宋朝皇帝陵墓本在河南奉先（河南巩义市），北宋9帝除徽、钦二帝被金人掳走，客死异乡外，其余7帝均葬于此。北宋灭亡以后，河南地区为金朝控制，宋帝当然不能继续葬在奉先。绍兴元年（1131），哲宗皇后孟氏去世，遗命先择地“攒殡”，待恢复中原以后，再归葬河南。后葬于绍兴府会稽县宝山泰宁寺。后来此地就成为南宋的皇家陵园，高宗、孝宗、光宗、宁宗、理宗、度宗及徽宗梓宫均葬在这里。
宋朝灭亡不久，在元朝政府的默许之下，发生了一场历史上空前规模的盗墓行动。这次盗墓的首要人物是西藏僧人杨琏真加。杨琏真加是吐蕃高僧八思巴的弟子，元世祖忽必烈崇尚佛教，尊八思巴为帝师，杨琏真加遂凭借老师的关系被任命为江南诸路释教总摄，总管江南地区佛教事务。
最先被盗的宋陵是魏王赵恺的坟墓。赵恺是孝宗的次子，葬在会稽县山阴法华山天长寺。至元二十二年（1285），会稽县泰宁寺僧人宗允、宗恺为讨好杨琏真加，勾结天长寺僧人福闻发掘了魏王赵恺的陵墓，获得不少珠宝，献给了杨琏真加。魏王陵的发掘极大地刺激了杨琏真加等人的贪欲，他们招来河西僧人及其凶党，开始大规模地挖掘宋陵。宁宗及皇后杨氏、理宗、度宗的陵寝成为首批被盗的宋帝陵。宋陵护陵使罗铣（xiǎn）拼死保护，遭到痛打，被人用刀架着赶出了陵园，罗铣趴在地上号啕大哭。
四陵之中，理宗陵寝所藏宝物尤多，据称打开墓葬的时候，有白气冲天而出，乃是宝气凝聚而成。理宗的尸体仍完好如生，有人说这是因为理宗口中含了夜明珠，这伙盗贼于是将理宗的尸体搬出墓穴，倒悬在树上。允泽用脚猛踢理宗的头颅，以示自己无所畏惧。防腐的水银慢慢地从理宗口中滴了三天三夜。西藏僧人之间有个习俗，即得到帝王的髑髅（kū lóu）可以厌胜、致巨富，因此杨琏真加指挥手下将理宗的头颅割了下来，据为己有。杨琏真加一伙走后，罗铣买棺置衣将诸帝骸骨重新收敛，悲痛欲绝，附近乡里百姓皆为之感泣。到了夜晚，听到四面山中皆传来哭声，旬日不绝。后来，理宗的头颅一直在西藏僧人手中流传。明朝立国以后，太祖朱元璋得知此事，“叹息良久”，派人找到了理宗的头颅，于洪武二年（1369）以帝王礼葬于应天府（江苏南京），第二年又命人将理宗的头骨归葬到绍兴永穆陵旧址。
不久，杨琏真加一伙又对宋陵进行了第二次发掘，徽宗、钦宗、高宗、孝宗、光宗五帝及孟氏、韦氏、吴氏、谢氏四位皇后的陵寝在这次发掘中无一幸免。徽、钦二帝皆死于金朝，金朝虽曾归还遗骨，但高宗并未开棺检验。杨琏真加等人打开二帝的陵墓，但一无所获，徽宗棺中只有朽木一段，钦宗棺中有木灯檠（qínɡ）一枚。高宗、孝宗二帝的遗骨由于年岁已久，已经“骨发尽化，略无寸骸”。高宗墓内只有锡器数件、端砚一只，孝宗陵只有玉瓶炉一幅、古铜鬲一只。光宗吴后、宁宗杨后的尸体尚“俨然如生”，罗铣后来把二后的尸体重新装进棺材，然后火化了。陵墓内有数以万计的金钱，为尸气所蚀，如铜钱一般，诸僧弃而不取，多为附近村民拾得。
中国古代改朝换代之际，多对前代帝王陵寝采取保护政策。虽然中国历史上帝王陵寝被盗的记录史不绝书，但多属个人所为，与政府没有多大关系。宋陵被盗则与此性质截然不同。杨琏真加等人的盗墓行动得到了元朝政府的鼎力支持，曾有元朝官员和赵宋宗室请求元世祖保护宋陵，但忽必烈均置之不理。盗墓所得的宝物很多都献给了元政府，忽必烈曾用这些宝物装修天衣寺。元世祖对盗墓的支持态度当与当时的政治斗争有关。宋朝虽亡，但仍不断有人打着复兴宋室的旗号起义反元，杨琏真加借机上“压胜”之说，提出建造佛塔、佛寺，将宋帝遗骸置于其下，以压服宋人。这种说法正好迎合了忽必烈稳定统治的想法，忽必烈也想借发掘宋陵的机会，断绝百姓对赵宋的留恋与怀念，因此对杨琏真加的盗墓举动采取了支持态度。
杨琏真加的盗墓行动及元朝政府的支持带来极坏的影响。史称自此之后，“江南掘坟大起，天下无不发之墓矣”。此前遗留下来的坟墓普遍被盗，这种行为对中国古代文物的破坏性影响不言而喻。忽必烈本欲通过杨琏真加等人的行动来压服百姓，稳定统治，没想到却适得其反，这种掘人陵墓的行为引起了宋朝遗民的极端仇恨，百姓反抗情绪愈加高涨。直到元朝末年，朱元璋起事的时候还在借“宋陵事件”鼓动百姓反元，这是当初蒙古统治者万万没有料想到的。