吴氏政权的覆亡，招致整个家族的毁灭。吴氏是一个庞大的家族，几乎没有一个善终的。除了吴三桂和他的妻子张氏死于昆明城陷之前，免受斧钺之苦，其余无不死于非命：其子、孙、侄如其子吴应熊、其孙世霖、世璠，侄吴应期、女婿等等，或惨死于阙下，或毙命疆场，或饮刃于宫室，或相残于萧墙，而他们的家属或株连同死，或没入官府为奴，连三桂的美妾亦被夺占。他储积的庞大家产也于一日之间化为乌有。结局是很悲惨的。三桂的部属、同盟者，其首要分子和骨干也几乎难逃厄运，纷纷被押上断头台。这是三桂失败的直接后果之一。
吴氏满门灭绝，并未使圣祖和廷臣们感到丝毫怜悯，相反，他们认为必须这样做。他们看到吴氏家一颗颗人头落地，报以满意的欣慰。政治斗争如同战场上两军格斗，你不杀他，他一定会杀你，二者必居其一。谁若手软，或稍一迟疑，性命就会被对方取去！所以，同自己的最危险的政敌作殊死之斗，根本不需要怜悯，也不需要有点滴的同情，要的就是铁的手腕，流血的镇压。这才是一个政治家的特色呢。圣祖当之无愧！战争已经结束了，一切生死予夺大权重新操在圣祖和朝廷之手。本来，乱源业已清除，照理说，一切都成为过去，应面向未来，如何治理国家。但是，事情远未结束，他们还感到只镇压吴三桂一族还是不够的，必欲把其党羽全部干净、彻底地消灭掉，如斩草必须除根，不留一点儿令人不安的隐忧。于是，清洗与镇压同时进行……
在战争进行期间，圣祖为了分化、瓦解和孤立吴三桂，一再施以招抚之策，百般诱使“归正”。政策相当宽大，待遇相当优厚。不管谁在吴氏政权中任何种职务，犯有多么严重的“情罪”，只要放下武器，立即会得到极优厚的待遇，对以往之事，一概免究。圣祖表示，“朕决不食言”，可“昭之日月”。这些诺言，都行之于文字，载入件件诏书之中。可是，当战争胜负已成定局，特别是在攻下昆明之后，圣祖马上想到处置已降的吴三桂的党羽，时机已经来到。在他的指示下，朝廷开始甄别，以种种理由和口实，将已降的原属从叛的骨干分子逐一查出，定罪处死。举其要者，叙其原委，以明历史真相。
在响应吴三桂起兵的政治势力中，最重要的人物莫过于靖南王耿精忠了。他在福建起兵，给三桂以巨大的支援。至康熙十五年冬投降，圣祖既往不咎，免去一切处分，恢复其靖南王爵，他的属下人官职如旧，他主动要求随大军剿台湾郑氏之军，正合圣祖之意，要他“立功赎罪”。他在收复福建沿海被郑军占领的泉州、漳州后，驻守潮州。次年(康熙十六年)四月，精忠为表达自己的忠心，把自己的儿子耿显祚送入京师侍奉皇帝，实则是送“人质”，消除朝廷对自己的疑虑。
十一月，藩下参领徐鸿弼、佐领刘延庆、护卫吕应晹、典仪陈良栋、护军苏云会等人联名向兵部揭发精忠“归顺后尚蓄逆谋”的罪行五款：（一）违背康亲王杰书之命，不全部供出“奸党”人员；（二）暗中勾结“海贼”（指台湾郑氏），互通音讯；（三）曾与叛将刘进忠“执手耳语”，说：“乞降非所愿”；（四）暗令心腹储藏铅药，等待“异日取用”；（五）遣散旧兵归农，令他们各携武器走，不准留给征剿的清军。尤其是在投诚前杀死范承谟以灭口，足见其罪重大，兵部大臣以徐鸿弼等人揭发信上报给圣祖。
精忠的弟弟昭忠正在福州，他事先已得到徐鸿弼等人的揭发信，也将此事及时向圣祖做了报告。《逆臣传·耿精忠传》，卷2，35页。
圣祖扣留了上述报告，隐而不发。主要原因是时机不成熟，此时正征剿吴三桂，必须稳住已降但心怀疑惧的这批人，惟恐打草惊蛇，再生意外。还将影响到未降的人不敢来降。至十七年春，才令精忠从潮州回福州驻扎，令其弟昭忠携其祖父耿仲明骸骨还京。至秋，吴三桂去世，加速了吴军的崩溃，清朝形势顿时大为好转。圣祖开始考虑如何处理精忠。他虽然已降清朝，但圣祖仍把他视为一只猛虎，担心他留在福建如放归深山，不知何时会再出来作乱！他要把他擒住。可他不想鲁莽行事，他要一步步去做，不动声色。他先给康亲王杰书一封密信，说明他不撤精忠的王爵，是为了稳住他及其藩下之众。现在如下令让精忠来北京，又怕他生疑惧，“变生意外”。圣祖授意康亲王可暗示精忠，让他自己主动提出进京陛见皇帝，他即可批准。这样做，不但连精忠，就是他的部属也不会生疑的。恰好康亲王也报告精忠的罪行，请求逮捕处死。圣祖不赞成，说“逆党”“归正”的不止千万，如将精忠马上处死，其属下或其他余党可能要寒心，如果他能自请来京，那么一切都会顺利、平安无事。他要康亲王“当加意开导”他。其实，圣祖的这番话也不是心里话，他自有打算，不便过早地告诉他，免得他坏了自己的部署。
康亲王杰书做了一番工作，精忠料知躲不过，于康熙十九年三月上疏，请求入京觐见。圣祖立准，命马九玉为福州将军，管辖靖南王藩下部队。精忠到京不久，其弟阳忠、聚忠又联合揭发了精忠叛逆罪行，请求予以严惩。他们一再要求惩治自己的兄长，一则划清界限，免使自己受连累；一则很可能已了解圣祖和朝廷的意图，及早上疏，变被动为主动。
精忠这只“虎”已入笼中，惩治的时机已经成熟。于是圣祖批准了昭忠兄弟的请求，连同以前扣留未发的揭发材料一并交给法司进行审问。精忠极力分辩，自陈他“归顺后，绝无叛志”。然而，从圣祖到朝廷必欲惩治，已是既定方针，他的分辩有谁去听一句！法司即以所揭发的事实定成叛逆罪，议决严处：应革去精忠王爵，与其子耿显祚及骨干分子曾养性等人俱应凌迟处死，家产籍没。圣祖打算等把所有逆党要犯捉拿到京时再“核议”，暂时把精忠看押起来。这时，他采取措施彻底解决耿藩的问题：迁移精忠的亲属归旗，原属精忠的旧
部在浙、闽当官的都还京；马九玉也被解除职务归本旗。这一措施，便把耿藩从组织上彻底瓦解，不复存在了。以上见《逆臣传·耿精忠传》，卷2。36~37页。
就在耿精忠被授意进京“陛见”时，即康熙十九年三月，尚之信的护卫张永祥、张士选也赴京“首告”之信“谋叛事”。世祖与议政王大臣密议：命刑部侍郎宜昌阿等人以巡视海疆为名赴广东，调查之信的罪状。同时携张永祥、张士选同回广东，秘密询问都督王国栋、之信的弟弟副都统尚之璋。国栋也参与揭发之信的事件。他曾表示，他可以将之信逮捕。圣祖很信任他，即委以此任。揭发尚之信的还有他的两个母亲舒氏、胡氏、总督金光祖等人。此时，之信正在广西平叛，他要求撤还广州。圣祖指示，宜昌阿等抵广州后，可详察具体情况，如应撤还，即报告说广州“不可无之信”，可以将他一人调还广州。嘱宜昌阿不要过多株连，如发生意外，可“酌便行事”。宜昌阿等钦差按上述旨意，离京南下。《平定三逆方略》，卷51，1~2页。他到广州后，发现城内无满兵，便在半夜密调赖塔部满兵二千入广州，以防意外。
尚之信对朝廷密谋逮捕他一概不知。这时他还在为平叛效力，提议会同镇南将军舒恕所部从贵县（广西贵县）、他同总督、提督两臣由浔州（桂平）水陆进取武宣（广西武宣）。圣祖批准了他的进兵计划。《平定三逆方略》，卷51，5页。之信很快夺取了武宣。
圣祖表面上批准之信进兵武宣，而暗中指令“密图擒拿”。宜昌阿至广州即设计逮捕他。《清圣祖实录》，卷90，17页。宜昌阿与王国栋等密谋，密令总督金光祖、提督折尔肯、总兵官班际盛、副都统金榜选等赴武宣逮捕之信。之信毫无思想准备，当金光祖等宣读“圣旨”，之信“即下马解胄，自系铁组”，被带回广州监禁起来。之信不服，上疏自辩。圣祖一时不忍下手处置，命将之信押解京师对质询问。
之信被囚，权势已失，其藩下都统王国栋便擅自行动，查封王府库藏，“恣取资财，肆行无忌”。藩下长史李天植等愤愤不平，勃然大怒：“国栋陷身旗奴，要不是先王（指可喜）赏识，破格提拔，岂能有今天！如今他既不替公（之信）辩白冤屈，又不遵旨将公送入京师听候勘问，却如此恣意妄为，是将图谋不轨。”他与心腹计议，将忘恩负义之人王国栋杀死。这件事，之信事先一无所知，因此也就不存在他跟李天植等密谋杀害王国栋的问题。以上见《尚氏宗谱》，卷2，“大房”。清官方却作了这样的记录：“尚之信谋益急，令其弟尚之节等阴纠党羽，诱杀王国栋，欲为乱。”《清圣祖实录》，卷90，19~20页。此系诬辞，不足为信。王国栋刚被杀，暗中监视尚之信的赖塔趁机出兵，将尚之节、李天植等参与其事的人一并逮捕。
尚之信的本意，既然自己被人告发，就应遵从圣旨“本身就法”。他坚信“媒孽之诬”是蒙蔽不了皇上的圣明的，他“见天（指圣祖）有日”，一切都会分辩清楚的。他正在被监禁，不想也不可能干出谋杀王国栋而“欲为乱”的蠢事来。他认为，这不但救不了他的命，相反只能伤害他。当他听到王国栋被杀的消息，不禁愕然，长叹不已，他认为这是“倒行逆施”，帮了倒忙，只能加重他的罪过。《尚氏宗谱》，卷2，“大房”。
在赖塔、宜昌阿审讯李天植等人时，他们一口咬定此事与尚之信毫无关系，是他们自己所为，自认责任和后果由他们来负。还有舒氏、胡氏也翻供，称：“之信无谋叛迹”，前揭发他的那份奏疏，都是王国栋伪造的，借她们的名义写的，她们根本就没有揭发过自己的儿子，也不知有这么回事。
然而，朝廷对此根本不予理睬，也不再调查。康熙十九年七月，朝廷即匆匆定议，并经圣祖批准，对尚之信及有关人员做出如下判决：“同谋者”尚可喜妻舒氏、胡氏从宽免死，并免家产籍没；尚之孝、之璋、之隆等都从宽，革职枷责。之信“不忠不孝，罪大恶极，法应立斩，姑念曾授亲王，从宽赐死”。其余如李天植、之信弟之节等都按律就地正法。原定让之信进京勘问，因而取消，就地处置。《平定三逆方略》，卷53，10页，《清圣祖实录》，卷91，19~21页。闰八月十七日，钦差奉命至广州，向之信宣读完旨意，赐一条帛，令其自尽。上午七时许，之信气绝身亡，葬于广州城西报资寺后山下。他的弟弟尚之节、长史李天植等人被押上刑场斩首。之信等人的妻子都籍没入官。《尚氏宗谱》，卷2，“大房”。圣祖又指示，尚之信所有资财，用来充作军饷；过去属平南王的私市私税每年所获银两，不下数百万两，“当尽充国赋，以济军需”《清圣祖实录》，卷91，21~22页。。
尚之信一死，其平南王藩亦随之撤去。他所属的人员编为十五佐领，被分入“上三旗”（即正黄、镶黄、正白），令驻广东。还有三总兵标下官兵，留下其中两总兵的官兵镇广州，剩一总兵的兵员都裁去。《清圣祖实录》，卷91，26页；卷96，22页。康熙二十年冬，又将其“属下旗员，俱应撤还京师，另行安插”。《清圣祖实录》，卷98，5页。至此，富甲天下的显赫一时的平南王藩也不复存在了。
康熙二十一年（1682年）正月十九日，圣祖和他的议政王大臣们又讨论对耿精忠及其骨干分子的处理。议政王大臣们先拟了一个处分意见：将耿精忠包括他的儿子在内共十人应凌迟处死，同党黄国瑞等十九人应予斩首。
圣祖表示意见说：“耿精忠身造罪孽，应当极刑。其子等都处以凌迟，亦有可怜悯之处，可否改为斩首？”凌迟之法，将使受刑者在极度痛苦中慢慢死去，而斩首却来得痛快，一刀下去，人头落地，几无痛苦。这种死法当然比“凌迟”要好得多。皇帝毕竟与众不同，在此表示了他的大慈大悲，对手无缚鸡之力而待死的人给予了怜悯之情，将凌迟改为斩首。
可是，他的臣子们却不这样考虑。大学士明珠说：“耿精忠之罪，较尚之信尤为重大。尚之信不过纵酒行凶，口出妄言，耿精忠负恩谋反，且与安亲王书内，多有狂悖之语，甚为可恶。”他的意思很明白，仍维持原议。
圣祖持慎重态度，说“耿精忠等人，事关重大，着议政王大臣会同九卿、詹事、科道各部门官员共议”。
这种大范围地动员朝廷各部门官员议耿精忠罪，徒具形式。因为罪名已定，皇帝意图已是明显，谁敢给精忠说情？更没有人敢提出减刑。二十日，议政王等大臣会议，还是照圣祖已表示的意见做出判决：将耿精忠等分别“凌迟”或处斩。圣祖当即批准。名单如下：
革去耿精忠王爵，凌迟处死；其子耿显祚革去散佚大臣，处斩；
精忠部属徐文耀、王世瑜、白显中、江元勋、曾养性、王振帮、蒋得、刘进忠等均凌迟处死；
判处黄国瑞、林芳孙、廖廷云、李似桂、夏季旺、吕应斗、武灏、司定猷、沈伟、郭景汾、罗万里、祖弘勋、陈仪、陈斌、吕八斩首。
以上各犯，立即行刑处决。
其中，耿精忠、刘进忠两人在处死后，割下首级示众。
在处理这一“逆案”中，仅赦免了田起蛟、金镜、李学诗、陈梦雷等四人的死刑，他们中有的是旗人，给予他的本主为奴；系民人的，要入官，给披甲新满洲为奴。以上见《清圣祖实录》，卷100，11~13页。
由撤藩而引起的一场战争，使撤藩不得进行，迫使朝廷宣布停撤。经过八年血战，才一劳永逸地解决了问题：吴藩在战争中被武力消灭，耿尚两藩也是通过武力，被强行撤去。其撤藩手段，不过是“擒贼先擒王”，分别把耿精忠、尚之信及其心腹逮捕处死，问题马上就解决了。
从已揭示的史料来看，我们有理由认为，圣祖对耿精忠、尚之信的处置，是一场有组织、有计划、有预谋的政治谋杀。圣祖撤藩，是既定国策，体现了满族统治者的根本利益和要求，当然也符合封建中央集权的要求。耿、尚连同吴三桂及其子孙，再推而扩之，累及他们的部众，都成了撤藩的牺牲品。
圣祖对他们采取的政策，前赦而后治，不能不认为是言行不一，背信弃义。在战争进行中，圣祖千方百计地招抚，许以种种诺言，无论有多大“罪过”，概行宽免，一律不究，官复原职，待遇不变，甚至稍有微劳，即加官晋爵，极尽笼络之能事。他的目的，就是最大限度地孤立分化吴三桂，并借用他们的力量来消灭吴三桂。当他大功告成时，这些人已无使用价值；相反，又视此等曾从叛的人为心腹之患，痛恨起他们曾从恶反对朝廷，尤其对其首要分子和骨干不肯放过，必罗致罪名予以彻底消灭掉，才肯罢休！
吴三桂被消灭后，耿、尚是必欲除掉的首要目标。平心而论，精忠、之信等“归诚”后，还是忠于朝廷的。精忠在沿海防剿台湾郑氏兵，夺回被占城镇，保住了海疆的安定。尚之信在广东、广西屡次征战，招抚，保固了广州及全省，在“归诚”前，已屡次密疏，要求朝廷进兵广东，他予以接应。即使暂时归名于吴三桂，不为所用，保固了广州不受侵害。祖泽清叛于高、雷州，他率部将其击败，立下了不少功劳。在逮捕他们后所加的罪状，多系不实之词，有的是望风扑影，甚至有的是无中生有。例如，尚之信的一个主要“罪状”就是他“投诚”后，在广州按兵不动，屡次征调他出兵，他以种种理由迟迟不行，其实，此言过分。当时广州确实不安定，叛兵进逼广州，如潮州、雷州等处的叛军势力尚强，他有自己的王府的利益在，不肯轻离广州去广西，也是有的。甚至也可以说，不那么忍心打吴三桂，这点隐私就算存在，但从根本上构不成新的“叛逆”行为！在判处精忠时，大学士明珠把之信跟精忠作了一番比较，说了实话，一语泄露天机：他称“尚之信不过纵酒行凶，口出妄言”。毋须解释，此意甚明，他没有把尚之信列入“叛国”“犯上”之罪，用今天的术语来说，他是犯刑事罪：纵酒行凶，随意肆虐他人。按律来断，以他亲王的地位，断不至判死刑！因为扯不上“叛逆”，也就不能处死。圣祖本意是把他调来北京“对质”，却改变主意，匆匆处死了事。大概怕夜长梦多，处决亦可息事。
至于精忠，以参加叛乱而论，他陷得最深，给清朝造成的损失也不小。这一点，他犯下的“情罪”的确比之信重得多。既然业经圣祖亲自赦免，爵位恢复，而他本人却也恭顺，未尝不可以不给条生路。然而，当天下平定时，又来算总账、旧账。正如明珠所强调：“精忠负恩谋反，且与安亲王书内多有狂悖之语，甚为可恶。”事属以往，既往不咎，为什么此时又推翻已许下的诺言？况且他的这番论罪并无新的叛逆事实，却以“归诚”前的罪行为据，来决定其生死。我们从官方《实录》或档案中看不到他们“归诚”后所犯罪行的记录，仅是
揭发人提供的简单而不明确的“事实”。这一切，都说明清朝必须让尚之信和耿精忠死，以绝后患，亦解“可恶”之恨！所以前列揭发精忠的那些具体罪状，多属似是而非，不足为据。如说，精忠与刘进忠“执手耳语”：“乞降非所愿。”试问：耿刘二人“耳语”，除了两人知道外，他人何能知之？徐鸿弼等作为藩下人揭发此条罪状，是怎样得知的？因此，类似的“罪状”，都无法令人信服！这才是欲加之罪，何患无辞！
他们被揭发，都是他们属下人甚至是他们的心腹干的。照情理说，他们随主人叛而叛，随主人顺而顺，已得朝廷大赦，彼此毫无损害，大家可以相安无事，他们没有必要再冒很大风险去告发自己的主人。结果，与人们的估计相反，这些人分别秘密地揭发，一告即准！须知，按以往成例，一个仆从人敢告王爷、亲王，是要犯重罪的！奇怪的是，连之信的生母与异母胡氏、舒氏也告发了自己的儿子！当她们明白真相时，急忙向朝廷申辩：此系王国栋伪造，假托她们的名义告发之信，不予承认。令人惊异的是，朝廷对此重大情节竟不予审查，极力回避，只说胡、舒两氏“饰言”掩饰而了之。这些迹象不能不使人怀疑，两藩的藩下人几乎同时“背主”揭发，难道是巧合？是否受朝廷暗中指使？否则他们何敢如此大胆揭发赫赫的王爷！如，圣祖暗中指使康亲王杰书做精忠的工作，授意他进京“陛见”，目的就是调虎离山，至京捕抓处置！精忠当然明白，他为了表明自己对朝廷忠心不贰，决心悔罪，便毅然来京。很清楚，精忠来京，是圣祖施的一条欺骗之计。精忠的弟弟昭忠等起来揭发，也令人怀疑是否受了圣祖指使的朝廷大臣的“启发”？这同胡氏、舒氏揭发儿子的情节何其相似！至于逮捕他们的办法和手段，完全都是预谋策划好的。
种种迹象表明，朝廷对耿、尚的处置，是有预谋的政治谋杀，不是因一般刑事处死。处死一人即可，还得处死其子、兄弟，再扩大至他们的部属。这就说明圣祖及其统治集团是把尚、耿视为一股政治势力或政敌，从肉体上加以彻底消灭的！对他们的首要人物施以最残酷的刑法，正表明圣祖对他们痛恨的程度。尚之信托了其父尚可喜的荫庇，死得倒“文明”些。
这里，特别要提到，康熙四十一年（1702年），圣祖给尚之信平反：“上（圣祖）廉知公（尚之信）贞诚，特旨赐公妻子归宗完聚，仍赐田房、奴仆，服役养赡。公有未婚女五人皆特恩择配，复赐奴仆妆奁。”他的子孙至雍正朝皆为官。此事不见《清圣祖实录》和任何官书，却载于《尚氏宗谱》。试想，圣祖平反，如无其事，尚家人何敢在雍正、乾隆两朝续修此谱书时记载此事！仅此一事可以证明，当初圣祖杀之信，完全是出于统治集团的政治需要。
自康熙始，清朝统治者把这场动乱称之为“平定三逆”，“三逆”者，吴三桂、耿精忠、尚之信是也！至近世，又衍为“平定三藩”。这不尽符合历史事实，倒是充分反映了清朝统治者的立场和观点。公平而论，尚之信称不上“逆”，耿精忠叛了一年多又“归正”，则当别论。这场战乱从叛者方面说，自始至终，都是吴三桂集团在起主导作用，耿精忠仍视为胁从，有过一段叛迹。因此，正确的提法，应是平定吴三桂叛乱。今人所称的“三藩之乱”等等提法，都是不妥当的。
三藩以外的人，还有一个重要人物王辅臣，他的结局，也未能逃脱一死，不过死法不同而已。
据清官方史书记载，王辅臣系“病故”，未曾受刀斧之伐。其实不然。他这个人颇有政治头脑，当康熙二十年七月，清军正围困昆明时，圣祖下诏，令他随经略图海进京“陛见”，《清圣祖实录》，卷96，25页。他便料知此去凶多吉少，打好了主意。行前，他命人取出库中银两，各分成一封，多的达百两，少的也有数两，皆用字写明。剩余一两万两，放在库中，封上印条，留下账簿一册，记载银两、杂物等项及数目。他怕累及部下，将其余旧账目全部焚掉。然后，召集诸将吏亲随人员说：“你们随我很久，东西南北奔走，犯霜露，冒矢石，受了很多苦，现在我即将跟你们分别，你们都要远走高飞吧！”他根据每人功绩大小，各给一包银子，说：“愿归田的归田，愿入伍的，速投别的军镇，谁也不要说曾在我这里呆过。”众将吏都痛哭不止。辅臣催促说：“你们快走，我的事由我一人担当，不连累你们。从今天起，我们就永别了！”他的部属都被遣散了，还剩下数十人，日夜与他们饮酒。八月二十九日，从汉中已来到西安，他照旧同门下人饮酒，饮到半夜，辅臣老泪纵横，对门下人说：“我起身行伍，受朝廷大恩，富贵已极，前迫于众人，做了不义事，又做不成，今虽反正，但朝廷蓄怒已深，岂肯饶我！大丈夫与其骈首僇于刑场，何如自己死去！可用刀自刎、自绳自缢、用药毒死，都会留下痕迹，将连累经略图海，还连累总督、巡抚和你们。我已想好，待我喝得极醉，不省人事，你们捆住我手脚，用一张纸蒙着我的脸，再用冷水噀之便立死，跟病死的完全一样。你们就以‘痰厥暴死’报告，可保无事。”门人们哭着劝谏，辅臣很生气，欲拔剑自刎，门人们这才同意，依其法行事。到天亮时，就以“厥死”上报，朝廷没有怀疑。《广阳杂记》，卷4，187~188页，参见《清圣祖实录》，卷97，14页。
辅臣如此死法，却是躲过了惩治。别的姑且不论，他杀害满洲重臣莫洛，正如精忠杀害范承谟一样罪大，甚至比精忠罪还重！但他“病死”了，朝廷也就放过了对他的人身惩治，令“停其世袭”之职。他的儿子继贞在父亲归降后，不仅官复原职，还被提拔为太仆寺卿。这时，既削辅臣的“世袭”，又罢免继贞之职，其家属归旗。《逆臣传·王辅臣传》，卷2，16~17页。由此可知，圣祖令辅臣进京陛见，是不怀好意的。他死后，其婿薛英等请携辅臣骸骨及家口回平凉。兵部不准，令将辅臣骸骨及家口一并送到京师。这不难看出，朝廷本意
是把辅臣调来京师，准备拿问的。《清圣祖实录》，卷97，14页。比较起来，耿精忠、尚之信却看不清楚“狡兔死，良狗烹”的道理，辅臣倒有先见之明。早在奉命进京之前，辅臣随图海驻汉中，圣祖频频给他父子俩加官晋爵，他不但没有欣喜，却惶惶不安，越发疑惧朝廷此意不善，曾自缢死过一回，被救醒过来。直到这次叫他进京，便预感朝廷要跟他算总账，不会放过他，让他不得好死，这才决心以此死法，哄瞒朝廷，使各方都不受牵累。
祖泽清，是明末辽东明将祖大寿第四子，他据广东高州响应吴三桂，康熙十六年“归正”，次年又叛。尚之信奉命率部迎击，曾一夜驰行一百八十里抵高州，泽清携家口遁入山中。十八年四月，圣祖明示：凡属从三桂叛的各处大小官员，不管出于何种情况，只要归降一概宽免。惟祖泽清父子受国家厚养，前叛时以为出于不得已，而降后复叛，可知他们父子“甘心从逆”，情罪重大，国法难容，不许招抚，亦不许其投诚，务令各路大军搜山擒获。至八月，泽清和他的儿子祖良梗等被搜出，押送京师。十九年二月，父子都被凌迟处死，他的几个儿子的家口也都被籍没为奴。《逆臣传·祖泽清传》，卷2，23~24页。
从康熙二十年年底攻下昆明后，至次年二十一年五月，圣祖又逐批处决了吴三桂属下已投诚的将吏，他们是：
原任贵州提督李本琛，以“从逆”论处，判磔刑，他的孙子李象乾、李象坤和民籍亲弟之子李济善、李济民一律处斩；《清圣祖实录》，卷100，14页。
三桂任命的将军王公良、王仲礼、巡抚吴谠、侍郎刘国祥、太仆寺卿肖应秀、员外郎刘之延等，“即行处斩”。原任清镇远副将、受三桂封为将军、镇远伯江义，以“情罪甚重”凌迟处死。以上被处死者的首级皆“悬示”。他们各自的十六岁以上的儿子一并处斩，家产籍没，其妻及未及成年之子，查交内务府，其余一般人员可分发山东、河南、湖广、江西安插。《清圣祖实录》，卷102，4页。
胡国柱、王绪、李匡已自缢、自焚死，他们的家属投诚。圣祖以胡国柱三人“情罪重大，伊等子弟法难宽宥”，“悉行处斩，妻女、家口、财物籍没，送交内务府”。《清圣祖实录》，卷102，5页。
彭时亨、谭天秘先叛于四川，后投诚，复叛，“情急归降”，以“罪恶重大”，“即凌迟正法”，割首级示众。《清圣祖实录》，卷102，18页。
仅据清官方记录，满洲人获逆罪被处死的有三人：原任布政使成额、笔帖式书舒处以绞刑，笔帖式巴席因参与甘肃巴三纲之乱，又系满洲人，“情罪甚为可恶”，判斩首，立即执行。《清圣祖实录》，卷101，8页。
以上各案犯皆系要犯，而没有载入官方记录的被处决的“从叛”或“胁从”之人，又不知凡几！这从圣祖的原则规定，可以知道被处死的人非常之多。这条规定是：“凡逆属旧人，及副将以上，悉令进京；参将以下，分插四省。”（指河南、湖广、江西、山东四省）又补充规定，其云南或别省后投靠到藩下的，释放为民，免迁徙四省安插。这样做的目的，是因为他们都是“为逆贼济恶之人，务使离逆贼旧踞之地，斯根株清而萌蘖不复生也”《八旗通志·蔡毓荣传》（初集）卷197，4609页、4612页。。这就是“斩草除根”的意思。
三桂藩中，副将以上的将官，究竟有多少？尚难统计，估计不会少于千名。所谓“逆属旧人”，是指“吴三桂名下真正家仆旧人”，在云南或别省投靠来的人，不在此内。一句话，清朝视为危险的是从早年就追随三桂、与他共命运的那批人。如在辽东时期，或入关后，辽东人投到他门下而被收留下来的人。清朝还把“逆贼所属匠役人口”，也包括在这批人之内！他们因为跟随最久，与三桂已结成了共同的利益，这些人才是三桂的“真正家仆旧人”。他们“助逆”最多，但未曾领过兵，未同清军对抗过，一律处死，处分太过；如留在云南，惟恐不知何时故态复萌，放将这批人悉数迁移北京。他们的人数远比副将以上的人多。据平吴后任云贵总督范承勋报告，他“通查伪包人（指王府服役人员）数”，据原档册报官役人共1 164名，而实际起发京师的达6 305名，还有续收候发的人口为120名。原藩下兵士，原档册报为22 558名，而已起发赴京师的则有27 552名，还有181名尚待续发。这就是说，实际清查出来的“真正家仆旧人”，包括其兵丁，比原报官记录在册的人数要多出不少。这说明，三桂当初有意隐瞒了藩下大量人口。《八旗通志·范承勋传》，卷194。4556页。
圣祖把人数众多的副将以上的将吏和三桂的所有旧人、兵丁悉数调到京师，是给予妥善安排吗？不是。朝廷要对他们逐个进行甄别，分清每人“从逆”情罪轻重，把那些他们认为“可恶”的“从逆”者统统查出来，然后加以消灭。这些未载入清官方档案，因为杀的人太多了，有失清朝和圣祖的德政，故修史时，未便纂入。但至今当年被流放的吴三桂的部下兵丁后裔仍说：他们的祖先早就传下话，当年凡副将以上的将领都杀头了。据四平博物馆赵殿坤同志说，他家住黑龙江省肇源县，祖籍是云南下关，即“小云南”。祖先就在吴三桂军中
任小头目，因为不够格，才留得一命，被放到现在的家乡当站丁，到他这一代已是第十四代。他们并没有读清史，但说法却与清官方记载完全吻合。不过，清官方没说杀头。这是不言而喻的，无须说明，是尽人皆可以想见的。
被杀头处死的人员，包括其家属，依今天看，尚未成年的男孩（16岁）也在被杀之列，累计何止千百人！而被处死的人的家眷、亲属，无不受到株连，或死，或没官为奴，家产全被没收。要把这些人也算在内，又何止成千上万！圣祖及其统治集团这样做，实则是对已放下武器的投诚人员的一次血腥镇压，是一次胜利者对失败者的疯狂报复。圣祖的政策和行动，最深刻地反映了清朝封建统治者的阴险和刻毒的本性！以此而观察圣祖前后言行，所谓“仁慈”何在？为何前“慈”而后狠？只能说明一个道理，为了达到自己的政治目的，可以采取任何手段和欺骗，而不受道义的约束！
圣祖屠杀手无寸铁的人，株连无辜，又使幸免一死的成千上万的人被流放，世世代代遭受苦役，而永世不得翻身。三桂的藩众除被处死之外，不管官吏，还是士卒都被流放边地。东北是主要流放地。康熙末年，据“羁官”于辽东的王一元所见，沿途看到许多站丁，蓬头垢面，生活极苦，问及他们，都说原是吴三桂的部属，被发来塞外充站丁苦役。一些佐领一级的将官也同士卒一样地位，不过，这些士卒还保持着以往习惯，称他们为“老爷”。王一元：《辽左见闻录》。
1888年（光绪十四年），任职漠河矿局，办文案，交涉事的宋小濂，著有《北徼纪游》，据他亲身经历，从伯都纳城（吉林省扶余市）至瑷珲计一千六七百里，共二十余个驿站，均为康熙年间抗击沙俄时所建。他曾询问过这些站丁，他们称：当年吴藩被平定后，其余党被遣发，赴极边充当站丁，他们是其后代。“他们非满非汉，至今（指清季末年）子孙不得入仕途，贫苦之状难以言喻。”《北徼纪游》，13页，黑龙江出版社，1984年版。东北地区是发遣罪犯的“理想”之地，路远，荒凉，苦寒，足以实施惩罚。康熙二十一年初，圣祖东巡祭祖，至乌喇地方（吉林市），“见其风气严寒”，内地发遣流放犯苦不胜寒，颇动恻隐之心，指示以后发遣发到辽阳即可。但他强调，“反叛案内应流人犯仍发乌喇地方，令其当差”《清圣祖实录》，卷102，15页。。三桂的余众自今辽宁、吉林，北至宁古塔、黑龙江沿岸，发遣东北各地为数相当多！
还有一些士卒被发遣到塞外喀喇河屯，（今承德市滦河镇），从事看守行宫的下贱职业。据调查，现居住承德市滦河镇一带，娄、刘、王、朴（念pｉáo）四姓，都来自云南，至滦河称宫省族，其祖先都是吴三桂的兵。平定叛乱后，他们被发遣到这里。不准当兵，只能看宫门打更，这一职业同站丁一样，为世袭，永远处卑贱地位！为谋生计，他们白天做小买卖，晚上打更。世代如此，直至清亡。据河北省社会科学院历史所副研究员袁森坡同志1979年的调查。
自康熙定下惩治吴三桂及其余部的条例，带来的后果是相当深远的。他把这一大批人的后代定为世世当贱民，永世不得翻身！他们的子弟不能入仕途为官，不能当兵，不能从事社会上其他正当职业，辈辈受人奴役，受人欺凌。连婚姻也只能在他们这一层人内解决，不能同其他阶层的人联姻。真成了“非满非汉”的特殊一层人。这的确不公平。试问，此事之后的一百年、二百年，他们的子孙对前事负何种责任？为何让这些无辜的子子孙孙受此苦役？显见，圣祖的遗策不知坑害了多少人家，扼杀了多少人才！真的，如果清朝不垮台，这些成千上万的子子孙孙将继续受苦，受迫害。
吴三桂发动兵变造成一场全国性的内战，无疑是人间的一场悲剧。可是这个悲剧延续的时间太长了！如此世代的加以迫害，为历代所少见！这个责任首先要由圣祖来负，圣祖的子孙也不能脱卸责任。这在一定程度上反映了满族统治者对汉人的民族偏见和存有相当深刻的戒心。