9月5日，近卫进宫见驾，将联席会议通过的《帝国国策施行要领》草案上奏天皇。天皇一口气看完这个草案，脸上露出不解而担心的表情问道：“计划中的事项前后顺序有点奇怪，为什么把战备放在第一位，而把外交谈判放在第二位呢？”
近卫担心天皇在御前会议时再质问军部，遂建议天皇召见两位总长进行私下听证。下午6时，永野和杉山来到皇宫，就天皇的有关质问作了回答。最后天皇问杉山：“万一日美两国 间发生什么问题，陆军在多长时间内能解决？有把握吗？”这位陆军大臣估计：“在南洋方面，打算用3个月解决。”这时裕仁血涌脸上，感到受到了愚弄，选用不寻常的语调大声质问杉山：“杉山，你曾是日华事变爆发时的陆军大臣，你别忘了，当时你就说过1个月左右解决问题。可是4年过去了，问题不是还没有解决吗？”
杉山惶恐地解释说：“中国疆土辽阔，无法按预定的计划作战。”这只能使天皇更加愤怒。他再次提高嗓门说：“你说中国疆土辽阔，那太平洋不是更辽阔吗？你有什么把握说3个月能解决问题？”
永野对他倒霉的同事表示同情，赶忙插话解围。他告诉裕仁：“现在的日美关系好比一个病人，是动手术好，还是不动手术好呢？病情已经发展到危及生命的地步，如果不动手术硬挺着，病人就可能要渐渐衰弱以致死亡。如果动手术，尽管要冒极大的危险，却不一定没有治愈的希望。我认为，目前的情况正处在是否毅然决然动手术的阶段。”
9月6日，天皇正式召集御前会议，审议《帝国国策施行要领》，进行战争的最后选择。近卫、永野、杉山、丰田外相和企划院总裁铃木贞一陆军中将，一个接一个地表态，都对外交谈判不抱希望，认为日本必须为战争做准备，越快越好。最终，会议通过了《要领》，进一步决定：一、“拟以10月下旬为目标，完成作战准备”；二、“在外交谈判到10月上旬尚未达到我方要求的情况下，立即下决心对美（英荷）开战”。会后，军部下令加紧备战。海军命令全军完成战争编制，增征40万吨船只。
9月11日，在海军大学举行的图上演习开始，大约200名日本海军高级军官齐集位于东京目黑区的海军大学，研究占领菲律宾、马来亚和荷属东印度等南方地区的庞大计划。
山本五十六率领其联合舰队的军官们，在东翼的一间隔离的房间里，设立了专供分析、研究袭击珍珠港作战方案的专用室。9月16日，山本将30多名经过精心挑选出来的军官带到专设的秘密房间，进行“夏威夷特别作战图上演习”。
10月18日，近卫首相辞职，东条英机接任首相，日本军国主义战争机器的齿轮转动得更加疯狂。
11月5日，也就是山本命令联合舰队进行最后三天的特别训练的第二天，日本御前会议决定对英美开战。同日，山本接到了军令部总长永野修身奉天皇之旨发来的《海军一号令》：
令联合舰队司令长官山本：
一、日本帝国为自存自卫，已决定于12月上旬，同美国、英国、荷兰开战。在此之前，要分别作好各种作战准备；
二、联合舰队司令长官，要根据海军具体作战需要实施准备；
三、有关细则，待军令部部长分别下达指示。
山本五十六根据永野发来的《海军一号令》精神，于当日下达了《联合舰队绝密一号作战命令》：
联合舰队同美国、英国和荷兰作战，按本命令附件中所规定的方案实施。
昭和十六年11月5日
于佐伯湾旗舰“长门”号
继“一号作战令”之后，山本又接连下达了“二号作战令”和“三号作战令”。并最终确定：开战日定于“X日”，即12月8日。偷袭珍珠港的舰队司令官最后决定由南云忠一中将担任。
南云接到山本的任命之后立即对所属部队下达了作战命令：
攻击部队作战命令第一号
一、各舰应于11月20日以前完成作战准备；
二、全舰队集结单冠湾；
三、为保持作战计划机密，在离开本国港湾对部属宣布作战任务之前，务必严守机密；
四、攻击队任务分配（略）；
五、战略巡航编组（略）；
六、严禁无线通信。
昭和十六年11月10日
于佐伯湾旗舰“长门”号
11月20日，由３１艘军舰组成的庞大攻击编队，在南云忠一的指挥下，以“木户部队”为代号，以不同的航线，从各自所在地点悄悄出发，秘密地向千岛群岛的单冠湾集中。这是日俄战争以来，日本联合舰队最大规模的一次集结。除了各舰长之外，连副舰长都不知道这是一次重要的军事行动。而一般官兵都以为是去北海进行演习。各舰实行严格的无线电静默，而联合舰队的其余军舰则实施无线电佯动，进行掩护。当突击编队进入单冠湾后，海防部队立即切断择捉岛同外界的一切联系，以防走漏消息。
与此同时，先遣队的27艘潜艇分别从佐伯湾和横须贺出发，伪装成日常巡逻，沿中、南航线，采取白天潜航夜间水面航行的方法，驶向夏威夷，执行侦察和监视任务。
由３１艘军舰组成的庞大机动舰队，在南云忠一的指挥下，机动舰队组成和指挥官是：