先是崇焕在宁远专主款。六年十月。遣喇嘛僧镏南木座等往大清军中唁，问意欲议和。僧回，上诏曰：喇嘛请劝之书诈也。宜整以备之。无为逊言所愚。七年二月，崇焕奏敌使恭顺求款。上亦谓诚伪未可信。七月。崇焕以主侦敌之说，物议纷纷。遂以病乞归。故和议未就。及思宗元年七月癸酉，召崇焕于平台，慰劳甚至。问边关何日可定？
崇焕应曰臣请五年为陛下肃清边陲。上曰：五年灭敌，朕不吝封侯之赏。时四辅臣钱龙锡等侍立。俱奏曰：崇焕肝胆、意气、识见、方略，种种可嘉，真奇男子也。上悦。赐茶果瓜饼而退，焕出，朝臣问五年之期，当有定算否？焕曰：上期望甚迫，故以五年慰圣心。识者曰：主上英明，后且按期责效，崇焕不旋踵矣。时期议忧毛文龙难驭，大学士钱龙锡，过崇焕语及之，遂定计出，癸未赐崇焕尚方剑。先是降将李永芳，献策于大清主曰：兵入中国，恐文龙截后，须通书崇焕，使杀文龙，佯许还辽。大清主从之。崇焕答书密允，复以告病回籍，乃寝。至是，再任，思杀文龙，则辽可得。因奏减岛粮兵变可图，遂减八万，止解二万八千，后竟不解。时屯田主事徐尔一在籍叹曰：辽左兴师十载，任东事者，如经略杨镐则丧师，袁应泰则陷城，熊廷弼则败逃，巡抚王化贞则失机，总兵刘綎则阵亡，马林则挫锋，其余不可胜述，而投降者，亦不知几许，未有如毛师开镇九年，护持两国，复城献俘者，而庙堂诸臣，反生异议，裁减军饷，军饷一减，则将士灰心矣。遂上疏，竟不省。