汗位的确定1246年，在蒙古贵族和诸位大臣的强烈要求下，乃马真氏不得不召开库里台选汗大会。
窝阔台在世时，曾确定第三子阔出为大汗继位人，但阔出却死于征宋战场。窝阔台将阔出的长子失烈门养在汗廷，并曾说过“失烈门将成为大位的继承者和继任人”。因此当时不少人认为应该根据先可汗窝阔台的遗嘱，让失烈门继承汗位。但失烈门当时还是一个尿床的小孩子，根本不能处理军国大事。“脱列哥那要使她的亲生子贵由即位”，而拔都与贵由不和，认为拥立贵由不过是乃马真后的私意，于是拔都故意要使脱列哥那准备选举贵由为帝的忽邻勒塔大会迟迟不能召开，当大会终于召开时，他又借口“脚筋骨痛”，拒绝出席选汗大会。这年秋（九月二十四日至十月二十三日），选汗大会在距离和林不远的鄂尔浑河发源处的颗颗诺儿举行。在那里树起了2000多座帐篷，时人称之为“失剌斡耳朵”——黄色的帐幕城。经过反复协商，诸王、贵族和文武大臣们在汗位问题上达成了如下协议：“由于成吉思汗预定为合罕（继承者）的阔端业已去世（伯劳舍本作“不十分健康”；此处应指阔出），（脱列哥那哈敦则倾向于贵由），而按照（窝阔台）合罕遗命的（继位者）失烈门又未成年，所以最好还是拥立合罕的长子贵由汗吧。”“（贵由汗）战功卓著，脱列哥那哈敦又倾向于他这方面，大多数异密也与她一致。经过一番辩论之后，（全体都）同意拥立他（为汗）”。经过一番逊让和大家的一番恳请后，贵由终于登上了大汗的宝座。
当时，教皇英诺森四世派约翰?德?卜兰迦宾出使蒙古汗国，他参加了选举贵由为大汗的蒙古汗国的大聚会，并写下了自己的观感。贵由给卜兰迦宾的印象是他的严肃性，武士像（选自《成吉思汗》）拉施德也证明：贵由汗是有毅力的，是企图加强其政治统治的一位大汗。他认为窝阔台时代和乃马真氏摄政时期，中央汗权被削弱了；他要学习成吉思汗，加强汗权，理顺大汗与诸王贵族之间的关系。为此他采取了一系列措施。
处死女巫法提玛贵由即位后，第一件事就是审讯法提玛。因为当时有一个波斯人告发：“说她对阔端行巫蛊，使他得了病。”而“当阔端的病加剧时，他派遣一名急使去告诉他的兄弟贵由，病的发生是法提玛哈敦施行巫术的结果，万一发生了什么事，请追究她。接着就传来了阔端去世的消息”。重新被任用的镇海向贵由提醒了阔端使者所说的话，于是贵由下令对这位民愤极大的波斯女巫进行审判。“当她在棍棒拷打下承认之后，就把她（身体的）上下之口都缝住，裹在一块大毡里抛进了水中”，她的左右侍从们也都被处死了。
处理帖木格斡惕赤斤的未遂政变1243年五月，西征前线的贵由尚未回到蒙古草原，蒙古汗国的汗位虚悬还没有解决归属问题。“成吉思汗的兄弟斡惕赤斤那颜就想用武力和勇敢夺取大位。他抱着这个目的带着大军前往合罕大帐”。由于“事起仓卒”，脱列哥那后“遂令授甲选腹心，至欲西迁以避之”。耶律楚材建议：“朝廷天下根本，根本一摇，天下大乱。臣观天象，必无患也。”于是脱列哥那派出急使与帖木格交涉，说：“我是你的侄媳，对你存有希望。你这次带着军队和粮食、装备出动有何用意?所有的军队和兀鲁思都被惊动了。”同时她将在合罕身边做人质的斡惕赤斤的儿子斡台、孙子明里及其亲属和家仆统统归还给帖木格斡惕赤斤。“斡惕赤斤对自己的意图很后悔，便托词参加某人的追悼会进行辩解”。这时，“贵由汗已从远征中回到了叶密立河畔的大帐里。斡惕赤斤更加恼悔自己的作为，便返回自己的营地去了”。贵由上台后，着手调查斡惕赤斤事件，《草原帝国》记载了对这一事件的处理过程，其中说：“他先去调查他的叔父值得怀疑的帖木格斡惕赤斤的态度，因为后者曾企图攻击摄国皇后，并处罚了他的亲信们。”由于帖木格是守灶的幼子，属于皇族至亲，当时并没有将他处死，而是处死了其部下官员多人。
处死奥都剌合蛮，重新任用镇海等人贵由上台不久即处死了脱列哥那宠信的理财大臣奥都剌合蛮。《史集》记载，贵由给“奥都剌合蛮处了死刑，将汉地交给了撒希卜牙剌瓦赤（管理）”，并“恩赐了镇海，赐予他丞相之职”。《草原帝国》则说：奥都剌合蛮“因贪污而被诛，代之以马合谋牙剌瓦赤。克烈部景教徒镇海又重新被任命为丞相”。这里说明了奥都剌合蛮被处死刑的原因是“因贪污而被诛”。奥都剌合蛮地位的骤然上升，不单是因为他能给国库增加成倍的收入，还因为他是出身于穆斯林的著名商人，是由于脱列哥那皇后的亲信伊斯兰女巫法提玛极力推荐。丞相镇海虽然也曾经推荐奥都剌合蛮，但他毕竟是出身克烈部的景教信徒，毕竟是奥都剌合蛮推行回回教的一个障碍；而早已投靠了蒙古政权的牙剌瓦赤，信奉儒学和佛教的耶律楚材等更是脱列哥那和法提玛等人的绊脚石；这应该说是脱列哥那时期人事变动的主要原因之一。到了贵由时期，法提玛和奥都剌合蛮先后被处死，镇海等人重新被起用，这不仅与贵由企图加强汗权有关，而且与贵由的宗教倾向有很大关系。《草原帝国》也记载：“贵由表示对景教的关怀”，“他的主要大臣，他的教师合答黑和丞相克烈部人镇海都是景教徒”。法提玛和奥都剌合蛮的被处死，从某种意义上说正是蒙古汗廷汉法派、回回法派和景教、基督教派争夺汗廷权力、影响汗廷政策的一场尖锐的冲突与斗争。
干预察合台汗国的汗位继承成吉思汗西征前，在确定窝阔台为大汗继位人的同时，要求其诸弟、诸位亲王位下也要确定一位继位人。察合台位下的继位人是察合台的长子木阿秃干。但木阿秃干却死在了成吉思汗西征前线，察合台十分悲痛，仿照汉族的嫡长子继承制，确定木阿秃干的长子合剌旭烈兀为汗位继承人。1242年，察合台临死前明确表示将他的遗产交给长孙哈剌旭烈兀。贵由继位后却出面对察合台汗国的君位加以干涉：由于他与察合台的幼子也速蒙哥有情谊，“把察合台的（汗）位授予了也速蒙哥，并加强了他的权力”。正是这次汗位的调整，导致了后来察合台汗国长期的汗位之争。
整顿诸王贵族的违法行为在乃马真氏摄国时期，诸王贵族失去了大汗的约束，任意征敛，横行不法，造成了社会的混乱和百姓的灾难。贵由继位后立即着手对此进行整顿。不仅对当时普遍存在的违法乱纪行为进行了认真的追查和严厉批评，对于唆鲁禾帖尼母子遵法守纪的模范行为则给予了肯定与表彰，并重申了窝阔台可汗颁布的“一切法令”，这等于在混乱中重申了法律，恢复了秩序。
派遣各路统帅，加强对已征服地区的统治贵由也想以祖父成吉思汗为榜样，继续征服世界各地；而且坚持蒙古汗国内部的统一，不允许诸汗国已经出现的分立倾向。为实现自己的战略设想，“他派遣速别额台把阿秃儿和察罕率领无数军队前往汉地和蛮子地区附近，派遣额勒只带率领着指派的军队到西方去，并且下令从驻在伊朗地区的军队中，从每十个大食人中间抽出两个人参加远征，把敌对地区征服，首先要征服的是邪教徒们，他自己也决定随后也去（征服那里）”。八思巴文银圣旨牌（选自《成吉思汗》）“他还把突厥斯坦和河中交给了异密马思忽惕伯，并把呼罗珊、伊拉克、阿塞拜疆、设里汪、罗耳、起耳漫、谷儿只斯坦和忻都斯坦交给了异密阿儿浑阿合。对于他们每个人统辖之下的所有异密和篾力们，他都赏赐了诏书和牌子，他们都被委任了职务”。而对于其他被征服的地区，他也根据自己的意见和汗廷的需要，改变和调整了那里的国王和首领。但由于贵由在位时间只有两年而且体弱多病又酒色过度，他来不及继续成吉思汗时期的远征，此次四处派遣征服军的主帅，不过是加强对先前已经被征服地区的占领和统治，并由代表汗廷利益的将领前去掌握当地的军政大权而已。实际上另一个主要目的则是想对蒙古帝国内已经出现的各自为政和分立行为进行制止和约束。