永历自从即位于肇庆，虽有复国之志，但手下的大臣们多是投机钻营之辈，一个个只知花灭酒地，争权夺利，真正精忠报国、力图复兴大业的人却寥寥无几，所以，自登基以来，永历就一直在到处奔波逃命。
永历二年，清将佟养甲和南明降将李成栋兴兵进入广东，隆武帝被杀；唇亡齿寒，永历帝害怕肇庆失守，迁都桂林。
永历四年，武冈之战大败，永历帝又放弃桂林，移驾云南。
永历五年，稍有转机，反清形势一片大好。原先降清的许多明将，在反清潮流中纷纷倒戈。其中影响最大的要数左都督提督广东总兵官李成栋在南雄的倒戈……
李成栋，原是李自成部将，跟随李自成手下大将，后任弘光朝廷统帅的高杰，高杰叛李投明，高杰被杀后，李成栋降清。攻下广东后，李成栋被清廷任命为广东总兵官，节制两广。
李成栋有一爱妾，叫珠圆，原是云南的一名歌妓。成栋在云南得到她以后，十分宠爱，出征各地都要带在身边。这珠圆虽只是歌妓，民族气节却很重，很不满意李成栋辅助清朝，所以动不动就怂恿李成栋反清投明。李成栋开始只是置之不理。时间一长也不免动心了。
珠圆知道李成栋在攻破广州时，曾私藏了一枚南明总督的官印，她私下里想：“那印是明朝的，为什么还要留下来，难道说他还要做明朝的两广总督不成？”
一天晚上，珠圆侍宴，将侍女们打发走以后，她用话挑拨李成栋说：“横竖都是做一总督，做明朝的与做清朝的，贵贱又有什么区别？为什么不求流芳百世，却要遗臭千年呢？为妾实在是不明白。”
李成栋听后，看着珠圆说：“我不是没有弃清投明的打算，只是不忍让你跟我担惊受怕啊！”
珠圆听完，大吃一惊，说道：“原来大帅为了我，却要耽误一生的功名，当年大帅的兄长李成梁镇守三边，卓著勋劳。而今元帅却要为我一个女流，自甘堕落，不怕别人笑话吗？我今天纵然一死，也不能致大帅于不义之地。”
说完，不等李成栋作出反应，就顺手拔出李成栋的佩剑自
刎而死。
李成栋没想到她会有此一举，要出手阻止已经来不及了。随即抱尸大哭说：“我李成栋一定不负你一片心意！”
李成栋召集手下的众将，说：“我李成栋自误已久，身为大明臣子，不愿再从满清，今日要举兵反清。各位愿随我者，我欢迎；不愿意的也不勉强。”
众将都说：“我们愿随大帅起兵！”
由于李成栋坐镇着两广，所以他归顺永历以后，广东、广西两省尽属南明，南明的地盘顿时扩展了近一倍。
永历帝听到李成栋反清的消息后，欣喜若狂，马上派出钦差特使到广州，筑坛拜李成栋为大将军。又感珠圆的忠烈气慨，封她为忠烈夫人。这年八月，永历帝将都城迁回到肇庆。
清廷闻知李成栋反清的消息以后，深恐各省受到影响，急令定南王孔有德、平南王尚可喜火速增兵广州，对付李成栋。又为了防备永历帝逃奔云南，同时下令吴三桂由四川入兵云南，让洪承畴引兵出贵州，与吴三桂两路出击，相会于云南。
李成栋受了永历帝之命，率领二十万大军出兵江西，然而赣州一战，被孔有德和尚可喜杀得大败，被迫退回广州。
李成栋兵败赣州的消息传到肇庆，永历群臣都坐不住了。大臣们纷纷上疏劝再迁都云南。
兵败如山倒。永历帝一面传旨李成栋再次举兵，一面匆匆做迁都的准备。各大臣都惟恐李成栋阻止迁都，所以都不让李成栋知道。等到李成栋起兵以后，让李成栋的好友村永和留守两广，做李成栋的后援，而永历君臣却择日起驾奔云南而去。
当孙可望的大军从四川入贵州的时候，永历帝的车驾刚行到广西南宁。
永历帝自离开肇庆，一日百里，向云南逃跑，一路之上经过的地方，却有不少官员追来跟随，名义上都说勤王护驾，实质上都是做逃生的打算。因为如果等到清兵打过来，投降的话就会遗臭万年，不投降难免又要送死，所以永历的随行人员越来越多，以致于到最后都要贿赂永历身边的近臣才能够随行。
等到永历的车驾将要离开南宁的时候，孙可望派来上表的杨可仕来拜见永历。正惶惶如丧家之犬的永历帝顿时像落水之人抓住救命稻草一样，欣喜不已，因为孙可望部兵强马壮，将领又多。所以永历马上下诏：册封孙可望为秦王。
这时孙可望已领兵到了云南府。孙可望自四川入贵州后不久，清廷就派遣洪承畴率大军向贵州进军，孙可望派刘文秀镇守贵州，自己统率大部人马则由贵州进入云南。
公元1658年，永历帝驾临云南昆明府，永历的王宫选在了昆明府城郊的五华山上。
八月，来自前线和各路告急檄文、城陷的塘报，像雪片一样从各地向永历的御案上飞来。
三日，清兵攻陷桂林，桂林总兵以身殉国；
七日，清兵攻陷南昌，江西总兵金声桓不屈而死；
九日，尚可喜部攻克广东，广东总兵陈子壮战败投降，李成栋战死；
十五日，洪承畴引大队清兵攻克贵州，直指云南而来。
……
一连数道凶信。端坐在布政司大殿上的永历帝变得徬徨无措，不由放声大哭：“大明江山再也没有指望了！”
此时，在永历帝的眼里，面前这座华丽的五华宫和纷乱的昆明府，乃至整个云南、贵州，都犹如置于苍茫大海中的一叶危舟，只要有一个浪头打来，立刻就会倾倒覆灭。
这位忧心忡忡的皇上，紧闭着双唇，铁青着面孔，一双布着血丝的眼睛一动不动地盯着自己的脚看，他似乎朦朦胧胧地感到了自己的下场，不由心中生出一种莫名的恐惧。他看着御案旁瑟瑟抖动的烛焰，突然有种想法：自己难道会像这行将燃尽，摇摇欲灭的烛焰一样吗？想到这里，他不安地走动起来，烛光把他来回晃动的身影投在漆皮剥落的金黄色墙壁上……
此时，还有一个人像永历一样焦虑不安，彻夜难眠，这个人就是南明的晋王李定国。
李定国在南明将领中，是个不可多得的，比较有头脑、有眼光的人。他洁身自爱又富于智谋。
由于李定国久经沙场，战功显著，又有拥立永历的勋功，所以永历很器重他。自从称帝肇庆以后，就将所有兵权交给了李定国，并册封他为晋王。李定国自然对永历也是忠心耿耿，以光复大明为己任。
自孙可望、刘文秀兵败四川以后，李定国就领兵进入了贵州，迎战从四川进兵的吴三桂和从湖南杀来的洪承畴。
当永历被岌岌可危的局势弄得六神无主之时，李定国在贵州前线也正焦虑不安地忙于战事。
夜，已经很深了，李定国还独自在大帐中静坐。焦虑、忧郁使他无法入眠。
桌上残烛如豆，烛泪慢慢积攒成沉重的珠滴，像什么人的眼泪似地慢慢地流下来，在白银烛台上积成油汪汪的一摊。蜡烛芯不时爆响，迸出几点火星，还没有落下，就已变成焦黑的小渣子，掉到书页上，在这沉静的夜里，也能听到微微的响声。
为了摆脱不佳的心绪，李定国捡出《孙子兵法》在灯下仔细研读起来。
但，看不到两页，他的心就跑了，望着灯芯上的火苗发呆。
桌上有一叠信函，这是各路将领上呈的军报和请求指示的信札。
他抛开书，端起烛台，将一张刚绘制的贵州地形洋图摊在桌上。图上有些地方贴着黄绫小条，小条上用笔清楚地标着“刘，十五营，藩十二营，高二十营……”这些黄绫小条标示着明军各部的蕃号和兵力；贴条的位置则表示各部的驻防地点。另外，在图上还有一些红箭头，这是敌军的进兵路线。
李定国借烛光看着地图，对自己的军事部署一目了然。刘泰部在遵义、藩增纬部在开州、高文贵部在大娄关……然而使他担忧的却是那醒目的红箭头，吴三桂的大军已经快抵达开州了，而洪承畴的前部人马也已经接近七星关了，两路大军来势凶猛，颇有势不可挡的气势。
还有一点让李定国忧虑的是，南明大军，过于庞杂，有李自成的大顺军，有张献忠的大西军，还有原来大明的官军。虽然说统归李定国指挥，但已经各自为政，常使他有种难以指挥调度之感。
蜡烛火焰闪跳了一下，便摇晃着颤拦起来。这使得他的心好像也微微发颤了。他望着跳跃的灯光，感到有很多东西在往他冰冷的心里挤，是愁闷？是忧郁？还是悲哀？或许还有几分恐惧？……
许多次惨烈的血战也硬挤进他的脑海。他拼命抵抗，也无法驱走。这使他精神越来越紧张，呼吸越来越急促，额上竟然渗出一层冷汗。
李定国感到有些头痛，他叹了口气，走到案边，放下烛台，重新坐回椅子上，心中的焦躁简直到了难以忍受的程度……
十月，李定国大军同吴三桂大军的战斗终于打响了。
黑石渡是开州府的一个大镇，踞山面河，形势险要，山不高而多林。此时，这座有近万住户的镇子已在吴三桂军同南明军的大战中被摧毁了……
大火猛烈的燃烧着，滚滚的烟柱直透天际，绛紫色的烟焰在上空集结不散。
黄昏以后，战场的中心向镇西边移去，镇上的火光渐渐黯淡下去，已经没有了厮杀和呐喊之声，残垣断壁是到处可见的，都是血肉模糊的尸体：有胸前插刀的；背后中枪的，有双方挟着咽喉的：有彼此把长矛刺进对方胸膛的……树木被战火烧得只剩枝丫，遍地的野草浸透了人血，马血，有时还传来未死战马的嘶鸣，整个战场惨不忍睹……
黑石渡一战，吴三桂军大胜，南明军损失近万人，李定国手下的大将刘泰战死，吴三桂军也损失四千多人。李定国军退守七星关。
吴三桂的大军正行进在通往七星关的大道上。十万大军搅起的尘土像黄色的大雾。铺天盖地，遮掩了青山绿水，蓝天自云。
吴三桂用力地抽打着跨下那匹乌油闪亮的骏马，马像一阵风似的向前猛冲。转眼问，他和他的随从就冲到了大队的最前面。
在主帅身先士卒的带领下，吴三桂的大队人马，骑兵放开马蹄，步兵拉开两腿，拼命向前冲击……
暮色苍茫，群山失色，七星关的重峦叠嶂渐渐被夜色笼罩，变成黑黝黝一片。
一连两日，源源不断开来的吴军，里三层，外三层，把七星关围成了铁桶一样。
白日陈兵如蚁，夜里篝火烛光。
这天夜里，经过几番攻关血战的吴三桂军也已疲惫不堪，又点燃满山篝火，小事休整。四面山上的篝火把七星关附近的险要山势照的如同白昼。
晋王李定国披着一件黑缎斗篷，像一尊石雕似的，一动不动地站在七星关的墙楼上。连日血战，使他杀红了眼睛，虽然吴军一次次进攻都被击退了，然而吴三桂大军人多势众，又勇猛无敌，困守孤关，怎能旷日持久？望着关下漫山遍野灯火连城的吴三桂大军，李定国心头犹如压着一块掀不掉的巨石。如果七星关再失守，吴三桂大军将会长驱直入，贵州恐怕也就再守不住了。
今日黄昏前的一场血战已经使他深深感到力不可支了，虽然军士们勇锐不减，可寨营里的粮草，擂木、箭矢、滚石……都已经炔要用完了。
怎么办？
趁着战斗的问歇，将士们正在抢修南方塌的城垛、寨墙。
李定国正在巡视着，忽然一个亲兵跑上来大喊：“晋王爷！狗东西们又上来啦！”
随着这一声喊叫，李定国抬头一看，果真关下的吴军又趁着夜色，喊叫着，蜂拥而来，黑压压的一片人马遮天盖地。一股压抑不住的怒气直冲上了李定国的头顶，他回首对着刚才喊叫的那个亲兵喝斥道：“这又不是第一次，敌兵又没变成三头六臂，你慌个啥子！”
说着，他冲着身边的那些个略显紧张的将士喊道：“看什么，又不是唱戏！兵来将当，把箭和擂石都准备好，只待吴军冲上来，就给我猛砸。”
说完，他把刀霍地抽了出来，李定国虽是一名以智谋闻名的大将，可是由于久经战阵，所以在战场上又往往勇猛异常。可以说是智勇兼备的将领。
将士们见军帅毫无畏惧之心，个个都觉得胆气强壮，纷纷占据各个垛口边，有的搭箭瞄准，有的搬起石头，架好擂木。一个个紧咬牙关，两腮上鼓起一棱棱的肌肉，单等着吴三佳军兵靠近。
吴军的这次进攻，是这一天当中，兵力最多的一次，督阵的大将是胡国柱，吴军士兵，个个举刀持枪，狂喊着冲上来，恨不得将七星关吞没。
李定国怒吼道：“箭石侍候！”
军令一出，城墙上的擂木、滚石、灰瓶、飞箭如暴雨般向关下倾泻。吴军之中，哀声阵阵，前队有一多半倒在木石箭雨之下，但尚未等明军再一次把箭搭上，把擂石备好，后一排的吴军竟又毫无顾忌地蜂拥冲至关下，霎时便将云梯搭好。
李定国情急之下，将身上的披风一甩，也不顾身边亲兵的拦挡，吆喝着也冲到一架云梯前，顷刻间，便将此云梯推翻，他刚抽回手，猛见左右有几名吴军士兵已爬上城墙，他不禁火性大发，抡刀迎上。身后的亲兵见晋王危险，紧跟过来。这几名冲上关来的吴兵，尚未站稳，被明军一阵旋风般的冲杀，便惨叫着倒了下去。
这时援兵上来了，吴军的云梯都被推翻，冲上城墙的吴兵寡不敌众，纷纷被砍下城墙。
吴军的攻击持续一个多时辰，终于被打退，但明军也有不少军兵倒在血泊中。
夜深了，李定国躺在亲兵搬过来的一张躺椅中，暗暗自语道：“吴三桂军兵强势众，不能跟他硬拼。看来关是保不住了，不如还是撤兵出关吧……”
他借着月光向关外的山野望去，只见关寨外，数不清的火堆在关前绵延数里，几乎望不到边。他对身边的亲兵说：“通知各位将领到我的大帐！”说着从躺椅上一跃而起……
第二天，吴三桂接到士兵的报告，李定国率军头天里弃关而走了……
继黑石渡、七星关之战以后，吴三桂大军又在遵义和乌撒连打了两场大胜仗，李定国军从贵州退回云南。
十月份，吴三桂军队横扫了贵州，进入云南。
与此同时，多尼、赵布太两路清军也直逼云南。三路大军呈合围之势，昆明岌岌可危！
十一月，永历帝率群臣慌慌张张逃离了昆明，跑到了离滇缅边界不远的永昌城，随时准备逃奔境外。
李定国以及其他南明将领刚率南明余部，在山区聚集，策划着反击。
顺治十六年（公元1650年）三月，吴三桂已基本上控制了云南大局。
吴三桂下令：信郡王多尼驻守昆明。他率大军（辖赵布太部）追击永历帝。
三月初，吴三桂大军自罗次出发，向永历驻地永昌进军。二十八日攻克永昌。
永历帝领着皇室及其卫队逃命在前，李定国率部队殿后掩护。吴三桂统师追击，李定国军过磨盘山，在磨盘山设伏，双方在磨盘山恶战一场，这是南明大军同吴三桂大军的最后一次决战。
李定国是个极有谋略的将领，他决定不和吴三桂硬拼。
磨盘山地势险峻，路陡沟深。李定国在此部署了三道埋伏，部将窦名望部为初伏，高文贵部为二伏，王玺部为三伏。并且传令全军：“一伏、二伏将吴三桂军放入，待其进入三伏后，以山顶放炮为号，埋伏各军合击，杀吴军一个片甲不留！”
李定国部署完毕，只等吴三桂上钩了。
吴三桂统兵进入了磨盘山。
一入磨盘山，吴三桂举目一望，见到那险要的地势，心中就不免“咯噔”一下，这可是个打伏击战的好地方啊！如果是我吴三桂先入此地的话，必定设伏于此：难道李定国就不会想到这点吗？想到此，他下意识地向四周仔细地看着，山上光秃秃的空无一人，又侧耳听听，除了风声没有别的声响，没有什么可疑的迹像。
难道是我吴三桂小心过度？会不会是那李定国被追得晕头转向只顾逃命，竟没有想到这一步棋？大有可能。人在慌乱的时候往往不免会考虑不周。想到此，吴三桂露出得意的神色，他下令进入磨盘山。
吴三桂的队伍已有三分之二进入峡谷中一段较为平坦的地界上。眼看峡谷的另一端尽头已经遥遥在望，忽然有一人出现在崎岖的山道上。吴三桂一看有人，脑袋里“轰”的响了一声，立即警觉地叫道：“不好，暂停进军！”
不久，那突然出现的陌生人被带到了吴三桂的马前。
吴三桂两眼直勾勾地盯着那人，狐疑地上下打量着，问道：“你为何一个人在这深谷之中？”
陌生人带着惊恐的神色说道：“小的姓卢名桂生，是晋王李定国的士兵，晋王已在前面的山中设伏等待将军进入……”
还没说完，吴三桂“啊”的一声，恍然大悟。他立即下令：“前队变后队，集中全力给我往回冲！”
正在急速行进的将士一听下令停住，就知道事情可能有变，方才还是倦容满面的兵士们，就像在三九天遭冰水泼过一样，精神顿时警觉起来。一听到“往回冲”的命令，个个勇气平添，潮水般地向峡谷的进口冲去。
身为主帅的李定国，站在山上一颗大树后面，他看到吴三桂突然引兵向回冲，立即感到事情不妙。他心中异常焦燥，想立即动手，但吴三桂的后队还没完全进入他的伏击圈子，眼前的紧迫形势，使他焦虑万状。若再不下令，恐怕就会失掉战机，让吴三桂跑掉，千钧一发之机，绝不可再延迟。想到这里，他即刻传令。顿时，漫山遍野，战鼓齐鸣。
外围伏击圈（一伏）的将领窦名望正在准备封口，配合二三伏全歼吴军……却见已入伏的吴军突然回头冲杀，企图突围而出。他大喝几口腰间葫芦里的酒，大喝一声“杀！”率外围兵士迎面杀上。
窦名望大声喊：“我姓窦！这是磨盘山！天下哪有窦（豆）入磨石而不粉身碎骨的事！今日就是你们见祖宗的日子了！”
一伏兵士随窦名望死命杀出。像洪水决堤一样，从坡顶上杀了下来。
明军来势凶猛，他们一个个瞪着通红的双眼，迎着吴军冲了上去。
两军刚一接触，一场血肉横飞的搏杀便开始了。吴三桂一马当先，率领自己的中军冲在最前面，风卷残云般地进入人群，左杀右突……
由于吴三桂的兵力集中突击一路，所以兵勇势猛，迅速将一伏击溃。
窦名望一人杀死吴军近百名军士，可谓勇猛之极！但终于力竭被杀……一伏全部崩溃！
“再掉头给我杀回去！向前冲击！”吴三桂下了第二道命令。
吴三桂迅速地审视了一下眼前的这个战场，他看见西边的谷坡上旗幡又多又密，断定明军的大部人马可能在西坡后边。而东面的山坡敌人虽然也不少，但定然是已经倾巢而出，再也没有机动兵力了。在纷坛万状、瞬息万变的激烈战场上，他立刻做出决断：集中所有的兵力，强力冲击对方这个比较薄弱的东线……
二伏领兵将领高文贵看到吴三桂反身又杀了回来，也被激怒了，率军冲下决战。
由于奇袭性全部消失，变为山间的正面混战，凶猛的厮杀紧张得叫人缓不过气来，狂跳的战马纵横跳跃着，两军军兵挥着雪亮的战刀生死相搏，血刃相交时响起一阵阵令人胆寒的碰撞声，被砍倒的战马在痛苦地抽搐着，人声和战马的尸体填满山间，有的被砍掉了手脚，有的被削飞了天灵盖，血花缤纷如雨……
吴三桂已杀红了眼睛，脸上身上全是粘稠的鲜血。他一边大吼着，一边劈刺砍剁，见他如此神勇无畏，连明军都有人为他叫好。
二伏的高文贵军也迅速崩溃被歼了。
李定国隐蔽山头指挥，他看到一伏二伏均旗乱人溃，三伏也已失去斗志，知道大势已去，不由长叹一声：“上天如何不助我大明啊！”便带着三伏余部，摆脱吴三桂军的追击，追随永历帝去了。
经过磨盘山这一战，南明的军队再也无力对抗吴三桂的大军了，只有节节败退，一触即溃。
吴三桂一直追到缅甸边境。
永历帝在李定国、白文选等部将的保护下，避难缅甸，从此，南明余部只能在滇缅国边界的大山丛林之中打游击了。