甲午战争中中国方面的最后惨败，宣告了以李鸿章为代表的满清政府中一部分高层官员所推行的“洋务运动”的彻底破产。当时的满清朝廷全权代表李鸿章自日本一回来，便被朝廷宣布革职处分。其后朝内以光绪皇帝和太傅翁同等人，便力主启用康有为、梁启超等维新变法之士，以求摆脱危机、富国强兵的根本出路。因而在当时的历史背景下，中国社会一度沸腾起来；“救亡图存、维新变法”的呼声一浪高过一浪，举国上下一派“山雨欲来风满楼”的势头，中华民族又一次走到了历史的十字路口。
1895年春天，以康有为为代表的资产阶级改良派，积极宣传变法的主张并组织了有1300多人签名的“公车上书”，提出三项主张即：“拒签和约、迁都抗战、变法图强”，一时受到各方的积极响应和支持。当时，图有虚名的光绪皇帝也想藉此有所作为，以摆脱慈禧那拉氏的控制，当一个实实在在的“天子”。因此他对改良派的主张表示接受，并召见了康有为等人，授予他们官职和权力。从1898年6月11日开始，光绪皇帝下令在全国推行新法，从而使改良革新运动达到了高潮。
光绪皇帝和以康有为为首的改良派所推行的新法，从一开始就遭到慈禧那拉氏的坚决反对。那拉氏为了保住自己的权位，不惜牺牲国家民族的利益。她不仅对新法极端仇视，对维新派人士也是恨之人骨。表面上她已把朝政交给了光绪皇帝，暗里却联络顽固派，勾结袁世凯发动政变把光绪囚禁在中南海瀛台，并不加审讯就下令把当时改良的著名代表人物谭嗣同、康广仁、杨深秀。杨锐、林旭和刘光第6人处死。他们就是著名的“戊戌六君子”。其他参与新政和倾向变法的官员，也被慈禧太后革职的革职，放逐的放逐。于是，资产阶极改良派所倡导的轰轰烈烈的变法运动，就这样被以慈禧为首的顽固派镇压下去了。
这消息像风一样迅速传至全国各地，也传到潞河书院孔祥熙的耳中。孔祥熙受此刺激，激愤中他萌发了推翻封建专制、铲除封建思想的念头。并且，他开始在暗地里联络更多的仁人志士，准备组织一个革命团体，大家共同进行爱国活动。
在潞河书院和孔祥熙最要好的朋友要算是同班同室的同学李进劳。李进芳的年龄比孔祥熙略大一点，也是一位忧国忧民的“热血青年”。朝夕相处在一起，便孔祥熙与李进芳结成了一对志趣相投的知己，以致整天形影不离，无话不谈。在这期间，二人通过各种渠道阅读了大量的有关革新变法的书籍，如康有为的《新学伪经考》、《孔子改制考》、《大同书》；梁启超的《变法通义》、《说群》；谭嗣同的《仁君》；严复翻译的《天演论》等等。每天晚上，两个人爬进被窝便交换彼此不同的看法，以达到统一。有时赶上统一不起来，两个人就再爬出被窝促膝交谈，共同研讨。
一天，孔祥熙把要组织革命团体的想法，告诉了好友李进芳，并征求他的意见。李进芳心中也早有此打算，便完全赞同孔祥熙有主张。于是两个人一拍即合。
孔祥熙依稀记得，在卫禄义陪同他启程来通州的路上，曾听人说过南方现在出了一个反清斗士，号称“洪秀全第二”。此人名叫孙文，受过西式教育，也是个“基督教信徒”。眼下此人已在檀香山成立了一个叫兴中会的所清秘密组织。由此孔祥熙望文生义，他很想仿照孙文，也组建一个类似兴中会的反清团体。
孔祥熙和李进芳开始打听和收集有关孙文和兴中会的材料及消息。几经周折，到底“功夫不负有心人”，他们得知兴中会当进的宗旨是“富国强兵，化民成俗”，其中有一条章程规定：“支会宜广也，四方有志之士，皆可仿照章程，随处自行立会……每处新立一会，至少须有会员15人，方算成会。”
孔祥熙和李进芳读罢兴中会的章程，兴奋极了。经过仔细商量后，他们开始秘密地着手建立支会。鉴于校方早已知道“兴中会”是个反清的革命组织，故而绝对不会同意本校也出现一个“兴中会”支会的情况。孔祥熙和李进芳在暗中联络了十几位平时感情较好且思想趋于一致的同学，自行成立组织。对内是“兴中会通州分会”，对外则化名为“文友会”。“文友会”的名字，正好便于开展活动，大家可以用研究学问的名义经常聚在一起。当然，实际上他们是研讨时政，探索救国救民的道路。
因为文友会的参加者，都是一些手无寸铁的教会学校的学生，这就决定了他们充其量只能定期聚会一次，大家一起高谈阔论，或抨击政府腐败，或抒发个人志向而已。受当时当地条件以及各人的思想制约，一时还无法将革命目的付诸行动。
在台湾出版的《中国国民党史稿》中，有一段文字对孔祥熙大加吹捧，不免言过其实：
“辛亥以前，山西革命运动虽在同盟会领导之下，然其内部运动，可分为文武两系。文系以孔祥熙、李歧山、景梅九、张士秀、续西峰诸同志为主，而以孔同志创办之铭贤学校为总机关。当戊戌政变时，孔同志适在通州潞河书院肄业，愤清政不满，闻总理在粤创办兴中会，即纠合同志李进芳等，组织“文友会”于校内，实为兴中会，以从事革命运动。其后，姚以介、温寿泉、阎锡山诸同志，由日本归国训练新军，遂以陆军学堂为机关鼓吹革命，是为武系。”
兴中会与“文友会”的斗争方式不能等同。兴中会一成立，就在孙中山的领导下，不断地发动武装起义，决心用武装斗争的形式推翻清朝统治。而“文友会”可以说根本就没有什么斗争方式，因为缺少经费并且人员不足，其反清目标当时还仅仅只停留在口头上。
兴中会与“文友会”的社会影响更无法同日而语，兴中会是我国第一个资产阶级革命团体。在它的影响下，中华大地才先后出现了华兴会、光复会和日知会等一批革命组织。兴中会也是后来形成“中国同盟会”的三个主要团体之一。
而“文友会”则既无组织联系，又无斗争方略，并且活动亦不定期，几乎谈不上什么较大影响。它只是一个由一批具有爱国思想并想走改良道路的知识青年，自发组成的维护光绪皇位的保皇小团体而已。
以往潞河书院的传教士每次外出讲经传道，都要把孔祥熙带在身边，以增加基督教的“宣传价值”。面孔祥熙也凭着自己的家世、成绩和口才成为传教士的得力助手。当时，每当孔祥熙往讲经台上一站，传教士就会对着“观众”洋洋得意地介绍说：
“列位请看，这位皈依基督教的孔祥熙君就是孔子的第七十五代裔孙，山西太谷人氏……”
而当中日甲午战争惨败，看到不平等的《马关条约》以及列强在中华大地上的胡作非为后，联想起在家乡那天亲眼目睹的四川士兵出关北上的凄惨景象，孔祥熙不禁萌发了爱国和革命的思想，他的行为随之来了个180度大转弯。
某日，当传教士依照习惯又介绍到这里的时候，孔祥熙假借此机会，利用自己的“宣传价值”大声疾呼，抨击朝政。其情绪之激昂，大有一吐胸中郁闷而后快之势：
“现在的政治，祸国殃民，腐败不堪！王公亲贵执政，昧于事理，愚蠢万分。倘若再不革新变法、彻底改造，我们炎黄子孙，来日何以自拢？地大物博之中华，又将何以立国？”
孔祥熙此时态度的大转变，让站在一旁的传教士大惊失色，措手不及。要知道在当时的年代里，随便讲这种犯上作乱的言论，一旦被告发，不仅要招致杀身之祸，还要株连他人。所以那位传教士急忙拦阻孔祥熙继续说下去，并把“讲经会”草草收场。
归途中那位传教士一再埋怨孔祥熙道：“中国正处于专制统治下，你怎么可以如此抨击政府和权贵呢？你不怕惹事？须知连累了我们也一样的会有大祸临头的。”
孔祥熙听后若无其事地耸耸肩道：
“老师，你叫我别往下说，我不是已经听从你的劝告，停止讲演了吗？”
渐渐地，外国传教士谁也不愿意带孔祥熙外出讲经传道了。偶尔带他出去一次，心里也总是七上八下地一百个不放心。最后，校方为解决孔祥熙激进言行问题专门开会研究并正式决定，此后不准他再出去参加布道。
一位潞河学校的教师，和孔祥熙关系较好的美国女传教士麦美德，为此和孔祥熙在她的住所进行了一次耐人寻味的谈话。麦美德女士说：“你在外面所讲的话我都听见了，我以为这种行为很不好。宣传圣道，只可以讲解《圣经》，决不许涉及朝政，更不得任意批评朝廷官吏。”
孔祥熙听后答道：“但是，那些话如同骨鲠在喉，不吐不快，往往不知不觉便冲出口来，你又叫我怎么办呢？”
麦美德：“孩子啊，你应该比我更明白，你生长在一个不自由的国度，你必须为你自身的安危着想。我懂得你不吐不快的心情。但是，今后万一有话非说不可，你也是稍微技巧一点，隐讳一些，最好是笼统地讲些道理，不要引证朝廷所作所为的种种事实。你应该时时刻刻记住，我们登台演说，原意是为主作证，我们不需要批评政治，也无须跟谁作对。”
孔祥熙听后，连连称是后诺诺而去。可是，第二天一到街头面对民众，孔祥熙又忍不住流露出愤世嫉俗的反清言行，弄得麦美德和其他老师，都拿孔祥熙没有办法。
按照中国传统的看法，在老师和学生、教与学这对矛盾中，老师具有绝对的权威。换句话说，老师让学生干什么，学生就要干什么；老师让学生怎么干，学生就要怎么干；绝不允许有任何的异议，“师徒如父子”嘛。
但是，既然街头巷尾不再允许孔祥熙发表反清救国的“过激”言论，宣讲“反清”的讲台，就被他搬进了课堂。孔祥熙凭着自己特殊的身份，常常别出心裁在课堂里大谈救国宏论，做一些让身穿长袍马褂的老先生难以容忍的事情。
1898年冬季期末考试，国文老师出的作文题目是《石蜡大义灭亲》。说来也巧，老师讲授《春秋》时，孔祥熙生病缺课，对“灭亲”内容一无所知，因此一时不知如何下笔。孔祥熙思考了一会儿，决定要改题目。自拟了一个《振兴教育为富国强兵之基础》的题目，挥挥洒洒写了一大篇。
国文教员是位思想守旧的老先生，本来对身为圣人之后的孔祥熙极为看重，大抱希望。岂料他拿过作文一看题目，不禁大为光火，毫不客气地拿起笔在上面打了一个大丶。结果，孔圣人的后代孔祥熙的国文成绩为零分。
在中国长达几千年的封建社会里，男人和女人永远都是不平等的。男人可以三妻四妾，女人却要尽忠守节，并且承认此事天经地义。就连济世贤明的孔夫子孔圣人都认为，一切祸端均源于女人。所以他警告男人，要谨防女人与自己平等。万想不到两千年后，身为圣人的后代的孔祥熙却不这样认为，他受的是新式教育，信的是基督教义。基督教义称世间的男女都应以“兄弟姐妹”相称。孔祥熙想“兄弟姐妹”是平等的，那么男女也就应当平等，这样才能发扬光大“平等博爱”的精神。然而潞河学院，做为基督教的教会学校，说的和做的却大不一样。学校当局对于男女关系，防范的十分严格。比如在教堂做礼拜，不但男女分座，中间还要拉上一道布帘，遮住双方的视线。孔祥熙对此大为不满，曾要求校方取消这道布帘，却未被采纳。
一次在教室里，孔祥熙大发感慨肩老师大声发问：
“老师，你们常常跟我们讲自由、平等、博爱的道理，可是我发现本校有一件极不平等、极不自由的事儿就是我们每天都可以看到老师和师母们在花前月下卿卿我我，又或并肩携手，在风景名胜之地邀游。像这样的幸福快乐，为什么我们不能享受？”
洋教员做梦都想不到孔祥熙竟会当众向他提出这种难以启齿解释的问题，不免一时误塞，不知怎样答复才好。过了一会儿，老师才严肃地回答道：
“你们年纪还小，知识太浅，此刻是没有资格享受这种幸福快乐的。等到你们大学毕业，或许还差不多。不过，以你们的政体和社会习俗而论，恐怕大学毕业也不容许你们这样！我告诉你吧，孔祥熙，西洋人所享有的自由平等，你们一时绝谈不到，你们只能享有基督教所讲的平等自由，那是心灵的享受，而不是形体物质的享有！”
洋教师所说的这番明显瞧不起中国人的话，大大刺痛了孔祥熙的自尊心。对于孔祥熙，对于每一个中国人决不能仅以精神上的平等自由为满足，人们对“形体物质上的平等自由”同样充满渴望，渴望得到真正的平等和真正的自由，孔祥熙决心通过努力，满足自己追求平等自由的这种渴望。
鉴于孔祥熙不安分的表现，鉴于孔祥熙屡屡做出“出格”的事情，1898年潞河学院当局就他的品行问题，郑重其事地开会进行讨论，并最后形成了三条决议：
“一、孔祥熙虽然聪明伶俐，逗人喜爱，但言行激烈，长此下去诚恐发生意外。
二、等他年龄大些，学问充实、阅历丰富以后，可能不会再有轻举妄动之事发生。
三、不过，以他的种种行动而论，最好送他到美国读书。因为惟有美国的国情，才可容忍他的行为。”
当时学校对孔祥熙做出的这3点结论，凭心而论，对孔祥熙还是有利的。但孔祥熙一直自认为是天之骄子，又是“上帝”的宠儿，所以还是受了很大的刺激。他经过“闭门思过”之后，认识到自己身上那种青年人特有的锋芒毕露、遇事好激动的“毛病”必须彻底改掉。从此，孔祥熙的身上浮躁明显少了，稳健多了。同时，在麦美德老师的美怀和指导下，孔祥熙一头扎进了学习文化知识的王国，学习成绩很快大幅度提高，成了潞河书院最优秀的学生。后来，潞河书院成立荣誉室。他的学习成绩单就展览的荣誉室里。另外，学校当局还将他居住过的居室作为因学习成绩好而获得奖学金的优秀学生的居室供人参观，并视为一种荣誉。当然，这些都是后话了。