长江形势紧张，22日，李宗仁采纳白崇禧的建议，飞往杭州，与蒋介石摊牌：中共大军，一旦过江，蒋介石与李宗仁只能有一人当家作主，一人出洋。蒋没有正面回答李的问题，突然提出成立”非常委员会”的功议，企图从幕后复出。李宗仁此时才算彻底心灰意冷。深思熟虑之下，似有所悟，自觉在今日的形势下，只有引退一途。23日，国民党行政院逃迁广州的当天，李宗仁决定飞往他的发样之地桂林，他以为西南还是一个完整的局面，或许在那里可重整旗鼓。主意既定，他派人打电话给空军司令周至柔，要周把原定派给他的“中美号”总统专机与何应钦的“追云号”专机互相对调，因为前一种飞机是四引擎大机身，桂林机场的跑道不能降落，在那种形势下，李宗仁不去广州去桂林的打算，无论对何应钦或周至柔，都是必须保密的。24日凌晨，李宗仁坐着南京公安局长的汽车到达明故宫机场。他自己那辆卡迪勒克座车和从武汉白崇禧那里派来的卫队，已先一日撤往华南。总统离京，政府的重要官员照例前往欢送，但他们根本不知道李宗仁的去向。7时许，一阵震耳欲聋的轰鸣声，李宗仁随着“追云号”升向天空。一小时后，李宗仁命令驾驶员改变航程，向桂林方向飞去。上午11时，“追云号”飞临桂林上空，因机场工人领不到工资闹怠工，与地面联络不上，盘旋了一会儿，就飞往柳州。下午1时，“追云号”又飞返桂林，下榻文明路130号私宅。李宗仁赴桂，蒋介石得知后很不安，因为蒋“引退”时，已有一个完整计划：到时逼李宗仁辞总统职，自己复出任职，以台湾作为他最后基地，守住沿海岛屿，保持与台湾相互照应；控制川滇，在西南留个后门，全力收拾两广，彻底消灭桂系势力以除心头之患。如今李宗仁留在桂林，那就无法实现心愿。于是蒋致函何应钦，表示“德邻兄凡有垂询，无不谒诚以答”，要他劝李“立即莅临广州，领导政府”。在蒋的花言巧语之下，在桂林呆了3个星期的李宗仁于5月8日飞抵广州。当天，李发表了一个公开讲话，表示“戡乱”到底的决心。李宗仁的讲话发表不久，人民解放军的军事行动如秋风扫落叶一般，长江流域形势告急。李宗仁得报后大为吃惊，急忙同何应钦、自崇禧商量如何应付危局，决定将西北、鄂北、湘南、赣南、粤东、闽西寺军事力量重新布署，全力保卫华南，以华南为军事中心，企图长期顽抗，阻止解放军前进。然而艰难的困境，使他好生不易鼓起的劲头顿时像泄了气的皮球一般。原来蒋介石的嫡系部队，唯蒋介石命令是从；通货膨胀无法阻遏，军费难以保证，李宗仁希望动用一些已存入台湾的美钞与黄金，蒋介石也不答应。
万般无奈之下，李派甘介侯赴美求援，但遭到杜鲁门总统的拒绝，此时，李已到了绝望的地步，但算盘还是打在蒋介石身上。他要何应钦出面，让蒋介石实践他所提出的“德邻兄凡有垂询，无不揭诚以阶”的诺言，从台湾运些黄金和白银来，以解燃眉之急。然而，此时蒋介石偕其儿子蒋经国“巡游”普陀、舟山、定海等地，对李宗仁主持的广州政府“不闻不问”。广州政府难以维持局面，5月20日，何应钦辞去行政院长职，不久由阎锡山接任。何应钦是国民党黄埔系中地位仅次于蒋介石的人，他的去职，使李宗仁更加烦躁焦虑。
与此同时，国民党军事失利消息接踵而至：5月27日，上海解放；6月，程潜、陈明仁等通电易帜……
7月14日，蒋介石从台湾草山飞抵广州，为解救广东岌岌可危之势，李宗仁向蒋介石提出调换行政院长人选，认为阎锡山年迈体弱，不能任事，他推荐精力充沛的白崇禧担任，但蒋没有表态；李又请求蒋把沿海兵团调到大庚岭以北地区，与白崇禧所指挥的部队紧密配合，蒋又十分冷淡地表示：以后再考虑。李宗仁力促使蒋介石能答应自己提出的要求，又于7月28日乘专机去见刚离广州赴台的蒋介石。此行李宗仁仍一无所获。
1949年10月12日，中国人民解放军已兵临广州城下。13日，李宗仁乘飞机离开广州，当晚停宿桂林，14日继飞重庆，躲进了西南腹地。