建武帝闻吴汉屠城、焚宫，怒责吴汉、刘尚。曰：
“城降三日，吏人服从，孩儿老母，口以万数，一旦放兵纵火，闻之可为酸鼻！ 尚乃宗氏子孙，曾为吏职，何忍行此之暴！仰视天，俯视地，观放麑啜羹二者孰仁？ 良失斩将吊人之义也！”
又闻常少、张隆劝谏公孙述归汉，述不纳，忧忿而死，下诏，追赠以礼，改葬 之。追赠常少为太常，张隆为光禄勋，忠节之士，皆蒙旌显。程乌、李育以有才干， 擢用之。谥高午为“珣侯”。厚抚其家眷。
诏至成都，吴汉、刘尚回折谢罪。于是蜀地百姓方悦，始归心于汉。
十三年正月，大司马吴汉奉诏，收拾成都鼓乐师、乐器、葆车舆辇、祭祀法物 等，率兵顺江而下返回帝都。将要到宛城时，有诏至，令其回家祭祖，赐谷物两万 斛。又增加藏宫封邑，更封酂侯。又追思岑彭之功，封其幼子岑淮为谷阳侯。
吴汉将至洛阳，建武帝令百官出城相迎，大饷军士。
蜀地已平，大规模的征伐已基本结束，复高祖之伟业，行国家之一统的宿愿即 将完成，建武帝如做梦一般。为了这张宏图，大哥、二哥、子丰兄长等英年早逝， 他们和无数鲜活的生命化作绚丽斑斓的浓彩，无比豪放地飞嵌在这张宏图之上。他 们为抚平满目疮痍的社稷做出了杰出的贡献。
建武帝下旨，大封功臣三百六十五人，其外戚恩泽封侯者四十五人。
更封孔子后裔孔安为宋公; 周公后裔姬常为卫公.
徙封广阳王为赵王。
增铁源安次县食邑。
拜苗杰忠义将军、封鮦阳侯。
天下初定，民心已稳，百事从尚，帝诏窦融与五郡太守入京奏事。
凉州牧窦融接到诏书，准备妥当，与武威太守梁统、张掖太守史苞、酒泉太守 辛彤、敦煌太守竺曾、金城太守库钧，携大批宾客，驾乘千余辆，赶马、牛、羊十 余万至洛阳近郊。窦融缴上凉州牧、张掖属国都尉、安丰侯印绶。帝命还侯印，拜 为冀州牧。大司空李通请辞去职，帝纳之，数月后进融为大司空。
窦融认为自己并非皇帝旧臣，初始入朝，便得恩宠，封如此高官，心甚不安。 每一入朝，卑恭已甚，数次请辞爵位。见帝不允，上书曰：“臣融年五十三，有子 年十五，质性顽钝。臣朝夕教导以经艺，不得令观天文、见谶记，诚欲令恭肃畏事， 恂恂循道，不愿其有才能。何况乃当传以连城广土，享故诸侯国王哉？因复请间求 见。”帝仍不许。知融乃欲谦让，下诏曰：“日者知公欲让职还土，故命公署热且 自便。今相见，宜论他事，勿得复言。”及上朝后，窦融乃不敢重请。帝下旨令行 卫尉事，拜窦友为城门校尉。
建武帝采纳建义大将军朱祐建议，徙封邓禹为高密侯，贾复为胶东侯，与李通 参与朝政大事。
擢升沛郡太守韩歆为尚书令。
却说骠骑大将军杜茂，守卫北方，抵御芦芳及匈奴。杜茂令边卒守堑壕，筑城 堡，开荒地，广屯田，谷丰粮足。却因军吏冤杀无辜，受牵连，降修侯为参蘧侯， 调任渔阳太守。命蜀郡太守张堪前往接管茂营汉兵，遣谒者段忠率各郡减刑者配归 张堪。
芦芳闻杜茂去职，与匈奴联兵，秉隙进攻，占据高柳。
建武帝不欲继续劳兵，特使大司马吴汉北往，督徙边民，尽入内地。
芦芳率贾览进攻云中，留大将随昱镇守九原。芦芳、贾览与张堪数次交兵，不 能取胜。随昱度芦芳不识时务，以雀蛋击巨石，必灭无疑。于是暗自部署胁芦芳降 汉。芦芳获知后，大恐，遂离部众，和十余骑逃入匈奴。
建武帝拜随昱为五原太守，封镌胡侯。遣使携重金入匈奴，购芦芳人头。匈奴 单于不忍加害，又贪重金，只好请芦芳离开返回汉境。芦芳似丧家之犬，无所归依。 属下闵堪、闵林兄弟将芦芳迎入高柳。芦芳遣使入洛阳请降。建武帝封芦芳为代王， 封闵堪为代相，闵林为代太傅。赐缣三万疋，使其和好匈奴。
芦芳上书谢恩，书曰：
臣芳过托先帝遗体，弃在边陲。社稷遭王莽废绝，以是子孙之忧，所宜共诛， 故遂西连羌戎，北怀匈奴。单于不忘旧德，权立救助。是时兵革并起，往往而在。 臣非敢有所贪觑，期于奉承宗庙，兴立社稷，是以久僭号位，十有余年，罪宜万死。 陛下圣德高明，躬率众贤，海内宾服，惠及殊俗。以归附之故，赦臣芳罪，加以仁 恩，封为代王，使备北藩。无以报塞重责，冀必欲和辑匈奴，不敢遗余力，负恩贷。 谨奉天子玉玺，恩望阙庭。
建武帝降诏：明年正月入朝。
芦芳奉诏起程，时岁末冬深，行至昌平。帝遣使迎住，诏令改期入朝晋见。芦 芳慌恐，怏怏而还，知己称帝于前，终难相容，于是聚众而反。闵堪、闵林怒其乃 反复小人，勒兵相攻。双方对峙数月，匈奴单于遣数百骑接芦芳夫妇入匈奴。十余 年后，芦芳死于匈奴境内。
天下大定，建武帝为答谢众功臣，常在宫中设宴相乐。一日，说到高兴处，道 ：“诸卿若不遇到朕，你们自己酌量着，爵禄能有几何？”邓禹道：“臣少时好学， 大致可以做到文学博士。”帝笑道：“太谦逊了，卿志修行严整，为何不能官至功 曹？”马武道：“臣颇具武勇，可为都尉，若不济，也能混个亭长，缉捕盗贼。” 帝又笑道：“你若不被亭长捕去，实为大幸了。”众臣相随大笑。马武嗜酒，豁达 任性，常于酒后语折同僚，无所避忌。众人知帝对其特加恩宠，稍微纵容，常常以 为笑乐，事后常告诫之，所以均不与计较。
时太子刘强，常在帝侧，问及攻伐方略，帝正色道：“从前卫灵公问战阵，孔 子不对答，此事非你所宜问。”
数日后，建武帝收耿弇、朱祐大将军印绶。遣散地方兵。
贾复知帝欲偃武崇文，遂与邓禹请削兵权，不逢帝诏入朝则闭门讲经。
阴贵人胞兄阴兴，为黄门侍郎，守期门仆射，后拜典将武骑。常随军从征，平 定郡国，常为僚属操持车盖，遮风挡雨，兢兢业业，不辞劳苦，帝迁侍中，赐爵关 内侯。阴兴叩辞，道：“臣未有先登城陷阵之功，而一家数人并蒙封爵，合天下觖 望，诚为盈溢。臣蒙陛下、贵人，恩泽至厚，富贵已极，不可复加。至诚不愿。” 帝嘉之，不夺其志。阴贵人问其故，答曰：“贵人不读书吗？亢龙有悔，做为外戚 之家，若不知进退，嫁女欲配王侯，迎娶惟视公主，愚心实不自安。富贵有极，人 当知足，何必奢夸，为人所议责。”阴贵人顿悟，始不为宗亲求爵位。
兴与上谷人鲜于裒关系不睦，知其贤，荐与帝，帝重用之。与张汜、杜禽甚相 友善，知二人华而不实，终不为二人进言，只以私财赠与之。
建武十五年三月，大司马吴汉及朱祐上书请求分封皇子，窦融、李通、邓禹、 贾复也纷纷附议。建武帝共有十一子，郭皇后生五子：强、辅、康、延、焉。阴贵 人生五子：阳、苍、荆、衡、京。许美人生一子：英。除嫡子刘强立为皇太子，其 余皆无封号。
于是，四月初二，以太牢告祭宗庙，十一日派大司空窦融祭告先祖。按年序封 皇子辅为右翊公；英为楚公；阳为东海公；康为济南公；苍为东平公；延为淮阳公 ；荆为山阳公；衡为临淮公；焉为左翊公；京为琅邪公。
六月底，下诏实行“度田令”，州郡核实耕田亩数以及百姓户口、年龄，查二 千石长吏中徇私舞弊者。
由于连年不断的战乱，各地豪族蜂起，拥兵自重，强占了大量土地，他们贿赂 地方官员，相互勾结，沆瀣一气，多为诈巧，不务实核，将百姓的房舍，里落都作 为田地进行丈量，却隐瞒豪族土地，至使百姓嗟怨。
建武帝逐一批阅度田奏折，却见陈留郡奏折中夹一条，文曰：“颍川、弘农可 问，河南、南阳不可问。”帝不明白是什么意思，将陈留使者叫进宫中盘问。使者 谎称此条是在洛阳长寿亭中所拾，不小心夹到奏折中。十二岁的东海公刘阳时在帝 侧，见帝怒，说道：“吏受郡赦，当欲以恳田相方耳。也就是陈留太守让他询问颍 川、弘农、河南、南阳等地所报的恳田数，再和其他地方相比较，以不使陈留所报 之数相差太多。”帝道：“即如此，何故言河南、南阳不可问？”刘阳答道：“河 南帝城，多近臣，南阳帝乡，多近亲，田宅逾制，不可为准。”帝再问使者，使者 见瞒不过去，只好如实禀奏。竟如刘阳所言，帝乃遣谒者考实，查奸状。
入冬，建武帝下诏：“大司徒欧阳歙，前为汝南太守、扬州牧，度田不实，藏 罪千余万，下狱。”
欧阳歙，字正思，王莽时任长社宰、更始朝任武原令、建武帝任其为河南都尉 行太守事，封为列侯。历任河南尹、扬州牧、汝南太守。后接侯霸任大司徒。
欧阳歙东窗事发，锒铛入狱，其门下弟子为救恩师，求哀者多达千人，有的自 削发，谓自受髪刑。十七岁的弟子礼震从家乡平原赶到京师，当行至获嘉县时，即 袒行，并上书道：“臣师大司徒欧阳歙，学为儒宗，八世博士，而以藏咎当伏重辜。 歙门单子幼，未能传学，身死之后，永为废绝。上令陛下获杀贤之讥，下使学者丧 师资之益。乞杀臣身以代师命。”当书上报至建武帝时，欧阳歙已死在狱中。
大司徒掾属陈元又上书追颂之，建武帝为平息欧阳歙之死引发的诸事：“赐棺 木，赠缣三千匹。”
任命戴涉为大司徒。
建武十六年，河南尹及诸郡守十余人，坐度田不实，皆下狱死。诛虏将军刘隆 亦被捕下狱，特免死，废为庶人。
随着度田令的进一步实施，激发了民变，“青、徐、幽、冀四州尤甚。”建武 帝令郡县追讨镇压。可兵至则散，去则复结。帝无奈，下诏令：“五人共斩一人者， 除共罪。”于是“更相追捕，贼并解散。”
建武帝下令将大姓兵长，迁徙至别郡，赐与田宅，使之安居乐业。反度田终于 平息了。
东海公刘阳，十岁能通《春秋》，甚是聪慧，帝视为神童，越发喜爱。郭皇后 见帝偏宠刘阳，知其将来必威胁到皇太子和自己的地位，将其视为眼中之钉，每见 之则讥言相讽，恶语相加。帝知后，数次相劝，可郭皇后却变本加厉，帝恶其行， 劝其应母仪天下，对所有的皇子、公主均视如己出。郭皇后毫无收敛之意，一年多 来使得建武帝不胜其烦，斥责之。不料，郭皇后竟大吵大闹，帝恼怒，拂袖而出。
冬十月，下废、立皇后诏，曰：
“皇后怀执怨怼，数违教令，不能抚循他子，训长异室，宫闱之内，若见鹰鹯。 即无关睢之德，而有吕、霍之风，岂可托以幼孤，恭承明祀。今遣大司徒戴涉、宗 正刘吉执节，其上皇后玺绶。阴贵人乡里良家，归自微贱。‘自我不见，于今三年。 ’宜奉宗庙，为天下母。主者详案旧典，时上尊号。异常之事，非国休福，不得上 奏称庆。”
殿中侍讲郅恽进言道：“臣闻，夫妇之好，不能言之于子，况属臣下？但愿陛 下念其可否之计，无令天下有议社稷。”
建武帝答道：“卿能恕己量主，知朕必不有所左右而轻天下也。”
遂升右翊公刘辅为中山王。封郭圣通为中山太后。余者九子，皆由公爵进封为 王爵。
徙封中山太后弟郭况为阳安侯。
封中山太后从兄郭竟为新亭侯，郭匡为发干侯。
建武十七年十月，帝幸章陵，再次回到旧居。至父母的居室，驻足、焚香，无 限缅怀。又到自己的小屋转转，道：“这就是朕的旧居，幼时便起居在此，读书休 息。”又到大哥、二哥的房中看看。又携众到地头看看，道：“朕幼时喜稼穑，常 在地里劳作，那些把式现在还没有忘记呢！”铁源道：“陛下，现在天凉了，百姓 们都在积肥或歇冬，不如明年开春再来。咱们君臣一同干干农活。”帝道：“那感 情好，再请几个，咱们比一比翻地打畦。”众臣跟着都笑。帝又对县令道：“故居 保护的不错，朕挺满意。由朝廷出钱，再把祠堂、宗庙修一修。宴席准备的怎么样 了？天黑的早，早点开席吧。”县令忙不迭地答应。
祠堂大厅中，建武帝大会宗室及县里六十岁以上的长者，酒至半酣，一族婶道 ：“文叔少时，喜于稼穑，不善言语，和伯升对照鲜明，且不与人争执，谨信诚实， 性情柔和，待人亲善。谁敢想，今日竟如此尊荣。”帝听后大笑道：“朕治理天下， 亦欲以柔道行之。”众皆欢。
却说南方诸国，自秦朝时，分设郡县，然言语各异，礼教未通。历二百余年， 习稼穑、制冠履、知姻娶、粗通汉仪。时交址太守苏定以法守之，麋冷县雒将生二 女：征侧、征贰，精通武艺，勇力超群，不耐恪遵汉制，扯旗造反，霸害一方，大 乱南边。交址、九真、日南、合浦等地尽皆响应。征侧统领各部，攻占岭外六十余 城。征侧遂自立为王。拜征贰为大将军，交址及诸郡太守，仅得自守，无力征剿。
十八年初，帝拜陇西太守马援为伏波将军，起用刘隆，拜为持乐侯为马援副将， 督楼船将军段志率兵南击交址。
伏波将军马援率水、陆雄师五万南下，又征发长沙、桂阳、零陵、苍梧万余兵 勇。命段志统领水军，分兵五千与刘隆，令其为先锋官，逢山开道，军抵浪泊。
征侧自立为王，总认为天高地远，独霸一方，为所欲为，却不料这么快建武帝 便派大军前来，且已至浪泊。征侧不敢怠慢，命大将军征贰统兵一万前去迎敌。自 率数万大军跟进。
征贰来到浪泊，上前挥刀挑战。征贰身长力大，武艺超群，勇冠南国。可部下 必竟是乌合之众，不晓排兵布阵，只散乱簇拥，不成章法。
刘隆挺抢上前，来战征贰。刘隆自随刘伯升起兵，十余年来，征战四方，可从 未与女将交过手，猛一交手，心态竟没有调整过来，一时被逼的手忙枪乱。刘隆大 惊，心道：“怪不得她们姐妹能够称雄南国，手段还真不含糊。这也就是我，要换 成别人，此刻还不知会怎么的呢。”刘隆调整好情绪，抖擞精神，接着再战。征贰 纳闷，这眼看就要打胜了，怎么突然间像换了个人似的。又斗有二十回合，征贰抵 敌不住，败回阵中。刘隆指挥汉兵冲杀过去。南兵虽是乌合之众，究竟人多势众， 双方正在混战，马援赶到，汉兵排山倒海般杀将过去，南兵大败回逃，征侧统率大 军迎着，汉兵方才住脚。
征侧亲自出马，刘隆上前迎住，此番大战，更不同前。征侧武艺竟又比其妹高 出一筹。一杆大刀龙飞凤舞，着实精妙，果真巾帼不让须眉。二人大战三十余合， 征侧方败。马援挥兵冲杀，南兵敌不住百战雄师，征氏姐妹率败兵退入交址城中。
此战斩首数千级，降者万余人。汉兵将交址围住攻打，历时月余，城内防守渐 弱。
征侧道：“马援兵精将勇，锐不可当，今困于此，奈何？”
征贰道：“汉兵攻城有方，此城难以坚守，不如退兵山中，据守禁溪穴。汉兵 不善山地战，又有瘴气相阻，汉兵中瘴气，虽不死绝，恐粮也不济，必然退兵，到 那时，我等再复出。”
征侧道：“此言不错，山中易守难攻，穴中储粮足备，准备连夜突围。”
天刚黑透，南兵突围而去，马援率兵追赶，必竟地理不熟，又是天黑，追至山 下，南兵已无踪迹。马援怕中埋伏，不敢冒进，汉兵止于山脚。
天至黎明，马援见山峦叠嶂、山道崎岖，战马、船只派不上用场，命段志在山 外扎营，自率步兵进入山中。命刘隆只寻南兵遗失之物跟踪而进。行了多时，一降 卒向马援进言道：“大将军，再往前走，就是清浪滩，瘴气弥漫，人若吸入瘴气， 就会中毒，轻者如患疟疾，浑身哆嗦无力，重者性命难保。武溪之水，更不可饮， 误饮者顷刻间毙命。”
马援道：“南方瘴气，我也听说过，系腐败叶草及动物尸体所致，果是毒气， 此一路追踪，征侧等料也从此而过，如何却不惧瘴气？”
降卒道：“将军有所不知，此瘴气日出而起，日中而盛，夜深之时方退尽，要 过此地，需至后半夜。”话音刚落，只见天空中数只飞鸟哀嚎着跌落水中而亡。
马援惊道：“此瘴果然了得！”下令后撤。
俟至后半夜，马援下令前进。汉兵正行间，突然无数羽箭从前方射来，士兵大 批中箭倒地。刘隆急令熄灭火把，摸黑而战，将南兵打退。等汉兵大队来到，天已 放亮，刘隆对马援道：“中了埋伏，伤亡不算大，还好。”马援道：“此乃意料中 事，防不胜防。此地还无完全脱离瘴气覆盖区域，久留不得，还得再向前走。”
马援亲自登高远眺，望着绵绵起伏的山脉，崖峭林茂，想着汉兵拔山涉水、征 程近万里、历尽艰辛，想着清浪滩瘴毒之险恶，慷慨悲歌：
滔滔武溪一何深，
鸟飞不渡，
兽不敢临，
嗟哉武溪多毒淫。
左右听之，莫不感慨而涕。
马援望着远处几个山峰，指着一个道：“此处乃必经之途，必有南兵屯守，若 不能夺之，我军将会被困于此。”刘隆道：“将军放心，我去夺来。”
说罢，刘隆率五千先锋营前去攻山头。可南兵居高临下，占尽优势，羽箭、滚 石纷纷而下。刘隆没了坐骑，顿时没了驰骋疆场的威风，眼见汉兵损失惨重，只好 撤回。
休整半日，马援、刘隆分两队攻山，均折羽而返。
至此汉兵被阻，马援命伐巨木扎营寨，士兵已有人因中瘴气而病倒。日子一天 天过去，汉兵被阻已有一个多月，中瘴气者越来越多，山下传来消息，楼船将军段 志，因误饮溪水染病身亡。马援痛惜不已，派偏将接管水军营寨。
刘隆道：“将军，瘴气熏人，部队染病者已逼近半数，患者已开始成批死亡， 士兵们畏惧瘴气，已有怨言。既然无法取胜，不如退出此山，在山外扎营。”
马援道：“我等历尽千辛万苦，方追至此，若畏难而退，岂不前功尽弃。此二 妇不除，南国不靖，必要斩草除根，方能永绝后患。你可多派些分队，走的更远一 些，再寻土居之人，问问解瘴之法。”
刘隆领命而行，果然请来一土居老者。马援道：“老人家，此地人迹罕见，鸟 兽短行，老人家却安居在此，莫非仙者？”
老人道：“将军说笑了，此地称西里，环境险恶，不易居住，却可以避开人世 烦杂，实乃清静之所。将军欲问避瘴之法，据我所知，初患之时，用细针刺双唇则 可缓解，若重时，此法就不灵了。天地生万物，自有相生相克的道理，此间瘴气虽 毒，却有一物能克之。”说完将手中一植物扬了扬，道：“这个叫薏苡，遍生此地， 口含此叶，可避瘴毒，若病重时，以其果熬水饮之，则有奇效。南国多雨，空气湿 闷，北方之人难以耐受，阴囊处多生疥疮，可食辣椒以御之。”
马援大喜，以重金谢之，老者道：“自耕自食者用不着此物。”说完自行离去。
马援命士兵采集薏苡果叶，熬水饮之。
刘隆道：“将军，属下此次出寻老者，见一水溪，定是南兵饮水之源，可派重 兵前去，截断其源水，南兵必乱。”
马援道：“太好了，我心中一直寻思这个地方，真是得来全不费工夫，可派一 偏将，率三千人截之。”
汉兵食了良药，病体日见恢复，南兵没了饮水，顿时大乱。马援、刘隆一举夺 下了山头，南兵退入禁溪。
汉兵乘胜追击，经一番激战，南兵退入禁溪穴中。
禁溪穴是一大溶洞，高阔深长，洞中钟乳垂挂，清凉惬意，宛若仙境。征侧为 防不测，刻意经营，洞内食物可用一年。洞口虽被汉兵封住，征侧却是不怕，自在 洞中天地纳福，不信汉兵不退。
马援虽然守住洞外，却也无法攻入，双方对峙，已然过了数月。马援获知洞内 粮食可食一年，不禁发愁，这一年之久如何等得。再者，此洞决非只此一个洞口， 若征氏姐妹率洞中南兵从它处潜逃，那自己不就成傻子了。徒令天下之士贻笑。想 到此，心生一计，令刘隆率兵去寻别的出口，自己在洞口前多置木材、树叶，于顺 风时点火闷烟灌入洞中。
此招果然见效，刘隆于浓烟出处发现了另一出口，屯兵守住。洞中南兵终日被 浓烟熏呛，实在忍无可忍，冲杀出洞，被汉兵杀死无数。征氏姐妹只好出洞投降。 马援下令：“立斩不赦。”
马援灭了征侧、征贰，率兵下山进驻交址，将两颗首级送回洛阳。接连三天犒 劳三军，炖肉摆酒。
马援对属下道：“我从弟少游常劝诫我的豪放慷慨，曰：‘人生一世，但求衣 食足备，乘泽车，御骊马，能任郡掾吏，守祖茔，称善人，可也。何必辛辛苦苦广 聚财帛？当前些时我等被阻清浪、西里间，被瘴毒熏潦，仰视飞鸟坠水，目睹将士 病、亡，想起少游之言，当真满腹感慨。可我等披蒙大恩，为国效力，真乃大丈夫 豪迈人生哉！”
军队休整完毕，马援挥兵进军九真，征剿征侧余党都羊等。从无功至居风，斩 获五千余人，南国悉平。
西于县民有三万两千众，马援奏请分为封溪、望海两县，帝准奏。
马援令郡县实行汉制，修筑城郭，开凿河渠，灌溉良田，用汉律约束百姓。
马援驻军居风，在交州日南郡最南端的象林县南界设立铜柱，做为界碑，上书 ：“大汉伏波将军马援建此。”以与西、南诸国分疆。
马援凯旋回京，建武帝与众臣道：“伏波论兵，与朕意合，诏封为新息侯，食 邑三千户。
亲朋故人迎贺之，回至府中，平陵人孟冀也前来恭贺。马援道：“我希望你能 有善言以教我，怎么同众人一般言语。昔武帝时，伏波将军路德博，开置南疆九郡， 只封食邑数百户。我今不过微劳，帝却恩赐三千户。功薄赏厚，何以能长久乎？好 男儿当战死疆场，马革裹尸还葬耳！”冀曰：“惭愧，我不及将军也。”
马援上奏折，言南征遇瘴，楼船将军段志及汉兵死者十有四五，请帝善抚之家 眷。
帝准奏，赐援兵车一乘，朝见位次九卿。徙刘隆为慎侯、拜为骠骑将军。