安排了生母后事，仁宗表面上并未过分追究刘后及其亲属，这大概只是一时权宜之计。事实上，早在太后生前，仁宗与太后之间就已存在极大的冲突，尤其是在自己的婚姻大事上，仁宗明显地感到太后的专横。仁宗最初看上了并非官宦却富有钱财的王蒙正的女儿，曾向刘太后提起过此事，但武断的太后根本不予理会，借口这个王姓女子“妖艳太甚，恐不利少主”，硬是将这个“姿色冠世”的少女许配给了刘美的儿子刘从德。刘美即是银匠龚美，只可惜在刘氏册封皇太后之前就去世了，留下了两个儿子，刘从德便是其长子，太后此举无疑有报答龚美的意味。然而，这一许配却极大地伤害了少年皇帝。
王蒙正与刘太后连姻时，其父极不赞成，阻拦不住，竟然大骂：我们王家世代为民，从来没有与外戚通过婚，今后必定要遭受灾祸！没想到此话当真应验了。10年后，王蒙正与父亲的婢女私通，生下了孩子又不承认，担心其分走自己的财产，被婢女告到官府。经审核，证据确凿，王蒙正被除名编管，发配岭南。仁宗特地下诏，禁止其女以国戚身份进入皇宫，其子孙也不得与皇族联姻，这种处罚大概与仁宗发泄他积蓄多年的怨恨有关。
仁宗喜欢的姑娘被许给刘从德后，太后也准备尽快为15岁的皇帝完婚，选了几个有身份的少女进宫，作为皇后候选人，其中有已故中书令郭崇的孙女郭氏，已故骁骑卫上将军张美的曾孙女张氏。当时仁宗一眼就相中了张姓女孩。本来皇帝选中谁就可以立为皇后，但仁宗的意愿再次遭到太后的阻挠。原来，经过太后审视，认为张姓女子不如郭姓女子，在未与仁宗商量的情况下，便自作主张以张氏为才人，而册立郭氏为皇后。这一决定又一次使少年仁宗遭受到了沉重的打击，进而造成此后长时间内皇帝对正宫的冷漠，也直接导致了废后风波。
郭皇后有刘太后作靠山，她既不懂得谦让和宽容，更是逐渐养成了骄横自恣（zì）的性格。太后死后，她依然旧习不改，仍沿用太后时的规矩，垄断后宫。而仁宗亲政，却力图要摆脱太后的影响，其中一项重要变化，就是后宫嫔妃纷纷得宠。当时最受仁宗宠爱的两个美人是尚氏和杨氏。尚美人的父亲封官受赐，恩宠倾动京城，引起郭后的嫉恨，几番与尚氏发生冲突，尚氏自然也少不了在仁宗面前诋毁皇后。一次，尚氏当着仁宗的面讥讽郭后，郭后怒不可遏，上前要抽尚氏耳光，仁宗跑过来劝架，偏巧一巴掌落在皇帝的脖颈上。仁宗大怒，令宦官阎文应传来宰相吕夷简，让他“验视”伤痕，其实是为其废后寻求支持。随后，仁宗下诏，称皇后无子，愿意当道姑，特封净妃、玉京冲妙仙师，易名净悟，别居长宁宫。此诏一出，朝廷大哗，甚至引发了台谏官员在皇帝寝宫门前集体进谏这一前所未有的事件。郭后被废，名义上是她长时间未能生育皇子，实际上是仁宗发泄对已故太后的不满。
郭皇后被废后，仁宗让宋绶草拟废后诏书，其中有“当求德门，以正内治”的话，意思是从有教养的家庭中选取秀女。刘太后虽已不在人世，仁宗也已亲政，但在选后的问题上他却一直未能如愿。当时，左右领来一个姓陈的女子进宫，颇得仁宗欢心。陈氏是寿州茶商之女，父亲靠捐纳谋得一个小官，不具高贵的门第。宋绶说：“陛下若以贱者正位中宫，不就与前日诏书所言背道而驰了吗？”宰相吕夷简、枢密副使蔡齐等人也纷纷劝说，负责给皇上供药的太监阎士良颇得仁宗信任，他也劝谏仁宗不要娶陈氏。这样，在众人的反复劝说下，仁宗不得不另立中宫，勉强将宋初名将曹彬的孙女选为皇后。
正因为如此，仁宗对这次婚姻似乎也不是很满意。进入中年以后，仁宗最宠爱的女人是张美人。张美人后进封贵妃，虽然她在死后才被追册为皇后，但其生前的威势，并不亚于正宫曹皇后。张贵妃是洛阳人，祖先是吴人，吴越王归宋，其家迁到河南定居。不幸的是其父张尧封进士及第不久就去世了，母亲在齐国大长公主府上作歌舞女，将女儿带在身边。大长公主见这个小女孩灵巧可爱，便召入宫中作乐女，那时她才8岁，由宫人贾氏代养。一次宫中宴饮，被仁宗看中得宠。庆历八年（1048年）十月十七日成为贵妃。张氏在短短几年内，就由末等嫔妃的才人直升至最高等级的贵妃，距离皇后仅一步之遥，可知仁宗对她特别宠爱。
虽然张贵妃聪明伶俐，深得仁宗喜爱，但在“士大夫与皇帝共治天下”的大背景下，她也不能为所欲为，不仅晋封皇后没有希望，甚至连其伯父张尧佐晋封宣徽南院使这样虚职的事也因遭到台谏官的猛烈攻击而作罢。一天，仁宗正准备上朝，张贵妃送仁宗至殿门，拉着仁宗说“官家今日不要忘了宣徽使！”仁宗答道：“放心！放心！”结果在殿上，仁宗正准备下达任命张尧佐的诏书，包拯便站出来上言，包拯像
陈述不应给予张氏任命的理由，长篇大论，很是激动，唾沫都溅到仁宗脸上。仁宗不得不收回了成命。张贵妃遣宦官探问，得知包拯犯颜直谏。等仁宗回到宫中，张贵妃迎上前去，又想为其伯父美言。仁宗用袖子擦着脸不耐烦地说：“今天包拯上殿，唾沫都溅到我脸上了。你只管要宣徽使，不知道包拯是谏官吗？”
皇祐六年（1054年）正月初八，31岁的张贵妃暴病身亡。仁宗感念张贵妃生前的柔情与善良，悲痛无比地对左右说，当年颜秀等人发动宫廷叛乱时，张贵妃不顾自身安危，挺身出来保护自己。天下大旱，为了替他分忧，又是张贵妃，在宫中刺臂出血，书写祈雨的祷辞。在左右宦官的支持下，仁宗最后决定用皇后之礼为张贵妃发丧。一生都梦想着登上皇后之位的张贵妃，终于在死后穿上皇后的殓服，享受到宗室、大臣们的参拜告奠。由于担心朝野的反对，仁宗干脆在治丧的第四天宣布追册贵妃张氏为皇后，赐谥温成。正宫曹皇后在世，却另追册贵妃为后，于是出现了一生一死两位皇后，如此逾礼之事，旷古未闻。台谏连续上奏反对，仁宗置之不理。为了自己心爱的女人，仁宗下令“禁乐一月”，京师惟一的活动便是为温成皇后举丧。
仁宗为了自己一生中最重要的两个女人——生母和爱妃，不顾朝野内外的巨大非议，毅然进行了两次追册活动，这种感情是真挚的。同样，知人善任的仁宗对自己看中的臣子，无论是文臣，还是武将，都会给予相当的信任，这种信任也是坦诚的。但是，早年母后临朝的阴影和自己不幸的婚姻造就了他文弱、忧郁而又犹疑不定的性格，使得这种信任很难经得起世事沧桑的考验。