洪承畴精韬钤，率曹文绍、曹变较、贺人龙等，凡破贼于宁塞、于西安、于延北、于西濠、于庄浪，斩贼渠神一魁等，招降中斗星等，先后剿获甚众，由是张献忠与延安贼李自成，奔盩鄠间。
六月，陈奇瑜围自成于汉中车厢峡。会连雨四十日，弓矢俱脱，贼马乏刍，死者过半。自成大窘，乃自缚乞降。奇瑜许之，各给免死牌籍。七月七日辛卯，贼至凤翔，藉口奉督抚檄，安插城内，守臣知其诈，给以门不敢启，须缒城上。先登三十六人，尽杀之。奇瑜因借为辞，劾地方官绅挠偾抚局，命缇骑逮宝鸡知县李嘉彦、凤翔乡绅孙鹏等五十余人，下狱。
李自成陷登城，围郃阳门，洪承畴兵至，解围去。转寇平凉、邠州。八月，自成陷咸阳，杀知县赵济昌，官兵至，贼弃金帛饵官兵，竟西遁。屯干州，招之，不听。复陷陇州，贼到处乌合，简精壮为前驱，收妇女老弱，急则用之，饵官军，故诸臣动称斩馘报捷，贼势实不减。
陈奇瑜报降贼一万三千有奇。先是，众贼为洪承畴所逐，窜汉中。二月，陷兴山；壬申，入瞿塘，陷夔州。三月川兵败贼于巴州。据巴西诸险贼，不能度，且饥无所得食，故乞降于奇瑜。奇瑜降檄诸部按甲无动，遣官监护降者，且檄所过郡邑为具饥粮传送之。诸贼举无降意，又未大创，徒以饥疲困于地险不得逞，既度栈道，已出险，渐不受绳束，仍事杀掠，所至罢市，贼遂尽杀监视官五十员，攻陷麟游、永寿，势不可遏矣。此八月事。
闰八月，陈奇瑜至凤县，时贼益炽，北接庆阳，西至巩昌，西北至邠州、长安，西南至盩鄠、宝鸡，众殆二十万。奇瑜始悔其见愚，急分兵出御，而兵已寡矣。九月，贼陷灵台、崇信、白水、泾州，复陷扶风。
洪承畴遣总兵左光先等，援陇州贺人龙，围始解。十月，左光先击自成于高陵富平间，斩首四百余级，自成佯求抚，真宁知县王家求遽信之，出城招谕，失其印。甲寅，陕西巡按傅永淳，上言汉南降贼陷城，破邑，所在骚然，皆由奇瑜专主招降，谓盗心已革，不许道途讯诘。
故郡邑不敢问，开门揖盗，剿抚两妨，皆奇瑜之流毒也。山西巡抚吴牲，亦言招安流盗，最宜慎重，彼狼子野心，势难驯伏，况边地穷荒，芜居无食，仅曰免死，遂甘心易虑乎哉？上以秦盗猖獗，逮巡抚练国事命李乔巡抚陕西。十一月，削总督陈奇瑜职，听勘。十二月，进洪承畴兵部尚书，总督河南、山西、陕西、湖广、保定、真定等处军务，其总督三边如故。
自缚乞降，贼窘甚矣。虽不即杀，亦宜分遣，乃给牌以遗后患，岂计之善者，宜物议之沸腾也。