过了几年，太宗为晋王时的旧僚揭发秦王廷美阴谋造反。太宗将信将疑，就问赵普的看法。这给了赵普表白的机会。关于秦王廷美，赵普说了些什么，不得而知。但这次赵普趁机说自己为权奸（当然是指卢多逊了）所害，并详细说起杜太后的金匮之盟以及自己的上表等事。这下，太宗感觉到赵普原来是自己的大忠臣，于是对赵普加官晋爵。但不多久，太宗君臣都意识到了金匮之盟所存在的隐患。赵普提醒太宗不可一误再误的话一出口，就已经决定了廷美的结局。
没多久，赵普就查到了卢多逊私遣堂吏交通廷美之事。赵普毫不客气地捅给皇帝，说卢多逊盼太宗早日晏驾，就好尽力侍奉廷美，廷美表示满意，还送卢多逊弓箭等物。太宗大怒，借题发挥，严惩卢多逊及其同党。大臣王溥等74人联名上奏卢多逊及廷美怨望诅咒，大逆不道，宜正刑章。卢多逊被削夺官爵，其同党不少被处死；廷美勒归私第，其儿女不再称皇子皇女。
赵普借卢多逊交通秦王案，既打击了政敌卢多逊，又讨好了太宗，一箭双雕。但廷美的悲惨命运还没到头。赵普更进一步，他挑唆开封知府李符落井下石，上言说廷美不思改过，反多怨望。于是，廷美被降为涪陵县公，安置到房州。太宗命人严加监管。廷美气愤难平，两年后便死在房州，年仅38岁。顺便提及的是，李符并没有得到什么好处。赵普怕他泄漏秘密，后来找了一个别的茬儿，将他贬到地方做了一个小官。
廷美死后，太宗对外称廷美乃是乳母陈国夫人耿氏的儿子，并非杜太后所生，这样就彻底地将廷美排除在皇位继承系统之外。当时，杜太后早已去世，太宗兄弟也只剩下他一人，太宗所言无人能够反驳。因此，廷美到底是谁的儿子，恐怕也只有太宗自己最清楚了。
经过上述种种手段，太宗终于清除了将皇位传给儿子的障碍。不过，太宗对皇位继承人的挑选却并非一帆风顺，也颇多曲折。
太宗长子元佐自幼聪明机警，长得又像太宗，颇为太宗喜欢。元佐有武艺，善骑射，还曾经随太宗出征过太原、幽蓟。
太宗迫害廷美时，元佐颇为不满，力加营救，请免其罪，但未能成功。后廷美死于房州，元佐得知此事，悲愤成疾，竟然发狂。左右仆从若有小错，元佐即以刀棒伤人。太宗命太医治理，才稍有好转。
然而，雍熙二年（985）重阳节，太宗召集几个儿子在宫苑中设宴饮酒作乐，因元佐病未痊愈，就没有派人请他。散宴后，陈王元佑去看望元佐。元佐得知设宴一事，说：“汝等与至尊宴射，而我不预焉，是为君父所弃也。”忿气难平，一个劲喝酒。到了半夜，索性放了一把火焚烧宫院。一时间，殿阁亭台，烟雾滚滚，火光冲天。太宗得知后，猜想可能是元佐所为，便命人查问，元佐具实以对。太宗怒不可遏，欲绝父子之情。众人营救不得，元佐被废为庶人。有人说元佐是在装狂，以表示对父亲的不满和对皇位的拒绝。
太宗去世后，其妻李皇后曾打算立元佐为帝，但元佐并不知情，所以未受牵连。元佐的同母弟真宗即位后对元佐很好，努力帮他治病，只是元佐在其弟做了皇帝后，终身未见他。元佐死于仁宗天圣五年（1027），享年62岁。在真宗即位后，元佐竟能安享富贵达30年之久，真是幸运。
在元佐焚宫这件事中，有一特殊人物，即陈王元佑。宴会后，元佑去元佐府中，不知说了什么竟惹得元佐纵火焚宫，而后太宗认为元佐宫中起火并非偶然，决意废元佐为庶人，元佑是否对太宗说过什么，也难以查明。雍熙三年七月，元佑改名元僖，并封开封尹兼侍中，成了准皇储。
同年，雍熙北伐失利。赵普上《谏雍熙北伐》奏疏，颇得太宗嘉赏。后来，元僖也上疏论及伐辽之事，为太宗采纳。太宗、元僖和赵普在处理对辽事宜方面有了很多的共识。元僖见太宗优待赵普，便与赵普交好，更是上疏建议太宗重新任用赵普为相。端拱元年（988），赵普第三次为相，威权一时又振。竭力支持和拉拢赵普的陈王元僖也晋封许王，更加巩固了皇储地位。赵普罢相后，元僖又与另一位宰相吕蒙正关系密切。
然而，事不如人愿。淳化三年（992）十一月，元僖早朝回府，便觉得身体不适，不久便去世了。太宗极为悲伤，罢朝五日，赠皇太子，并写下《思亡子诗》。元僖之死，据传是其侍妾张氏下毒所致。元僖不喜正妻李氏，宠爱张氏。张氏欲下毒毒杀李夫人，但误毒死元僖。张氏恃宠骄横，对奴婢稍不如意即予以重罚，甚至有棰死者，但元僖并不知情。张氏又逾越制度葬其父母。太宗后来探知其事，大怒，遣使按问。张氏自缢身亡，左右亲吏都被处罚，其父母坟墓亦被毁去。太宗又下诏停止元僖的追赠仪式，降低其葬礼的规格。元僖本得太宗喜爱，又与宰相交好，朝中还有不少大臣建议立他为太子，本是春风得意之时，却死于非命，而死后又被太宗所厌，实是可叹。
元佐被废，元僖暴死，储位空缺，冯拯等人上疏请早立太子。这是个敏感问题，太宗正为此心烦，便将冯拯等人贬到岭南。自此以后没有人敢议论继承问题。不过，太宗本人被箭伤所扰，也知该早立储君，便就此私下询问寇准。在寇准的支持下，襄王元侃被立为太子，改名恒。
太宗册立太子，大赦天下，京师之人见到太子都欢呼道：“真社稷之主也！”太宗得知后很不高兴，马上召寇准说：“四海心属太子，欲置我何地也？”皇帝尚在世，太子如此深得人心，自然为皇帝所忌，有哪个皇帝不想权力为自己所操控呢？况且早在安史之乱中，太子李亨太宗像
遥拜唐玄宗为太上皇而自立为帝，尤其是五代以来，子侄逼宫之事更是史不绝书，因此，太宗心中自然不痛快。幸得寇准说：“陛下择所以付神器者，顾得社稷之主，乃万世之福也。”太宗听后才消气，请寇准喝酒，大醉方罢。
随着病情加重，太宗又开始设法保住太子皇位。在此情况下，大臣吕端被推到了风浪之颠。吕端为相时已61岁，担任宰相前，他在地方和中央都做过官。吕端为人稳重、镇静，又信奉黄老思想，这与太宗晚年所持清静无为的政治信仰相符合，因此，吕端颇得太宗赏识。据说在重用吕端之前，太宗曾写过《钓鱼诗》，诗云：“欲饵金钩深未达，磻溪须问钓鱼人。”这是太宗以周文王自诩，而将吕端比做姜太公。当时，曾有人反对用吕端为相，说他为人糊涂，太宗说：“吕端小事糊涂，大事不糊涂。”吕端果然不负所托。至道三年（997）三月，太宗驾崩，李皇后与宦官王继恩等人企图撇开太子赵恒，另立元佐为帝，幸得吕端处置得当，才得以保证赵恒登基为帝，便是后来的真宗。太宗的去世，标志着宋朝开创局面的结束，守成时代的到来。