蒙古帝国兴起之后，施政残酷，赋税繁重，但在宗教政策方面却出奇的开放，允许“百花齐放”。当然，一切均有一个前题：为大元帝国服务！刀光剑影之中，十字架、降魔杵、道锣袄火，好不热闹。蒙古人本身信奉的宗教，是一种多神的萨满教，即女巫跳大神的那种原始宗教，占卜烧骨，驱魔治病，祈祷“长生天”，信仰“三魂”，形式比较低级。成吉思汗时代，中原汉地的僧人海云和道士邱处机等人深得青睐，但并非是这些人的道行和佛法让铁木真开窍，主要是老可汗想从这些人身上得取“常生不长”术，典型的蒙古实用主义思想。蒙哥汗时代，密宗大和尚那摩获得信任，并在1255年僧道第一次于和林举办的“大专辩论会”上击败道士，蒙哥汗为此宣布：“佛门如掌，余皆如指”，把藏传佛教置于儒、道两教之上。三年以后，僧道第二次辩论会开平之辩，由忽必烈主持，由于他本人的“上师”就是吐蕃人八思巴，倾向性明显，自然佛教又获胜。
八思巴像讲起元朝的藏传佛教，必定要讲八思巴这个人。此人是萨思迦派首领萨班的侄儿，七岁时即能诵经数十万言，“国人号之圣童，故名曰八思巴。”萨班去世后，这位少年便被拥戴为萨迦派第五位教主。1252年，八思巴在六盘山与时任“总领漠南军事”的蒙哥汗之弟忽必烈相见。由于要行军经过藏地，忽必烈把八思巴请来，本是想让他协助蒙军到藏地征集军需物资。八思巴婉拒，表示说藏地地广人稀，财源稀少。忽必烈恼怒，便想马上打发八思巴回老家。但是，由于忽必烈的正妻察必信奉密宗，便劝夫君说，八思巴功德盛大，应该把他留下。此前，察必刚刚接受了八思巴的“喜金钢灌顶”。“灌顶”本是古印度一种宗教仪式，即取四海之水灌洒于国王头顶以致福运，后为密宗借用，常以此仪式向人行传法灌顶和结缘灌顶。女人喜欢这些奇怪的仪式，察必受灌后把自己价值连城的一粒硕大珍珠“贡献”给八思巴，崇敬得不行。枕边风最硬，忽必烈又传八思巴入见。为了保住萨思迦派在藏的优势，八思巴历数自己宗族教派长期以来在吐蕃、西夏、印度等地的崇高地位。派人察问，一切属实，忽必烈大悦，与八思巴日见亲近。
在老婆察必撺掇下，忽必烈也想“灌顶”。关系好归关系好，八思巴非要忽必烈在仪式上跪受仪式，以弟子身份膜拜“上师”（即八思巴本人）。忽必烈不悦，蒙古人当时正在兴盛的巅峰，自然不愿意宗教凌驾于世俗王权之上。最后，还是察必提出一个折中方法：“听法及人少之时，上师可以坐上座。当王子、驸马、官员、臣民聚会时，恐不能镇伏，由汗王坐上座。吐蕃之事悉听上师之教，不请于上师不下诏命。”这稀泥和得好，既让忽必烈脸面过得去，又给了八思巴在吐蕃“话语权”的实惠。皆大欢喜之余，1253年初，忽必烈在大营中接受“喜金钢灌顶”仪式。当时，“弟子”38岁，“上师”才16岁。
仪式结束后，忽必烈向八思巴“孝敬”了一块由巨大羊脂好玉雕成的印玺，并赠黄金白银珍宝袈裟无数。而后，有好长一段时间八思巴经凉州返回西藏，但师徒二人精神上的关系十分亲密。
忽必烈支持密宗、推崇藏传佛教的最初出发点，无非是想“因其俗而（怀）柔其人”，统战手段而已。但蒙古人一直缺乏健全的、高级的“精神生活”，佛教又“博大精深”，忽必烈很快就成为真正虔诚的佛教徒。中统元年（公元1260年），忽必烈继汗位后，马上封八思巴为国师，授其白玉大印，“任中原法主，统天下教门”。至元元年（1264年），忽必烈又设总制院（圣元二十五年改名为“宣政院”），负责蒙古的一切宗教事务，并让八思巴负责。所以说，忽必烈时代，八思巴成为元帝国的一切辖地的“精神领袖”，真正的“教皇”。藏传佛教，终于奠定了他们在蒙古统治地区的无上地位。
八思巴对元朝做的真正有实际意义的一件事，是至元六年奉诏创制蒙古新字，“其字仅千余，其母凡四十有一”。在此之前，蒙古人自己没有本民族文字，刻木结草记事而已。蒙古人兴盛后，主要以汉语和畏兀儿语传递文书和发布命令，“考诸辽（国）、金（国），以及遐方诸国，例各有字。今（蒙古）文治浸兴，而字书有缺，于一代制度，实为未备”，所以，八思巴的“蒙古新字”，终于填空了元朝“立国规模”的一顶大空白。由此，忽必烈“升号八思巴曰‘大宝法王’，更赐玉印”。八思巴“新字”，实际上是在藏文字母的基础上，又弄出整套方形竖写的拼音字母。由于他本人精熟梵语、蒙古语，又是学者出身，在弟子帮助下，鼓捣出这种文字方案，应该不是件很难的事情。但是，由于八思巴文难于习写，不能在帝国中下层以及汉人中间推行，元末渐废弃不用。现在，八思巴文的研究反而成为不少中外学者的“饭碗”，因为忽必烈时代不少公文、案牍、碑刻以及钱币上均有八思巴文，许多佛经也译成八思巴文。
1276年，八思巴回藏地。忽必烈依依不舍，一直把这位“精神导师”送到青海的阿尼玛卿雪山之下，二人才依依惜别。估计在大都八年多，大和尚得了“氧中毒”，四年之后，八思巴就病死，年四十六。忽必烈闻之震悼，赐号“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王、西天佛子、大元帝师”。基本把能用上的好字都用上了。
从八思巴本人讲，他不仅推动了蒙藏之间的关系，又加强了吐蕃藏地依附中原帝国的纽带，确实算个“好人”。而后，清朝帝王有样学样，进一步利用宗教关系加强了对西藏的统治，并推陈出新，创造出达赖、班禅等转世制度，确保了对藏地的统治。
此外，据元末作家叶子奇的《草木子》记载，忽必烈尊崇八思巴，还有以下的一个原因：
世祖（忽必烈）既定天下，从容问刘太保（刘秉忠）曰：“天下无不败之家，无不亡之国，朕之天下，后当谁得之？”刘（秉忠）曰：“西方之人得之。”世祖以八思麻（八思巴）帝师有功，佐平天下，意其类当代有天下。（忽必烈）思为子孙长久计，欲阴损其福，而泄其气。于是，尊其爵至于一人之下，万人之上。丰其养至于东南数十郡之财不足以资之，隆其礼至于王公妃主皆拜伏如奴隶。甚而为授记，藉地以发摩顶以足代马凳子以脊，极其卑贱。及其（八思巴）既死，复于西方再请一人，以袭其位，事之一遵其制。其所以待之如此者，盖所以虚隆其至贵之礼，冀阴消其天下之福，以延其（忽必烈的元朝）国家之命。岂知历数不可以虚邀，福禄为彼之妄得？
这种记述，很有可能也是忽必烈的一种心理因素，毕竟元朝皇帝都是大迷信之人。可见，后来的清朝达赖和班禅的转世制度，最早的灵感都是源于忽必烈。
由于八思巴受到如此宠遇，蕃僧在元朝国内的地位日益提高。这些人自恃能为蒙古帝王祈祷行愿，恃恩恣行，成为“色目人”中势力最大的一伙儿。忽必烈即位不久即颁诏书，下令各级官员、军队对藏僧“皆不准欺凌，不准摊派兵役、赋税和劳役”。密宗的殿舍，金牌使者也不能占宿，更不准向喇嘛庙“索取饮食和乌拉差役”，并且详细列明密宗寺庙不能占用的财产名目。
至于施舍赏赐方面，元朝皇帝对密宗僧人的滥赏，数目之巨，骇人心目。仅忽必烈对八思巴一人的赏赐，就令当时的汉人大臣感慨：“国家财赋，半入西蕃。”而且，元朝基本上每位皇帝即位前，都要接受形式繁琐的藏传佛教仪式，“先受佛戒，方正大宝。”由此，元朝皇帝对藏僧赐物赐田，不计其数。举例来讲，据“虞集大护国仁王寺恒方碑”记载，这一处寺庙，就在大都城外拥有水地近三万顷，陆地三万五千倾，并占有山林湖泊鱼荡竹场等二十九处；泰定帝时，大天源延寺在吉安、平江二地就有一千多亩田为“永业”；元文宗时代，川地的大承天护圣寺，一次就获赐十六万九千多顷土地为“永业”。与之相较，云南一地，建孔子庙为学校，元廷仅拔地五顷。没过几年，这五顷地仍为当地的大德寺所侵夺。
由于地位尊崇，有地可图，藏僧来内地也络绎不绝。元朝大德年间，藏地每年平均有千名僧人来内地，其中除一些奉召为帝王宗室做佛事外，不少人是来中原和江南贩运货物求财的。他们往返的巨额费用不仅元政府要“报销”，连交通工具都是元朝政府全程提供。由于贩运货物数目巨大，每年都累死驿马无数。为此，元朝的汉臣痛心疾首地讲：“佛以清净为本，而僧徒（包括内地的汉僧）贪慕货利，一事所需，金帛无算。生民脂膏，纵其所欲。（此辈）又复畜养妻子，行不修法，适足以亵慢天神。比来佛事愈烦，累朝享国不永。”特别可恶的是，不少藏僧身佩金虎圆符，“络绎道路，驺骑数百，驿舍至不能容。”气焰嚣张之外，还常常霸占民房，逼淫妇女，没有一点佛家子弟气象。
可笑的是，元朝统治者，不仅帝王宗室男子受戒，妃主及贵臣妻妾，也常常延诏帝师入家中“受戒”。“其夫自外归，闻娘子受戒，则闭户不入。”如此，“受戒”竟成为贵族妇女与番僧淫乱的绝佳借口，蒙古王公往往戴大绿帽也不悟。八思巴见忽必烈壁画
“妃王寡居者，间数日，则亲自赴堂受戒，往往恣其淫佚，名曰‘大布施’，又曰‘以身布施’”（《草木子》）。这些大和尚平日酒肉不离口，营养丰富，吃嘛嘛香，身体特棒，自然踊跃兴奋地“为淫民服务”，满足那些寡居久旷的贵族妇女欲求。由此，他们又会得到更多的物质回报。“为其徒者，怙势恣睢，日新月盛，气焰薰灼，延于四方，为害不可胜言。”最嚣张时，不仅藏僧敢从监狱抢人，连宗王王妃也敢因争道而拉之下马，痛打恶骂，胆大包天。“事闻，诏释不问”。元文宗时，还颁旨令：“凡民殴西僧者，截其手；詈（骂）之者，断其舌”，对藏僧回护至极。
番僧中最恶者，当属杨琏真加。忽必烈时代，此人被任命为“江南释教总统”。这位杨琏真加“怙恩横肆，势焰烁人，穷骄极淫，不可具状”。他最大的“功劳”，是在元世祖默许下，发掘南宋诸帝陵寝。穷刨深掘后，杨琏真加盗尽南宋陵墓内的珍宝，然后把诸帝尸骨混在一起，又杂置牛马枯骨埋于地下，上筑一塔，名曰镇南塔。而且，密宗习俗，“得帝王骷髅，可以厌胜致富”，所以，南宋诸帝的头盖骨，均被杨“总统”挖出镶金嵌银当成洁器和酒器。特别是宋理宗尸体，由于传说中他嘴里有大粒夜明珠，被杨琏真加派人倒悬于树上，沥干水银后，遍剖胸腔头部，探找那只大珠子。除南宋诸帝陵外，杨“总统”连南宋旧臣的坟墓也不放过，共掘坟一百一十一处，彻头彻尾一个“掘坟贼”。杭州任上，杨琏真加“受人献美女宝物无算，且攘夺盗取财物，计金一千七百两、银六千八百两、玉带九、玉器大小百十有一、杂宝贝五十有二、大珠五十两、钞一十一万六千二百锭、田二万三千亩，私庇平民不输公赋者二万三千户（赋税直接交他）……”这些“罪状”，只是他贪渎的很小一部分，“他所藏匿未露者不论也”。对此，元廷的处理也只是“籍其妻孥田亩”，抄家了事，没过多久就把杨琏真加放了。现在，杭州灵隐寺内那些山上不伦不类的石佛像，皆是当年杨“总统”的杰作。
对于宗教，忽必烈其实也是一个彻头彻尾的实用主义者，只要对他“有用”。信奉什么都可以，前提是必须为蒙古统治服务。看似开明的宗教政策，实则蕴含勃勃杀机。举例讲，忽必烈对伊斯兰教大力扶持，但当有基督徒告诉他《可兰经》中有“尽杀一切多神教徒”时，他登时青筋暴露，马上找来大都的伊斯兰教士（蒙语译为“答失蛮”）询问此事是否属实。其中一名教士回答说确实有此类记载。忽必烈冷笑：“真主既然命令尔等尽诛异教徒，奈何尔等现在不立时杀尽他们呢？”此教士傻不拉叽回答：“时机未至，吾等尚缺尽诛异教徒的手段。”忽必烈大脸一沉，怒叱道：“我倒有此手段！”立命卫士把回话教士的脑袋卸掉。同时，他对回回人割喉杀羊的习俗和其他饮食习俗也十分不满，表示：“此辈乃我大元奴属，饮食敢不随我朝乎！”同时下令，敢有再以断喉法宰杀羊只的，将被以同种方式处死。
虽如此，由于元朝回回人能经商致富和为蒙古人敛财，仍旧大受信任。特别是阿合马专政二十年，援引同类，回回人的势力更是渗透到帝国各个角落。值得注意的是，阿合马本人似乎并不是虔诚的伊斯兰教徒。
在宗教方面，忽必烈也擅长在各教之间搞制衡。乃颜叛乱失败后，望见战场上狼藉遍地的顶端饰有十字架的乃颜部军旗，元军中的伊斯兰教徒欢呼：“看吧，跟随这种宗教的人，已经被歼灭了！”忽必烈闻言，坐在大象背上顿发雷霆，发表高论，指出乃颜的失败，正是他叛逆之行激怒了上帝，所以才遭严惩。“上帝”是不能被冤屈的，上帝不会站在乃颜这种谋逆之贼的一边。所以，每逢复活节等节日，忽必烈总是装出一脸虔诚，与基督徒们一起举行宗教仪式，像模像样，收买人心。从他对马可·波罗一家的厚待，可以看出忽必烈对基督徒确实有好感。这些人不仅能向他贡献各种异宝奇珍，又能向他讲述各种奇闻佚事和蒙古人未到之地的风土人情。
忽必烈时代，中国的本土宗教道教最为沦落。邱处机死后，全真派随着教长的死亡一蹶不振。特别是二次佛道大辩论，倾向性明显的忽必烈彻查道教徒伪造道经之事，并下令当众剃掉参与辩论的道士头发，迫其为僧，狠狠羞辱了这些“仙风道骨”的道徒。当然，道教中的正一道“天师”张可大由于在忽必烈攻南宋鄂州时献过媚言，说“王爷后二十年当一统天下”，忽必烈记之于心。大元建立后，张可大已死，忽必烈便把其子召至大都封官晋爵，派他主持江南地区的道教事务。所以，忽必烈本人身上“萨满教”的蒙古人心性十分明显，对于谶言、巫术、烧骨、施咒等等怪力乱神最感兴趣，教门义理倒成为次要。除正一派外，北方的太一道因能为皇帝“祠醮”，也一度大受青睐。总体而言，元代社会中，汉人本土宗教道教颓势明显，连遭打击。且一蹶不振。到了清朝，异族入统中原的帝王们与元帝一样崇佛，道教更是被排挤得几无立足之地。
值得一提的是，蒙古人对亚洲特别是中西亚的伊斯兰化，做出了很大的“贡献”。以伊儿汗国为例，旭烈兀与其蒙古、突厥上层统治集团曾到处残杀迫害伊斯兰教徒。但是，到他曾孙合赞汗统治期间，为了能使宝座稳固，合赞汗下令全体上层蒙古统治集团及军队将领、士兵全部皈依伊斯兰教，由此，波斯大地彻头彻尾变成了伊斯兰地区。昔日存在的多种宗教，几乎全为一种宗教所代替。这种局面，如果不是蒙古人的铁血政策，单靠宗教本身的力量，不可能如此快地“立竿见影”。在汉地，忽必烈并未被儒臣说动“以夏变夷”，伊儿汗国和金帐汗国蒙古统治者却被当地征服者同化。同化后，他们靠强力使广大地区泛伊斯兰化。世界历史上最饶有趣味的一个现象是：一个地区一旦伊斯兰化，就会永远伊斯兰化。可悲的是，强力的合赞汗死后，伊儿汗国迅速衰落，军事帝国的弱点很快把汗国带入坟墓。而他推行的伊斯兰化，不过是为他人做嫁衣而已。