然而宝应元年（公元762年），河中军发生变乱，杀掉了统帅李国贞，而太原节度使邓景山也被部下所杀，朝廷担心这两方面会联合叛军，如果太原等地都被叛军拿下，将十分不利于己。那好端端的，两人怎么会被杀呢？李国贞死的相当冤枉，由于郭子仪从前治军很宽松，而李国贞则比较严厉（怀疑，能有李光弼严么？只是手段不如罢了），朔方将士很不高兴，又想起郭子仪来。再加上朔方军粮草不济，李国贞向朝廷请求了很多次，但是都没有回复，所以士兵们都不高兴。这时谋图作乱的王元振声称李国贞要让朔方军去修理民房，更引起了大家的愤怒，于是发生变乱，李国贞说“修宅则无之，军食则屡奏而未报，诸君所知也”，可是众人不听，说现在说这些还有什么用，便把李国贞、还顺带着一个荔非元礼都杀掉了，之后白孝德出任节度使。而邓景山可以说也是死于粮食，他管理的比较严格，查出来府库里的粮食之所以越来越少，是因为大家都自己藏了一些，所以人们都害怕会受处罚。当时又发生了一件事，就是一名副将按罪当死，他自己求饶，邓景山不答应，他弟弟又请求代替哥哥而死，他也没答应，结果大家请求用一匹马来赎罪，邓景山居然答应了，自然惹得大家不高兴：“我们还不如一匹马吗？”于是邓景山也被杀了。接替邓景山的是辛云京。可是无论是白孝德还是辛云京，一时都无法弹压住局势，而朝中能去弹压的“闲人”就只有郭子仪了，肃宗实在没有办法，按史书的话讲，就是“势不获已”，所以任命郭子仪为“朔方、河中、北庭、潞、仪、泽、沁等州节度行营兼兴平、定国副元帅，充本管观察处置使，进封汾阳郡王”，出镇绛州。三月十一日，郭子仪即将出发，想向肃宗辞行。当时肃宗病的很厉害，大臣们都不能前去晋见，郭子仪请求说：“老臣受命，将死于外，不见陛下，目不瞑矣。”肃宗便将郭子仪召进去，对他说：“河东的事情，就全都托付给你了。”
郭子仪到了绛州，解决李国贞被杀之事。郭子仪到后，王元振自以为有功，就请求郭子仪不要惩治他，但郭子仪说：“汝临贼境，辄害主将，若贼乘其衅，无绛州矣。吾为宰相，岂受一卒之私邪！”因此，郭子仪把王元振及其四十个同谋抓起来全部杀掉了。听说这个消息，辛云京也放手来处理变乱，杀掉了杀死邓景山的几十个人，局势这才平稳下来。
四月间唐代宗即位，由于鱼朝恩、程元振都比较忌讳郭子仪等有功之将，所以八月郭子仪还京后，表请辞去相关危险职务，代宗也便顺势免去他的军权，然后又一次束之高阁，不过这回代宗又他加了个官，山陵使，就是给皇帝修陵的。通鉴于此处与《旧唐书》稍有不同，《旧唐书》的意思像是代宗一上来便免去了他的军权，但通鉴记七月郭子仪又被任命兴平、定国副元帅，与三月的任命是一样的，疑为衍误。十月，代宗任用雍王为元帅，本来又想以郭子仪为副元帅，但由于鱼朝恩、程元振的缘故而取消。此时距安史之乱的结束已经很近了。
安史之乱后，郭子仪多次进言说：“吐蕃、党项不可忽视，应当及早防备他们。”代宗也没怎么注意，后来吐蕃果然来侵犯长安。有人来犯，边将告急，可是朝中代李辅国任元帅行军司马的程元振却把所有告急文书压下，根本不向代宗禀报。十月，吐蕃军队进犯泾州，刺史高晖投降，又做了吐蕃军队的向导，引导他们深入内地。吐蕃军队经过邠州时，代宗才终于得知吐蕃入寇的消息。很快，十月初二，吐蕃军队进犯奉天、武功，离长安已经很近了，于是京师大恐。仓促之下，代宗任命雍王李适为关内元帅，郭子仪为副元帅，出镇咸阳以抵御外敌，可见长安中留下一个将军是多么有用。可怜郭子仪闲居已久，部下早就都离散了，这时临危受命，只好临时招募，征到了二十名骑兵就匆匆启程了。到咸阳时，吐蕃率领吐谷浑、党项、氐、羌等各族军队总共二十多万人，漫山遍野，前后达数十里，已经从司竹园渡过了渭河，顺着山脉正向东涌来。无论如何这二十人是抵挡不住的，郭子仪便派人入朝奏报军情，请求支援，结果又被程元振拦下了。虽然有渭北行营兵马使吕月将的两番对抗，但最终也没能挡住吐蕃——吕月将很值得钦佩，他所部也只有二千人，明知怎么也挡不住，仍然拼死作战，最后全军覆没，吕月将本人被俘，后来就再也没有消息了，或许被杀了？不知道，但吕月将和他手下的士兵们很值得哀悼一番。
长安城中，代宗正在操练军队，但是吐蕃已经跨过了便桥，说话便到。代宗不知所措，只好于十月初七逃往陕州，当初玄宗出逃的情景又生动的再现了一次，官吏们躲藏起来，禁军则一哄而散。但好在大家都有了经验，而且和上一次不同的是，吐蕃重在抢掠，不一定要占领，所以躲过一时便好。听到吐蕃到长安的消息，郭子仪急忙从咸阳赶回来，到长安的时候，代宗已经走了。有句话是“来的早不如来的巧”，代宗走的时间也是很巧的，他刚出宫苑大门渡过浐水，叛降吐蕃的射生军将领王献忠就返回长安了，胁迫着丰王李珙等人去迎接吐蕃军队。当他们走到开远门时，遇上了郭子仪。郭子仪大声呵斥，王献忠跳下马来，跟郭子仪说：“主上东迁，社稷无主，令公身为元帅，废立在一言耳。”郭子仪听事没有回答，李珙又上前问：“你为什么不说话？”郭子仪很清楚形势，所以断然否决，训斥了他们一番，然后派兵把他们送到代宗那里。第二天，代宗一地到了华州，由于州府的官吏早就逃散，没有人来提供食宿，所以和当年玄宗一样的惨。幸好鱼朝恩带着神策军从陕州前来迎驾，代宗才有了安身之地。