强化汗廷权力《元史·宪宗纪》曾经概括了蒙哥不同于窝阔台父子的特点：“帝刚明雄毅，沉断而寡言，不乐燕饮，不好侈糜，虽后妃不许之过制。初，太宗朝，群臣擅权，政出多门。至是，凡有诏旨，帝必亲起草，然后行之。御群臣甚严。”“性喜畋猎，自谓遵祖宗之法，不蹈袭他国所为。然酷信巫觋卜筮之术，凡行事必谨叩之，殆无虚日，终不自厌也”。蒙哥处理了镇海等一批汗廷执政官员，自然需要有一批新的官员来处理日常政务，他立志改革贵由汗在位时的弊政，希望蒙古汗国能重新振作。除了任命忙哥撒儿为大断事官外，又“以孛鲁合掌宣发号令、朝谨贡献及内外闻奏诸事，以晃兀儿留守和林宫阙、帑藏，阿兰答儿副之”。《世界征服者史》称他们为“国之大臣”，孛鲁合的地位仅次于大断事官忙哥撒儿，故《也先不花传》直呼其为“中书右丞相”。铁可墓志（选自《图说北京史》）
他手下那些官员们“由谙习波斯文、畏兀儿文、契丹文、吐蕃文等等的各种书记随同，以致无论向什么地方宣写敕旨，都可以用该民族的语言和文字颁发”。
针对窝阔台以来汗廷重臣和诸王贵族以权谋私情况，蒙哥大汗对中央政府的官吏规定了严格的纪律，禁止中央政府官吏勾结商人放高利贷，不准他们贪污受贿，也不允许他们直接逮捕人；既不允许官吏私设公堂、鱼肉百姓，又要求他们对了解到的案情及时上报大汗，将刑法大权收归中央政府和大汗。
与窝阔台、贵由、乃马真氏掌权时官吏的组成有很大区别：第一，他不像窝阔台那样重用耶律楚材等汉法派重臣，而是重用自己上台时的支持者，或“卓有旧劳而据有权势”者；第二，他既不像乃马真氏那样重用伊斯兰商人，也不像贵由那样重用基督教徒，虽然继续执行成吉思汗以来的信仰自由政策，但用人行政的偏重点则更倒向蒙古草原的萨满教；第三，由于他的“刚明雄毅”，他当政时对“群臣擅权，政出多门”的现象有所纠正，加强了中央的汗权；第四，在他当政期间，蒙古中央政权逐步从军政不分过渡到军政分工进一步分明，不同官吏的职责与权限也逐步明确；第五，蒙哥上台后，蒙古汗国军队的百分之八十左右掌握在他们兄弟手中，从而结束了窝阔台父子掌权时对绝大部分军队只有征调权而无隶属权的状况，蒙古大汗终于成为集政权与军权于一身的最高统治者。蒙古汗位从窝阔台一系转移到拖雷一系，是一次影响深远的变化，它在客观上为后来忽必烈的上台扫清了道路。
加强行尚书省对各地的统治据《元史·宪宗纪》记载，蒙哥大汗对全国各地的统治采取的是遍设行尚书省和亲王出镇并行的制度。以牙剌瓦赤等充燕京等处行尚书省事，赛典赤等佐之；以讷怀、塔剌海等充别失八里等处行尚书省事；以阿儿浑充阿姆河等处行尚书省事，法合鲁丁等佐之。早在成吉思汗时，就开始在被征服的中原和西域推行了行尚书省制。蒙哥当政时主要从以下几个方面加强对地方的统治：一是委派大汗的亲臣近臣出任行省长官。蒙哥在惩治、撤换各地反对派的同时，精心挑选了政治上可信、经验丰富、能力卓著的行省长官，从而进一步加强了对全国各地的有效统治；二是清理长期以来诸王贵族以权谋私的行为，加强对诸王贵族和商人的管理。《史集》记载，蒙哥曾下令凡从成吉思汗、窝阔台合罕和贵由汗时代以来，从他们和其他宗王处获得的玺书、牌子，全部收回，今后宗王们未经请示陛下的大臣，不得书写和颁发涉及各地区事务的令旨。这既是对以往弊政的改革，也是限制诸王贵族权利、加强中央汗权的一个重要措施。而规定诸王贵族和使者们乘坐驿马不得超过规定的数目，“不得沿途夺取居民的马匹”，“不得索取超过规定的供应物”，则是对诸王贵族、各级官吏欺压、掠夺百姓行为的一种限制；三是清查户口，核定税收，减轻百姓负担。早在窝阔台七年（1235），蒙古政权就曾经进行过一场户口普查和登记工作。蒙哥大汗即位后的第二年（1252），派出使者到汉地普查户口，规定“诸王、公主、驸马并诸投下不得擅行文字、招收户计”，所有人户均以现居登记入籍，与本处民户一体依例当差，违背者本人处死，财产没收。经过这次户口普查，全国户数比窝阔台时增加了20余万户。在斡罗思，他下令让拔都之弟别儿哥也进行了户口普查。在中东地区，则由阿儿浑进行了户口普查和赋税整理工作。
为了减少临时性的征派，蒙哥大汗规定，汉地每户每年纳银6两，称为“包银”。后来又改为每年每户征银4两，其中2两输银，2两折收丝绢、颜色等物。《史集》记载说：蒙哥大汗“规定了年税：在汉地各地区，一个富人应缴纳十个底纳儿，穷人则按比例缴纳一个底纳儿；在河中地区，缴纳同样的（数目）；在呼罗珊，富人缴纳七个底纳儿，穷人缴纳一个底纳儿”。“向牧地征收的名为‘忽卜出儿’的税，各种牲畜每一百头缴纳一头，不满一百头时，就什么也不缴纳。至于逋负，无论何地何人所欠，均不向居民收取”。对于各地百姓多年拖欠的赋税，蒙哥则下令免征。其“用意在于缓和臣民的处境，而不是增加国库的财赋”。他还曾经降旨：“命令收税人和文牍吏，不得徇私偏袒，不得收受贿赂。”以上措施对稳定蒙古汗国的统治，减少社会矛盾起到了积极作用。