左宗棠得到了随同曾国藩襄办军务的任命，便从一个仅以绅士身份参戎幕府的宾客而转变成清廷的命官。从此，他得以独自建立军队，自立门户，短短几年便由襄办军务而帮办军务、巡抚浙江、总督闽浙，跃居清朝督抚要员的地位。
“樊燮事件”虽迫使左宗棠退出湘幕，却造成他政治生命的新契机，并受到清廷的重用，这与咸丰十年（1860 年）清朝统治集团所面对的社会环境有直接的联系。清政府在镇压太平天国农民起义的过程中，一向寄望于它的正规军队绿营兵能夺得“首功”，即在太平天国定都南京后，清政府于扬州和镇江先后建立江北、江南大营，试图依靠这两个由满族贵族指挥的绿营军收复天京。然而，江北、江南大营在咸丰六年（1856 年）便被太平军所击垮。清廷重新组建这两营，江北、江南大营又先后于咸丰八年和十年被太平军围歼。江南大营的覆灭，标志着清朝正规军队的崩溃，清政府以湘军出力，江北、江南大营收功的计划破产，只能重用由汉族地主武装组成的湘军了。湘军集团成员也自此在晚清政坛中青云直上。这一年刘长佑被任命为广西巡抚，曾国藩被任命为署两江总督，不久实授。正是在这种背景之下，左宗棠才否极泰来，受到清廷重用。
左宗棠在长沙得悉清廷命他“襄办曾国藩军务”后，表示出兴奋之情，感到“恩遇优渥，实非梦想所期”。①此时，曾国藩已总督两江，率军渡江扎营皖南祁门，以图攻取安庆。曾国藩函请左宗棠在湖南募练军队支援安徽。左宗棠则向曾国藩献上“保越图吴”之策，强调“先将江西兵事饷事逐为经画，亦当务之急也”。②随之。左宗棠在湖南着手组建军队。
左宗棠凭借着自己两次进入湘幕的威望，“招所知湘楚旧将弁，以勇敢朴实为宗”③，得崔大光、李世颜、罗近秋、黄有功、戴国泰、黄少春、张志超、朱明亮、张声恒九人，“四出选募”，设立四营、四总哨和八队亲兵，约 3500 余人。左宗棠还收集王鑫“老湘营”旧部 1400 人，由王鑫之弟王开琳统领。由于这些湘军将弁过去曾得到左宗棠的赏拔，此时“勇将健卒多归心”，①仅用一个多月时间，左宗棠就募军 5000 人，并正式命名为“楚军”。②楚军是湘军的一个支系，左宗棠在创立这支军队时不用湘军之名而称楚军，表明他的意向在于独树一帜，自辟蹊径，而实际上左宗棠所部楚军与曾国藩的湘军相较也有其独到的特色。在招勇方面，左宗棠不像曾国藩那样主要招收湘乡籍兵勇，而是主张在湖南各府县招募，其兵源来自长沙、湘乡、郴州、沅州、湘阴等府县，以避免曾部湘军“尽用湘乡勇丁，无论一县难供数省之用，且一处有挫，士气均衰”③的弊端。在营官的选用方面，曾国藩组建湘军时主张“带勇之人第一要才堪治民”，④即以“文员”、“儒生”领军，左宗棠则强调“营官多用武人”，“止取其能拌命打硬仗耳”。⑤左宗棠的这种办法，使其所部楚军战斗力较强，且完全听命于他的指挥，但不能像曾国藩的湘军那样其部属如李续宜等人能以文员而升为巡抚，因此，在政治势力上左宗棠一系就显得非常薄弱。
楚军以左宗棠为统帅，由王鑫之堂弟王开化总领全军营务处，刘典、杨昌浚副之，军饱由湖南巡抚饬局给领。咸丰十年六月（1860 年 7 月），楚军在左宗棠的率领下于长沙城外加紧训练，准备开赴镇压太平天国农民起义的战场。
此时，太平天国翼王石达开所部太平军在贵州活动，并有进人四川的动向。清廷打算调派左宗棠督办四川军务，率楚军由湘人川。曾国藩得悉这一情况后，深恐左宗棠去就“督办”的高位而不能随他“襄办”军务，从而削弱湘军对安庆乃至南京的攻势。胡林翼劝左宗棠说：“公人蜀则恐气类孤而功不成”。①其实左宗棠也不愿人川作战，而是集中主要精力对付太平天国苏、皖根据地。他向曾国藩、胡林翼表示：“我志在平吴，不在入蜀矣”。②于是，清廷只好派湖南巡抚骆秉章督办四川军务。左宗棠则率楚军于咸丰十年八月（1860 年 9 月）从长沙取道醴陵，向江西开进。是为左宗棠第一次统帅军队出省作战。他对这次人赣非常重视，在家书中说：“我此去要尽平生之心，轰烈做一场，未知能遂其志否”。③
在左宗棠入赣前后，太平天国方面在痛歼清军江南大营之后相继进行了东征与西征。夭京解围后，太平天国干王洪仁玕提出“乘胜下取，其功易成”，“俟下路既得”，“再沿长江上取”的建议，④得到洪秀全的批准。咸丰十年四月（1860 年 5 月），太平军开始了东征。忠王李秀成率太平军东下，连克丹阳、常州、无锡、苏州、嘉兴、太仓、常熟、松江等地，并进攻上海，建立了以苏州为首府的苏福省，开辟了苏南根据地。六月，英王陈玉成率太平军从江苏宜兴进入浙江，攻克临安、余杭等地，兵锋直指杭州城下。不久因安庆被湘军围困，陈玉成回师救援。安庆是天京屏障，保卫安庆对太平天国具有重要的意义。在破江南大营后，太平天国即制订了西征与保卫安庆的战略决策，步骤为夺取苏、杭后，“发兵一枝，由南进江西，发兵一枝，由北进蕲黄，合取湖北，则长江两岸俱为我有，则根本可久大”。①八月，陈玉成、李秀成决定按原计划行动，分南、北两路大军西征，期于第二年二三月间会师武昌，逼迫湘军回援武昌而放弃对安庆的攻势。陈玉成、李秀成分率北路和南路大军西进。侍王李世贤、辅王杨辅清、定南主将黄文金、右军主将刘官芳等人也随李秀成南路大军行动。南路军在皖南和赣北展开了攻势。
曾国藩移营祁门，目的是在皖南阻止太平军由浙、赣进援安庆，以确保长江北岸的湘军全力进攻安庆。同时祁门与赣北的景德镇临近，湘军在南昌设总粮台，军需物资均经景德镇转运祁门大营，因此皖南与赣北对湘军来说战略位置非常重要。左宗棠还在湖南编练楚军时就向曾国藩建议当务之急是筹划江西兵事饷事。曾国藩也意识到：“不患贼之逼我前，而患贼之抄我后，故须广布局势，稳立脚跟”。②于是曾国藩决定由左宗棠率楚军盘踞江西，以力保祁门大营的后路。
就在左宗棠出湘入赣的前后，太平军已在皖南战场连连得手。咸丰十年（1860 年）八九月间，李世贤、杨辅清等部太平军相继攻占宁国、绩溪、徽州、休宁等地，在祁门东线直逼曾国藩大营。曾国藩急忙于九月初五日（10月 18 日）调左宗棠军从南昌东进驰援。九月二十日（11 月 2 日），左宗棠带领楚军抵达赣东北的景德镇，二十七日（11 月 9 日），左宗棠到祁门面见曾国藩商讨军事，然后返回景德镇驻守。曾对左“精悍之色更露，议论更平”①而深为佩服。此时，太平军兵锋直指曾国藩祁门大营，十月十九日（12 月 1日），李秀成率领太平军攻占距祁门仅 60 里的黟县。当时，曾国藩祁门大营非常空虚，仅有兵力 3000 人，如李秀成能乘势进攻，有望将大营破除。但李秀成不知曾国藩的虚实，却在黟县调转进军方向，南下改道浙江进入江西。尽管如此，其他几支太平军仍对祁门形成东、西、北三面围困之势。十一月四日（12 月 15 日），杨辅清、黄文金部太平军攻占建德，切断了祁门大营北面与进围安庆湘军的联系。十一月初九日（12 月 20 日），黄文金又率太平军攻占江西彭泽，从西面夹击祁门。十一月十七日（12 月 28 日），李世贤部太平军又从东面的休宁逼近祁门。这样，祁门大营只有南面的景德镇为其门户了。
左宗棠驻军景德镇后，于十一月初主动出击，攻占德兴和安徽婺源（今属江西省）两地，旋因太平军进攻景德镇而回师。在左宗棠看来，景德镇“为江省前门，涤公祁门后户，傥有疏失，不堪设想”。②同样，太平军进军赣北，用意也在控制这一地区，以断皖南曾国藩湘军对外联系和粮饷供应的通道。于是，双方在景德镇一带展开了激战。咸丰十年十一月二十五日（1861 年 1月 5 日），黄文金、李远率太平军分兵五路进攻景德镇，并分军攻浮梁。左宗棠在景德镇布置防御，击退太平军。十一月二十八日，曾国藩调派鲍超由皖南赴赣北，增援左军。咸丰十一年正月初九日（1861 年 2 月 18 日），左宗棠会同鲍超向太平军发动反击，黄文金抵挡不住，于次日退至彭泽和皖南建德。左宗棠又派楚军协助鲍超军加紧追击，攻克彭泽、建德。黄文金部太平军损失惨重，只得退守芜湖，无法参与皖南、赣北战事。黄文金首攻景德镇败退后不久，李世贤部太平军于正月二十七日（3 月 8 日）从安徽休宁攻占婺源，分兵进攻浮梁和景德镇。左宗棠派王开琳带领“老湘营”出景德镇抵御，太平军初战失利，随后李世贤亲率大军向西挺进，王开琳败退景德镇。曾国藩急调皖南镇总兵率部由建德移防景德镇，左宗棠率军转攻鄱阳。二月三十日（4 月 9 日），李世贤向景德镇发动猛攻，全歼守将陈大富一军，太平军胜利攻克景德镇。左宗棠害怕被太平军所歼，遁往乐平。李世贤回师皖南，准备再攻祁门。景德镇落入太平军手中，使曾国藩祁门大营粮断路绝。曾国藩亲率湘军从祁门抵达休宁，试图攻取徽州，打开通往浙江的饱道，结果被太平军打得大败，逃回祁门。曾国藩在绝望之中，写下遗嘱交代后事，坐以待毙。恰于此刻，左宗棠在乐平击败太平军。曾国藩绝处逢生。
左宗棠在景德镇之战败退至乐平后，经过休整，乘机出击，于乐平的桃岭、塔前击败太平军。正在向祁门进军的李世贤闻知左宗棠卷土重来的消息后，调转军队于三月十三日（4 月 22 日）向乐平发动进攻。左宗棠凭借着乐平背山面河的有利地形，督兵三路在次日大败太平军，竟以六七千之众将号称十万的李世贤大军击退。李世贤被迫向东撤退，由赣北进入浙西。左宗棠乘势占取景德镇等地。祁门的后路又得以巩固，曾国藩大喜过望，他向清廷上奏称赞左宗棠“以数千新集之众，破十倍凶悍之贼，因地利以审敌情，蓄机势以作士气，实属深明将略，度越时贤”。①曾国藩还在家书中说：“凡祁门之后路，一律肃清，余方欣欣有喜色，以为可安枕而卧”。②清廷根据曾国藩的奏请，遂将左宗棠由襄办军务而改为帮办军务，紧接着又授左宗棠为大常寺卿，左的官位隆至正三品。
六月初二日（7 月 9 日），左宗棠率军进至婺源。此地为左宗棠所崇拜的南宋理学家朱熹的故乡，左在这里倡导复兴程朱理学，并待机入浙作战。
左宗棠在赣北的战事，对牵制太平军西征和确保曾国藩集中兵力围攻安庆的战略起到了重要的作用。太平军黄文金部和李世贤部均在赣北受到重创而分别退至皖东和浙西。李秀成部太平军绕道江西腹地抵进湖北时，陈玉成的北路太平军已从湖北撤兵两月去救安庆之急，李秀成便从湖北经江西也开进了浙江。而曾国藩则在赣北之战后从祁门移营进驻集贤关，加紧对安庆的围攻，于八月初一日（9 月 5 日）攻占安庆。
安庆陷于湘军之手，使太平天国都城天京上游已失去了屏障，太平天国试图通过西征而解安庆之围的计划破灭，西征军的两支主力军李世贤部和李秀成部则去锐意经营浙江了。咸丰十一年三月至九月，李世贤在赣北失利后转进浙江，克复常山、寿昌、金华、义乌、严州（今建德）等地，控制浙中地区。李秀成进入浙江在严州与李世贤会商后，即进兵克临安、余杭等地，十月初进围杭州，十一月二十八日（12 月 29 日）攻破杭州。这样，浙江大部已为太平军掌握，并与苏南根据地连成一片。但是，这些并不能弥补太平天国在皖北战场和天京上游的损失，太平天国在军事上的不利局面已难以扭转。
也在湘军攻占安庆后不久，北京城内发生了一场宫廷政变。咸丰十一年九月三十日（1861 年 11 月 2 日），慈禧太后联合恭亲王奕訢等人，解除了咸丰皇帝遗命的载垣、肃顺等八名“赞襄政务王大臣”的职务，开始垂帘听政，夺得了清朝的最高统治权，并将新继位的年仅六岁的皇帝的年号改为同治。慈禧太后掌权后，进一步对在镇压太平天国起义中崛起的汉族地主阶级地方实力派加以重用，使曾国藩、左宗棠等人的势力不断膨胀。十月初，太平军进围杭州，清朝中央政府中的一些人如侍讲学士颜宗仪、给事中高廷祜等纷纷上奏，要求命曾国藩密保于员，取代浙江巡抚王有龄、江苏巡抚薛焕。王有龄也自认无能，先是奏请由左宗棠督办浙省军务，后又保荐左宗棠接任其巡抚职位，甚至发誓：“倘有虚言，有如此日”。①清廷遂于十月十六日（11月 18 日）任命左宗棠督办浙江军务。两天之后，曾国藩也奉旨受命督办苏、皖、赣、浙四省军务，巡抚、提、镇以下文武官员皆归其节制，他布署了三面进攻太平天国的战略：由曾国荃率湘军主力从安庆沿江东下，主攻天京；李鸿章带领新组建的淮军进入上海，主攻苏南；左宗棠率领楚军进取浙江。十二月二十四日（1862 年 1 月 23 日），清廷又根据曾国藩等人的保荐，任命左宗棠为浙江巡抚。不久，左宗棠率军杀人浙江。
① [清]曾国藩：《请将左宗棠改为帮办军务片》，《曾文正公全集》奏稿，卷一三，页五三。
② [清]曾国藩，《曾文正公全集》家书，卷七，页二九至三○。
① 静吾、仲丁：《吴熙档案中的太平天国史料选辑》，第 88 页，三联书店 1958 年版。
① 《与陈俊臣》，《左文襄公全集》书牍，卷五，页四八。
② 《与曾涤帅》，《左文襄公全集》书牍，卷五，页四二。
③ [清]罗正钧：《左宗棠年谱》，第 73 页。
① [清]王闿运：《湘军志》，页八九，光绪十一年刻本。
② 《与胡润之》，《左文襄公全集》书牍，卷五，页五○。
③ 《与胡润之》，《左文襄公全集》书牍，卷五，页五○。
④ [清]曾国藩：《与彭 房、曾香海》，《曾文正公全集》书札，卷二，页二。
⑤ 《答曾涤帅》，《左文襄公全集》书牍，卷五，页五一。
① [清]胡林翼：《致左季高》，《胡文忠公遗集》，卷七六，页一。
② 《答胡润之》，《左文襄公全集》书牍，卷五，页五四。
③ 《与孝威》，《左宗棠全集》诗文·家书，第 14 页。
④ [清]洪仁玕；《洪仁玕自述》，《太平天国》（资料丛刊），第 2 册，第 852 页。
① [清]洪仁玕：《洪仁玕自述》，《太平天国》（资料丛刊），第 2 册，第 852 页。
② [清]曾国藩：《妥筹办理并酌拟变通章程折》，《曾文正公全集》奏稿，卷一一，页六八。
① [清]曾国藩：《复胡宫保》，《曾文正公全集》书札，卷一三，页二九。
② 《答刘荫渠》，《左文襄公全集》书牍，卷五，页七四。