1945年7月15日，哈利·S.杜鲁门抵达被摧毁后的柏林，参加与温斯顿·丘吉尔和约瑟夫·斯大林的首脑会议。在波茨坦的郊外，三大首脑计划并讨论如何最好地安排被占领的德国以及被战争摧毁的欧洲。然而，杜鲁门认为欧洲的未来应给美国更多的优先权：在太平洋结束战争。最后，这位愤怒的密苏里州人决定争取使斯大林确定何时苏联参战打击日本。杜鲁门还想利用波茨坦会议发布最后联合通牒，即要求日本人无条件投降。
当总统专机于7月的一天降落在嗄托机场时，世界上第一个原子弹的测试的倒计时在新墨西哥城已经开始了。如果这次爆炸成功，将给杜鲁门这位野心勃勃的桥牌手一张对付斯大林和日本的王牌。
第二天，杜鲁门在被摧毁的柏林街道上巡视。当他返回到“小白宫”时——曾经属于一位德国电影制片人的别墅——陆军部长，亨利·史汀生交给他一份从乔治·哈里森发来的机密电报，他是史汀生在原子能事务上的特别助理：诊断还没有出来，但结果似乎令人满意。格罗夫斯很满意。从而，总统知道了原子弹的实验成功了。没一会儿，史汀生交给杜鲁门一份从哈里森发来的信息：
博士非常兴奋并确信“小男孩”像他的哥哥一样是爱斯基摩人。从这里到高举（例如可以到史汀生在长岛的房子），可以辨认出他眼中的光芒，从这儿到我的农场，我可以听到他的哭声。
杜鲁门非常高兴。随着钚弹测试的巨大成功以及可预料到的尚未测试的“小男孩”——铀弹的成功，他可以按美国的条件结束战争——无须再侵袭日本或向斯大林妥协而得到他的帮助。杜鲁门对他在波茨坦的助理说，原子弹的发现是历史上最伟大的事。总统同意向日本投放一个或多个原子弹的这件事愈加可能了。
只有日本接受杜鲁门在波茨坦提出的无条件投降的最后通牒，才有可能让总统放弃使用原子弹。而且许多因素——其中有一些语义学的细微差别——都会促成杜鲁门所谓的“日本迅速投降”这一不可能的事实。
一位将书写历史的人不管他如何决定，事实上在承担可怕的总统职责前，他还未听说过“曼哈顿工程”或是原子弹。作为罗斯福1944年总统的竞选伙伴，杜鲁门对此一无所知。在其副总统任职的11周期间，他与总统的私人会面仅仅两次，而且均没有被告之这项国家的最高机密。只是当一次命运性的事故使他成为美国第33届总统之后，他才了解了什么将很快成为致命武器。
在杜鲁门宣誓就职之日，史汀生几乎是毫不经意地向他提到美国多年来一直在研究一种非凡力量的武器。即便那时这位战争委员会部长也没用“原子弹”一词，因为他担心会马上给这位总统带来太多的压力。毕竟，当这位男士在听到罗斯福的死讯时，叹息着说：“我还不足以胜任总统的工作。”
直到4月25日——来自51个国家的代表汇集在旧金山参加联合国第一次会议，史汀生和格罗夫斯将军才将曼哈顿项目向杜鲁门做了一个全面的介绍。他们告诉他，在不到四个月的时间里美国将测试钚弹。史汀生说，如果爆炸成功，美国就会“拥有人类历史上最可怕的武器”。他还补充到，一颗炸弹就能毁灭一个城市。
这样，在杜鲁门任职不到两周的时间里，他就不得不面对这个让人恐惧的问题——如何使用原子分离释放出的能量。没有人制定过一个官方政策。前任总统罗斯福总统1944年9月在魁北克与丘吉尔会面，同时两国领导人联合签署了一份备忘录，旨在英美同盟共建“合金桶”——英国人对原子弹的代称。
在听了格罗夫斯和史汀生的汇报后，杜鲁门让战争委员会部长召集所有的委员，向他介绍被释放的原子的衍生物以及他们的用途。一个星期之后，杜鲁门同意了史汀生组建的临时委员会。史汀生担任委员会主席，副部长乔治·哈里森作为副主席，委员会还有另外六个成员：政府副部长威廉·L.克雷顿、海军副部长拉尔夫·巴德、万尼瓦尔·布什、詹姆斯·科南特和卡尔·康普顿，以及战争动员委员会前主席、杜鲁门个人代表詹姆斯·贝尔纳。
在几次预备会议之后，5月31日临时委员会主席史汀生在五角大楼的办公室召开第一次全体会议。格罗夫斯将军和乔治·马歇尔将军作为军队首长也参加了这次会议，与会者还包括物理学家欧内斯特·劳伦斯、恩里科·费尔米、罗伯特·奥本海默和卡尔的兄弟阿瑟·康普顿。史汀生任命后四位先生作为顾问成员对“曼哈顿工程”中的科学家给予指导。
史汀生宣布每日开会的日程，安排原子能武器的战后研究、发展和国际间的控制。史汀生描述原子能的使用是人类与宇宙关系的革命性的变革，美国希望其得到最大的利用。史汀生又说到原子能既可以维护世界和平又有可能毁灭人类文明。
接着，史汀生要求科学家们讨论原子能武器的应用。科学家们解释到在阿拉默果尔多测试的第一枚原子弹的威力相当于2000～20000吨炸药爆炸所产生的能量。但是，在两年内，原子弹的威力有可能发展到5万～10万吨炸药爆炸所产生的能量。劳伦斯提议美国在战后建立原子弹库，用以保持对于苏联的战略上的优势。
在会议中，向日本投放原子弹的问题第一次被提出。坐在史汀生旁边的阿瑟·康普顿向战争委员会提出，是否有可能在投弹攻打日本前进行一次非军事的实弹演习。他指出，这样一次的实战演习会迫使日本领导人屈服投降。史汀生认为此事值得讨论并号召委员们给予评论。
委员们提出了很多有关爆炸演习的意见，同时又因为这样或那样的原因被否决掉。讨论提出，如果日本领导人事先得到警告，他们依然有足够的空军力量去击落载有原子弹的飞机。如果击落的原子弹被证实是一颗未炸的原子弹，这只会更加加强日方继续作战的愿望。如果测试在中立领土上进行，日本领导人会认为它可能是伪造的。“尽管——演示并不会摧毁人们的生命——这种可能性是非常具有吸引力的，”阿瑟·康普顿回忆到，“没有人能提出一个使测试非常具有说服力以至于可以用来停止战争的方法。”
随着原子弹演示想法的出局，史汀生组织会议讨论原子弹可能带来的物理影响。奥本海默说，一个原子核爆看得见的效果是十分壮观的，在以2/3英里为半径的范围内它可能会将20000人致死。
格罗夫斯补充到，他的工程师和科学家们对于新武器释放的巨大能量充满信心；他特别强调了原子弹的用处。“我想我有责任劝告大家应该投放原子弹”，格罗夫斯后来回忆道，“毕竟，每天我们许许多多的同胞都在不断失去生命。”主席直率地提醒委员会，已经有20多亿美元投入到原子弹的相关工作中去了。“我们的工作是相当昂贵的，”他事后写道，“随着时间的流逝，我们在这个项目中倾注了越来越多的金钱和力量，政府开始不断促成原子弹的最终使用。”
临时委员会会议的结果就是建议杜鲁门总统使用原子弹并无须警告日本政府，以产生最大限度的心理震撼。委员会建议投放原子弹的目标应是“一个军事装备区或是军工厂，它们紧挨着或是被最易摧毁的房屋和其他建筑物所包围”。
在临时委员会做出决议前，马歇尔将军就已经命令格罗夫斯组织一批科学家和军事战略分析家去评估在日本的潜在攻击目标。格罗夫斯后来写道，目标应该使那里的建设将最大限度地影响日本人继续战争的愿望。如果可能，目标也包括下列一些地方，即还未被空中力量所严重袭击，因为这样便于精确估计由原子弹爆炸带来的损失和破坏。
委员会就目标的确定已进行了许多次会议。到5月28日，将选择锁定在四个城市：
小仓，位于九州最南边的岛屿，是日本最大的军需品工厂之一；
长岛，位于本州的主要岛屿，是一个主要的日本海军保卫队装配点，同时它也是众多军工厂的窝点；
新潟，，是日本的一个海港，它包含着一个大型的铁制品厂，一个主要的燃油精炼厂以及一个油料贮备库房；
京都，作为日本的首都已经有１０００多年的历史，也是当前多所大学、宗教圣地和众多军工厂的聚集地。
第二天，格罗夫斯告诉史汀生目标已经确定，并将名单提交给马歇尔将军。史汀生要求尽快看到报告。格罗夫斯拒绝了并认为目标的选择是一项军事行动，马歇尔应该先看名单。这位军事委员会部长答道：“这是一个由我自己就可以解决的问题。马歇尔并不能做出决定。”当格罗夫斯最终向史汀生读出了所选城市的名单时，他立刻将京都从名单中剔除，而对格罗夫斯关于此城市“是为我们提供充分了解原子弹爆炸所带来的影响的地区”的争论充耳不闻。
史汀生深深地知道自己拒绝这个有诱惑力的目标的原因。16年前，作为菲律宾的地方长官，他曾经访问过京都，并对它的历史古迹以及它在日本宗教和社会中的崇高地位有着深刻的理解。他已经考虑将战败的日本作为美国在亚洲的首要战后基地。他相信摧毁像京都这样的城市只能增加日本民众的愤恨。史汀生的解释不能说服格罗夫斯；直到波茨坦会议，格罗夫斯还要求部长将京都重新放到目标名单上。到7月份，少将成员柯蒂斯·伊·李梅的XXI轰炸机的指挥官将长崎作为第四个目标城市，京都暂时脱离了危险。
像“曼哈顿工程”其他事情一样，目标委员会和临时委员会的讨论都被列为高度机密。但是研究原子弹的科学家们是一群有对立思想的人，就在没有警告的情况下是否投放原子弹，在全国范围内的实验室里展开了长期激烈的讨论。
这种有科学依据的抗议开始于1944年末，并一直持续不断。格罗夫斯将军作为这个武器的狂热支持者没有预料到这一结果。从一开始，了解“曼哈顿工程”的每一个人都担心德国先一步研制出原子弹。一位科学家回忆说：“我们无时无刻不在被提醒着——赶上德国是我们的职责。”在1943年末，格罗夫斯组织一个调查工作组，负责侦察盟军进入欧洲的情况以及评估德国在原子弹研究方面的进展。格罗夫斯从陆军G-2、海军、战略部门或战略物资局抽调人力。G-2给这个任务取名为艾尔索斯——格罗夫斯的希腊语。格罗夫斯后来说：“我第一个想法就是给这个任务重新命名，但我决定改变这个名字只是为了引起别人对它的注意。”