高野五十六的故乡长冈是一个著名的武士之乡。前面说过，高野家族世代精通儒学、兵学，在长冈十分有名，他们大都在长冈任儒官，兼枪术教师之职。高野家族深得长冈藩主赏识。精通古典、汉学的高野家族也受到了长冈名门望族山本家族的推崇。山本家族历代任长冈藩的家老，食禄1300石，是长冈武士的总头领，在长冈的势力炙手可热。长期以来，山本和高野两个家族一直有着非常密切的交往。
年轻的高野五十六在日本海军中良好的发展趋势，引起了故乡长冈人的注意。一些旧封建残余分子似乎从高野五十六的身上看到了振兴长冈藩的希望，于是筹划了高野五十六改姓的活动，以让高野五十六继承长冈武士名门山本家的遗业。
山本家族到了山本带刀一代时，日本发生了明治维新，开始大力削弱武士阶层的势力。一些中下层武士开始同政府抗争。长冈武士与政府军之间也展开了激烈的冲突。在著名的戊辰战争中，长冈武士个个奋勇，但终因寡不敌众，长冈城最终被政府军攻克。在战斗中，长冈武士军头领身负重伤，当时仅23岁的山本带刀挺身而出，担当起了长冈藩武士总司令的职务，他率领全藩武士突出重围，长途跋涉近百里，转战于会津平原，与政府军周旋。后在若松城南边的饭寺村因大雾迷失方向，而陷入政府军的包围。山本带刀被政府军抓获。政府军为山本带刀的才华与勇敢所打动，便劝其投降，但山本带刀却大义凛然，宁死不降。终被政府军斩首，年仅24岁。山本带刀家中只剩下妻子和女儿。戊辰战争结束后，明治政府为稳定自己的统治，鉴于山本家是反对新政府的首谋者，下令废止山本家名，以防止旧武士利用它兴风作浪。不得已，藩主牧野忠恭只得将山本带刀的妻子许配给藩土陶山万卫，改姓富士。
由于明治维新的不彻底性，明治政府本身也保留了浓厚的封建残余。不仅在人员组成上大部分是旧武士出身，而且在思想上也与旧的封建意识保持着千丝万缕的联系。因此明治政府在稳定了其统治之后，为了利用旧的封建“忠”、“勇”思想和武士道精神，便对响应藩主号令参加戊辰战争叛乱的各旧藩武士作了宽大处理。1884年2月，特颁布法令准许山本家名再兴，接着在1889年，明治政府为庆祝颁布明治宪法而实行大赦，山本带刀被免去叛国罪名，远嫁他乡的山本带刀的长女再度继承家业。然而，在当时的日本，均是由长子继承家业的，特别是一些大的家族，这种长子继承制更是十分的严格。因此，尽管山本带刀的长女继承了家业，但却仍然属于后继无人。长冈旧武士对此始终难以释怀。为了发扬长冈武士遗风，使长冈名门山本家后继有人，长冈以旧藩主牧野忠笃为首的一些旧武士决定在长冈武士的后代中物色能够不辱山本家族声誉的“继承人”。
高野五十六逐渐走入了他们的视野。
高野五十六深得武士精神的熏陶，他顽强、坚毅的个性得到了牧野忠笃等人的赞赏。尤其是高野五十六自入江田岛海军学校和参加日俄战争之后，在海军中显示出了良好的发展势头，这使得牧野忠笃等人信心大增。到1915年，随着高野五十六少佐即将从海军大学毕业，他们已经下定决心把高野五十六推到山本家族继承人的位子上。牧野忠笃等人认为，除了高野五十六是一名很有前途的海军军官而外，他还是与山本家的中兴之祖山本老于齐结为刎颈之交的高野荣轩的子孙，继承山本衣钵者几乎非他莫属。藩主牧野为恳请高野五十六再兴山本家，绞尽了脑汁，付出了异常的努力，并动员曾担任高野家长老的田中浪江、山本家的旧臣渡边廉吉等人一同来做高野的工作。
此时的山本家，经过明治维新的冲击，庞大的家产早已被政府没收而消散，作为可继承的财产只有一套褪了色的破旧麻质武士礼服和位于长冈市稽古町长兴寺的山本家荒凉的墓地。然而聪明的高野五十六并没有计较这些，他考虑到自古以来高野家和山本家历代的关系，更重要的是，满脑子充斥着武士道思想的高野五十六，认识到继承山本遗魂，对其将来的发展会产生不可估量的作用。因为它符合日本近代天皇制利用封建残余加强统治、对外实行扩张侵略的需要，以他的话来说，就是继承长冈第一名门是长冈藩士的天命所在。几经考虑，他答应了牧野的请求。
1916年5月19日，经过精心准备，选择了长冈藩最有纪念意义的长冈城落成纪念日，举行了高野五十六改姓山本的仪式。在其五哥高野季八主持证明下，高野五十六作为山本家的后嗣，改名为山本五十六。
改名后，山本五十六所做的第一件事是在藩士们的簇拥下，厚祭山本家历代祖先，清理自戊辰战争以来已经荒废了50多年的山本家墓地；接着他又修心静身，于当日用了一个通宵将山本家祖先自庆长以来的各代法号、戒名全部书写了一份，并于第二天在长兴寺大作法事道场，以资纪念招魂。
改姓之后，山本五十六这个长冈武士的后代无形中又增加了一种荣耀，长冈遗魂以及一些旧武士倡导的军国主义色彩极浓的“长冈精神”、“常在战场”的遗训，刺激着他为了不辱山本名门之“声誉”更加竭尽全力，勤学苦练，忠于职守。