继张居正而任首辅大学士的张四维、申时行，目睹张居正生前的宠荣和死后的受辱，自然再不敢以张居正为榜样。因此，曾经以才干受张居正赏识的申时行，深知伴君如伴虎的道理，吸取张居正的教训，一方面顺从皇帝，一方面用诚意打动整个文官政府。一句话，申时行是一个典型的和事佬。这位来自富饶的苏州府长洲县的嘉靖四十一年（1562）状元，正如他的字"汝默"一样，力求清静，但也被人视为"首鼠两端"。他在任上，开创了两项很恶劣的先例--章奏留中和经筵讲义的进呈，他也因此被人批评为要为神宗的"荒怠"负责。章奏留中，就是皇帝对于大臣们送上来的奏疏不予理睬，放在宫中，既不批示，也不发还。经筵讲义的进呈，就是皇帝不需要参加经筵，经筵讲官们只需要把他们的讲义送到宫中就可以了。这两件惯例的养成，就彻底地切断了皇帝与大臣们交流的渠道。其实，要让申时行为神宗的荒怠负责，无疑是不公平的。皇帝既要亲政，大臣们就应当无为；皇帝既要无为，大臣们就更应当谦逊地表示顺服。这才是神宗的心态。从某种意义上来说，神宗从他的祖父那里隔代遗传下来的，除了自大心理之外，还有乾纲独断的心态。神宗是一个权力欲极重的人，而且，与他的父亲不同，他不是一个平庸的君主。实际上，万历一朝的大事，如万历三大征，还都是在神宗的布置下进行的。所谓万历三大征，是指在东北、西北、西南边疆几乎同时开展的三次军事行动：平定拜叛乱；援朝战争；平定杨应龙叛变。
拜是蒙古鞑靼部人，嘉靖年间投降明朝边将郑印，后来官至宁夏副总兵。万历十七年（1589），拜以副总兵致仕。儿子承恩袭为指挥使，充巡抚门下旗牌官。拜私下里蓄养了一批奴仆，组成一支苍头军，见明军兵马不整，就有反叛之心。万历二十年（1592）二月，拜与结义兄弟刘东同时发难，杀宁夏巡抚党馨，缴去总兵张维忠的印信。刘东自任总兵，承恩为副总兵，拜为谋主，扯旗反叛，企图占据宁夏，自为一个割据政权。当时，朝廷对于蒙古的羁靡政策因俺答汗之死，渐渐失控。拜勾结河套的蒙古骑兵，企图联成一气。明朝总督魏学曾一方面切断河套的蒙古骑兵与拜之间的通道，一方面围住宁夏。在朝廷李成梁镇守辽东的纪功石坊，神宗命大臣各献平叛之策。当时的兵部尚书石星提出的方案是掘开黄河之堤，以黄河之水灌淹宁夏城，则"一城之人尽为鱼鳖"；御史梅国桢推荐原任总兵李成梁前往平叛；甘肃巡抚叶梦熊请命讨贼。神宗后来对于三种方案竟然都能接受，一方面命叶梦熊赶赴宁夏；一方面命李成梁出征宁夏。李成梁当时在辽东，便命其子李如松前往。神宗还下命悬赏缉拿拜等人。到了六月，宁夏城外已经有魏学曾、梅国桢、叶梦熊、李如松等数支大军，由魏学曾统一调度。但是，魏学曾束手无策，力主招安。这让神宗大怒，以为堂堂天朝竟然奈何不了些么小丑，成何体统？七月，神宗在接到监军御史梅国桢的军情报告后，果断地以叶梦熊取代了魏学曾，并将魏学曾逮回京城，并直接部署："决（黄河）水灌城之谋，毋得异同误事。"既然最高当局已经下令灌城，前方的将领自然再无异议。于是，当初在反对俺答封贡中似乎没有多少远见的叶梦熊，这时显得非常有胆略。他在七月十七日之前，围着宁夏城筑了一道长约1700丈的长堤，将宁夏城围成一个水泄不通的池塘，然后掘开黄河大堤，向宁夏万历十八年绘《河防一览图》城灌水。八月，城中粮食短缺。同时，李如松击败了从河套来援的蒙古骑兵。九月，明军攻破宁夏城南城。但是，叛军退据的大城依然易守难攻，明军的攻势受挫。这时，一个名叫李登的卖油郎，挑着担子在街上边走边唱："痈之不决，而狃于痏（wěi）；危巢不覆，而令枭止。"监军梅国桢将他请入营中，让他带着三封书信去见承恩。李登跛一足，瞎一眼，在路上根本就不被人注意。他将一封信交给承恩，劝承恩说：氏有功于朝廷，监军深为可惜，可杀刘东以自效；接着，李登又去见了刘东、许朝，劝他们说：首乱是氏，将军为汉人，何苦代人受过？这个离间计果然成功。九月十六日，刘东杀土文秀，接着，承恩杀刘东、许朝，投降明军。九月十八日，明军进城，剿灭了拜的苍头军，拜自杀。承恩等人被押解京城。至此，宁夏平定。