真正表明朱棣迁都决心的是在永乐七年（1409）。这一年，朱棣巡幸北京。这次巡幸，朱棣在自己身边设置了行在六部、都察院，与南京各自形成一套系统。另一件事更可以彰显他的心迹，即为徐皇后在北京选建陵寝。徐皇后于永乐五年（1407）病逝。对于这位与他同甘共营建紫禁城所用斗尺苦、患难与共的徐皇后，朱棣并没有把她安葬在南京，而是在北京昌平为她建造陵寝，也就是后来他也下葬的长陵。细细品味，就会发现朱棣已经决计要回到他兴起的地方。
经过十几年的经营，北京的经济得到了繁荣，疏通的运河保证了粮食的运输，北京周边的军事防御力量也得到了加强等，这些前期措施使得迁都北京水到渠成。永乐十四年（1416）十一月，朱棣公布了迁都的想法，自然得到了朝臣的一致拥护。永乐十五年（1417）开始大规模营建北京，至十八年基本完工，前后用了三年多的时间，永乐十九年（1421）正式迁都北京。
然而事情并非一帆风顺。永乐十九年四月初八日，北京新宫中的奉天、谨身、华盖三大殿遭雷击起火，化为灰烬。朱棣以为是上天示警，下诏求直言反省。其实许多大臣家在南方，本来就不愿意迁都，因此借此事交相上疏反对迁都。朱棣很不满，甚至杀死了言辞激烈的萧仪。反对迁都的大臣不再敢指责皇帝，转而攻击那些拥护迁都的大臣。双方争辩激烈，朱棣命他们于午门外跪着辩论。户部尚书夏原吉为稳定局面，主动将责任承担下来，才逐渐缓和了矛盾，迁都之议平息下来。
可以说，朱棣能够最终夺取皇位，并实现了很多不平凡的功业，除去一些有利的客观因素外，更与他个人的雄才大略分不开。
智谋：计定江山
成祖一生，智谋过人，历史上流传有很多关于他的智谋故事。
自投罗网年轻的建文帝即位后，一口气削夺了五个藩王。虽然燕王尚未被削，但是他的周围已经布满了新皇帝的诸多眼线，北平也被重兵包围，形势岌岌可危。朱棣没有坐以待毙，私下里培养了一批死士，还在燕王府里打造兵器，但这些进行得十分隐秘。他在王宫后苑修建了很大的地下室，圈以高大的围墙，围墙下埋着缸瓮，以防止声音传到外面。同时养了许多鸭鹅，用鸭鹅的叫声掩饰打造兵器和操练的声音。
十三陵大红门
没有不透风的墙，建文帝听到一些燕王的行迹，愈发猜忌朱棣。由于还没有准备充分，朱棣决定亲自去南京，借以缓和气氛，争取时间。他当然知道此行的风险，说不定会有去无回，但是他相信自己会回来，会使仁弱的建文帝相信自己没有谋反之心，还可以探听朝廷的虚实。建文元年二月，朱棣来到了南京。
对于燕王自投罗网，户部侍郎卓敬劝说建文帝将燕王徙封南昌。这的确是个不错的办法，然而建文帝优柔寡断，没有采纳卓敬的建议，几天后将燕王放归北平。朱棣的这次自投罗网，体现了一位雄才伟略的政治家的成熟和胆色，收到了奇效。五个月后，一切准备妥当的朱棣毅然以八百骑兵举事。
佯狂装疯建文元年六月，燕山护卫百户倪谅向朝廷告发朱棣的两个部下为燕王招募死士。二人经过审问，供认了朱棣的一些阴事。建文帝没有更多的证据，所以没有削燕王，而是下诏训责。朱棣害怕这是削藩的前兆，遂生一计，用以迷惑建文帝。
北平的人听说燕王突然疯了，经常可以看到他在大庭广众之下乱跑、乱喊，有时躺在大街上昏睡。建文帝听到传言，命北平布政使张昺和都指挥使谢贵探听真情。二人来到燕王府，看见朱棣围坐在火炉旁边，浑身颤抖，似乎很冷的样子。看见张、谢二人前来，朱棣手拄拐杖，走路踉跄。张、谢二人被朱棣精湛的演技欺骗了，上奏朝廷，建文帝信以为真。
其实朱棣并不是第一次装病。早在周王被废之后，他就一直称病不出，借以韬光养晦，麻痹对手。不过当时他确实有一块心病，他的三个儿子在南京，可能已被扣为人质。一旦他有异谋，三个儿子性命堪忧。于是他借口病重，请求建文帝让三个儿子归府照顾自己。这是一箭双雕之策：如果朝廷放归三个儿子，则免去了质于人的情况；如果不同意放归，可以探知朝廷的意向，早做谋划。建文帝拿不定主意，后来在徐增寿的蛊惑下竟然将朱棣三个儿子送归燕国。朱棣大喜过望，连称"天助"，欣喜之情难以言表。几个月后毫无顾忌的朱棣造反，建文帝真是后悔莫及！
智擒张谢北平布政使张昺、都指挥使谢贵是建文帝安插在朱棣身边的两双眼睛，负责监视朱棣的一举一动。这时燕王府护卫百户邓庸赴南京公干，被齐泰逮捕入狱，经审讯，供认燕王准皇帝尊亲之宝（白石）备举兵的各项事宜。建文帝大惊，密令张昺、谢贵捉拿燕王府官属，伺机逮捕朱棣。朱棣得知事情紧急，立即命张玉、朱能率仅有的八百壮士入卫燕王府。
当时的情况对燕王十分不利，如果强攻，损失过大，所以只能智取。朱能献策，擒贼先擒王，抓住张昺、谢贵，其他人就好办了。朱棣采纳了他的建议，命人埋伏在端礼门两侧，然后派人请张、谢前来。张、谢怀疑有诈，不肯前往燕王府。朱棣又命人拿着朝廷要抓捕官属的名单前去，这样二人才相信。在燕王府，张、谢的随从被拦截在大门外。朱棣拄着拐杖坐着，设宴行酒。他拿起一块西瓜，放在嘴边，欲尝又止，对二人说："现在平民百姓，兄弟宗族之间，还知道相互体恤。我身为天子近亲，却朝不保夕。既然这样，天下还有什么做不得呢？"说完，愤怒地将西瓜摔到地上。埋伏的勇士听到暗号，一拥而上，将张昺、谢贵擒获。随后，朱棣命朱能、张玉等人迅速击败了城内的守军，控制了北平。