自孛罗帖木儿与扩廓帖木儿两军开始“内战”，一直到李思齐、貊高、王保保等人在晋地厮杀，整整八年过去，元朝的正规军与杂牌军一直在北方相互绞缠，杀得你死我活。正是由于这样，江南的朱元璋才能从容放开手脚，先后消灭了陈友谅、张士诚、方国珍、陈友定等人。除江南地区外，湖南和两广也尽入朱元璋手中。
在北方元军诸部人脑子打成猪脑子自相残杀正酣时，至正二十七年底，朱元璋正式开始了北伐。这位要饭花子出身的爷们儿很有远略，他并不主张直捣大都，而是这样向诸将布置：
“元建都百年，城守必固。若悬师深入，不能即破，顿于坚城之下，馈饷不继，援兵四集，进不得战，退无所据，非我利也。吾欲先取山东，撤其屏蔽；旋师河南，断其羽翼；拔潼关而守之，据其户枢。天下形势，入我掌握，然后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克。既克其都，走行云中、九原，以及关陇，可席卷而下矣。”
于是，明军（两个多月后的至正二十八年即“洪武元年”即1368年正月朱元璋才建立“大明”，此时应称为“南军”）二十五万人，由徐达和常遇春率领，浩浩荡荡杀向北方。
果然，一切皆按朱皇帝先前布置施行，明军所至皆克，迅速逼向大都。
眼见国家危亡在即，元顺帝下诏重新强调皇太子“总天下兵马的威权”，诏谕诸将，作了一番垂死挣扎而又详尽的“战略部署”：“复命扩廓帖木儿（王保保）仍前河南王、太傅、中书左丞相，统领见部军马，由中道直抵彰德、卫辉；太保、中书右丞相也速统率大军，经由东道，水陆并进；少保、陕西行省左丞相秃鲁统率关陕诸军，东出潼关，攻取河洛；太尉、平章政事李思齐统率军马，南出七盘、金、商，克复汴洛。四道进兵，掎角剿捕，毋分彼此。秦国公、平章、知院俺普，平章琐住等军，东西布列，乘机扫殄。太尉、辽阳左丞相也先不花，郡王、知院厚孙等军，捍御海口，藩屏畿辅。皇太子爱猷识理达腊悉总天下兵马，裁决庶务，具如前诏。”
王保保接诏，并未遵诏而行，而是向云中（今山西大同）方向进发。其帐下将有不少狐疑，问：“丞相您率帅勤王，应该出井陉口向真定（今河北正定），与在河间的也速一军合并，如此可以截阻南军（明军）。如果出云中，再转大都，迂途千里，这怎么能行？”王保保还敷衍：“我悄悄提军从紫荆关入袭，出其不意，有什么不好？”倒是他身边谋士孙恒一语挑明：“朝廷开抚军院，步步要杀丞相。现在事急，又诏令我们勤王。我们驻军云中，正是想坐观成败！”进言者听此话，只得默然。
可见，大都元廷急上房，王保保仍持坐观态度，元军其余诸部可以推想。
很快，明军打到通州。元朝知枢密院事卜颜帖木儿像条汉子，出兵力战，兵败被杀。
眼看大都不守，元顺帝在清宁殿招集三宫后妃、皇太子等人，商议出京北逃。左丞相失烈门等人谏劝，一名名叫赵伯颜不花的太监更是叩头哀嚎：“天下者，世祖之天下，陛下当在死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸卫士出城拒战，愿陛下固守京城！”
顺帝已经吓破胆，当然不听。1368年阴历七月二十八日夜间，元顺帝最后看了一眼元宫的正殿“大明殿”，嘴里嘀咕了一句什么，即率皇后、皇太子等人开健德门，出居庸关，逃往上都方向。八月三日，明军攻入大都城，元朝灭亡。
元朝的宫殿正殿，名字就叫“大明殿”，元顺帝临行前看着那三个字，肯定和我们后人想的一样：莫非这是“大明”取代“大元”的象征？其实，如同“大元”取自《易经》“大哉乾元”之语一样，元朝的“大明殿”也是出自《易经》乾卦的彖辞：“大明始终”；元顺帝逃走时所经的“健德门”，出自乾卦彖辞：“天行健”；厚载门出自坤卦“坤厚载物”；咸宁殿出自乾卦“万国咸宁”，等等，大多是根据《易经》为宫殿和宫门起的名字，至于日后与“大明”暗合，也是小概率的巧合吧。
元顺帝在一年多后因患痢疾病死，终年五十一，蒙古人自己上其庙号为“惠宗”，他之所以被称为元顺帝，是朱元璋“以帝知顺天命，退避而去，特加其号曰顺帝”。
元顺帝遁走，徐达上《平胡表》给朱皇帝：
惟彼元氏，起自穷荒，乘宋祚之告终，率群胡而崛起。以犬羊以干天纪，以夷狄以乱华风，崇编发而章服是遗，紊族姓而彝伦攸理。逮乎后嗣，尤为不君，耽逸乐而招荒亡，昧于竞业；作技巧而肆淫虐，溺于骄奢。天变警而靡常，河流荡而横决，兵布寰宇，毒布中原。镇戍溃而土崩，禁旅颓而瓦解，君臣相顾而穷迫，父子乃谋乎遁逃。朝集内殿之嫔妃，夜走北门之车马。臣（指徐达自己）与（常）遇春等，已于八月二日，勒兵入其都城。
百年汉族郁结之气，竟能在这一篇表章中一泄而出。
明朝历史学家权衡对元顺帝有过特别恰当的评价，以往治元史者皆未注意他的看法，现摘录于下：
（顺）帝在位三十六年，当元统至元间（顺帝前期两个年号），帝受制（于）权臣，（权臣）相继或死或诛。帝恐惧之心驰，而宽平之心生。故至正改元后，复兴科举，行太庙，时享赐高年之帛（敬老），益蜀免天下民租，选儒臣欧阳元等讲《五经》、《四书》，译《贞观政要》，出厚载门耕籍田（不忘天下农耕之辛苦），礼服祀南郊（敬天顺人），立常平仓，因水旱盗贼下诏罪己（能自我批评），尽蠲被灾者田租。又命使（臣）宣抚十道，凡此皆宽平之心所为者也。惜乎元朝之法，取士用人推论“根脚”。其余图大政为相者，皆“根脚人”也（其实汉人贺惟一不在内）；居纠弹之首者（指御史大夫），又“根脚人”；莅百司之长者，亦“根脚人”也。而凡负大器、抱大才、蕴道艺者（指非蒙古、色目出身的汉人），俱不得与其政事。所谓“根脚人”者，徒能生长富贵，脔膻拥毳，素无学问。（这些人）内无侍从台阁之贤，外无论思献纳之彦。是以四海之广，天下之大，万民之众，皆相率而听（从）夫（那些）脔膻拥毳、饱食暖衣腥膻之徒。使之（这些人）坐廊庙、据枢轴，以进天下无籍之徒。呜呼，是安得不败哉！……向使庚申帝（元顺帝，他生于庚申年，即延祐七年）持其心常如至正（年号）之初，则终保天下，何至于远遁而为亡虏哉！
后人言及元顺帝，皆津津乐道其“大喜乐”的房中丑事及爱木工技术的“不务正业”，似乎他的主要性格特征只是“荒唐”和“昏愚”。为此，权衡也不大以为然：
庚申帝（顺帝）岂昏愚者哉！观其欲杀是人也，未尝不假（借）手于人。外为不得已之状，内实行其欲杀之志。其问甲，则曰乙与汝甚不许也；问乙，则曰甲与汝甚不许也。及甲之力足以去乙，则谓甲曰，乙尝欲图汝，汝何不去之也；乙之力足以去甲，则亦如是焉。故其大臣死，（倒霉蛋）则曰此权臣杀我也；小民死，则曰此割据弄兵杀我也。人虽至于死，未尝有归怨之（元顺帝）者，（这种情况）岂昏愚者所能为之哉！或又曰：庚申帝（顺帝）以优柔不断失天下，（此说）亦非也。庚申帝岂优柔不断者哉！自至正改元以来，凡权臣赫赫跋扈有重名者，皆死于其手。（顺帝）前后至杀一品大官者凡五百余人，皆出（其）指顾之间，而未尝有悔杀之意，此岂优柔不断者所能哉！
分析了元顺帝并非因荒唐或优柔寡断失天下以后，权衡一针见血指出了这位末代帝王最大的性格特点：“然则（顺帝）竟何以失天下者，曰由其阴毒故也！且自古有天下之君，莅九五之位，惟秉阳刚之德，总揽阳刚之权者为能居之。若操阴毒之性者，适足以亡天下耳！”
当然，元朝灭亡有着十分复杂的主客观因素，但元顺帝作为最高统治者，其本性中的“阴毒”特质，当时及后世研究者罕有提及。
蒙古人作于十七世纪的《黄金史纲》中，有一首非常抒情的诗歌，表达了他们失去大都的无比哀伤和叹惋：
以诸色珍宝建造的纯朴优美的大都，
先可汗们的夏营之所，我的上都沙拉塔拉，
凉爽宜人的开平上都，
温暖美丽的我的大都，
丁卯年失陷的我可爱的大都，
清晨登高眺望，烟霞飘渺。
乌哈噶图可汗我（元顺帝）御前曾有拉哈、伊巴呼二人
［虽曾］识破，但却放弃了可爱的大都，
生性愚昧的那颜们都各自回跑到自己的领地。
我哭也枉然，我好比遗落在营盘的红牛犊。
以各种技巧建立的八面白塔，
宣扬大国威仪以九宝装饰的我的大都城，
宣扬四十万蒙古声威的四方四隅的大都城，
恰在弘扬佛法之际，因昏愦而失去可爱的大都，在我的名声之下。
为四面八方的蒙古之众显耀、矜夸我的可爱的大都，
冬季御寒的我的巴尔哈孙，
夏季避暑的我的开平上都，
我的美丽的沙拉塔拉，
未纳拉哈、伊巴呼二人之言，乃我应受的报应。
把神明所建的行宫，
把忽必烈薛禅可汗避暑的开平上都，
统通失降于汉家之众；
贪婪的恶名，加诸于乌哈噶图可汗了。
把众民所建的玉宝大都，
把临幸过冬的可爱的大都，
一齐失陷于汉家之众；
凶暴的恶名，加诸于乌哈噶国可汗了。
把巧营妙建的宝玉大都，
把巡幸过夏的开平上都，
遗误而失陷于汉家之众；
流亡之恶名，加诸于乌哈噶可汗了。
把可汗国主经营的大国威仪，
把灵妙薛禅可汗所造的可爱的大都，
把普天之下供奉的锅撑宝藏之城，
尽皆攻陷于汉家之众；
把可爱的大都，把可汗上天之子成吉思汗的黄金家族，
把一切佛的化身薛禅可汗的殿堂，
由一切菩萨的化身乌哈噶图可汗以可汗上天之命而失掉了，
把可爱的大都。
把可汗国主的玉宝之印褪在袖里出走了，
从全部敌人当中冲杀出动了。
不花贴木儿丞相突破重围，
愿汗主的黄金家族当受汗位，千秋万代！
因不慎而沦陷了可爱的大都，
当离开宫殿时遗落了经法宝卷，
愿光明众菩萨垂鉴于后世，
回转过来着落于成吉思汗的黄金家族！