为了重新分割世界，日本法西斯亟需在世界上寻求盟友，臭味相投的德、意、日三个法西斯国家在侵略扩张问题上一拍即合，于是便加紧进行勾结，狼狈为奸。
1937年，日本全面侵华之后，德国为日本在东方所点燃的战火所鼓舞，急于走向大规模 的扩张之路。1937年11月，在日本全力进攻中国最大城市上海时，法西斯德国召开会议，通过了《霍斯巴赫备忘录》，确定了一个大规模扩张计划和发动战争的时间表。为此，希特勒非常希望能与日本缔结一个针对英法美的同盟，改变1936年签订的反共产国际协定中不承担军事义务的状况，以使日本在遥远的东方牵制德国的仇敌。
1938年1月，日本驻德国使馆副武官大岛浩前往奥得河畔松讷贝格别墅，向里宾特洛甫拜年。里宾特洛甫充满感情地对大岛浩说：“我们应该签订一个使日、德关系更加亲善密切的条约。”此后，两人即围绕着两国缔约一事不断进行秘密接触。希特勒考虑到德国对华援助政策妨碍了日德同盟，为了赢得日本的好感，乃于1938年2月图谋改变对华政策，更换了国防军首脑集团，罢免了牛赖特的外交部长职务，任命里宾特洛甫继任外长；接着又撤回了派驻在中国给蒋介石充当军事顾问的代表团，正式承认伪满洲国，公开支持日本。德国此举大得日本政府欢心。1938年6月，在德国撤回在华军事顾问后不久，日本正式决定进一步加强同德国的合作，并就建立军事同盟与德国开始交涉。为了有利于三国同盟谈判的进行，日本在人事上也进行了变动。10月，反对三国同盟谈判的驻德大使东乡茂德调任驻苏大使，大岛浩晋升为驻德大使，直接负责与德国的谈判。这个任命是应陆军参谋本部和陆军大臣板垣之命作出的。不久又任命另一位更激烈地主张与轴心国缔结全面条约的白鸟为驻意大使。
在与德意结盟问题上，海军再次与陆军发生矛盾。尽管海军也同意加强日、德、意合作，但不同意陆相板垣征四郎主张的“里宾特洛甫方案”。按里宾特洛甫方案的原则，日德缔结的条约，将不仅是针对苏联而且是广泛针对英、法、美的坚强的军事同盟。他们认为在日本扩大侵华战争后，军事力量陷入中国战场，日本在外交上日趋孤立，不宜再与西方国家为敌，以免失去外交上的回旋余地和断绝对英美的贸易；与德国缔结的条约只应是反共产国际协定的继续，而不应有其他的内容。海军之所以坚持这一观点，还因为他们害怕在与德国签约后会因此而导致日本卷入欧洲战争，为德国火中取栗。山本五十六与海军大臣米内光政是反对与德国结盟的主要人物。山本从海军的立场出发，认为日本的主要敌人是美国，而日本对美战争准备远远不够充分，在这样的形势下，与德国结盟是得不到任何好处的。作为日本海军，在当前准备极不充分的形势下，应极力避免刺激美国、以美国为敌、同美国作战，应集中全力解决中国事变，不应再添敌人。山本对陆军狂热分子极力主张与德国结盟忧心忡忡，他说：“照这样下去，日本势必被卷入战争，而且是以美国为对手。”
当时，在日本海军中，随着永野修身海军大臣的辞职，海军省被山本五十六和米内光政的人所控制，执行比较稳定、务实的政策；而过去强硬的舰队派人员大都集中于军令部或在舰队中任职。山本与米内光政在海军炮术学校任教时曾是同事，二人经常在一起吃饭、练剑，关系比较融洽。在观点上二人也比较一致，皆倾向于条约派。在永野辞职时，山本为了在内阁中同陆军相抗衡，极力说服永野推荐米内作为他的继任者。就这样，米内才担任了海军大臣。
在米内和山本主持下的海军省，在对美国的战争准备上，比陆军更理智，考虑得更深远一些。还在1937年12月12日发生“珀内”号事件时，山本就采取了低调抚慰美国的政策。那是在日本攻克上海正向南京发展的时候，美国炮艇“珀内”号载着美国使馆的最后一批人员和一群西方记者，拖着美孚石油公司的3艘驳船正撤离烈焰四起的南京城。中午1时，日本海军航空兵奥山上尉率领1个中队的轰炸机向“珀内”号扑来，尽管炮艇上有他们可以清楚看到的美国国旗，但已被战火烧狂了的法西斯分子，还是欣喜若狂地向炮艇冲来。
“他们在丢炸弹，隐蔽！”主舵手大声喊道。舰长进入操舵室，几秒钟后操舵室就被炸弹“轰”的一声掀开。甲板上，新闻记者诺曼·艾利本能地抓起摄影机拍摄。他不难看清飞行员的面孔，但使他吃惊的是，日本人明明看得见美国国旗，还是不停地轰炸。20分钟后，两条驳船中弹起火，“珀内”号则在长江的浊流中下沉。这时，副舰长阿瑟·安德斯代替受伤的舰长指挥。安德斯由于喉部受伤而不能讲话，只得在一片被血染红了的纸上潦潦草草地写上“弃舰”二字。当舰上的最后一批人在江边芦苇荡里隐藏起来时，一艘日本汽艇溯江而上，用机枪向那艘正在下沉的军舰和两边江岸猛烈扫射。两名美国水手和一名意大利记者丧生。幸存者也面临着严峻的考验：他们还得在日本人追赶的情况下坚持两天才能到中国军队前沿。
“珀内”号被击沉了的消息激怒了美国人，也使山本出了一身冷汗。因为熟知美国历史的山本十分清楚，本世纪初美国参加的三场有名的帝国主义战争之一——美西战争，就是因“梅因”号被西班牙击沉而爆发的。山本十分害怕此时与美国发生纠葛，因而在日本外相照会美国大使馆“深表歉意”并愿意赔偿一切损失的同时，山本也发表声明：“这次事件的责任全在日本方面，海军应该诚恳认错。”并将事件的直接责任者海军第二联合航空队司令三并贞三少将免职查办。美国由于还不想马上与日本交战，也急于使这场危机冷却下来，所以只简单地相信了日本说的日机弄错了“珀内”号的国籍的解释，在日本向美国交了一张2214007.36美元的赔款支票后，整个事件就算了结。这总算了结了悬在山本心头上的一桩心事。