建武十九年正月，河南的单臣等人作乱地方，攻占原武城。帝遣太中大夫藏宫 率北军三万人往讨之。月余不下，帝与重臣商讨，大司马吴汉道：“太平盛世，岂 容贼寇作乱，不如调坚镡军支援藏宫。”东海王刘阳道：“妖巫相胁为乱，势难持 久，其中多有后悔欲逃者，只因围城太紧，无法脱身。可令缓攻、撤围，纵使出逃。 剩下渠魁无助，一亭长可擒耳。”帝遣使命藏宫依东海王之言而行，果如此言，捷 报很快传回京城。由是，帝越发喜爱看重刘阳。
皇太子刘强因生母被废，又见弟弟东海王日益受宠，常怀不安，郅恽进言道： “太子久居疑位，上危孝道，下危自身，从前殷高宗一代明君，尹吉甫千古良臣， 尚因纤芥微嫌，放逐孝子。《春秋》大义，母以子贵，不如引退，奉养母亲，以明 圣教，不背所生。”
太子刘强上表，请让嗣位。帝不允，太子再三恳请，帝方答允，下诏曰：
《春秋》之义，立子为贵。东海王阳，皇后之子，宜承大统。皇太子强，崇执 谦退，愿备藩国。父子之情，重久违之。其以强为东海王，立阳为太子，改阳为庄。
封中山王辅为沛王；中山太后为沛太后。
晋升郭况为大鸿胪。
藏宫屯兵原武县，其宾客杀宗室后潜逃，建武帝闻报大怒，下旨：留爵免官。 时吴汉、邓禹、李通、贾复、马援在座。五人均为藏宫求情，帝方稍息怒。下诏： 贬藏宫为城门校尉。然后对马援道：“朕闻爱卿广留宾客，却不知宾客当中良莠不 齐，久则易生祸端。”
马援道：“臣爱热闹，闲时在府中，百无聊赖，与宾客置酒作歌，乃人生一大 乐事也。”
建武二十年，帝迁阴兴为侍中，未几，又欲令其代吴汉为大司马，阴兴叩首辞 恩，道：“臣不敢惜身，恐损圣德，不敢僭位。”
众臣闻之，无不感佩。
却说洞庭湖西南一带，地名武陵，四面多山，五溪分流，为蛮人所居，称作五 溪蛮。
建武二十三年，酋长单程，聚众掠劫郡县，作乱地方。二十四年春，帝诏武威 将军刘尚率兵征剿，汉兵过处，蛮兵败走，一路势如破竹。刘尚长驱直入，进入山 地。只见满目青山绿林，山道越走越险，山风吹来，瘴气扑鼻，汉兵头晕眼花，疲 惫侵体。刘尚正打算退兵，却不料中了埋伏。山涧、洞中涌出无数蛮兵，将汉兵围 住，双方拼斗惨烈，苦搏半日，汉兵终无法突围。刘尚力竭，被砍死于马下，汉兵 全军覆没。
单程杀了刘尚、灭了汉兵，挥众攻打临沅，县令飞奏朝廷。帝遣谒者李嵩、中 山太守马成率兵前往。汉兵虽为雄师，却已先失地利，数战而不胜，马成屯驻临沅。
帝闻前线战况，召公卿问策，伏波将军马援，自请出征。帝呻吟片刻道：“卿 虽征交址于前，可必竟老矣！”
马援道：“昔廉颇虽老可顿餐斗米肉十斤，臣今年方六十二，尚能披甲驰骋， 不足言老。”帝令殿外一试。马援出得殿外，穿齐甲胄，踩实马蹬，一跃而上，夹 马奔驰一周，回到帝前，滚鞍下马，帝赞道：“矍铄哉，是翁也。”于是令马援率 中郎将马武、耿舒、刘廷、孙永四将，及减刑者四万人征五溪。故旧多来送行，马 援独对谒者杜惜道：“我受国恩，年老日暮，常恐不能死得其所，今受命南征，甘 心瞑目。我一生性直，语言多真。但恐权豪子弟，侍帝左右，或有谗言相加，不得 申辩，耿耿此心，尚不能无遗恨耳！”杜惜闻言，亦多感慨，珍重而别。
汉兵一路南下，抵达隽县，已是年末。马援派人探路，知有两途。一路经临乡 入壶头山而进，险峻而路近；一路从充县而进，地平而路远。马援意从壶头山进山， 扼贼咽喉，插其心脏，速战速决，免得旷日废粮。而中郎将耿舒认为不如由充县进 军，稳扎稳打，可以避险。可避敌所长，击敌所短。将帅各持异议，争执不下。于 是，马援、耿舒各书一折，奏于帝前。帝批按伏波之议。
于是大兵进入临乡，单程闻汉兵抵近，率蛮兵堵截，被马武、耿舒等大杀一阵， 被斩两千余人，方知汉将骁勇。天已擦黑，单程率残众逃入竹林中去。第二日晨， 马援挥汉兵进入壶头山。只见主峰高愈百丈，广袤约三百里，加之水流湍急，千折 百回，无法用船，乃率步兵深入。见蛮兵守于高岭之上，扼住关口，无法攻上。乃 令士卒伐木筑寨。又遇瘴气来袭，马援令军中郎中针刺患者双唇，采薏苡以解毒。 马援想起征伐征侧之事，令士兵四处寻蛮兵之水源，以断其饮水。士兵回报，蛮兵 水源疑在高处，需攻破岭上敌兵方能寻见。马援无奈，只好安心守寨，以待变化。 如此守了数月，天气越来越热，汉兵受不住潮湿热浪，体多生疥疮，马援命士兵凿 山开洞以避酷暑。
蛮兵见汉兵屯驻岭下，却也不敢下山攻寨，时常鼓噪做进攻状，以扰汉兵。马 援身染瘴疾，却也不敢大意，只得时常出来查看，左右见他勤于王事，也不禁潸然。
耿舒见汉兵被困于岭下数月，进无可进，又不退兵，一个个愁眉苦脸，心生不 平，乃作书给大哥。曰：
“前舒上书当先击充，粮虽难运，而兵马得用，军人数万，争欲先奋，今壶头 竟不得进，大众怫郁行死，诚可痛惜！前到临乡，贼无故自至，若夜连续击之，即 可殄灭。伏波类西域贾胡，到一处辄止，以是失利，今果疾疫，皆如舒言。”
耿弇得弟书，奏与帝，帝遣虎贲中郎将梁松奉诏责援，代为监军。
梁松，帝婿也，尚舞阴公主。其父梁统与马援交好。马援在京时，偶染疾病， 梁松过府探望，拜于床前，援高卧于床上，见梁松，反转不视，梁松羞惭而回。诸 子问道：“父亲，梁伯孙乃帝婿，贵重当朝，面俊而心窄，公卿以下莫不惮之，奈 何独不为礼？”援道：“我乃其父之友，他虽贵，我何能失礼以轻其父哉！”于是 得罪梁松。
梁松临行前，上一道奏折，言马援征交址还军时，载一车黄金、珠宝、奇玩， 私吞入府。
建武帝下旨，令梁松奉诏追收马援新息侯印绶。
南方已进入梅雨季节，蛮酋单程知马援曾征讨南国，斩征氏姐妹，又懂解瘴之 术，况汉军将勇兵雄，举一国之力而对付自己，终难讨好。若不生事，仍可每日作 威作福。于今被阻于山中，粮日见少，终不是了局。现山中酷暑渐解，不如归顺， 以复从前。于是派使下山至汉营请降。
此时，马援刚刚病故，监军梁松也已赶到，派军中司马吕种前去受降。单程至 汉营，梁松好生抚慰。班师还朝。
马援灵柩运回洛阳，妻、子不敢报丧，在城西买薄田数亩，草草入葬。宾客、 故人无敢往吊者。
帝以马援私吞财宝之事，问原大司徒侯霸之子侯昱及马武，于陵侯侯昱回道： “征交址时，臣也在军中，见马援载物一车而回，因包裹严实，不知所载何物。” 马武道：“此事，朝中大臣多有知道，由于马援得胜而返，陛下正嘉之，谁敢于此 兴头上讨没趣，所以无人奏言。”
马援妻安葬其夫已毕，和侄儿马严用草绳相连捆手，跪于宫前请罪。帝令解索 觐见，视以梁松奏折，乃知实情。援妻道：“陛下，妾夫君以南方薏苡颗丰粒硕， 可祛风益体，采回一车，欲以为种，请陛下明察。”
援妻回去后，接连上六道奏折，为马援鸣冤，故人宾客更无一人敢仗义执言。
只有原云阳令朱勃，字叔阳与马援同郡，独上奏为马援诉冤，书云：
臣闻王德圣政，不忘人之功，采其一善，不以求全。故高祖赦蒯通，而以王礼 葬田横，大臣旷然，诚不自疑。夫大将在外，谗言在内，微过辄记，大功不计，诚 为国之所慎也。故章邯畏而奔楚，燕将据聊而不下，岂其甘心未规哉？悼巧言之伤 类也！窃见故伏波将军新息侯马援，拔自西州，钦慕圣义，间关险难，触冒万死， 孤立群贵之间，旁无一言之佐，驰深渊，入虎口，宁自知当要七郡之使，徼封侯之 福耶？八年，车驾西讨隗嚣，国计孤疑，众营未集，援建宜进之策，卒破西州。乃 吴汉下陇，冀路断隔，惟狄道为国坚守，士民饥困，寄命漏刻，援奉诏西使，镇慰 边众，乃招集豪杰，晓诱羌戎，谋如涌泉，执如转归。遂救倒悬之急，存几亡之城。 兵全师进，备粮败敌，陇冀略平。而独守空郡，兵动有功，师进则克诛除。先零缘 入山谷，猛怒力战，飞矢贯胫。又出征交址，土多瘴气，援与妻子生诀，无悔吝之 心，遂斩灭征侧，克平一州。间复南讨，立陷临乡，师已有业，未竟而死。吏士虽 疫，援不独存。夫战或以久而立功，或以速而致败，深入未必为得，不进未必为非。 人情岂乐久屯绝地，不思生归哉？惟援得事朝廷，北出塞汉，南渡江海，触冒毒气， 僵死军事。名灭爵绝，国土不传，海内不知其过，众庶未闻其毁，卒遇三夫之言而 成虎，横被诬罔之馋疑吞金。家属杜门，葬不归墓，怨隙并兴，宗师怖栗。死者不 能自列，生者莫为之讼，臣窃伤之！夫明主醲于用赏，约于用刑。高祖尝与陈平金 四万斤，以离间楚军，不问出入所为，岂复疑以钱谷间哉？夫操孔父之忠，而不能 自免于馋，此邹阳之所悲也！诗云：‘取彼馋人，投畀豺虎，豺虎不食，投畀有北， 有北不受，投畀有昊。’此言欲令上天而平其恶！惟陛下留思竖儒之言，无使功臣 怀恨黄泉。臣闻《春秋》之义，罪以功除，圣王之祀，臣有五义。若援所谓以死勤 事者也。愿下公卿，平援功罪。宜绝宜续，以厌海内之望。臣年已六十，常伏田里， 窃感栾布哭彭越之义，冒陈悲愤，战票阙庭。 帝阅奏书，批回朱勃原籍。 明朝诗人袁宏道作《伏波将军避暑石室》二首：
一 青山憔悴故将军， 苔甲年年印水纹。 受尽蛮烟与瘴雨， 不知溪上有闲云。 二 行尽跕鸢水上头， 裹尸方始心得休。 闲驱款段随乡里， 我亦君家马少游。
阴识光明磊落，为人正派，所用掾吏，皆是贤者，与客私语，从不议论国事， 帝敬重之。建武二十八年，朝会之中，帝问群臣，谁可任太子傅，群臣知圣意，皆 举执金吾原鹿侯阴识。独博士张佚谏道：“今陛下选太子傅，是为阴氏呢？还是为 天下？若为阴氏，阴侯可用，若为天下，应选天下贤才。”帝称善，道：“欲置太 子傅，正是为立太子君主之德，博士饱学之士，今能直言谏朕，必能正太子。”即 下诏，拜张佚为太子太傅，恒荣为太子少傅。
皇太子刘庄见父皇勤于国政，太过辛苦，谏曰：“父皇有禹汤之明，但失黄老 养生之福，愿顾爱精神，怡保天年。”帝笑曰：“朕自乐于此，不知疲倦。”
中元初年正月，建武帝效法武帝于泰山封禅。
中元二年正月，建武帝驾崩于南宫前殿龙椅上。享年六十三岁。显宗孝明帝刘 庄即位。上尊庙曰“世祖”。谥曰：“能绍前业曰：‘光’，克定祸乱曰：‘武’。 此功此德，故谥曰：‘光武’”。
光武帝刘秀戎马倥偬，揽天下英杰为己用，开疆扩土立为帝，复高祖之业，统 一华夏。
建武帝在位三十三年，设尚书处，实行中央集权；令军士屯田；下九道释奴令， 解放奴隶，发展生产；减轻徭赋，恢复三十税一的税收政策；并县四百，裁官员十 分之九；废除地方驻兵制，减裁兵勇，使归田；提倡薄葬，反对奢华；偃武崇文， 以柔道治天下。不失为大有作为的一代明君。
明帝有感朝野盛传，天降天坛星及二十八星宿助世祖平定天下，令太史验其归 属。太史察测后报于帝前：
天坛座六星： 天杰星横野大将军山桑侯王常； 天辅星大司空固始侯李通； 天智星鹰扬将军望都侯苗萌； 天佐星大司空安丰侯窦融； 天应星太傅宣德侯卓茂； 天乐星武卫中郎将军都侯铁源。 二十八星宿： 天角星太傅高密侯邓禹； 天亢星大司马广平侯吴汉； 天氐星左将军胶东侯贾复； 天房星建威大将军好畤侯耿弇； 天心星执金吾雍奴侯寇恂； 天尾星征南大将军舞阳侯岑彭； 天箕星征西大将军阳夏侯冯异； 天斗星建义大将军鬲侯朱祐； 天牛星征虏将军颖阳侯祭遵； 天女星骠骑大将军栎阳侯景丹； 天虚星虎牙大将军安平侯盖延； 天危星卫尉安成侯铫期； 天宝星东郡太守东光侯耿纯； 天壁星城门校尉朗陵侯藏宫； 天奎星捕虏将军杨虚侯马武； 天娄星骠骑将军慎侯刘隆； 天胃星中山太守全椒侯马成； 天昂星河南尹阜成侯王梁； 天毕星琅邪太守祝阿侯陈俊； 天觜星骠骑大将军参蘧侯杜茂； 天参星积弩将军昆阳侯付俊； 天井星左曹合肥侯坚镡； 天鬼星上谷太守淮陵侯王霸； 天柳星信都太守阿陵侯任光； 天星星豫章太守中水侯李忠； 天张星右将军里侯万修； 天翼星太常灵寿侯邳彤； 天轸星骁骑将军昌成侯刘植。
时东平王刘苍在帝侧，观后道：“何故没有伏波将军？”明帝笑而不答。
明帝下旨，令画师将册中世祖光复祖业各功臣绘像，表悬于南宫云台，以供人 敬仰。