孝宗在积极处理对外关系的同时，更注重强化内部统治机能。高宗后期，秦桧独揽朝政，党羽遍布朝廷，相权的膨胀对皇权构成了极大的威胁。孝宗曾亲身感受到秦桧的专横跋扈，为了防止再次出现大臣擅权的局面，他采取了各种措施以加强皇权。
孝宗即位以后，“躬揽权纲，不以责任臣下”，大至军政国事，小至州县狱案，他都要亲自过问。无论是在积极进取的隆兴、乾道时期，还是在消沉保守的淳熙时期，孝宗一直保持着这种事必躬亲的作风。这固然是为了把权力集中在自己手中，但作为一个皇帝，自始至终能够孜孜不倦地处理政事，还是十分难得的。
孝宗即位之初，就开始着手革除南宋初期以来政治上的种种弊端。他积极整顿吏治，裁汰冗官，加大对贪官污吏的惩治力度，严格官吏的考核，甚至亲自任免地方中下级官吏。南宋建立以后，财政一直拮据，孝宗尽量减少不必要的开支，还常召负责财政的官吏进宫，详细询问各项支出和收入，认真核查具体账目，稍有出入，就一定要刨根问底。为了改变民贫国弱的局面，孝宗非常重视农业生产，不仅每年都亲自过问各地的收成情况，而且还十分关注新的农作物品种。一次，范成大进呈一种叫“劫麦”的新品种，孝宗特命人先在御苑试种，发现其穗实饱满，才在江淮各地大面积推广。
孝宗的勤政确实达到了集中皇权的目的，许多原本该由臣下处理的政务，现在都要他亲自裁定，臣子们只好俯首听命，少有自己的主见。然而，这种勤政对南宋政治却产生了消极的影响。孝宗理政之细，已经到了烦琐的程度，他把太多的精力放在了细枝末节上，反而忽视了治国的大政方针。一些大臣曾劝过孝宗要先抓住国家大政，虽然孝宗也认为他们言之有理，但一遇到具体问题，又依然故我。在重大决策上，孝宗常常事先不经深思熟虑，就贸然施行，稍有挫折，又马上收回成命，他在位期间，朝令夕改、犹豫反复的情况多次出现，其中最典型的例子就是他在张浚北伐、隆兴和议中的表现，恢复中原的计划最终落空与孝宗的这种为政作风也不无关联，有人评价他“志大才疏”，还是有一定道理的。
正因为孝宗的集权，使以宰相为首的朝廷难有作为。孝宗在位28年，先后出任宰相的有17人，参知政事更是有34人之多，如此频繁地更换宰臣，这在宋朝历史上是很少见的。每位宰臣在任时间几乎都不长，可见孝宗的目的是为了防止权臣的出现。他为树立起君主的绝对权威，有时甚至听信片面之辞，不经过调查核实，就将宰臣免职。乾道二年，有人检举参知政事叶颙（yóng）受贿，而检举之人与叶颙素来就有矛盾，孝宗在真相尚未明了之前，就将叶颙免职，后来经有关官员查证，并没有发现叶颙受贿的确凿证据，孝宗才意识到错怪了叶颙，重新召其入朝。淳熙二年，朝廷选派使臣赴金求河南陵寝地，宰相叶衡推荐汤邦彦，汤邦彦胆小如鼠，他怀疑这是宰相要自己去送命，因此怀恨在心，向孝宗上书告密，说叶衡曾有诋毁孝宗的言论，孝宗大怒，当日就罢去了叶衡的相位，并将其贬往郴州。宰相是百官之首，孝宗却轻易罢免，反映出他对宰臣们缺乏真正的信任。
在宰臣的具体人选上，孝宗恢复了宋代立国以来“异论相搅”的祖宗家法，提倡宰臣之间存在不同的政见，以此来让他们互相牵制。宰臣们不能团结合作，虽有利于皇帝控制朝政，但这种局面却给孝宗的中兴大业带来了极其严重的负面效应。隆兴元年十二月，孝宗以汤思退为左丞相，张浚为右丞相，让主和派重新执掌了大权，他们趁机大肆破坏张浚辛苦经营的江淮防线，最后迫使孝宗屈辱求和。乾道年间，孝宗再谋北伐。他先是任命叶颙为左丞相，魏杞为右丞相，前者素来主张恢复，后者却始终反战主和，一年之后，孝宗就觉得他们意见分歧，很难成事，罢去了他们的相位。但是，孝宗并没有改变用人方法，乾道八年，在他任用虞允文为左丞相的同时，又将反对用兵的梁克家升为右丞相，结果使虞允文心存顾虑，迟迟不肯从四川出兵。 乾道元宝
除了内部的互相牵制，孝宗还利用宰臣之外的政治力量来制约宰臣，就是重用自己未当皇帝前的部属们。这些部属往往倚仗孝宗的宠幸祸乱朝政，被士大夫们指斥为“近习”。他们由于长期跟随孝宗，和他关系密切。相对于其他朝臣，孝宗对他们更为信任，遂重用他们以为耳目，这构成了孝宗朝政治的又一特点。
孝宗的近习比较有名的有曾觌、龙大渊、张说等人。曾觌、龙大渊原是孝宗为建王时的低级僚属，因善于察颜观色，深得孝宗欢心。孝宗一登上皇位，立即破格提升二人，让他们参与军机大政。朝臣们纷纷上章反对，抨击二人不学无术、见识浅薄，仗着孝宗的恩宠，必将“摇唇鼓舌，变乱是非”。孝宗非但不听劝谏，还将反对的大臣降职免官。曾、龙二人从此更无所忌惮。乾道三年（1167），参知政事陈俊卿抓住曾、龙二人不法行为的证据，弹劾他们偷听、泄漏机密政事，孝宗一时激愤，将曾、龙驱逐出朝。实际上，孝宗心里对二人还是念念不忘的。乾道四年，龙大渊死于任上。接到龙大渊的死讯，孝宗又想召曾觌回朝，但朝臣们已经猜到了孝宗的心思，不等诏书下达，反对的奏章就纷至沓来。乾道六年，反对最力的陈俊卿罢相，孝宗立刻召回了曾觌，对其恩宠有加。曾觌一时间权势显赫，朝中文武官员多出其门。直到淳熙六年（1179），出守建康府的陈俊卿两次面见孝宗，一再指出近习结党营私的危害。孝宗对朋党一向严于防范，经陈俊卿的提醒，才开始对曾觌等人稍有疏远。
张说本以父荫入仕，后因娶高宗吴皇后之妹，遂受重用。乾道七年，孝宗任其为签书枢密院事，进入执政之列。朝议大哗，同知枢密院事刘珙耻于与张说共事，愤然辞职，中书舍人范成大拒绝草诏，孝宗只得暂时收回成命。一年之后，孝宗再次命张说参与枢密院事，尽管这次朝臣们依然激烈反对，但孝宗不为所动，将持有异议的李衡、王希吕、周必大、莫济等人一并免职，强行发布了对张说的任命诏书，再也没有人敢公开议论这件事了。张说之所以能够得到孝宗的器重，除了他的外戚身份外，还与他在抗金恢复上的态度有关。当时孝宗正在筹备再次北伐，而朝中大臣要么明确反对，要么犹豫观望，张说对北伐积极赞同，是除虞允文外，少数几个支持出兵的大臣之一，因此，孝宗坚持起用张说，希望他能协助自己和虞允文，早日恢复中原。然而，张说既无才识，又无德行。他上任之后，便与曾觌等人互相勾结，倚恃恩宠，为所欲为，使孝宗大失所望。淳熙元年，孝宗罢免张说，将其贬谪抚州。
综观孝宗一朝，对外力图中兴恢复，最后却徒劳无功；在内重新树立起了皇权的威严，但吏治腐败、民乱迭起的状况却没有得到根本好转。淳熙后期，孝宗已经深感力不从心，开始厌倦烦琐的政事，打算让位于太子，但碍于太上皇高宗还健在，一时无法施行。淳熙十四年十月，高宗病逝，孝宗决定服丧三年，以“守孝”为名退位。淳熙十六年（1189）二月，孝宗正式传位于太子赵赵惇，是为光宗，自己退居重华宫，做起了太上皇。