曹洞宗为禅宗南宗五家之一，由良价禅师住持宜丰洞山时所创立。其渊源有两种说法：一为取曹溪六祖慧能及六世孙洞山之名；二为取第二祖曹山，第一祖洞山之名，为了读音方便，次序作颠倒。
曹洞宗源出六祖弟子行思，传希迁，希迁传药山，药山传云岩，云岩传良价，因住瑞州洞山，世称洞山禅师。良价(洞山)传本寂，因住抚州曹山，世称曹山禅师。其说立五位君臣以为宗要。
良价(807-869)，禅宗六祖慧能下第六代，会稽诸暨(今浙江诸暨县)人，少时出家，青年时期到嵩山受戒，之后遍游禅林。他先去南泉(今安徽贵池境内)参谒普愿禅师(748－835)，深领紊契，随后又往沩山(今湖南宁乡境内)参谒灵佑禅师(771-853)，再在云岩(湖南潭州境内) 从师昙晟禅师。在昙晟处因问“无情说法什么人得闻”有所领会。临别时又问昙晟说∶“和尚百年后，有人问‘还貌得师真否？’如何祇对？”昙晟良久说∶“祇这是。”
昙晟圆寂后，良价离开云岩又先后云游了鄂州、袁州、吉州、宣州、建昌等地。唐大中十三年(859)，良价来到宜丰洞山，当他涉趟洞水时睹影，顿悟前旨，因是终止云游，从此驻锡洞山，宣讲他所悟是的禅宗心法，一时四方徒众纷纷前来学法。
本寂(840～901)，泉州莆田(今福建莆田县)人，十九岁出家，往高安参良价。良价问他叫什么名字？本寂回答说∶“本寂。”良价说∶“向上更道！”本寂说∶“不道。”良价说∶“为什么不道？”本寂说∶“不名本寂。”良价很器重他。
盘桓数年，欲辞去。良价问他什么处去？本寂说∶“不变异处去。”良价说∶“不变异处岂有去耶？”本寂说∶“去亦不变异。”他往曹溪礼慧能塔，回到吉水(今江西临川县)，大众请他开法。本寂追念慧能的道风，便把吉水山改名为曹山，后又住荷玉山。
有僧问∶“于相何真？”本寂说∶“即相即真。”又有僧问∶“幻本何真？”本寂说∶“幻本元真。”又问∶“当幻何显？”本寂说∶“即幻即显。”
他曾注《寒山子诗》，文辞遒丽，盛行于世。有《抚州曹山元证禅师语录》一卷、《抚州曹山本寂禅师语录》二卷。法嗣有曹山慧霞、鹿门处真等十四人。本寂传受良价的五位铨量，深明要旨，撰《解释洞山五位显诀》等，振洞山家风。但曹山法系四传之后便断绝。
良价圆寂后，洞山众僧推举道全为洞山住持。道全为洞山禅学作了了承上启下的贡献。良价另一法嗣道膺(835－902)一脉绵延趋盛，传到天童正觉(1091-1157)时，曹洞宗再度广扬天下，国内许多著名禅林都是由曹洞宗法嗣所创。正所谓“今天下举宗者，往往推少林，而少林所宗者盖曹洞也”( 赵宝俊《少林寺》)。
道膺，幽州玉田(今河北玉田县)人，出家后，初学习声闻律仪，后往翠微山参无学(丹霞弟子)，继到洞山参良价，领会洞上的宗旨。良价印可说∶“此子以后千人万人把不住。”后来在云居山开法，徒众多到一千五百人。
早在良价住持洞山时，便有位叫瓦室能光的日本僧人到洞山参师良价，并在洞山住了30年。 新罗(今朝鲜) 僧人利严(870-936)嗣法于道膺，归国后在须弥山建广照寺，创须弥山派。
云居道膺递传同安道丕、同安观志、梁山缘观、太阳警玄(943～1027)。警玄晚年和浮山法远(？～1067)很相契，而法远已嗣临济宗，警玄于是作了一首偈，连同皮履一双、布直裰一件交与法远，托其代求法器，传续洞上宗风。
警玄寂后二十余年，投子义青(1032～1083)游方到浮山，参法远，体究三年，豁然大悟。于是法远即将警玄的皮履、布直裰交付他，令嗣传警玄的宗风。义青的法嗣有芙蓉道楷等九人。
道楷后来在芙蓉湖畔结庵接化学人，其下有丹霞子淳(？～1119)、鹿门自觉等。子淳下有天童正觉及长芦清了等九人，曹洞宗至此再次大盛。
正觉(1089～1157)，隰州(今山西隰县)人，幼年出家，十八岁时到诸方参学。先往汝州的香山谒枯木法成，宣和六年(1124)继承子淳的法席。平生历主泗州的普照寺、舒州的太平寺、江州圆通寺、能仁寺、安定长芦寺、明州天童寺、杭州灵隐寺等。其中住持天童寺的时间最长，前后近三十年。有《宏智禅师广录》九卷行世，法嗣有雪窦嗣宗等十四人。
正觉认为心是诸佛的本觉、众生的妙灵，只因疑碍昏翳，自作障隔。如能静坐默究，净治揩磨，把所有的妄缘幻习去掉，不被一切包裹，清白圆明，便能事事无碍。正是根据这种思想，正觉倡导 “默照禅”。
清了(1089～1152)，号真歇，左绵安昌人，出家后参子淳，契悟。既而辞别子淳游五台，入汴京，访谒禅讲名席。又南游真州(今江苏仪征县)到长芦山，谒祖照道和。宣和五年(1123)，继承道和的法席，学者达千七百人。其后历主四明的补陀寺、台州的天封寺、福州的雪峰寺、明州的育王寺、温州的龙翔寺、杭州的径山寺、皋宁的崇先寺。关于他的言行，有《真歇清了禅师语录》二卷。法嗣有天童宗珏等十三人。
清了作有《华严无尽灯记》，融华严家的思想入禅。又作有《净土集》，说“功高易进，念佛为先。”并主张“直将阿弥陀佛四字作个话头，二六时中自晨朝十念之顷，直下提撕。”有融会禅、净、教各宗思想的倾向。
天童正觉下，没有杰出的宗师，数传之后，法脉不明。长芦清了下，经过天童宗珏、雪窦智鉴两传至天童如净(1163～1228)。如净，明州苇江人，出家后勤习经论，十九岁时到诸方参学，登雪窦山，参智鉴，经过几次激发，豁然有省。后来浪迹江湖二十余年，嘉定三年(1210)受请住持建康清凉寺，后住台州瑞岩净土禅寺，临安净慈禅寺，明州定海县瑞岩寺等，宝庆元年(1225)移住天童寺。关于他的机缘语句，有《如净和尚语录》二卷、《天童山景德寺如净禅师续语录》一卷。法嗣有鹿门自觉、雪庵从瑾、永平道元三人。
道元，日本京都人，如净付以道楷传持的袈裟、《宝镜三昧》、《五位显诀》及自赞顶相。道元回国后，开立日本的曹洞宗，迄今不衰。对于行持，偏重打坐，认为打坐可离五欲、除五盖，不必烧香、礼拜、念佛、修忏、看经。
鹿门自觉一系，经过青州一辨、大明宝、王山体、雪岩满，五传有万松行秀。行秀(1166～1246)，河内(今河南沁阳县)人，十五岁时出家，后来行脚到磁州的大明寺，参雪岩满，满付以衣、偈。既而回到中都(金代称今北京巿为中都)，住万寿寺。
金章宗景仰他的道行，请入内廷，敷座说法。又命住持大都(即北京)仰山栖隐寺，更移住报恩、洪济。金正大七年(1230)，重新住持万寿，道化很盛。既而退居报恩从容庵，独处幽室，作《从容庵录》六卷，评唱天童正觉的《颂古》。又作《请益录》二卷。此外有《祖灯录》六十二卷、《释氏新闻》、《鸣道集》、《辨宗说》、《心经风鸣》、《禅悦法喜集》等若干卷。又有净土、洪济、仰山、万寿等语录行世。法嗣有林泉从伦、千松明得、华严至温、雪庭福裕四人，而传承其法脉的是福裕。
福裕(1203～1275)，太原文水(今山西文水县)人，二十二岁时出家，后来到燕京参行秀，亲炙十年，道誉日隆。于是往西京，住持少林寺，为元帝室所礼重，世祖忽必烈即帝位，命总领释教。
福裕下八世有宗镜宗书(1500～1567)，宗书的法嗣有廪山常忠(1514～1588)、少室常润。曹洞宗的寿昌、云门二支，即出此二人。
寿昌系以常忠的法嗣慧经在建昌府新城(今江西黎川县)寿昌寺接化得名。慧经(1548～1618)，号无明，抚州崇仁(今江西崇仁县)人，二十一岁出家，往廪山依常忠。二十四岁，知有教外别传之旨，切志参究，于是入峨峰，立誓不发明大事不下山。住了三年，因阅《传灯录》得悟，得常忠印可。
山居二十四年，应请住宝坊寺，四方衲子闻风而至。后访袾宏(莲池大师)于云栖，又入少林礼初祖塔，往京都谒达观真可，又入五台参瑞峰广通得受临济宗旨，既而回住宝坊，开堂说法。万历三十八年(1610)，应请住寿昌寺，接化甚盛。有《无明慧经禅师语录》四卷。法嗣有大舣元来、永觉元贤等。他倡导看话禅，说∶“参学之士，道眼未明，但当看个话头。”又说∶“念即佛，佛即念”、“念佛心即净土”。
元来(1575～1630)，又名大舣，字无异，庐州舒城(今安徽舒城县)人，十六岁出家，往谒慧经，受曹洞法门，为首座，时年二十七岁。次年应请到信州(今江西上饶县境)，不久迁到博山能仁寺，法事日隆。既而又到福州，为鼓山涌泉寺的开山师。后回博山，声名更盛。明末在吴、越、江、闽间，大阐宗风，学士大夫礼足求戒的前后不下数万人。关于他的言行，有《无异元来禅师广录》三十五卷、《博山无异大师语录集要》六卷。弟子有瀛山智訚等，为洞宗博山系。
元贤(1578～1657)，字永觉，建阳(今福建建阳县)人，初习儒家程、朱学说，后在山寺读书，听人诵《法华经》，感觉周、孔之外别有此一大事。遂往董岩参慧经，有得。四十岁时弃家，往寿昌寺落发。有一天，他和慧经问答，身心豁然。嗣法后，应请主持福州鼓山涌泉寺，前后三十年，道望甚高，曹洞的纲宗于是大振。但他是先学临济，后学曹洞的。他在所撰《三玄考》的序言中说∶“予三十年前学临济，三十年后学曹洞。自从胡乱后，始知法无异味。”所著有《洞上古辙》、《永觉呓言》、《续呓言》、《补灯录》、《继灯录》、《禅余内外集》等书共二十余种，凡八十余卷。法嗣道霈将其生平语录及部分著述辑为《永觉元贤禅师广录》三十卷。
道霈(1615～1702)，字为霖，建宁建安(今福建建瓯县)人，十四岁出家，十八岁到诸方参学，于台、贤、性、相的旨趣得其纲领。后到鼓山谒元贤，专事参究。元贤八十岁时传法给他，继承法席，前后二十余年。鼓山一时成为东南一大法窟。道霈虽是洞下的宗匠，却极推崇天台宗的智顗，自称私淑比丘。他说∶“入禅后专事参究，而诸教乘束之高阁；又十载，罢参后，再取当年所习教法读之，方知原是自家祖翁田地，自是复加钻研，首事华严，次事法华，……”可见他是宗、教融会的。
道霈为清初释门大著述家，著书二十余种，有《秉拂语录》二卷、《餐香录》二卷(又作八卷)、《还山录》四卷、《云山法会录》一卷(又作三卷)、《旅泊庵稿》四卷、《圣箭堂述古》一卷、《禅海十珍》一卷及《沩山警策指南》一卷等。元贤、道霈二代为寿昌系极盛时期。道霈递传惟静道安、恒涛大心、圆玉兴五、象光法印、淡然法文、常敏法浚、徧照兴隆，是为洞宗鼓山系。
云门系是以少室常润传大觉方念(号清凉)，念传圆澄在绍兴云门接化而得名。圆澄(1561～1626)，号湛然，会稽(今浙江绍兴巿)人，幼年出家，后来专事参究，万历十九年(1591)，方念到绍兴说法，圆澄往谒，为方念所印可，付以大法。自此聚徒说法，大唱曹洞家风。万历四十二年(1614)，在绍兴的广孝寺开法，后主径山万寿禅寺、嘉兴福城东塔寺、绍兴云门显圣寺、天华寺，前后二十年，法席大振。著述有《宗门或问》、《概古录》各一卷，又有《湛然圆澄禅师语录》八卷行世。
他把一切法门摄归一心，他说念佛是念此心，看教是辨此心，持咒是护此心，参禅是参此心；又说此心即定、慧，非心外别有所谓定、慧。并在所撰《法华意语》一卷、《金刚三昧经注解》四卷、《楞严臆说》一卷等书中高唱一心法门。嗣法百丈明雪，雪传破闇净灯，灯传古樵智先。
净灯主持焦山定慧寺三次，智先继承他的法席，改披剃子孙制为十方传贤制，振兴曹洞的宗风。其后著名的禅僧有敏修福毅、济舟沈洮、月辉了禅、芥航大须等，是为洞宗焦山定慧寺系。
禅宗五家中，沩仰、云门、法眼三家，宋以后皆失传，只有临济、曹洞二家并存。然而曹洞的法脉不及临济之盛，有“临天下，曹一角”之说，特别是到了清代，只上述寿昌、云门二支传衍。然而慧经下元来一系很早就无从考核，元贤一系到太平天国军兴之后也一蹶不振，只圆澄下以江南诸寺仅焦山获免于兵火，得以绵延迄于晚近。
近代著名高僧圆瑛法师承继曹洞宗第四十六代祖师，圆瑛法师传其弟子明旸法师，明旸法师1995 年传付台湾慧律法师。
曹洞宗的思想渊源，可上溯到石头希迁，是“即事而真”的见解。希迁读《肇论》的“会万物为己者其惟圣人乎”一句而有会于心，写成一篇《参同契》，说明理事参同回互，每一门都有一切境界在。到云岩昙晟，他提出“宝镜三昧”的法门，意谓人观万象，应该和面临宝镜一般，从而说明“由事相上能显出理体”的境界。以后五位功勋，偏正回互等思想皆导源于此。
良价禅学思想的真正形成是在他涉足洞山时，他看到水中映着自己的倒影，顿时“大悟彻悟”，由是作偈语：
切忌从他觅，迢迢与我疏。渠今正是我，我今不是渠。
我今独自往，处处得逢渠。须应凭么会，方得契如如。
此后，良价陆续作了《玄中铭》、《五位君臣领》、《五位显诀》等偈颂，用“正”、“偏”、“兼”3 个概念配以君臣之位来对其教义加以阐述。良价在所撰《玄中铭》中说∶“森罗万象，古佛家风。”又说∶“坐卧经行，莫非玄路。”曹洞宗所说五位，有正偏、功勋、君臣、王子等四种，其中正偏五位、功勋五位都是良价的创说。
良价《五位君臣颂》云∶“正中偏∶三更初夜月明前，莫怪相逢不相识，隐隐犹怀旧日嫌。偏中正∶失晓老婆逢古镜，分明觌面别无真，休更迷头犹认影。正中来∶无中有路隔尘埃，但能不触当今讳，也胜前朝断舌才。偏中至∶两刃交锋不须避，好手犹如火里莲，宛然自有冲天志。兼中到∶不落有无谁敢和，人人尽欲出常流，折合还归炭里坐。”
依本寂的解释，正是体、是空、是理；偏是用、是色、是事。正中偏是背理就事，从体起用；偏中正是舍事入理，摄用归体；兼是正偏兼带，理事混融，内外和合，非染非净，非正非偏。
功勋五位是向、奉、功、共功、功功五位，用以判断修证的浅深。有人问∶“如何是向？”答云∶“吃饭作么生？”“如何是奉？”曰∶“背时作么生？”“如何是功？”曰∶“放下头时作么生？”“如何是共功？”曰∶“不得色。”“如何是功功？”曰∶“不共。”
良价还撰有《宝镜三昧》、《纲要偈》、《新丰吟》。此外还编纂过《大乘经要》一卷。良价的言语经其弟子整理成《曹州洞山良价禅师语录》、《筠州洞山悟本禅师语录》各１卷，被曹洞宗信徒视为经典。至于良价的其他诗作及玄言，则散见于历代有关宗教著述中。
当本寂向良价辞行时，良价传以《宝镜三昧》，并说∶“末法时代，人多干慧。若要辨验真伪，有三种渗漏∶一曰见渗漏，谓机不离位，堕在毒海；二曰情渗漏，谓滞在向背，见处偏枯；三曰语渗漏，谓究妙失宗，机昧终始。学者浊智流转不出此三种。”这也说明他辨别来机的绵密功行。
良价于唐咸通十年(869)端坐圆寂，唐懿宗谥以“悟本禅师”法号。良价身葬洞山，立以石塔，号“慧觉宝塔”，后世俗称“价祖塔”。
又洞山常常教人“行鸟道”。人问∶“如何是鸟道？”曰∶“不逢一人。”问∶“如何行？”曰∶“直须足下无私。”问∶“莫便是本来面目？”曰∶“汝何颠倒？”问∶“学人什么颠倒？”曰∶“认奴作郎。”问∶“然则如何是本来面目？”曰∶“不行鸟道。”这也是曹洞宗应机接物的特色之一。
唐大中十三年(859)，良价云游到洞山，在此募邑民雷衡之地建广福禅寺，衡施以环山肥田3000余亩作寺产。唐朝末年，淮南节度使杨行密捐资扩大洞山寺宇。
北宋咸平年间，广福寺易名为“功德禅寺”，宋真宗赵恒为禅寺专门书写了匾额。绍圣五年(1098)，宜丰同安女佛徒雷四十三娘为纪念良价洞山悟道，捐资在良价当年“睹影逢渠”的洞水(今葛溪，洞山禅寺前)之上建起一座单拱石桥－－逢渠桥。元初，胡俊孚施资扩修寺宇。元末，洞山寺宇俱毁于兵燹。
明万历年间，寺基丈量入公产版籍。至崇祯年间，本县举人戴国士得其产，于是再倡修复洞山，特延请匡山高僧净聪到洞山。净聪在此重整寺宇，张扬曹洞正宗，四方僧侣日众，洞山法锡由是复振，净聪也因之誉为洞山“中兴第一祖”。
清康熙十一年(1672)，是时洞山寺宇已更名为普利寺，重建洞山寺宇的后法堂(即藏经阁)及僧房。嘉庆二十三年(1818)，洞山正宗38世住持海寿在后法堂门楣正中立起大匾，上书“佛在性中”，对良价的禅学思想作了高度概括。
洞山现存禅迹及宗教主要景观有后法堂、价祖塔、佛塔林、逢渠桥、夜合山、拐杖山、木鱼石、考功泉、聪明泉及罗汉松等。佛塔林规模甚大，仅洞山禅寺周围各山头，就有自唐至清历代佛塔大小近50座，其中“慧觉塔”(良价墓塔)被中外曹洞宗僧徒奉为祖塔。20世纪80年代初期，江西省宗教事务部门拨专款对洞山开始全面整复，使曹洞宗祖庭原貌重新展示于世。