孙中山卸下总统重担后，顿觉一身轻松。他与黄兴约定，自己去搞铁路，黄兴去搞大西北的开发，共同把民生主义推向一个实际实施的新阶段。
4月14日，孙中山从南京出发，准备南下广东，开始考察铁路建设。当时宋蔼龄犹豫不定自己是继续在下了台的总统身边工作还是回到父亲那里，她想和父亲仔细谈谈这个问题，孙中山也想见见宋耀如，于是他们乘坐的“联鲸” 号军舰悄悄停在了江南制造局码头。
宋耀如事先接到通知，已在码头等候。船靠岸后，他登上了军舰。两个老朋友一见面，就对铁路问题谈上了瘾，宋耀如非常支持孙中山的弃政修路方针。他说，美国的富强，就是从兴修铁路开始的，铁路一通，沉睡地下的资源很快开发，国民经济就甩开了大步。他完全赞成孙中山的计划，并已着手在资金上想办法。孙中山更是兴致勃勃，两个人越谈越上劲，两个小时过去了，都还意犹未尽。宋蔼龄在一旁根本插不上话，也没有机会同父亲谈自己的事。天色已晚，孙中山欣然接受邀请，住进了宋耀如家中。
吃过晚饭，孙中山又站到1894年的那幅全国地图前，他兴奋地对着宋耀如全家说：“从第一次勾出全国的铁路线，我就为它激动不已。可是那时候不首先进行革命，铁路根本无法修建。现在好了，共和革命已经完成，我可以专心致志来实现它了！”
孙中山边说边在地图上用红笔划着：铁路建设的第一步是勾通全国三大干线。第一条从广东南海起，经广西、上贵州、进云南、出四川、入西藏最后北上新疆天山；第二条从上海出发，过江苏、安徽、河南，经陕西、甘肃；从河西走廊进入新疆，到达伊犁；第三条起于秦皇岛，穿越山海关进入辽宁，再向西折入内蒙，北穿外蒙古，到达乌拉海。他说，这些铁路完全修起来，每年仅运输收人就可以达到十万万元，很快就可以使中国进入世界最强国之列……
宋耀如一家听得情绪激动并为孙中山的宏伟蓝图所鼓舞，他们为孙中山描绘的光明前景所陶醉，忘情地鼓起掌来。尤其宋蔼龄听到铁路能赚这么多钱的时候，眼睛里闪出了多少天来少见的光芒，她已经对这项工作大有好感了。
刚刚从美国哈佛大学毕业归来的宋子文，当时正在上海都督府当一名不领薪饷的文书，他对那份工作没有兴趣，此时赶紧缠住孙中山，坚决要求跟随他“起从事铁路建设。
乘宋子文向孙中山央求的时候，宋蔼龄拉父亲到了另一间房里，就自己的去向征询父亲的意见。宋耀如并没有看出女儿的心思，他毫不犹豫地说：“跟孙先生干下去！孙先生已经以中华民国的第一位开国总统名垂青史，但百年之后更为人们怀念的，也许是他振兴中国经济的功勋。你想想看，一位既曾率领人民推翻封建王朝，又使一个贫弱的民族发达成为世界强国的人物，全球迄今能有几人？”
宋蔼龄欲言又止，吞吞吐吐。宋耀如进一步说：“我知道你心里想的事了，你是对他不当总统有看法，对吧？你应该看到，孙先生是主动让位，不是被选下台也不是被人赶下台，他是中华民国的国父，这是已成定论的。现在功成身退，去从事他更有兴趣的事业，这在中国这个争权夺利成为传统的国度里，是一种更加伟大的品格和人格，将更会受到人民的敬仰和尊重，也更加完善了他自己。当初进行革命，是因为不进行革命就无法进行建设，那是不得已而为之。说到底，革命不过是一种手段，而通过建设使国家富强起来才是我们当初投身革命的本意。1894年我们共同绘制那幅全国铁路图的时候，我就看出了他真正倾心的是国家建设，但为了推翻那个阻碍国家富强的腐败政府，他不得不先压制自己的志趣，而先完成革命。应该说现在建设铁路的工作才更符合他的兴趣和愿望，你不应该对他有过多的责难。”
宋蔼龄显然已经被父亲说动，但她又提出了自己的另外一种担心：“万一袁世凯……”
“哦，这个问题我也有过考虑。不过可以这样想：袁世凯现在还是表示完全拥护共和，对孙先生很尊敬的。孙先生还是同盟会的总理，今后进行国会选举，同盟会广泛的社会基础必将赢得多数。共和制的根本权力在国会，国会通不过的事情，他总统想干也不行。再说万一袁世凯一意孤行，要搞独裁，革命党完全可以再把他打倒。孙先生当初一介平民，不仅在中国呆不下，整个亚洲国家都由于清政府的干预驱逐他，他仍能领导民众把一个300年的帝国摧垮。现在他的威望更高、社会影响更大，袁世凯胆敢践踏共和，孙先生振臂一呼，岂不是应者云集？我的孩子，这些问题在革命党内部已讨论过多次了，你不必疑虑太多，好好跟定孙先生，你会前途远大的。”
宋耀如的一席话，像一阵清风吹开了宋蔼龄眼前的云雾。她后悔自己差点因过分沉缅总统夫人之梦而铸成大错，孙中山虽然卸下了总统职务，可他在人们心目中仍然是开国总统，仍然是当今中国最伟大的人物。当即她向父亲表示，自己一定跟孙先生走，而且要跟他一辈子，为他献身！”
父女俩回到客厅的时候，宋子文一下子扑向父亲：“爸爸，铁路建设事业太伟大了，我要跟孙先生去。让我去吧？啊！”
宋耀如笑着瞟向孙中山说：“其实你还是个政治家！你的煽动性太强了厂’
孙中山也笑了：“我已经给他说了，你的两个从国外学成归来的孩子我不能都带走，你身边也需要帮手。”
宋子文嚷道：“那就让我去，姐姐留下来。我是男孩子，总比她的作用大！”
宋耀如望着孙中山道：“你来决定吧！”
这要是在几小时前，宋蔼龄可能巴不得呢，但现在她已经完全改变了主意，她生怕孙中山说出让自己留下的话，所以不等孙中山开口，就抢先对弟弟子文说：“你不要胡搅了，你的事爸爸已有安排。再说我在先生身边已经工作了几个月，许多事情都已熟悉。对我的工作先生是满意的，有什么必要换来换去呢？孙先生，爸爸，是这样的吧？”
孙中山笑而不答。于是宋耀如说：“子文不要争了，还是让你大姐去。” 于是宋子文来了个美国式的耸肩摊手：“在我们家呀，重女轻男！”
孙中山被逗乐了：“中国呀，几千年来都是重男轻女，只有杨贵妃时代有过重女轻男的说法，不过那大概也只存在于诗人的浪漫笔下。你倒说说，你们家是怎么重女轻男的？”
宋子文手插裤兜，望着天花板不出声。
宋耀如对儿子说：“修铁路现在最需要的是钱，20万里铁路共需60亿元。没有钱连一寸铁路也修不起来。我们来个分工，孙先生和你姐负责铁路规划和设计施工，我们两个负责筹措资金。这个不重要吗？我倒希望你将来能成为中国最大的银行家，最好是作国家银行行长，干什么也离不开财政金融的支持呀！”
宋蔼龄赶紧说：“对呀，一切之中钱是王中王！”
孙中山在上海停留了4天，遂换上江南制造局帮办牛尚周为他预备的客轮，开赴广东。
宋蔼龄一扫孙中山辞职初期的沮丧情绪，对孙中山的伟大品格和不凡举动已经有了充分的理解，尤其对孙中山兴修铁路的雄心和计划越来越感到由衷赞赏。她把父亲准备的一大批有关铁路建设的资料，分门别类地整理好，适时送给孙中山参阅。对孙中山生活上的照顾，也越来越体贴入微，以至当时随行的孙中山的女儿孙金淡、孙金琬等人，也从开始时对她的感激到后来觉得她有些过分了。
船到广州，他们受到了广东都督胡汉民的盛情接待。军乐队吹吹打打，还有天真烂漫的儿童献花，当晚又举行了盛大宴会。宋蔼龄感到很惬意，孙中山却有些不以为然，他对胡汉民说：“兄弟现在不是总统视察，而是个在野人士考察铁路，搞这阵势干啥嘛？” 胡汉民笑笑说：“革命成功了，我们也应该开开心，您现在也不在朝中，没有人能说什么。他袁世凯别看当了总统，他来了胡某还不一定伺候呢！”
离开广州，孙中山按照自己划定的铁路线进行实地考察，他们遇水行船，旱路乘车，有铁路的地方则有当初孙中山到南京就任总统时的专用花车早在等候。各地官员和百姓都对孙中山表现出无比的热情，欢迎、宴请、安排游览、赠送礼品，有时老百姓还自发地夹道迎送，为的是看一眼这位把皇帝佬儿赶下台的人物究竟是几个头几只手。这多少有些妨碍工作，孙中山一再要求地方上官员们简化接待，以便腾出时间多做些实地考察。对赠送的礼品，价值贵重的他一概不收，宴请除非是党内相熟的同志小范围的小饮浅酌，其他亦统统谢绝。
宋蔼龄却完全是另一番感受，她认为孙中山现在无总统之累，却有比总统更大的实惠：且不说三万元的月薪，就是袁世凯表面上也没有这么多；单是所到之处的接待规格，就让人感到孙中山仍是中国第一人，他的威望和号召力，在宋蔼龄当时遇到的所有人中，尚无一人可以相比。于是，宋蔼龄对孙中山一度冷却了的感情，又在悄悄升温。
在广西的崇山峻岭中视察未来的铁路线时，宋蔼龄表现了一个女子令人难于置信的旺盛精力和体力，她甩掉了平素穿的高跟鞋和长裙子，换上了平底胶鞋、美国牛仔裤，显出一种潇洒和干练。每天她都始终紧紧伴随着孙中山，搀扶他爬上陡峭的山坡，穿过湍急的河流，在崎岖山路上穿荆棘、越丛林。一天，孙中山为看铁路能否顺一条河谷婉蜒而上，坚持要爬上一座山头，这时正值一阵大雨刚过，苔绿路滑，别人都劝不要上了，孙中山不听，独自向前攀去。宋蔼龄立即紧紧跟随。刚上半山腰，孙中山脚底一滑，向后摔倒，宋蔼龄在后立即张开双臂去接，巨大的惯性连宋蔼龄一起冲倒，两人咕碌碌一齐向下滚去。情急中宋蔼龄使劲抱紧孙中山，结果两人好像成了一段擂木，往下滚得更快了。其他人追又追不上，急得大喊“松开手，松开手！” 可哪里还管用呢！
眼看两人向一悬崖边沿滚去，万分危险的时刻，孙中山用脚拼命蹬一巨石，才使两人改变了方向，被一丛灌木拦住。在低矮的灌木丛中，宋蔼龄仍用力抱紧孙中山，她明确地嗅到了孙中山的鼻息，感受到了他胸膛的激烈起伏。危险过去，她竟感到这样相拥相抱是那样幸福，她一动不动，任时光流逝。她真希望这成为她今后生活的一部分。当时孙中山要站起来，她紧抱着不放。直到众人赶来，她忽然又闭紧双眼，双臂无力地松下来。孙中山被人拉起，她还那样躺着不动仿佛已经失去了知觉。孙中山又着急起来，俯下身把她抱起，用力喊她的名字。许久，她才缓缓睁开眼，揉了一下额头，用真诚的目光望着孙中山问：“先生，您……您没有受伤吧？”
孙中山越来越确切地感受到了宋蔼龄频频发出的爱情信号，但是他要找出一种适当的方式，既表达出自己不能接受，又不伤害她的感情。当同行人员瞧出端倪，悄悄议论的时候，孙中山告诉他们，宋蔼龄对自己仅仅是一种崇拜，绝对没有别的意思，不许他们乱说。可他在心里却一直琢磨如何处理好这件事。
孙中山一直在专心致志地思考他的铁路计划。宋蔼龄跟随他在专用花车上遍游了当时的铁路所能到达的中国每一个地方。火车到达北方的时候，澳大利亚记者端纳也上了这列车。
端纳很快向海内外报纸发出了他关于孙中山修建铁路计划的报道。但是他认为孙中山的计划过于天真，像是一个发了疯的人。他在报道中写道：一天上午，博士邀见了我。我进去的时候，他手里拿着一支铅笔，正在各个城市之间划线，然后又用橡皮涂掉，把它们改成直线。博士说：“我要用10年时间修筑20万里铁路。我正在地图上把它们标出来。你看见各个省会之间的粗线吗？它们将是铁路干线，其他较细的是支线。”我说：“很抱歉！我不能把您的图展示出去。因为过不了多久，您就会改变想法的。” 博士没有抬头，只是加重了语气道：“不管遇到什么困难，我都要把它们完成。” 我说：“不，您就是用30年时间也不可能修出这么多铁路。第一，这需要大量的钱……” 博士说：“这个我已经想到了，我将用美国的资金修一部分，用英国的资金修一部分，用德国的资金修一部分，用日本的资金修一部分；然后用铁路的收益偿还他们。”我摇摇头接着说：“第二，有些路是永远修不通的。比如，在西藏的那一部分。您的铁路要经过的山口高达海拔1．5万英尺……”这时一直微笑着坐在一旁的宋蔼龄女士插话了：“再高也有道路呀？” 我说：“没有道路！要说有，也只是羊肠小路，盘旋直上云天，陡峭得连一头健壮的牦牛也爬不上去。” 而宋蔼龄却口气坚定地不容置疑：“只要有路，先生就一定能够把铁路修上去！”
端纳抵挡不住宋蔼龄的铁嘴，只好败下阵去。
这年的7月22日，孙中山被选为中华民国铁道协会会长。8月，他来到北京，袁世凯以接待国家元首的礼节接待了孙中山。袁世凯对孙中山竭力恭维奉承，对他的话几乎是言听计从。袁世凯腆着大肚子在孙中山面前低三下四的卑顺，使宋蔼龄转变了对他的一贯印象。她对孙中山说：“我原来一直以为袁世凯是个猴精猴精的奸诈鬼，没想到是这样一位厚道慈祥的老翁。” 孙中山问何以见得，宋蔼龄说：“人太奸诈了老用心思琢磨别人，就不可能长胖，必定是尖嘴猴腮；只有心眼厚道的人才能心宽体胖，腆出大肚子来。这样的人即使想使坏，也必定不难斗！”孙中山听得大笑，故意说：“听口气你还是个相面专家。我比袁世凯瘦得多，你看看是不是不如他心眼好啊！”当即宋蔼龄心思一时转过来，就撒娇地扑向孙中山，用手捂他的嘴。孙中山只得连连后退。
当时孙中山对袁世凯也有些失去了警惕，接受了他“全国铁路督办” 的委任。孙中山诚恳地对袁世凯说：“今后我们二人分工合作，10年之内，你练精兵百万，我筑铁路20万里，共同使中国走向富强。”
宋耀如随即担任了全国铁路督办司库，与孙中山一起奏响了铁路狂想曲。
宋蔼龄随孙中山继续考察，他们一起拜访了著名的铁路工程师詹天佑，向他请教了许多技术上的问题。然后又参观了中国人自己设计施工的京张铁路。
就在孙中山和黄兴热心于“兴实业”、以“奠定中华民国百年根基”的时候，宋教仁等其他同盟会领导人却在热心于走议会政治的道路，他们接受了章士钊提出的“毁党建党”的主张，积极着手同盟会的改组工作。宋教仁想通过“新旧合作”，建立合法的中国第一大党，进而争取国会选举的胜利，组织责任内阁，以分享袁世凯的政治权力。经过几个月努力后，同盟会联合了统一共和党、国民公党以及共和实进会等，于同年8月25日正式成立国民党。孙中山出席大会并被选为理事长。但他明确表示不行使实际职务，一切党务工作都由宋教仁负责。
1912年10月，孙中山在上海开办了中国铁路总公司，自任公司总理。宋蔼龄又多了一个职务：总理秘书。但她越来越多地流露出“督办夫人”、“总理夫人” 的倾向，她处理各种事务时的精明干练令人佩服，但有时过于专断却招致了非议。
1913年2月，宋耀如也随孙中山东渡日本考察铁路并筹措资金。一年多来他第一次和女儿朝夕相处，看到宋蔼龄在铁路方面的知识大有长进--她已不再只是给孙中山准备资料，在和日本铁路专家谈话时，她往往能抓住实质，提出最需要了解的情况，还不时插话，根据中国的实际情况修正日本专家的建议。宋耀如为此感到很满意。但他也发现了宋蔼龄的秘密，那就是她对孙中山的其他随员不时流露出的颐指气使，以及在孙中山谈话或工作时她那毫无顾忌的含情脉脉的注视。凭他的经验，他知道女儿可能已坠入情网。而从孙中山有意无意地躲避中他知道这还仅仅是她自己的单相思。凭他回国以来对中国社会的了解，他感到这会损害孙中山和自己以及女儿的名声，徒招物议而妨害正在进行的大业。宋耀如感到有必要及早斩断女儿的情丝，使她能够正常地生活和工作。
在横滨海滩上，宋耀如和宋蔼龄一边欣赏海边的风光，一边进行着一场艰难的谈话。宋耀如装作非常轻松的样子，逐渐把话题引了过来。
“蔼龄，看到你这一年多来的进步，我非常高兴。现在你都快成半个铁路专家了。”
“是吗？谢谢爸爸的夸奖！”
“很热爱这项事业，是吧？”
“爸爸，我愿意为孙先生的铁路宏图献出我的一切！”
宋耀如凝望着远处的海浪，似乎着有所思：“你年岁不小了，除了事业，也该考虑一下自己的终身大事了。”
“爸爸……”宋蔼龄有些迷惑。
“告诉爸爸，是不是有心上人了？”
“这……”宋蔼龄犹豫不决。
“哦，出发前有人给你介绍一位刚从美国留学归来的博士，人我已经见过，我和你妈都感到不错……”
“不！我不要！”
“为什么呢？”
宋蔼龄低下头，憋了半天，猛地抬起头来，两眼放出坚定的光芒：“我要嫁给孙先生！”
宋耀如迎着女儿的目光，定定地望着。
宋蔼龄没有一丝退缩。她的心在激烈地跳动，脸上开始发烫。她想过了，这事可能会在家中掀起轩然大波，爱激动的父亲也许会跳起来。但她自幼形成的坚毅性格，以及对孙中山越来越强烈的情感，使她有信心承受一切。
宋耀如的反应却出乎宋蔼龄意外。他并没有发怒和暴跳，而是先笑了一声，宋蔼龄听出这笑声有些干涩，但她决心不去理会，静等父亲的下文。
宋耀如平心静气地说：“这真是你的想法吗？”
“是的。”
“喂--你有没有想过，他的年龄跟你父亲一样大……”
“年龄从来不是爱情的鸿沟。”
“他有妻室……”
“我只知道我爱他。别的事不属于我的考虑范围。”
“他是我们家的老朋友，你一直是称呼他叔叔的……”
“在我遇到的所有男人中，他是这个世界上的最强者！我别无选择。”
“那你向他表示过这个意思吗？他的态度怎样呢？”
“我已经多次向他传递过爱情的信息，我相信他会接受的。”
“你凭什么认为他会有和你一样的想法呢？”
“他正在进行一项伟大、艰难的事业。一位哲人说过，每一个成功的男人背后，都有一位伟大的女性。我不敢自命伟大，但是我年轻，受过良好教育，对他有一片赤诚忠心，我的工作受到许多人的称赞，他对我的工作一直十分满意。我认为他要完成他的事业，非常需要我和他一起并肩战斗。”
“蔼龄，现在你来听我说。你崇拜他、喜欢他，这不难理解。四五十岁的男人是最美的，这一点与女人绝然不同。四五十岁的男人还不显衰老，但又经历丰富，事业有成，还会疼爱体贴别人，与毛头小伙相比，自然透露出一种成熟之美；头上又有一个成功的光环，容易引起怀春少女的以心相许。但这是不是爱情还要具体分析。你知道，爱情是两个人站在完全平等的地位，互相吸引，互相爱慕，既不是一个人对另一个人的投靠和占有，也不掺杂任何功利的目的。你现在对他是崇拜呢还是……”
“我就是爱他，爱他。非他不嫁！”
“你现在陷入了一种感情的盲区，你只看见自己，并没有看清对方，也没有看清环境。革命打倒了皇帝，可人们的观念并没有多少改变。老夫少妻在世俗观念中还是大受非议的。即使他同样喜欢你，注意，我说的是即使，而事实上据我观察，他还没有这个意思。现在还讲即使，即使你们都愿意结合在一起，那么人们也会说，是他欺骗和引诱了你，在他的道德品质上抹上难于消除的污点，使他难于抬头，难于作人；反过来人们也会说，你是因为贪图他的地位和名声，而牺牲自己的青春。总之这件事的结果，不是有助于他的事业，不是对你勇于献身的高尚情操给予赞扬，而是完全招致一种无谓的非议，你们会被流言蜚语所包围，会被好事者的唾沫淹死。这不仅坏了我们来家的名声，也坏了孙先生的伟大事业。孩子，及早回头，重理思绪，你年轻的生命途中应该是鲜花铺路，而不应该是荆棘横道……”
“爸爸，你的道理也许是对的。但是任何责难和非议都不能使我有丝毫动摇和犹豫！要我打消念头，除非是……”
“除非什么？”
“除非是孙先生亲口对我说……不！说他不喜欢我，不需要我！此外没有别的力量能扭转我的决心！”
“啊，上帝！愿全知全能的上帝拯救你！你迟早会面临一场痛苦而一无所得。”
“我不愿您的预言成为事实！”
就在宋蔼龄和父亲那次谈话后的第3天，国内传来了一个令所有人震惊的消息：国民党在国会选举中大获全胜，取得多数席位。就在踌躇满志的宋教仁从上海出发、准备到北京组织内阁与袁世凯分庭抗礼的时候，袁世凯派出刺客于同年3月20日在上海车站向宋教仁连发两枪，一代革命精英在经历了整整两天的巨大痛苦之后，含恨辞世。
一时间，孙中山经历了锥心刻骨的悲怆。但是他还不相信谋刺宋教仁是袁世凯下的手，袁世凯在他面前的卑顺表演还历历在目，他把这件事交给“法律” 去解决，自己仍潜心于铁路建设。但直到几年后他彻底放下这项工作前，仍像在革命中的遭遇一样，没有一个外国资本家真心实意为他朝思暮想的铁路提供资金。惟一同他签订了合同的是一家英国公司，而这家公司自始至终履行的也没有超出过勘测阶段的范围。
也就当彼时，宋蔼龄直言不讳地向孙中山坦露了心迹，表示愿意为他的事业献身，为自己崇拜的英雄捧出一片冰心，同他喜结良缘，共修百年之好。但这次谈话的结果使她大失所望。她无法忍受这种好心不被领情的痛苦，所以从日本一回来，她就辞去了孙中山秘书的职务，回到上海的家中。