元朝，自顺帝跑出大都后，标志着蒙古人在中国统治的终结。日后再提及这个流亡政权，就只能称其为“北元”了（明朝称“鞑靼”）。元朝虽亡国，但并没有灭种。
元顺帝从大都出逃后，一路惶惶然如丧家之犬，用了近二十天功夫逃到上都。但此时的上都宫阙府衙先前曾遭红巾军一部劫掠焚烧，根本不像个都城，到处残垣断壁，四处瓦砾。见此情景，顺帝一行人心凉了大半，本想再远窜和林，不久就听说明军并未有大部队来追，诸人方敢喘口大气。
元朝虽败，当时的残余势力仍旧很让元顺帝觉得有重回大都的希望：辽阳有兵十万，云南仍旧在蒙古宗王手中掌握，王保保有大军三十万在山西，李思齐、张思道有数万兵在陕西，加上各地杂七杂八的零散武装以及集民自保的所谓“义军”，全部军队人数加起来有大几十万那么多。可惜的是，由于从前当众砍杀了宗室阳翟王，顺帝对西北诸藩的“亲戚”们不抱幻想，他目前最大的心愿就是夺回元朝政治统治的象征地大都。其实，早知如此，他当初就不应那么匆匆逃跑。
朱元璋是位懂谋略的帝王，他深知山西的王保保不除，元朝仍旧有死灰复燃之日。于是，他下令徐达、常遇春两人即刻统军去平山西，同时又增派汤和等人提军赴援。明军一路基本顺利，接连攻下泽、潞两州（晋城和长治），准备合围云中（太原）。
王保保在元顺帝的死催下正往大都方向赶，听说明军正要倾其老巢，他立刻回军。走到半路，明军已经拿下太原。双方对垒，王保保挑选数万精兵，准备拼死一决。结果，明军策反了王保保部将“豁鼻马”（估计是绰号），连夜劫营。元军刹时惊溃，王保保惊慌中跳上一匹马就跑，狼狈得脚上只穿一只靴子。由此，数万劲骑，王保保带走的只有十八骑，余众不是被杀，就是投降明军。
王保保先逃至大同，惊魂未定，又驰往甘肃。由此，山西皆为明军攻克。
明军一鼓作气，稍事休整后又开拔，准备克复陕西。元顺帝思念大都心切，命右丞相也速率数万骑兵经通州攻大都。当时通州由明将曹良臣驻守，兵员不满千人，他只得使疑兵计，在白天夜里轮流不断让人摇旗呐喊击鼓不绝。以为明军人多，也速竟然惊骇退走，失去了进攻大都的最好机会。
朱元璋得知顺帝用意后，急遣大将常遇春率所部从凤翔急行军驰援大都（明朝已将大都改称“北平”），在优势兵力下，明军数战皆胜，接连攻克会州（今辽宁平泉）、大宁州（今辽宁朝阳）。偷鸡不成蚀把米，大都影都不见，现在顺帝连上都也呆不住了，只得逃往应昌（今内蒙克什克腾旗）。
常遇春明军势锐，一举攻克上都，斩首数万，降敌一万有余，得辎重、牲畜、粮草无数。
陕西方面，徐达一军直下奉元（今西安），元将张思道未战即逃，李思齐虽有十万大军，也不敢做像样的抵抗，西奔临洮。徐达与诸将异议，坚持己见，他认定要先拿关中元将中最硬的李思齐开刀，直下陇州（今陕西陇县）、秦州（今甘肃天水）、巩昌（今甘肃陇西）、兰州。由于事先做过不少“思想工作”，李思齐向明军投降，附近元军残部皆望风降服。
张思道从奉元逃跑后，向宁夏方向逃跑，留其弟张良臣和姚晖等人守庆阳。到了宁夏，穷蹙势孤的张思道走投无路，只得向王保保“报到”。王保保这个气，张口大骂从前你这个王八蛋与我争关中的勇气哪里去了，马上把他押入囚牢关了起来。庆阳方面，张思道之弟张良臣诈降，结果使明军受降部队损失惨重。徐达闻讯大怒，指挥四路大军围攻庆阳。元廷派出数道兵增援，皆被围城明军打败溃逃而去。坚守数日，庆阳城中粮尽，守将之一的姚晖向明军投降，张良臣等人跳井未死，被明军捞出后皆剐切于军营之前。
王保保得知庆阳失陷后，便集兵猛攻兰州。猛攻数日，难克坚城。愤懑之下，王保保率元军在兰州附近大掠泄愤。出乎他意料的是，明朝大将徐达来得快，在定西车道峪与王保保狭路相逢。
元、明两军中间隔一条深沟，树栅其间，作持久相斗状。明军粮多兵壮，有持久战的本钱；王保保元军情怯粮少，先自慌了心神。徐达使心理战，命令明军昼夜不停发动假攻击，使元军不得片刻休息。闹腾了两天，明军忽然闭营假装休整，筋疲力尽的元军谢天谢地，终于有机会吃块军粮想歇一觉。殊不料，大半夜间，明军全军发动攻击，又累又乏的元军根本不敌，近十万将卒被生擒，王保保仅与妻儿数人北走黄河，“得流木以渡，遂奔和林”。
这次，不仅他本人狼狈到家，基本上也把北元最大一份家底也赔光。
应昌方面，城池完整，但仍旧面临老问题：粮草不足，难以拒守。王保保等人一直上书顺帝让他离开这一危险地带去和林，但这半老头子仍旧想回大都，希望元军会创造“奇迹”。奇迹未看到，痢疾却先到。早已被“大喜乐”淘虚了身子骨的元顺帝又贪嘴，多吃了些不干净的牛羊肉，忽染痢疾。缺医少药加上抵抗力过弱，五十一岁的顺帝活活拉死。大元最后一代帝王，死得如此不堪。
皇太子爱猷识理达腊这回终于可以做皇帝了，他改元“宣光”，即杜甫《北征诗》中之意：“周汉获再兴，宣光果明哲”，颇有中兴大元之意。这位太子爷虽然一直是个“事头”，又好佛法又喜欢腐化，其实他的汉文化功底颇为深厚，除能写一笔潇洒遒劲宋徽宗体书法外，还会作汉诗。其诗大多散轶不存，只在《草木子》一书中存有一首《新月诗》：“昨夜严陵失钓钩，何人移上碧云头。虽然未得团圆相，也有清光遍九州。”清新可喜，就是没有帝王气象在诗中。（此诗有人误记为朱元璋的太子所作）
皇太子帝位还未坐热乎，朱元璋的外甥李文忠已经统大军杀来。本来他是大将常遇春的副手，常大将军在攻克上都后得暴疾身亡，所以小李就成为这支大军的总指挥。听说元顺帝已死，皇太子还在应昌，求功心切的李文忠马上向这座城市发动进攻。结果自不必说，明军杀擒元军数万，并活捉了北元皇帝爱猷识理达腊的皇后、嫔妃、宫女以及他的儿子买的里八剌。“新帝”腿脚利索，又逃过一次大难，最终逃往和林。
明洪武五年，朱元璋怕北元死灰复燃，派徐达、李文忠等人大军四出，统十五万精骑准备彻底消灭王保保和爱猷识理达腊。明军初战得利，但进至岭北，遭遇王保保埋伏，大败一场，死了几万人（明朝自己说是一万多）。“明年，扩廓（王保保）复攻雁门，（明太祖）命诸将严为之备，自是明兵希（甚少）出塞矣。”
早在此次出军前，明太祖曾七次往王保保军营“遣使通好”，王保保皆不应。最后，朱元璋派出王保保父亲的好友、元朝降将李思齐出塞，想以言语打动王保保归降。王保保对这位先前与自己关中大战的“老叔”很客气，又请吃饭又请喝酒，就是不提归降之事。呆了数日，王保保派人礼送“老叔”出境。行至塞下，送行骑士临别，忽然对李思齐说：“主帅有命，请您留一物当做纪念。”李思齐很奇怪：“我自远而来，未带重礼。”骑士说：“希望您留下一臂以为离别之礼！”望着面色严肃的精甲铁骑数百人皆对自己虎视眈眈，李思齐自知不免，只得自己抽刀切下一条胳膊交与骑士。伤口虽然齐整，又有从人救护，难免流血过多，老李回来后不久即死掉，在新朝也没享几天好福。
正因如此，朱元璋对王保保更是油然生敬。一日，他大会诸将宴饮，问：“天下奇男子，谁也？”大家皆回答：“常遇春所将不过万人，横行天下无敌手，足可称是真奇男子！”朱元璋摇头一笑：“常遇春虽人杰，我能得而臣之。天下奇男子，非王保保莫属！”
大起大落后，王保保在和林与从前的“皇太子”关系相处和睦，洪武六年又统军杀回长城边，但被老对手徐达候个正着，在怀柔把他所率元军打得大败而去。洪武八年，正值壮年的王保保染疾而死，其妻毛氏自缢殉夫。
洪武十一年，爱猷识理达腊也病死，残元大臣谥其为“昭宗”，并拥其弟弟（有说是其子）脱古思帖木儿为帝。十年后，这位爷在捕鱼儿海（有说是贝加尔湖，有说是距热河不远的达尔泊）晃悠，被明朝大将蓝玉侦知消息，率十万大军前去攻击。明军杀元军数千，生擒近八万人，就是跑了脱古思帖木儿本人。此时的北元皇帝再无昔日的威赫声名和尊严。逃往和林路上，他被叛臣也速迭儿缢死。
百年之前，蒙古军队如同火山中喷流出的炽热岩浆，没有任何东西能阻挡他们的滚滚向前。他们骑着蒙古矮马，身上除了那张弓有些不成比例的长大外，武器简单而实用。正是凭借这些头脑仍处于蒙昧时代的原始的冲动，蒙古武士以极少的人数，完成了人类历史上史无前例的征服，无数种文明皆似漂亮的琉璃一样粉碎在狼牙棒下。欧洲的重铠骑士们有命逃回城市的，便向主教和国王渲染黄色面孔海洋般集涌而来的恐惧，这就是“黄祸”一词的产生。实际上，这些骑着高头大马身穿精钢铁甲的大个子们无非是以敌人的众多来掩饰自己战败的无能而已，西进的蒙古军队虽然杀人无数、毁城无数、击败有建制的军队无数，但他们最大的战役从未使用过十二万人以上的兵力。当然，“黄祸”渲染者的谎言基本无人拆穿，因为己方的目击者基本上都已在惊愕中死于蒙古人的弓箭或者刀下。
光荣蒙古武士的后代，仅仅过了一百年，退化如此严重，与从前相比，他们的战马更高大，身体更肥硕，打仗的行头要复杂数倍，但仍然被汉人军队摧枯拉朽般地一击再击，一退再退，终于缩回青草漫天的草原。其实，蒙古战士的体魄并未因百年岁月而变得虚弱，惟一改变的，只是他们昔日那种奋不顾身、勇往直前的勃勃勇气！
《明史》、《新明史》对“鞑靼”的记载混乱不堪，均列于《外国传》中。但“鞑靼”（即北元）系系相传。一直有二十八代之多，反观“大明”，不过才十六君而已。明成祖心中最拿蒙古人当成大患，亲征数次，仍旧不能把“黄金家族”的直系继承人连根拨掉。北元最昙花一现的荣光，当属脱脱不花大汗时期，堂堂大明英宗皇帝，竟然成为蒙古军队的俘虏。明武宗正德年间，元朝正系后裔达延汗一举击败漠南蒙古西部的地方部落势力，基本上找回了昔日漠南漠北蒙古大汗的感觉。1570年，达延汗的曾孙俺达汗（又称阿勒坦汗）手下有十余万蒙古铁骑，为蒙古诸部之雄。张居正等人很有政治远见，封其为顺义王，从经济上给予蒙古人不少好处，但最终换来的是和平以及“顺义王”对明朝的朝贡关系。1632年，满洲人猛攻察哈尔，把蒙古最后一位大汗林丹汗打得大败，窜至大草滩急火攻心发痘而死。1636年，女真人建立的后金汗国征服了漠南蒙古。时光流逝四百年，女真人的灭国之恨终于得报，现在反过来是蒙古王公要匍伏于女真人的马下舔靴尘了。1644年，满清在北京坐稳龙庭后，把蒙古诸部划分成四十九个旗，成吉思汗的子孙完全丧失了独立的领地。至此，他们祖先那宏阔帝国的美妙图景，永远永远地变成了昔日黄金般的回忆和静夜无人时焦渴的梦想。如果读者想研究北元数百年的历史，就只得去翻看罗卜藏丹津的《黄金史》、无名氏的《黄金史纲》、无名氏的《大黄金史》、善巴的《阿萨拉格其书》以及《蒙古源流》，这些书皆成于十七世纪那一百年之中，西藏人写“黄金家族”史是为凸显喇嘛教在元朝受尊崇的“神话”，蒙古人写民族史是抒发愤懑，追述列祖列宗以及各位大汗的无上光荣，这些，总能暂时抚慰他们在清朝高压下那些受伤的心。
可悲的是，明朝虽然号称是把汉族人从蒙元的压迫下解放出来，但宋朝以来定居王朝合理发展的势头已经被严重遏制和扭曲，中国人的主动性、创造性、进取性，都极大限度地被停滞的重负所拖累。所有这些，表现在民族性方面，便是汉民族长时期对自己产生了某种心理障碍，缩手缩脚，畏首畏尾。明朝除了初期宣泄了残杀的劣性外，基本上完全没有了汉朝那种积极进取、努力拓疆的雄心，而是变得十分内向和拘谨，把自己的心理安全建立在一道长城之上。所以，崇祯帝自缢煤山的悲剧，其实早在明朝建立的那一刻已经有了某种征兆。帝国初立，已经有疲惫之态。