其次，就是首席参谋、各位幕僚、副官，密码长、气象长、舰队轮机长、舰队会计长、法务长等。“长门”舰的舰长也经常和大家一块进餐。
前任联合舰队司令长官吉田善吾是山本五十六在海军大学时的同学，但两人的性格却是相差极大的。
吉田善吾对任何事情都非常挑剔。他最反感做事没有条理的人，他一有空闲就去过问琐事。对什么事都不放心，比如幕僚们起草的文件，他每次都要逐字逐句地修改，甚至连电文中所用的助词也要一一订正。他经常为一点小事儿就厉声地斥责身边的参谋们，以至于他的那些参谋们都怀疑他“是不是有点神经官能症”。对待这样的上司，参谋们是不会对他敞开心扉的。
吉田善吾很少与官兵们一块吃饭。他从不喝酒，也从来不吃鱼干，他认为鱼干不卫生。山本五十六则不然，他经常跟下属们一块进餐，而且在吃饭上并不讲究，他非常喜欢鱼干。舰队一进宿毛湾，他就让人买来许多鱼干，放在舰上，不但他自己吃，还动员别人也吃。
吉田善吾在任时的联合舰队炮术参谋藤田良中佐、川井严中佐与吉田善吾的副官藤田元成都是同届同学，他们经常奚落藤田原成说：
“只有你这个家伙和吉田长官合得来，你小子是不是尽拍长官的马屁了?”
和古田长官相反，参谋长高桥少将喜欢饮酒，而且酒量非常大，为了饮酒，就连小葱也被他视为下酒的好菜。他常常命厨师为他搞葱白儿和豆瓣酱来下酒。出港时，连?望台上都是酒味冲天。高桥对吉田的工作方法很是看不惯，因此两人素不和睦，但在表面上，高桥还是给予了吉田很好的配合。
吉田善吾离开舰队时，把自己的单人照片分送给大家作纪念，但大家似乎并不怎么领他的情。听说山本五十六将取代吉田善吾出任联合舰队司令时，最高兴的当是参谋长高桥伊望少将。
◎“山本”号拔锚起航，太平洋山雨欲来
1939年9月1日，就在山本五十六以日本帝国海军联合舰队司令长官的身份登上“长门”号旗舰的时候，传来了德国入侵波兰的消息。
当日4时45分，法西斯德国出动了160万兵力，坦克2800辆，飞机两千架对波兰实施了突然的全面袭击。随后，英国、法国、印度、澳大利亚、新西兰、南非和加拿大等国先后对德宣战。第二次世界大战终于爆发了。
这一巧合似乎已经预示了山本五十六未来的命运。
9月4日，山本五十六在写给岛田繁太郎的一封信中写道：
“当前，欧洲出现了大动荡，每当想到我们日本与德、意之间的关系，就使我不寒而栗。”
9月5日，山本五十六向联合舰队全体官兵发表了他出任联合舰队司令后的第一次讲话：
“鄙人虽不谋该职，但天皇陛下授命，只好就任，值此，深感责任重大。
不言而喻，今天欧洲的形势，乃世界再度出现大动乱之先兆也。值此风云突变之时，吾深感帝国海军任重道远。望全体官兵更加同心协力，自重自爱，不辞辛劳，昼夜兼练，以保持联合舰队之最高威力，担负起保卫国防之重任，不负于天皇陛下之所望。”
山本上任后不久就恢复了因交接而中断的日常训练。他第一次站在“长门”号上看着由自己亲自指挥的这支世界第三大舰队拔锚起航。
“离港还有15分钟，各舰航海值班人员各就各位。”
一声令下，各舰从舰首到舰桥，立刻呈现出一片紧张繁忙的气氛和景象。总共80艘大小战舰井然有序，烟囱里冒出的黑烟笼罩了整个和歌之浦码头。
“第2战队第1号舰正起锚。”
随着报告声完毕，“长门”号的汽笛发出一声长鸣，下达了“立即出港”的命令。
负责舰队警戒任务的潜艇部队最先驶出港口。山本手里拿着双筒望远镜来到舰桥。他一边听着航海科传令兵关于各战队各舰的行动情况报告，一边直接观察着舰队出港。
传令兵继续报告：
“第4战队正在出港：‘高雄’、‘爱宕’、‘鸟海’、‘摩耶’出港了。”
“后面是‘伊势’出港了，‘日向’、‘扶桑’出港了。”
“‘赤城’、‘加贺’、‘苍龙’、‘飞龙’第1、2航空战队依次出港了。”
当山本看到随后驶出的庞大的航空母舰时，他的眼睛好像一下明亮起来：现在该是将自己的航空战术思想付诸实践的时候了。
山本首先改变了老一套的训练方法。在海军，舰队夜间出入港口是舰队训练中难度很大且有危险的科目，稍有失误，就会发生损伤“天皇军舰”的事故，情节严重者要受到切腹的惩罚。因此在已往的训练中，一般是各舰都要打开信号识别灯，并以无线电保持各舰间的通信联络，以免发生军舰相撞毁伤舰只的事故，这已成为联合舰队不成文的惯例。但山本认为，这是不符合实战要求的。因为战时，舰队出港是不允许打开信号灯和使用无线电的，即使使用微弱的无线电波联络也是被禁止的。他要求各舰一律不准开信号灯，并关闭舰上的无线电联络装置。舰与舰间保持一定距离依次跟着各自的旗舰摸黑前进。
这是难度相当大的出入港训练。几万吨的庞然大物，启动后的惯性是相当大的，在黑暗中各舰保持一定的距离和准确的方向，使舰上人员高度紧张。一旦发现舰与舰间的距离过近时，靠舰上机械的制动能力是很难抑制住巨大的惯性的。山本的目的就是要训练日本海军的夜战能力。