哲宗朝，无论是元祐时期，还是哲宗亲政后，最活跃的似乎都是朝中的大臣们。由于变法与反变法矛盾的延续以及哲宗与高太后的冲突，使得当时支持变法的大臣（新党）与反对变法的大臣（旧党）都无可避免地卷入激烈的党争，成为其中的主角，也就演出一幕幕令人叹息的悲剧。
在高太后垂帘的8年中，旧党不仅控制了整个朝廷，对新党的打击和倾轧也始终如一，从未放松过。旧党刘挚、王岩叟、朱光庭等人甚至竭力搜寻新党章惇、蔡确的传闻轶事，任意加以穿凿附会，对其进行诋毁，其中最典型的便是车盖亭诗案。
蔡确，字持正，泉州晋江人。神宗变法时，王安石见蔡确颇有些才能，便推荐他做三班院主簿。但蔡确长于见风使舵和阴谋诡计，当他见到神宗有疏远王安石之意时，竟不顾知遇之恩，上书参劾王安石。蔡确为了谋取高官，制造了多起冤狱。他自知制诰升至御史中丞、参知政事，均靠制造冤狱夺别人官位后得到。很多大臣都看不起他，而蔡确却自以为本事了得。神宗病危时，蔡确与邢恕欲立神宗同母弟雍王颢和曹王頵不成，反过来诬陷高太后和王珪有废哲宗之意，自谓有策立功。
高太后垂帘后，新党势力被排挤，蔡确也被贬出朝廷。元祐元年，蔡确罢相，出知陈州。次年，蔡确再贬安州。在安州游车盖亭时，蔡确写下了《夏日游车盖亭》十首绝句，诗被与蔡确有过节的吴处厚所得。吴处厚曾在蔡确手下为官，希望他推荐自己，但被蔡确拒绝了，由此怨恨不已。终于，吴处厚等来了报复的机会，他将蔡确的诗上呈朝廷，说其中“内五篇皆涉讥讪，而二篇讥讪尤甚，上及君亲”。诗中有“矫矫名臣郝甑山，忠言直节上元间”之句。郝甑山，安州人，唐高宗时的忠直之士。唐高宗曾想让位给皇后武则天，郝甑山上奏反对。吴处厚曲解诗意，说此处是将高太后比做武则天。而旧党梁焘、朱光庭和刘安世等人立即加以发挥，肆意攻击，并以“邢恕极论蔡确有策立（哲宗）功，真社稷臣”的言论相弹劾，高太后怒不可遏，将蔡确贬到新州。吕大防和刘挚曾以蔡确母亲年老，岭南路远，主张改迁他处，高太后却说：“山可移，此州不可移。”在当时，被贬往岭南，实际上如同被判了死刑。苏轼曾有诗云：“问翁大庾岭头住，曾见南迁几个回？”这是当时岭南实际情况的真实写照。蔡确被贬时，范纯仁对吕大防说：“岭南之路长满荆棘七八十年矣，今日重开，日后我们难免有此下场。”他还请哲宗向高太后求情，但哲宗依旧以沉默相抗议。哲宗亲政后便把大批元祐大臣贬至岭南，印证了范纯仁当日的忧虑。
车盖亭诗案是北宋开国以来朋党之争中以文字打击政敌面最广、力度也最大的一起文字狱，旧党利用高太后对蔡确等人的不满，捕风捉影，对整个新党集团进行一次次斩草除根式的清算。在蔡确被贬新州时，旧党将司马光、范纯仁和韩维誉为“三贤”，而将蔡确、章惇和韩缜斥为“三奸”。他们将王安石和蔡确亲党名单张榜公布，以示警告，同时对元祐元年被司马光斥逐的新党人员章惇、韩缜、李清臣和张商英等人再加以重贬，又铲除在朝的新党，如李德刍、吴安诗和蒲宗孟等人，都被降官贬斥。司马光的同僚及追随者们在高太后的支持下，欲给新党以毁灭性的打击，来巩固自己的势力。
但是，随着高太后的衰老和哲宗的成长，不仅旧党成员，连高太后也感到山雨欲来、新党复起的政治气氛。元祐八年八月，高太后垂危时，她告诫范纯仁和吕大防等人：“老身殁后，必多有调戏官家者，宜勿听之，公等宜早求退，令官家别用一番人。”实际上是已经预感到哲宗准备起用一批新人，要他们提前准备，尽早退出朝廷，以保全身家性命。后来事实证明，哲宗亲政后，凡是高太后垂帘时弹劾新党和罢免新法的官员几乎无一人幸免于报复。
哲宗亲政后，召回章惇、蔡卞、黄履和张商英等人。章惇等人曾是神宗变法时的重要人物，但在经历了元祐时期旧党的残酷倾轧后，他们的政治性格在党同伐异过程中遭到严重扭曲。当他们复出时，他们与亲政的哲宗一样，都有着强烈的报复心理，而章惇就是其中代表人物。
章惇，字子厚，浦城人。他博学善文，考进士时，其名次在侄子章衡之下，深以为耻，在竞争异常激烈的情况下居然再次参考。一次，章惇与苏轼外出游玩，走到一个深潭边，见潭下临万仞绝壁，有根木头横在上面。章惇请苏轼到绝壁上去题字，苏轼见绝壁下深不见底，当即摇头，连说不敢。章惇却从容地吊下绳索攀着树下去，在壁上大书：“苏轼章惇来。”上来后竟然是面不改色，神采依旧。苏轼拍拍他的肩膀说：“君他日必能杀人。”章惇问为什么，苏轼说：“能自判命者，能杀人也。”章惇听罢，哈哈大笑。
熙宁初，章惇得王安石赏识，被委以要职。后来，高太后和司马光废除新法，章惇与他们的冲突就越来越激烈，甚至还与司马光在高太后帘前争论，言辞极为尖锐。高太后大怒，刘挚、朱光庭和王岩叟等人趁机上奏指责章惇，章惇被贬出朝廷。
章惇返回朝廷后，不忘刘挚和王岩叟等人对新党的攻击，变本加厉地对他们进行报复。绍圣元年（1094），章惇在哲宗的支持下，将旧党的主要人物吕大防、刘挚、苏轼、梁焘等人贬到岭南。章惇还利用哲宗不满当年刘安世和范祖禹谏宫中寻找乳母一事，将两人也贬到岭南。绍圣四年，章惇等人频频上奏，哲宗又开始对元祐大臣进行新一轮的打击。已故的司马光和吕公著等人均被追贬和削夺恩封，哲宗甚至还要掘两人坟墓，由于大臣以“发人之墓，非盛德事”相谏才作罢，但两人后代都被牵连遭贬。仍在世的元祐大臣，均被贬出朝廷，后来几乎都相继到了岭南。
哲宗像章惇对旧党还采取了一个极严厉的措施，即编类元祐臣僚章疏，也就是把元丰八年四月以后所有攻击新党和新法的章、疏都予以排比分类，再给上章、疏的人依次定罪，此活动一直到哲宗去世时仍在进行。此外，章惇在贬逐元祐党人时，还以被贬者的姓名来定贬所。苏轼贬儋州，是因为苏轼字子瞻，“瞻”类似“儋”。刘挚贬新州，因为“新”字音近似刘挚字莘老之“莘”。黄庭坚贬宜州，因为“宜”字似其字鲁直之“直”字。而刘安世贬逐时，有人说刘安世曾算过命，说他命极好，章惇就在昭州上一指，说：“刘某命好，让他去昭州试试。”竟将人的生死视为儿戏，不幸为苏轼所言中。
新党对旧党的报复性打击与哲宗的鼎力支持是分不开的。哲宗不满司马光的“以母改子”，不满元祐旧臣早年对他的冷落，更不满高太后对他的种种压抑，因此，对旧党的仇恨心理不亚于元祐时被打击的新党。绍圣初，逢郊祀大礼，朝廷要颁布大赦诏令，通常连死囚都免去死刑。有大臣请示哲宗，可否赦免贬谪的旧党官员，哲宗回答得极为干脆，说决不可以。绍圣四年（1097），有人建议让谪居岭南的刘挚等人“稍徙善地”，以“感召和气”，哲宗却说：“刘挚等安可徙！”连在岭南附近做些调动也不允许。而对于王岩叟，哲宗指责他当初贬蔡确时，实际上是将矛头对准自己，用心极险恶，也就更加痛恨他。哲宗的这些言行相当于宣判了旧党人政治上的死刑，至少在哲宗统治时期，他们永无翻身之日。
事实上，在哲宗初年，新党和旧党在变法的态度上都有所转变（司马光除外）。如苏轼在给朋友的信中就表露出对神宗变法初期他的一些偏激言行的反思和自责，认为新法是有一定效果的。新党中章惇等人也曾指出新法中有许多弊端需要改正。两派都看到了新法的利和弊，假如执政者能调和两派矛盾，消弭冲突，因势利导，北宋的政治或许会有转机。但很不幸的是，高太后的垂帘和司马光的上台使得党争激烈化，导致了绍圣后哲宗和新党的反扑，甚至连哲宗的孟皇后也不能幸免，成为党争的牺牲品。