左宗棠由闽浙总督而改任陕甘总督，纯系清廷鉴于“回氛甚炽”，而前往陕甘总督杨岳斌“办理未能有效”，便以“左宗棠威望素著，熟娴韬略，于军务、地方俱能措置裕如”为由，特授左为陕甘总督，“以期迅扫回氛，绥靖边圉”。①这样，左宗从同治五年（1866年）十月交卸闽浙督篆至同治十二年（1873年）八月的近7年时间内，先后镇压了捻军和陕甘回民起义，在其历史上又留下了暗淡的一面。
同治五年十一月初十日（1866 年 12 月 16 日），左宗棠从福州启程，拟经江西、湖北、取道河南赴京“入觐天颜”。十二月间，他行至江西九江，忽接清廷于初六日命其“驰赴甘肃督办军务”、“暂毋来京陛见”的谕令。紧接着，清廷于十六日和十九日又因陕西巡抚刘蓉对捻军督剿不利，复令行至湖北的左宗棠“带兵迅即入秦，杜贼窜鄂”。①清廷亟切盼望左宗棠将捻军和陕甘回民起义镇压下去。
捻军是太平天国时期由捻党转化而来的活跃于安徽、河南和山东西南部及江苏北部一带的农民起义军。咸丰三年（1853年）太平军北伐路过安徽、河南，捻党纷纷响应，捻军起义由此兴起。咸丰五年（1855年），各路捻军首领齐集于安徽蒙城雉河集，推举张乐行（又作张洛行）为盟主，建立黄、白、红、黑、蓝五旗军制，规定“各旗统将皆听盟主调遣”。②咸丰七年（1857年），张乐行被太平天国封为“征北主将”，后又加封“沃王”，捻军接受太平天国的领导。同治二年（1863年），清军僧格林沁部进攻雉河集，捻军战败，张乐行被俘遇害，其余捻军转战各地。次年，太平天国因天京失陷而基本失败后，太平军北方余部在遵王赖文光率领下与梁王张宗禹、鲁王任化邦统率的捻军会合，组成“新捻军”。新捻军依据太平军的编制进行整编，并改步兵为骑兵，提高了在北方平原作战的战斗力，于同治四年（1865年）在山东曹州（今荷泽）全歼清军僧格林沁部，随后又重创前来反扑的曾国藩部湘军和李鸿章部淮军，声势复振。同治五年（1866年），新捻军在河南许州（今许昌）分兵两支，一支为东捻军，由遵王赖文光、鲁王任化邦率领，在中原继续抗清；一支为西捻军，由梁王张宗禹、幼沃王张禹爵督率，进兵陕甘，联络回民起义军。陕甘回民起义是响应太平天国起义的各地少数民族起义中的一支。同治元年（1862年）太平军扶王陈得才率军进入陕西，渭南的回民相继发动反清暴动。清政府先后派出胜保、多隆阿、都兴阿等人率军赴陕西，并任命湘系要员刘蓉为陕西巡抚，一度将陕西回民起义镇压下去。“会陕回为多军所败，窜清水、华亭，甘军不能抵御，于是回蜂起响应”。①回民起义在甘肃省内不断高涨。甘肃回军逐步形成了 4 个中心，即灵州（今宁夏灵武县）马化龙部，河州（今临夏市）马占鳌部，西宁马永福、马桂源、马本源部和肃州（今酒泉市）马文禄部。②陕西回军则主要活动于陕甘交界的宁州（今甘肃宁县）董志原一带，主要首领有禹得彦、崔伟、马正和、白彦虎、马长顺等。督办陕甘军务的左宗棠面对的正是西捻军和陕甘的回民起义军。同治六年正月初十日（1867年 2月14日），左宗棠于湖北黄州（今黄冈市）向清廷上奏陈述了他的用兵方略：“方今所患者，捻匪、回逆耳。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地，然后客军无后顾之忧，饷道免中梗之患。……兰州虽是省会，形势孑然孤立，非驻重兵不能守。驻重兵，则由东分剿各路之兵又以分见单，不克挟全力与俱，一气扫荡。将来臣军入甘，应先分两大枝，由东路廓清各路，分别剿抚，俟大局勘定，然后入驻省城，方合机局。是故进兵陕西，必先清关外之贼；进兵甘肃，必先清陕西之贼；驻兵兰州，必先清各路之贼。然后饷道常通，师行无梗，得以壹意进剿，可免牵制之虞。……已复之地，不令再被贼扰。当进战时，即预收善后之效。民志克定，兵力常盈。事前计之虽似迟延，事后观之翻为妥速。”①于是，左宗棠把对清朝统治威胁最大的捻军视为首先拔除的目标，而其后在“进剿”陕甘回民起义的过程中也基本上是按照这个战略构想进行的。
左宗棠从福建启行时仅带楚军 3000 余人，他奏请由刘典帮办陕甘军务并委托刘再从湖南募兵 3000 人。他在湖北接见黄州守令，得知捻军已“大入鄂疆”，并接到清廷有关陕西剿捻不利的“寄谕”。他决定于原拟 6000 人外再加募 6000 人，合成 12000 人。鉴于捻军“易步为骑”的特点，左宗棠主张训练马队，制造炮车。他还奏请调派陆路提督高连升随同征剿，并请敕广东巡抚蒋益澧于香港“购办上好洋枪二千杆”。左宗棠把粮食补给和西征饷项视为军事行动的要着。他建议于湖北省城设立陕甘后路粮台，于陕西省城设立甘肃总粮台。因“甘肃饷事，向恃外省协济；陕省饷事，向恃本省钱粮，非若东南各省有大宗厘税、关税，堪资捐注”，且“近值捻回迭扰，窘迫殊常”，“贼之难办，甚于各省；饷之难筹，亦甚于各省”。①左宗棠奏请除福建、广东、浙江等省协甘之饷仍拟解甘外，另由左军在上海设立的“采办转运局”委员胡光塘与洋商借银 120 万两，以应急需。左宗棠为镇压捻军和陕甘回民起义以维护清朝的统治已不惜血本。
正当左宗棠为进兵陕甘而积极谋划之际，清廷于同治六年正月十八日特授左为钦差大臣，督办陕甘军务。清廷同意左提出的“进兵陕西，必先清关外之贼”的用兵方略，并令左宗棠速入陕西，指挥“老湘军”刘松山部和鲍超等部军队，“不虑无兵调度”。清廷还谕令左到陕西一意督剿，其陕甘总督督篆哲由穆图善署理，左仍以陕甘总督、钦差大臣、督办陕甘军务身份任事。
二月二十日和二十四日，左部楚军分前、中、后三路从汉口启行向陕西进发。六月十八日，左宗棠抵达陕西潼关，驻营西关外。此时，陕西境内活跃着捻军和“乘捻逆之乱，络绎回陕”的陕西回军，以及被视为“土匪”的董福祥等武装势力。左宗棠主张“务将捻逆尽之秦中，免致流毒他方，又成不了之局。捻逆既平，则办理回逆余逆，亦易为力矣”。②他的用兵之道，基于如下分析：“陕省全局之患，在捻与回。以贼势论，回狡而捻悍，回散而捻聚。以贼情论，回之通捻，图借捻以抗拒官军，遂其剽掠；捻之通回，图借回以牵制官军，便其纵横。盖回逆意在乱秦，捻逆意在窜豫，彼此各有所图，两不相喻。盗贼群居，无终日之计，故旋合而旋离也。官军之讨贼也，宜先捻而后回。盖捻强于回，捻平则回益震，一也；捻在秦不过秦之患，窜豫则中原之患，两害相形，在秦为轻，又一也。”①因此，左宗棠在陕西尽管受到捻军、陕西回军、董福祥等武装的夹击，始终以“剿捻”为首要任务，他亲自驻扎邻近河南的潼关，目的是防止捻军攻入河南以威胁中原。
西捻军在受到左宗棠和刘典分别由陕东和陕南的夹击后，被迫于九月初向陕北进军，转入北山，试图打开进入山西的通道。左宗棠急忙重新部署兵力，力图阻止捻军进入山西。十月，清廷在给左宗棠的“寄谕”中称：“晋省为畿辅屏翰，左宗棠当如何力筹兼顾？陕西兵力不为不厚，总当就地歼除，不可以驱贼出境即为了事。倘任贼东渡，阑入晋疆，惟左宗棠是问。”②左宗棠也试图把捻军剿杀于秦境，但他又深知剿灭捻军良非易事。还在其入陕之初，便认为“剿捻之难，甚于发逆（按指太平军）”。③因此，他到潼关后，“凡所布置，均为就地歼贼起见”，对捻军“大举围逼，期歼贼于渭、洛之间”。他设防于陕豫、陕鄂交界处，防范捻军向豫、楚“奔逸”，却不料捻军向北突围，且“北山荒瘠殊常，官军追剿，皆以无粮不能急进”④，加上陕西回军的牵制，使左宗棠对捻军的作战并不得力。十月下旬，捻军接连攻占陕北的延川、绥德二城。左宗棠调派与捻军作战的军队仅有刘松山所部 10000人，郭宝昌 3000 人，刘厚基 3000 人，而高连升和刘典各所部 5000 人只能去应付陕西回军。“捻自南而北，千有余里；回自西而东，亦千有余里”①，左宗棠感到心有余而力不足。
同治六年十一月二十二日（1867年12月18日），西捻军由宜川强渡黄河，从陕西进入山西。左宗棠非常惊慌，急派刘松山、郭宝昌入晋追剿，自己也随后拔队入晋。西捻军从山西经河南入直隶，于同治七年正月十二日（1868 年 2 月 6 日）逼近卢沟桥，清廷大为震惊。清廷鉴于西捻军进入直隶的状况，“降旨”先行将剿办捻军的钦差大臣李鸿章随后并将署直隶总督官文和左宗棠“交部严加议处”②，以让他们戴罪立功。清廷指令“左宗棠前赴保定以北，妥为督剿，以赎前愆，毋再延误”。③二月初，左宗棠率军抵保定近郊。李鸿章、官文和山东巡抚丁宝桢等也督军加紧对进入直隶的西捻军予以堵防。
张宗禹率西捻军由陕冲入晋、豫、直三省，原是应东捻军赖文光之求救以解东捻军在运河被困之势。但当西捻军仅到达晋、豫之际，东捻军已于同治六年十二月十一日（1868年1月5日）的扬州之战中被李鸿章部淮军全歼，赖文光被俘后就义于扬州。张宗禹不知此情，一意率西捻军北进，固然逼近京畿，但也陷入清军的重围。
左宗棠在直隶不仅亲自率军“追贼”，而且明定斩捻军的“首级赏格”，并对生擒、阵斩张宗禹等人“从优悬立赏格”，“以作士气而速戎机”。①这一手段是非常拙劣的。西捻军在清军的追剿下，被迫撤出直隶，于同治七年二月三十日（1868年3月23日）夜渡过漳河进入河南。三月初，左宗棠旋督军追至河南彰德（今安阳市）。西捻军又从河南进入山东西部并转入直隶静海。四月初四日（4月26日），左宗棠赶至山东德州。五月初，捻军在直隶作战失利，转入山东海丰（今无棣县）宁津、陵县、临邑、济阳后，又从陵县转向西南进入德州。六月中下旬，张宗禹率西捻军试图从德州高家渡抢渡运河，结果为清军击退，被迫退至德平、平原、茌平。六月二十八日（8月16日）的在平南镇之役，西捻军被淮军全部击溃，只有张宗禹率十余骑突围至徒骇河边，“穿秫凫水，不知所终”。②至此，捻军起义失败，清廷论功行赏，着加左宗棠太子太保衔。
① 《调补陕甘总督谢恩折》，《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 123 页。
① 《附录上谕》、《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 351～353 页。
② 《涡阳县志》，《捻军》（资料丛刊），第 2 册，第 100 页，神州国光社 1953 年版。
① 曾喻瑜：《征西纪略》，《回民起义》（中国近代史资料丛刊），第 3 册，第 26 页，神州国光社 1952年版。
② 灵州当时属甘肃省宁夏府。宁夏于 1928 年置省，1958 年改宁夏回族自治区。西宁府当时属甘肃省。1928年青海置省。
① 《敬陈筹办情形折》，《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 372—373 页。
① 《遵旨宽筹饷项以支危局折》，《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 406—407 页。
② 《分道入秦妥筹办理折》，《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 429 页。
① 《剿捻三胜截击回逆归巢折》，《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 440 页。
② 《和厚两营遇回逆失利并遏捻东窜片》，《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 493 页。
③ 《请散捻逆胁从片》，《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 401 页。
④ 从《和厚两营遇回逆失利并遏捻东窜片》，《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 493 页。
① 《捻逆连陷州县回逆狓猖自请严议折》，《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 511 页。
② 《附录上谕》，《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 600 页。
③ 《附录上谕》，《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 603 页。
① 《皖豫两军另悬赏格片》，《左宗棠全集》奏稿，第 3 册，第 630 页。
② 《涡阳县志》，《捻军》（资料丛刊），第 2 册，第 108 页。