计除卜万朱棣攻打怀来宋忠部之时，大宁兵马号称10万，在都督刘真、都督佥事陈亨、都指挥卜万率领下出松亭关（今河北迁安县西北），将要进攻遵化。七月二十四日，朱棣亲自率兵增援。刘真等人知道宋忠兵败怀来后，退守松亭关，拒不出战。三员主将中，刘真年老力衰，又缺乏计谋，不足为虑；陈亨是燕王的老部下，持观望态度；只有卜万英勇善战，成为燕王的眼中钉。
恰巧捉到两个大宁的士兵，朱棣遂决定使用反间计，除去卜万。他假意写给卜万一封信，对他大加赞赏永乐七年所造铜铳，极力诋毁陈亨。他命一个被俘的大宁军卒将信藏在衣领内，然后设酒席款待他，并送给他一些银两，又故意让另一个军卒看到这一切。燕王随后将二人放归。未得赏赐的士卒忿忿不平，回去后将此事上告。刘真果然在士卒身上找到了那封信，就信以为真，将卜万投入狱中，并籍没其家。卜万后来死在了狱中。
成祖朱棣是一位较有作为的皇帝，在历史长河中占有重要的位置。他的一生，文治武功不逊色于历朝君主。然而他性格暴戾，特别是在靖难之役后以极其残忍的手段大肆屠戮建文遗臣，成为他人生中无法洗涤的污点。
朱棣攻取南京后，对于那些不肯归附自己的大臣严加惩治，无所不用其极。建文帝削藩的主要谋士黄子澄，先被砍去双手、双腿，然后方将其杀死，齐泰亦被"族诛"。朱棣对抵抗最为坚决的铁铉非常愤恨，命人割下了他的耳鼻后才将其杀死，妻女充为官妓。礼部尚书陈迪和儿子等六人同日就刑，朱棣在行刑前将陈迪儿子的耳鼻割下煮熟让陈迪吃掉，并问味道如何。陈迪没有惧色，回答道"忠臣孝子的肉鲜美无比"，坦然就刑。
这些事件中，以方孝孺的"诛十族"最为惨烈。方孝孺是当时最有名的读书人，就连姚广孝也向成祖为其求情。成祖召方孝孺为其写即位诏，方孝孺坚决不从。朱棣以死相威胁，自己的性命不要了，难道还不顾及九族吗？方孝孺大义凛然，朗声回答"便十族奈我何"。成祖盛怒，将其灭门十族。自古以来，最严厉的莫过于诛九族，从来没有诛十族的先例。方孝孺墓方孝孺一案，成祖可是开了先河，空前绝后。所谓十族，就是在九族之外将朋友门生牵连在内。
不久之后，朱棣又兴"瓜蔓抄"。景清在成祖登基后并没有马上殉节，而是委身于朝班很长时间。一天，他身穿绯衣，暗藏利刃，准备行刺朱棣。朱棣见其神色异常，命人搜身，得到利刃。景清当庭辱骂朱棣，不屈而死。朱棣命人将他剥皮实草，系于长安门示众，并令用铁刷子将景清的肉一层层刷下，还把骨头打碎。他还不解气，将其灭族，街坊邻居也受到了牵连，后来乃至于和景清稍有些关系的人都被杀，犹如瓜之蔓，牵连甚广，许多无辜的人惨遭横祸。
成祖朱棣对建文旧臣的杀戮前后长达十余年，在晚年时法禁犹严，直到仁宗朱高炽即位后这种情况才得以改变。成祖实行这种近于疯狂的严法酷刑，一方面与其个性有关，但更为本质的原因则是内心的虚弱。他发动靖难之役，说到底是夺了侄子建文帝的皇位，在皇位继承的合法性上是要大打折扣的，这一点他自然心知肚明。因此，他希望能够用屠刀堵住人们的非议之口，并想尽办法证明自己是皇位的合法继承人。为此，他甚至不惜在生母的问题上做文章。
生母之谜
成祖的生母是谁，一直存在着争议，至今学术界未有定论。朱棣出生之时，正值天下大乱，群雄并起之际。朱元璋尚未建立明朝，而是忙于争夺天下，当时尚无朱棣生母的争论。等到朱棣夺位以后，关于他的生母是谁的问题突然敏感起来。自永乐时期以来，各种官方史书和野史上都对成祖生母问题有所记载和猜测。上个世纪以来，李晋华、傅斯年、朱希祖、吴晗"大明永乐年施"款铜鎏金佛像等一批知名学者都对这个问题进行了翔实的研究，就连陈寅恪这样的学术大家也对这个问题怀有兴趣，并给傅斯年提供相关史料。可见，成祖生母问题并不是一个无关紧要的问题。对于实行嫡长子皇位继承制的明朝来说，这关系到嫡庶问题，并进而关系到帝位的合法性问题。对于后世的人们而言，明白这个问题，也就多少会对明初的政治情势有所了解。
总起来看，关于成祖生母问题的说法主要有三种：
马皇后说。明成祖朱棣自称是孝慈高皇后（即马皇后）所生。马皇后，凤阳宿县（今安徽宿县）人，濠州红巾军郭子兴养女。至正十二年（1352）郭子兴将其许配给部将朱元璋。当年朱元璋受到了郭子兴的猜忌，马氏多次从中调解周旋。明朝建立后，朱元璋册封她为皇后，对她十分信赖，多次听从她的意见宽免大臣过错，因此有人将她与历史上的贤后唐代长孙皇后相提并论。
《太祖实录》和《太宗实录》都说朱棣为马皇后所生，后来的史籍如《明史》等正史多因循这种说法。
但是除朱棣外，马皇后亲生皇子都有谁，又有着不同的解释。一种说法认为马皇后生懿文太子、秦王、晋王、燕王、周王。朱棣在夺取皇位后，马上让人编了一部叫《奉天靖难记》的书，为自己篡夺皇位辩解。该书开卷就标榜自己是马皇后的嫡子："今上皇帝（指成祖朱棣），太祖高皇帝第四子。母孝慈高皇后生五子：长懿文太子，次秦王，次晋王，次今上皇帝，次周王也。"还有一种说法认为马皇后只亲生燕王，周王，懿文太子、秦王、晋王都不是马皇后亲生。其实仔细推敲起来就会发现，《太祖实录》为成祖朱棣所修（成祖为了抹杀自己即位前的真实事实，曾两次改修《太祖实录》，删减篡改之处甚多），《太宗实录》为宣宗所修北京觉生寺永乐大钟，其中自然也有粉饰的成分，当然宣称朱棣为马皇后的嫡子