宗在明代皇帝中有一个特点，就是不怎么好色。在当时战战兢兢的心态下，思宗自然对美色更无兴趣了。据说，思宗怕引起魏忠贤的担心，将魏忠贤送来的4名绝色女子全部留了下来，但却仔细地将4名女子都搜了身。结果，4名女子的裙带顶端都系着一颗细小的药丸，宫中称为"迷魂香"，实际上是一种能自然挥发的春药。思宗命4人将药丸毁去。魏忠贤千方百计地想导引思宗做一个荒淫的皇帝，一计不成，另生一计，就派一个小太监坐在宫中的复壁内，手中持"迷魂香"，使室中自然氤氲着一种奇异的幽香，以达到催情的效果。这一招，同样被思宗识破，并大发感叹说："皇考、皇兄皆为此误矣！"既然美色无法打动思宗，魏忠贤于是干脆采用更赤裸的试探方式。这时，一思宗手迹些无耻的臣工们仍然不停地上疏为魏忠贤大唱颂歌，思宗读这些奏疏的时候，总是"且阅且笑"。魏忠贤于是在九月二十五日向皇帝上了一道《久抱建祠之愧疏》，向皇帝请求停止为他建造生祠的活动。思宗的批复是不温不火："以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。"这样一次顺水推舟之举，便抑止了朝野上下对于魏忠贤的进一步崇拜，而又不致引起魏忠贤的恼怒。相反，思宗还不断地嘉奖魏忠贤、王体乾、崔呈秀等人。自然，思宗心中明白，这一切早晚都会收回来的。他在静静地等候时机，却又暗暗地削弱魏忠贤的影响力。
政治斗争是非常微妙的。也许，当时朝廷中的大臣们，都在寻思保全自己的良策，有投机的，有不动声色的，有戆（ｚｈｕàｎɡ）直冒死直谏的。因此，最后倒魏的时机竟然首先是由魏忠贤的党羽发动的。天启七年（1627）十月十三日，御史杨维垣上疏弹劾崔呈秀，却美化"厂臣"魏忠贤--"呈秀毫无益于厂臣，而且若为厂臣累。盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪，厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知恃权纳贿"。这摆明了是丢车保帅之策。思宗自然知道时任兵部尚书的崔呈秀在阉党中的分量。崔呈秀在魏忠贤门下号称"五虎"之一，是魏忠贤的得力干将。而且，由于是魏忠贤的亲信，崔呈秀的儿子崔铎虽然目不识丁却还能中进士。逐去崔呈秀等于断了魏忠贤一臂。在静候了7天后，思宗决定免除崔呈秀的兵部尚书一职，令他回乡守制。此一举动，等于是掀开了倒魏的大幕。敏锐的官员们觉察到政治局势的动向，于是揭发和弹劾魏忠贤的奏疏开始接二连三地出现。十月二十二日，工部主事陆澄源弹劾魏忠贤；十月二十四日，兵部主事钱元（què）弹劾魏忠贤；十月二十五日，刑部员外郎史躬盛弹劾魏忠贤。直到二十六日，思宗一直不动声色，任由着臣工们攻击魏忠贤的高潮一波胜过一波，中间还得面对魏忠贤的哭诉，依然无动于衷。十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏攻击魏忠贤十大罪状：一，并帝；二，蔑后；三，弄兵；四，无二祖列宗；五，克削藩封；六，无圣；七，滥爵；八，掩边攻；九，伤民财；十，亵名器。应当说，钱嘉征此疏并不是空洞的议论，十条罪名大都可以坐实。于是，思宗立即开始行动，召魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读了钱嘉征的奏疏。魏忠贤"震恐伤魄"，立即去找了他的赌友--原信王府太监徐应元，讨教对策。徐应元劝魏忠贤辞去爵位，也许可以保富贵。次日，魏忠贤请求引疾辞爵，得到思宗的允许。十一月初一日，思宗斥责徐应元，并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香。然而，魏忠贤是过惯了有权有势生活的人，出京的时候竟然还带着卫兵1000人、40余辆大车浩浩荡荡地向南去了。一个戴罪的宦官竟然还敢如此跋扈，无疑进一步刺激了思宗敏感的神经。于是，思宗接着下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。十一月初六日，在阜城县（今河北阜城）南关的旅舍中，亲兵散尽的魏忠贤孤零零地呆在旅馆里，听着旁边房间里一位书生的《桂枝儿》小曲。只听得"势去时衰，零落如飘草……似这般荒凉也，真个不如死"，魏忠贤在旅馆中绕房疾走，自缢而亡。从此，树倒猢狲散，清算魏忠贤余党的行动也很快就着手进行了。在思宗的一再严厉督责下，崇祯二年（1629）三月十九日，所谓阉党逆案终于定谳（yàn）。