白沟河之战郑村坝大战之后，原本锐意削藩的建文帝却变得软弱起来，罢齐泰、黄子澄职，希望燕王息兵。这种做法无异于向朱棣示弱，是不会起到任何积极作用的。建文二年（1400）二月，李景隆致信朱棣，请求息兵。这一举动，估计是朝廷的意图，不然李景隆是不敢如此做的。朱棣现在兵强马壮，自然不会讲和。双方厉兵秣马，积蓄力量，准备在春天再战。然而朱棣使用了一个小花招，戏弄李景隆于股掌之间。二月，朱棣佯攻大同，李景隆率军救援。朱棣却不与之战，由居庸关退回北平，李景隆奔波一场，劳而无功。当时天气尚寒，南军衣衫单薄，不少士兵被冻伤，部队也没有得到很好的休整。
四月一日，李景隆誓师于德州，号称百万（实则60万），大举北伐。双方在白沟河摆开阵势，大战一触即发。这场战斗惊心动魄，扣人心弦。南军中的平安、瞿能父子骁勇异常，率军猛冲燕军，所向披靡。朱棣的坐骑接连被射杀，他的宝剑竟也砍折了。瞿能父子奋勇厮杀，已经和燕王近在咫尺。朱棣见大势不妙，拨马跑到河堤上，南军在后面紧追不放。朱棣立马站在堤上，假意用马鞭招呼后面的部属，使南军相信燕军就在堤下。南军果然上当，没敢继续追击，不然朱棣即将被生擒活捉。双方杀得难解难分，互有胜负。忽然一阵风将南军大旗刮倒，南军阵营产生了混乱。朱棣抓住这难得的时机，指挥部队猛冲，一举击溃南军。
白沟河之战是决定性的战役。此后，建文帝再也组织不起来大规模的军事征讨。朱棣由此转守为攻，取得战事上的主动。
灵壁之战朱棣准备取道山东，直扑南京。然而在济南却遭到了铁铉的坚决阻击，又在东昌为盛庸所败。建文三年（1401），朱棣选择了进军防守较为薄弱的河北，转战河北各地。十二月，朱棣得知南京守备空虚，可以乘虚而入，于是决定绕过山东，率军直取南京。
制诰之宝（白石）燕军孤军南下，期间多有败绩。北方士兵不适应南方气候，很多人病倒了，许多将领也请求撤军。朱棣很犹豫，一连数日擐（huàn）甲不离身，最后在大将朱能的劝说下坚定了继续南下的决心。他迫切需要一场胜利来鼓舞士气。
这时南军防御的主要力量总兵何福驻军灵壁，修建了大量工事，固守不出。朱棣想与之决战不得，就截断了他的粮草供给，将其围困起来。何福无奈，准备突围，不想南军把燕军进攻的信炮当成是突围的信号，纷乱涌出，结果大败。何福仅以身免，而南军的主要将领平安被俘获。平安是朱元璋的养子，原是朱棣的部下，文韬武略，成为朱棣的主要对手，多次击败过他，还斩杀过他的几个得力战将。俘虏平安，令朱棣兴奋异常，燕军上下都说这回可以平安了。朱棣舍不得杀他，将其押送回北平。
铁鞭灵壁之战后，朱棣再也没有遇到大的战斗，于建文四年（1402）六月十三日，兵临南京城下。李景隆、谷王打开金川门迎降，建文帝不知所终，朱棣取得了靖难之役的胜利。
出兵安南。安南，又称交阯，汉唐时为中国的属郡，五代以后独立，但仍与中国交往密切。在明初，安南国王为陈氏。建文朝，安南发生政治变故，丞相黎季犁自立为帝，改名胡一元，不久又传位其子。
永乐元年，安南国王派人朝贺，自称陈氏无后，自己是陈氏外孙，为众拥立为国王，请求得到朱棣的册封。朱棣听从礼部的意见，派遣官员到安南探访实情。该官员回朝后说现在的安南国王得到了当地人的承认，国家安定。朱棣于是派礼部郎中带着诏书前去安南，正式册封其为国王。
然而永乐二年，原国王的臣属裴伯耆逃到中国，将胡氏篡位的事情揭露。八月，老挝遣人送来了原国王的弟弟陈天平。朱棣无法辨别真伪，暂且将他们安置起来。年底，安南使臣来贺。朱棣让陈天平突然出现在使臣面前，使臣们十分惊愕，纷纷下拜，朱棣由此知道了陈天平的真伪和事情的真相。朱棣遣人责备安南国王，安南国王上书表示欢迎陈天平回国继承皇位。
令朱棣恼怒的是，安南竟然伏兵劫杀由明军保护回国的陈天平。面对这种公开挑衅宗主国威信的行动，朱棣没有犹豫，立即遣兵80万出征安南。80万大军锐不可当，永乐五年将安南国王、太子等人活捉。朱棣遂改安南为交阯布政使司，成为中国的一个省。只是后来明朝迁都北京，安南时有反抗，成为明朝的沉重负担，因此朱棣死后不久，明朝就放弃了对安南的治理。
五入漠北。对明王朝最大的威胁不是南方的安南，而是北方的蒙古。当时蒙古分裂为三部：鞑靼部、瓦剌(ｌà)部和兀良哈部。朱棣对蒙古采用恩威并施、分化瓦解的策略。兀良哈部早已归附，并在靖难之役中为朱棣立有赫赫战功。鞑靼部较强，朱棣有意联络瓦剌，与之抗衡。永乐七年，成祖命丘福率军10万征讨鞑靼，不意全军覆没，因此才有朱棣亲征之举。
永乐八年二月，朱棣亲率50万人出征，太子留守南京，皇长孙留守北京。五月，发现了鞑靼部本雅失里的位置。朱棣命每人自带20日粮食，率轻骑疾驰。在成吉思汗兴起的斡(wò)难河与本雅失里遭遇，双方大战，最终本雅失里败逃。回师途中又遭遇阿鲁台部，激战数日，阿鲁台战败逃遁。朱棣估计敌人可能贪图辎重，必会前来劫掠，便设下埋伏。明军班师时，果然有人来袭。霎时伏兵四起，敌人溃逃，被俘有几十人。朱棣第一次亲征大获全胜，鞑靼部的势力被削弱了。
随着鞑靼部的衰败，瓦剌部强盛起来，时常骚扰边境。永乐十二年（1414），朱棣决定第二次亲征，并让皇太孙随行。六月七日，在忽兰忽失温（今蒙古乌兰巴托东）遇到瓦剌的主力部队。这场战斗十分惨烈，双方损失相当，直到傍晚敌人才败走。