据守湖南的吴军像大海退潮一样，退到云贵去了，蜷缩在陕西兴安、汉中及四川一隅的叛军也在很短的时间里，被势如狂潮的清军扫荡干净。现在，清军攻击的目标，很自然便转向了云、贵，对三桂的继承人——吴世璠的政权来说，其存亡仅在指顾之间。然而，世璠和他的辅政将吏并不甘心束手就擒，他们还要战斗下去。一场争夺与坚守云贵的最后决战即将展开。当清军分别在湖南、四川、广西等省胜利进军时，圣祖就决策进兵云贵，并着手进行军事部署。
康熙十九年(1680年)三月，将军赵良栋奏请以湖广、广西、四川满汉大军分三路进取云贵，约期八月底，诸路齐进，直捣云南。圣祖接受建议，立即按此选将命官，调遣军队。
夺取云贵，是清朝平叛的最后的也是关键的一战，朝廷已估计到必然会遭到世璠集团的拼命抵抗，如仍依靠皇室贵胄统帅军队，很难完成这一战略任务。鉴于以往一些将帅征战不利，还有的统帅如贝勒尚善、莽依图已先后病故于军中。这样，为夺取这场战争的最后胜利，必须对原将帅进行调整，慎重选用新的统帅。因此圣祖下令，将安亲王岳乐、顺承郡王勒尔锦、康亲王杰书、察尼等王贝勒都解任，调回北京。他们曾分任湖广、荆州、浙江、陕西等方面军的统帅，多以征战不利，屡遭圣祖痛斥。回京后，勒尔锦、察尼及已故的尚善等王贝勒及其有关的一批将领都受到了严厉处分。《平定三逆方略》，卷55，1~4页。
圣祖把这些人撤下来以后，马上选拔新的将领，担任三路大军的统帅，他们是：
第一路即中路，统帅为“定远平寇大将军”贝子章泰。他是饶余亲王阿巴泰之孙、博和托之子。顺治八年(1651年)封镇国公，同年晋封固山贝子。九年，袭父爵，仍为贝子。吴三桂叛后，随大将军贝勒尚善，参赞军务，以敢战善计谋屡立战功。康熙十八年十一月，圣祖命安亲王岳乐解印回京，即以章泰接替岳乐，命为“定远平寇大将军”《八旗通志·章泰传》(初集)卷138，3653~3654页。。将岳乐撤下后，由他接任这一职务。其次是湖广总督蔡毓荣，于康熙十八年十二月被任命为“绥远将军”，总辖常德、武冈等处所有各省调拨官兵及湖广全省绿旗兵马。总督董卫国、周有德、提督桑额、赵赖、周卜世，俱听其节制。湖南现有文武官员听其遴选，携赴军前调用。有功者，可“具疏奏闻”，论功行赏；如有临阵退缩、运粮违误者，副将、知府以下各官“即以军法从事”，副将以上各官，“可指名飞章参劾”《平定三逆方略》，卷49，1~2页。。此路大军都到湖南沅州集结，由镇远一路取贵州。总计兵数，“每佐领二十人有奇”，再加上蔡毓荣及董卫国等总督及提督所部，兵数“甚多”《平定三逆方略》，卷51，11~12页。。
第二路统帅为赖塔，他是太祖时额驸康果礼第四子。三桂叛时，他以都统被授为“平南将军”，先至浙江平叛，后至福建、广东等沿海地区驻防，屡次立下战功，为圣祖所赏识，于康熙十九年(1680年)九月授为“征南大将军”，统领广西满汉大军及选取驻广州清军精锐、原属平南王藩下的部分官兵，由广西南宁出师，速取云南。《平定三逆方略》，卷54，5~6页，参见《八旗通志·赖塔传》，卷152，3870~3871页。
第三路统帅为“勇略将军”赵良栋。他以“勇略茂著，操行廉洁”，深得圣祖的欢心，于康熙十九年正月末，授予云贵总督仍兼将军，统领四川与陕西满汉及绿旗兵，由四川分两路进兵，先取遵义，后进贵州。《平定三逆方略》，卷52，12页，卷53，2页。
每路兵力多少，三路大军总兵力有多少，圣祖在调兵时必有明确的指示，但官书如《清实录》、《平定三逆方略》等均不载。迟至康熙五十九年正月，圣祖在对议政大臣的谈话中，忆及往事，才透露出当年的用兵数，据他说，“征讨云南时，满汉官兵合计40余万”《清圣祖实录》，卷287，2页。！估计当时清朝在全国的兵力近百万。据顺治年间官方统计，绿旗兵已达60余万，如加上八旗兵，当不少于百万。圣祖动员了全国一半左右的兵力倾注于云南一隅之地，其意必欲踏平世璠固守下的昆明！在这40余万的清军中，当然还应包括为战争服务的军役人员，如转运粮饷及其他辅助性的非战斗人员。不管怎么说，圣祖动用如此之多的兵力，实为可观。在此之前，各个战场上的清军总数远不止40万。因为在部署进攻云贵时，圣祖已裁撤了部分满洲兵，把大部分蒙古兵、乌拉(吉林)、宁古塔兵都撤回去了。康熙十八年六月；一次就决定驻防常德的蒙古兵400余人、在澧州的2 300余人、松滋、宜都两处共500人、荆州的2 000余人，驻岳州的600人一并撤还。再有，驻全州、永州的蒙古兵1 700余人亦撤还。在新宁等处还有乌拉、宁古塔兵1 200余人，待破除新宁叛军后即行撤还。《平定三逆方略》，卷45，13~14页。生活在北方和东北地区的蒙古兵、乌拉与宁古塔兵不耐南方湿热的气候，把他们长久地留在南方，是不适宜的，而且云贵山多峻岭，沟谷纵横，专事骑射的蒙古和宁古塔兵无法发挥其长技。所以，在对云贵的战斗中，他们的作用就显得不足了。这次进征云贵，圣祖主要征调了很有战斗力的绿旗兵即汉人的部队，其次是汉军旗的汉兵也较之满洲八旗兵能战斗。这一点，已在同三桂、王辅臣及耿精忠等叛军的一系列战斗中得到了充分的证明。圣祖考虑到云贵山地多的地理特点，特指示行军作战皆由“绿营步兵居前，满骑继后”。他启用汉官蔡毓荣征云贵，由他“节制汉兵先进”。《圣武记》，卷2，70页。这就是圣祖说的，汉人的叛乱，由汉人平息。
吴世璠在云贵的兵力，史书没有记载，从各种情况分析，估计地的总兵力约十万人左右。云南是吴氏政权的根本。其兵力要多于贵州。由于历年征战，加之最后的大溃败，逃走、伤亡的，还有被招抚招降的，为数不少，使他的兵员损失相当严重。从湖南撤回去的兵员寥寥，而一直驻守云南的军队，不断被增调到前线，不足之数，由当地壮丁补充。还在康熙十四年时，留守云南的郭壮图以兵员紧张，不得不“括庄民为兵”《庭闻录》，卷5，7页。。到全线溃退时，守云南的兵力进一步减少。圣祖以四十余万之众对吴世璠之寡兵，真是以石
击卵，岂能不破世璠的最后顽抗！
经过充分准备，并制定了取云贵的基本战略后，康熙十九年九月二日，圣祖下达指令，“各路大军，如期进剿”。湖南一路的统帅大将军章泰提出报告，他所属部队已完成在沅州的集结，决定由蔡毓荣等统帅绿旗兵，分兵三路，将于九月十二日从沅州发兵；他本人将率满汉兵于十八日随后启行，共取贵州。《平定三逆方略》，卷52，1页。圣祖批准了他的进兵计划，同时通知广西、四川各将军、总督等出征将官，“俱令如期速行剿贼”。
正当清军“士奋马腾”，即将出师时，突然，从四川又传来发生叛乱的消息。原来，郭壮图等得知清军即将进剿云贵，便挟世璠进屯贵州，以拒清朝大军，并选派胡国柱、马宝、王会、高启隆、夏国相等为将，突袭四川，目的是牵制清军，分散其兵力，使之不得进云贵。四川清军不及备，连失泸州、叙州、永宁、建昌、仁怀等地。已降清的叛将谭洪、彭时亨等乘机再次叛变，夔州府百姓也随之而叛，谭洪一时得逞，率众至巫山，据守万县。
四川形势出现反复，使朝廷感到吃惊。它最担心的是，四川的叛军如跟贵阳的吴军“合势”，一旦“猖獗”难制，势必延缓清军向云贵的总进攻。圣祖对此不敢忽视，除了敕令四川官兵进征，还忙从进攻云贵的大军中调出部分满汉军扑灭叛乱。他派徐治都等将官会同将军噶尔汉等部“速赴夔州”，执行“剿贼”任务，《平定三逆方略》，卷54，4~5页。另遣将军王进宝等往镇“要地”保宁地区，兼守汉中诸处。《平定三逆方略》，卷54，8页。圣祖初以为谭洪等“小丑”成不了什么气候，“不日歼灭”，《平定三逆方略》，卷54，5页。但实际情况比预想的要严重得多。谭洪、彭时亨在攻占永宁诸处之后，又陷涪州，两军合而为一，已进至保宁附近地区，切断四川饷道。圣祖忙遣派陕西总督哈占速赴保宁。哈占以兵不足，再请援兵。圣祖迅即指令护军统领佟佳等“速往应援”，甘肃巡抚、提督各臣分兵固守略阳(陕西略阳)、阳平各处。四川叛乱如此“猖獗”，圣祖痛斥守川诸将“畏怯瞻顾，不竭力剿御所致”《平定三逆方略》，卷55，7页。。
四川再度叛乱，打乱了从四川进军云贵的战略部署，原定赵良栋统师出征云贵，也“不能如期进定云南”，专力于平息谭洪等人的叛乱，《平定三逆方略》，卷54，17页。但这一事件并没有影响到其他两路军出师，圣祖仍督令章泰、蔡毓荣、赖塔等仍按原定日期出师。
康熙十九年(1680年)九月十二日，蔡毓荣部自沅州率先出师。沅州正靠近贵州东部的湖南境内，有一河，名沅水(贵州境内段称沅河)，可从沅州直通贵州镇远。清军借助水陆之便，迅速进入贵州境内。在同后继部队大将军章泰部会合后，向镇远进发。守城的吴军将领张足法、杨应选等，未作任何抵抗，已于清军到达的前一天夜里悄悄逃走了。清军没费一箭一矢，于十月十二日接收了镇远府城，派出轻骑兵西追，收复偏桥(镇远西)等地。
圣祖自京中发出指令，以七百里加急，昼夜飞驰到镇远。他写道：“镇远至贵阳，道平坦，料贼不守贵阳，必据鸡公背、铁索桥诸处。”他要求各将帅、大臣等“务同心协力，以济大事，速取贵阳，即分兵取遵义”。他特别提醒诸将：遵义乃是叛军的后路，突入四川的吴军“势必退归”。因此，在川的各将领要“乘势长驱，荡平疆圉”。在这道指令中，圣祖还要求赖塔等部统领广西满汉大军“速进云南”《平定三逆方略》，卷54，I6~17页。。
章泰与蔡毓荣、董卫国、林兴珠等各将官按圣祖指授的进兵方略，督率满汉大军直取贵阳。他们从镇远出发，先后夺取清平等城镇，于十月十七日大破吴将韩天福部，夺取了平越州，同时还收复平越西的新添、龙里(今仍名)两镇。贵阳遥遥在望。章泰、蔡毓荣不给吴军以喘息时间，挥军速进，于二十一日直抵贵阳城下。
在清军刚出兵贵阳时，吴世璠急召夏国相、高启隆、王会等速从四川还军援贵阳，令马宝、胡国柱等继续在四川作战。援兵未到，清兵已进至贵阳郊区。世璠惊慌失措，与其将领刘国炳、叔父吴应期等率众乘夜逃回昆明去了。于是，贵州省城贵阳及轻易地为清军所得。世璠的侍郎郭昌同文武官员202人投降清军。经章泰招降，原任清提督李本琛率大小文武官员上缴伪印札归诚。
章泰挥军奋进，于十一月初，先后夺取了安顺、石阡、都匀、思南等城，平远(织金)知府郑开枢等献平远城投降。十日，清军进至永宁州，击败吴军，夺取了永宁，突至鸡公背。一万三千余吴军见守不住，焚烧盘江铁索桥，慌忙逃走。《平定三逆方略》，卷55，12页。盘江铁索桥是云贵间的咽喉，清军夺据，可以长驱无阻，直抵昆明城下。普安土司龙天佑、永宁土司沙起龙、礼廷试等迎清军投降，表示愿架设浮桥，帮助清军顺利地渡过盘江。
贵州省基本平定。章泰、蔡毓荣等在贵阳“秣马已经月余”，正在等候圣旨进兵命令，忽闻平远府被吴军攻下。原来吴世璠以高启隆为大将军，会同夏国相、王会、王永清、张足法等，共两万人马，一举攻陷了平远府。清大将穆占统兵反攻，于康熙二十年正月二十二日将吴军击败，高启隆败逃，王会等率领部下投降。平远府再次被收复。圣祖下了一道严令，即速取云南。于是，大军浩浩荡荡直奔昆明。《清史稿·吴三桂传》，卷474，12850页。参见《平定三逆方略》，卷56，1页；《八旗通志·章泰传》，卷138，3655页。
世璠逃回云南后，吴氏集团已处于崩溃之中。他的叔父吴应期是吴氏集团中的一个核心人物。他从湖南逃到贵州，曾去朝见世璠，因为是自家人，留在内庭款待。在酒宴席上，应期想到这一连串的失败，眼看连自家性命也难保，便把一切责任推到方光琛身上，大骂方光深是“首祸”，追悔莫及。国相等内外亲属都在场，被他这一骂，皆痛哭失声。他们已感到末日来临，后悔当初起兵，才落得今日之下场！但为时已晚，事到如今，也只有挣扎下去了。应期此次随从世璠从贵阳逃回云南，一路上招集散逃兵士，又得一两千人，至交水(今曲靖附近交河)驻扎，没有去昆明。他的打算是，重新集结逃散的吴军，企图回昆明搞宫廷政变，废弃世璠，取而代之。此时掌实权的是世璠的岳父郭壮图，他已掌握应期的动向，不待他有所行动，便跟大将线密谋此事。策划后，线便打着受壮图派遣的旗号，率部援贵州，至交水，骗应期慰劳军队，乘其无备，将其逮捕，当场用绳索勒死。壮图得到已处死应期的密报，也立即在昆明下手，把应期的两个儿子世琚和世珵一并勒死。参见《庭闻录》，卷5、《平吴录》、《平滇始末》。应期父子一死，吴氏政权便牢牢地掌握在郭壮图手中。世璠还未成年，不过十五六岁，凡事都决于他的岳父。内部倾轧，骨肉相残，进一步削弱了吴氏政权的实力，人心继续涣散下去，愈发不可收拾。
在湖南刚平定时，康熙十八年五月，大将军察尼曾派人赴云南招抚郭壮图，信中说：将军于平西王“属半子”，“大权在将军掌握，而雄才大略又足以左提右挚”，如能密图“归正”，将首推第一功，“胙土分茅以酬”。同时还给夏国相一封招降信。《明清史料》第10本，980页。郭、夏为三桂的心腹至亲，不会轻易出降，对招降置之不理。圣祖欲招降昆明，均归无效，只有用武力解决了。他正确地估计到，“目前逆贼困迫已极，旦夕危亡，若不乘机剪除，恢定滇土，更需何日”！他再次命令章泰尽速进兵，不得推诿延迟。因为章泰恢复贵州后，先借口“秣马”，逗留不进；后又以叛军势大而推诿，按兵不动。圣祖决意取云南，下了一道严令：如仍“逗留”，不疾速进兵，将以重罪论处。《平定三逆方略》，卷56，3页。康熙二十年(1681年)正月，章泰起兵前进。
当章泰恢复贵阳时，圣祖就下令，赖塔一路广西大军速由南宁出兵云南。康熙十九年十月下旬，赖塔奉命，率领大军从南宁出发，经田州(田阳)、泗城(凌云)，抵西隆州(隆林各族自治县)，于十一月十五日进入云南边境。《八旗通志·章泰传》，卷138，3655页。吴将何继祖等聚兵万余，在离安笼所三十里坚守石门坎隘口。此地高耸云天，羊肠石径，易守难攻。赖塔派都统贝勒希福、马奇等率前队清兵先进攻，他与金光祖等诸将分兵二队，作为后继。次年(康熙二十年，1681年)正月一日，清军乘势进攻，大败吴军，夺取了石门坎隘口，收复安笼所城，吴总兵陈义魁等率众迎降。《八旗通志·赖塔传》，卷152，3871页。
何继祖自石门坎败逃，至新城所，会合吴将詹养等，又聚兵两万余人据守黄草坝，用大象迎战。二月二日，赖塔督率满汉清兵进战，从早上五六时战至午后二三时，终将吴军击败，夺取二十二营，俘获詹养、王有功及吴军一千余人。赖塔率大军继续进兵，从黄草坝奔曲靖府，吴总兵尹士元、道员刘世忠率将吏不战而投诚。然后，遣兵取交水城(云南沾益北)，断吴军中路，吴将线败走《八旗通志·赖塔传》，卷152，3871页。。
线是在北盘江江西坡(贵州晴隆与普安之间)被章泰部击败后而逃到交水城的。江西坡之战打得十分惨烈，章泰于二月初五日至安南卫，八日进至江西坡。线率吴军万余人拒战。江西坡崇隆险峻，曲折盘旋，绕山而上，如缧纹。吴军依险，出大象布阵。还没交战，清兵及其战马就被大象吓惊，回头奔溃，蔡毓荣派正红旗兵督战，却制止不住。吴军驱赶大象趁势而进，清正红旗兵也返身奔逃。清军疾走两日夜，方停止退却。清兵“死尸山积”，大约死于吴军之手的，有十分之二三；互相践踏，被大象踩死、自相争着逃命而彼此格杀而死的，约占十分之六七。至康熙末年，在坡下种地，往往锄犁出白骨，可见当年这场战斗伤亡之多。见《庭闻录》，卷5。参见《清史稿·吴三桂传》，仅载：“师初战，为线等所败。”而《平定三逆方略》、《清圣祖实录》、《八旗通志·蔡毓荣传》及该书《章泰传》等皆不载此次失败。
过了两天，章泰令总兵白进功等再发动进攻，至砂子哨，吴军驱大象下山拒战。清军分三队继进，战斗自中午至傍晚，清军力战，吴军始败，线乘夜逃走。章泰派都统龚图等追击，追至腊茄坡，再战，又将吴军击败，线才率残部退保交水城，结果又被赖塔部击败，章泰击败线，清军恢复新城所、普安州。同时，穆占也收复了黔西、大定诸府州，活捉吴政权巡抚张维坚，斩于军前。《八旗通志·章泰传》，卷138，3655页。参见《平定三逆方略》，卷57，3页。
康熙二十年(1681年)二月十五日，章泰部至交水城。遂与赖塔所率广西清军会合。按，二军会合地点，《清史稿·吴三桂传》载，会于嵩明州(崇明)。《圣武记》与《平定三逆方略》则记曲靖府。而《八旗通志·章泰传》则明确记载2月15日至交水，与广西兵会合。又记：“两军于十九日齐至云南……”考交水隶曲靖府，且距离甚近，故以曲靖代之，细则以交水为准。
章泰、蔡毓荣、桑额等所率湖广大军与赖塔所率广西大军各自冲破吴军的阻击，终于实现了战略大会师，这是清军的一个重大胜利。两军自交水分路齐进，于二月十九日进至昆明郊区四十里外，在归化寺附近立营。寺西北金马山，正北鹦鹉山，寺左右为石虎岗，城北山，都成了清兵的壁垒，军容之盛，令人望之不寒而栗。《庭闻录》，卷5，《八旗通志·章泰传》，卷138，3655页。
二十一日，郭壮图遣发将军胡国柄、刘起龙、黄明率马步军万余人出城三十里迎战，驱大象五只上阵。章泰军排于左，赖塔军排于右，从早晨至中午，大战不已。吴军又被击败，清军追至昆明城下，阵斩胡国柄、刘起龙等将官九员，俘获吴军六百余人。《平定三逆方略》，卷57，4~5页；《八旗通志·章泰传》，卷138，3656页；《八旗通志·赖塔传》，卷152，3871页。。两军一齐推进至昆明城下。世璠毫无降意，坚闭城门，等待在四川的马宝、夏国相、胡国柱等应援。赖塔与章泰虑及世璠坚守，清军攻城必有伤亡，便决定掘壕围城。选择近城的南坝、萨石街、走马街、双塔寺、得胜桥、重关等处，“扼吭立营”，连营数十里。章泰还广布檄文和圣祖旨意，派遣官员招降吴将士。不久，大理府的“定远大将军”、“东平公”张国柱、姚安府“亲军车骑后将军”刘汉章、临安吴军总兵徐衷明、李玉彬、范应泰等，以及永昌等各镇吴将纷纷投诚。《八旗通志·章泰传》，卷138，3656页。接着，吴将韩天福率官兵以武定府降清。还有从四川逃回的“亲军铁骑左将军”杨洪德、将军赵玉、杨开运、高启隆、刘魁等一大批将官各率所部官员士卒相继至清营投降。《平定三逆方略》，卷57，12页。
圣祖得知在川的吴将马宝等将回军云南援救，迅速发出指示，严令将军佛尼勒、赵良栋等各统官军“速行蹑击”，使之不得至云南，就地全歼，如不遵此令，有失军机，将以贻误军情重处。《平定三逆方略》，卷57，5~6页。
果然，马宝部已撤军，胡国柱也弃叙州，企图奔云南。驻永宁的吴将宋国辅感到势孤难支，向清军乞降。清军于三月十五日进永宁城。《平定三逆方略》，卷57，7页。
至四月，四川叛军基本被击败，谭洪刚病死，余众已瓦解，不足为虑。圣祖及时下令，调将军噶尔汉同总督哈占、将军赵良栋率部“速进云南”。《平定三逆方略》，卷58，2页。赵良栋接到命令，亲统绿旗兵自雅州起行，哈占也于五月十一日进兵。《清圣祖实录》，卷96，8页。
五月间，被三桂封国公的马宝、将军巴养元等从遵义奔回云南，携妻子驻楚雄。大约在此时，圣祖向马宝发出招降的谕旨，只要“悔罪归诚，将尔从前抗拒之罪俱行赦免，仍论功叙录……”圣祖招抚马宝的谕旨，为一残件。见《明清史料》丁编第10本，983页。此件写于何时？下缺，不得而知。从行文内有“乃行败遁，今复窃踞一隅”语，可知约当马宝窜居楚雄或稍前之时，似无疑问。但马宝没有接受。章泰遣都统希福统兵进击，追至乌木山，马宝全军覆没，仅以身免，逃到姚安山中，收集溃卒还不到百人。他无处可逃，会同巴养元于七月五日至姚安府希福军缴印投降。《清圣祖实录》，卷96，24页。与马宝、巴养元一起投降的还有将军赵国祚、郑旺、李继业、总兵郎应基等。马宝到姚安府这天，他身穿“幅巾深衣”，坐在八人抬的轿上，招摇过市，对人说：“我不出，必使很多人受连累，我不惜一死，是为了救一方百姓。”气色慷慨悲壮，俨然勇士一般。他从姚安被送到楚雄。清提督桑格出城迎接，表示恭敬之意，马宝很高兴。过了几天，有一次桑格同他夜饮，喝了一阵酒，他忽然心有所动，停下杯，不禁老泪纵横，涕泪沾须。他大概自知难逃一死，心中悲伤吧！不久，他又被送到云南。这时，圣祖下达了对马宝的处理决定。谕旨说：“逆贼马宝，所在抗拒大兵，今无地可遁，力穷势迫，始来投诚。殊属可恶！所犯情罪重大，断不可宥。大将军贝子章泰等，其执马宝，拨官兵严解来京。”命令将马宝与巴养元押送京师。九月末，经议政王大臣会议，圣祖批准，在北京将马宝处以凌迟酷刑。受刑时，他不发一声，至疼痛难忍时，才“哼哼”几声。最后，刀至洞胸，才大叫一声而死。头被割下示众。《逆臣传·马宝传》，卷1，37页；参见《庭闻录》，卷5；《清圣祖实录》，卷97，20页。
吴氏集团中另一个重要人物胡国柱及属将王叙等，从姚安逃散后，遁入鹤庆(属云南，今仍名)、丽江(属云南，今仍名)一带山中。赵良栋、哈占奉旨搜拿。都统希福、提督桑额率兵追捕。《清圣祖实录》，卷96，25页；卷97，6页。
吴三桂的女婿夏国相及其部众，被清军打散，他带少数随从奔入广南(广西境内)，躲避清军的追剿。《清圣祖实录》，卷98，16页。大将军章泰、赖塔檄令土官侬朋与防守临安总兵官李国梁率兵追击。康熙二十年十一月初，直抵西板桥，将夏国相及其随从将官包围，堵住逃路。夏国相见无路可逃，决定放下武器投降。他带领将军王永清、黄福、李攀龙、杨松魁，率属下官兵至清营，各缴帅印、官印投诚。章泰、赖塔接受投降，经议定，将李攀龙等斩于军前。夏国相“为三桂婿，乃贼渠著名者，宜送京师正法”《清圣祖实录》，卷98，16~17页。
胡国柱一行逃到云龙州(云南云龙南)青里屋，都统希福紧紧追赶。国柱自料无法逃脱，征求幕客王愈扩的意见。王说：“君侯不见落花吗？或缤纷于裀席之上，或狼藉于泥土之中……”他还没说完，国柱已明白他话中的意思，连说：“说得是，说得是！先生爱我，敢不受命。”
次日，他准备死，对他的家人说：“我位至大臣，死是应当的，我只担心清军搜索不到
我，怕是连累了你们。”他命从人将他的决定告诉部从。待家人都出去后，他在屋里自缢。至气绝身死，吴军统帅之一王绪与李匡为他发丧，祭奠尽哀。他们两人把自己的家私散发给余部，让他们各谋生活去。命人堆积木柴，底下放进火药，然后，两人坐到柴堆上，纵情饮酒。至酒酣，王绪对仆人说：“你们去告诉我的两个妾，她们可以不死，赶快逃生去吧！”不一会儿，仆人急忙跑回来，说：“二妾已悬梁自尽了。”王绪慨然而叹：“她们也能死吗？”他转而命仆人：“可以点火了。”仆人慢慢地点着了火，一接触火药，顿时烈焰飞腾，发出劈里啪啦的巨响，王绪与李匡迅即消失在烈焰之中。
王绪与李匡自焚死，转瞬间化为灰烬。一切都过去了，将军王公良等率余众赴清营投降。以上见《庭闻录》，卷5、《平定三逆方略》，卷59，30页，《清圣祖实录》，卷98，17页。
吴世璠及郭壮图期待马宝、夏国相等人的外援都化为泡影，但他们不愿投降，仍在死守昆明。清军围城已达半年多了，还没有破城的希望。由于清军不服水土，生病的与日俱增，病死的也日益增多。粮饷不继，已发生饥荒，清军的日子很不好过。城内的粮食接济不上，生活也一天比一天困难。双方继续僵持着。
康熙二十年(1681年)九月十六日，圣祖向围城的将士又下了一道命令，催促他们速取昆明：“云南省城围困已久，若不速为克取；未免劳敝兵民，靡费粮饷。今逆贼外援已绝，株守孤城，穷迫已极。”如果继续“迁延时日，待贼食尽，恐粮饷渐至于虚糜，兵丁亦苦于疾病”。他要求章泰、赖塔等“速行攻取云南省城”《清圣祖实录》，卷97，16~17页。。他特别提到，军中有不少是投诚的吴军将吏士卒，应该叫他们攻城建功，以赎前罪。《平定三逆方略》，卷59，6页。圣祖这种策略，可谓以毒攻毒，即以吴军攻吴军，一则可以减少八旗兵的牺牲，一则以“赎罪”，可得这些人的死力而收攻城之效。
昆明久攻不下，固然是世璠集团拼命死守，但主要原因是清军离城四十里安营远驻，一面临昆明湖，一面倚山，围困不严。特别是昆明所赖水运昆明湖南北百里，并未封锁，任其舟船往来，没有人查问。原来驻守昆明湖一带的安宁、晋宁、昆阳、呈贡四州县的清军大都是吴三桂的旧部，他们不能看着困在城内的亲属和部属同僚挨饿，所以没有严加封锁，随便让城内船只出入，转运粮食。城内有粮食供应，便加强了守御到底的决心。当统帅部发现后，断然采取措施，撤换驻守昆明湖一带的吴军旧部，改派八旗兵驻守，从而切断了城内的粮食来源。
九月，赵良栋平定四川的叛乱后，率宁夏兵渡过金沙江，经武定、绵竹，抵昆明，与章泰、赖塔两路大军会师。赵良栋贯彻圣祖的作战方针，力主断昆明水道，从速攻取。在此之前，虽已加强了对昆明水道的封锁，仍然没采取更有力的措施，城内的船只仍不时出入。经赵良栋提议后，在昆明池内置“横筏施楼橹”大船，设置水军，往来巡逻，这才彻底切断昆明与外界的水运通道。至十月，城内粮绝，“人相食”。在这种情况下，良栋坚持速攻，说：“我等大军连营四布，不就近速战，等到日久，米粮不继，满兵无妨，绿旗兵何以存立？”满洲与绿旗兵待遇不平等，凡粮饷都先满足满洲兵的需要，而绿旗兵还经常受其凌虐，为他们做杂役，备尝苦累。所以围困越久，绿旗兵的生活就越困苦。但章泰却不顾绿旗兵的死活，只顾全满洲兵的利益，不同意速攻，说：“皇上豢养的满洲兵，岂可轻进，委之于敌人？你的军队远道而来，也应休养一段时间，怎能让他们再受伤损！”表面上，他倒是兼顾了满洲兵与绿旗兵的利益，实际上害怕进攻遭到损失。赵良栋见他按兵不动，就自率所部发动进攻，力战夺取土桥、新桥、至得胜桥，直抵昆明城下。他的部众远路跋涉，没有休息就投入战斗，疲惫到了极点！章泰又说：“你部已过度劳累，应先撤回，可叫总督蔡毓荣率兵据守。”良栋拒绝说：“我兵死战所得之地，怎能交给他人看守！”章泰无法，于十月八日，只得下令各军进兵，直至城下，围困数重。《清圣祖实录》，卷287，3页，参见《清史稿·赵良栋传》，卷254，9775页。
清军直进至城下，吴世璠被迫遣兵，出城迎战，在归化寺附近激战多时，终被清军击败，赖塔部进至银锭山，蔡毓荣夺重重关与太平桥，赵良栋、穆占、巡抚王继文夺玉皇阁。三路军分拨后，开始连续数日夜猛攻，世璠与郭壮图惊慌失措，眼看城将被攻破，却计无所出，一筹莫展……
清兵进抵昆明城下，与城上吴军相视，已近在眼前。章泰等统帅在加紧攻城的同时，又展开政治攻势，向城内射出一封封招降书，进一步动摇了吴军的军心。城内食已尽，一酒杯米价值高达白银一两！人都饿死了，又面临清军日夜攻击，无处可逃，城旦夕可下，都感到无生路。城内吴军包括将领也无心守城，打算早降，不失为死中求生。十月二十二日，吴将余从龙、吴成鳌悄悄出城投降，将城中虚实如数报告了清军统帅。章泰等人知城内已到了山穷水尽的地步，亲自督战，各路大军猛攻，四面逼城，又密派余从龙进城招抚……
康熙二十年(1681年)十月二十八日，吴将线、吴国柱、吴世吉、原任都统何进忠、林天擎等密谋，准备发动兵变，欲逮捕吴世璠、郭壮图献给清军。世璠得到这一消息，立即穿上皇帝的服装，登临大殿，举刀自刎，一刀未死，又照喉管猛刺一刀，血流如注，一头栽倒在血泊之中。死时才十六岁。关于吴世璠死时年龄，各书多不载，今从《平吴录》。他的皇后郭氏投环自缢死。宫中从死的达百余人。线等拥兵闯入郭壮图家，当即杀死壮图心腹郭得胜。壮图闻变，和他的儿子郭宗汾皆自刎死。城中顿时大乱。线等人又擒住三桂的大学土方光
琛及其子学潜、侄学范首要分子，接管了全城。
次日，二十九日，线等将官打开昆明城门，向清军投降。清军破城日期，官书如《清圣祖实录》，卷98、《平定三逆方略》，卷60及《平吴录》、《庭闻录》皆记十月二十九日。惟蒋氏《东华录》将此事记在十一月，不知有何根据。
数十万军队集于昆明地区，围城、进战近一年，备尝劳苦。及至昆明城降，诸将以军士劳苦，请求准许他们进城抢掠，作为对他们的赏赐。三桂在昆明经营多年，财富充溢府库，美女藏后宫，这些都引起清将领和士兵的垂涎，都想乘机抢掠一番，以饱私囊。大将军章泰不同意这样做，他说：“如抢掠，老百姓逃散，兵粮将无所出。”他与赖塔、赵良栋、蔡毓荣等统帅议定，委派穆占、马齐二将军率部入城，办理受降事宜，查清府库数目，然后大兵进城，再按数确查。《八旗通志·章泰传》，卷138，3656页。
十月三十日，穆占、马齐受章泰之命，率部入昆明城，其余各部人马分守各城门。《云南备征志》，卷21，26页；参见《庭闻录》，卷5。共收降吴世璠所属大小将吏5 600余人、兵33 600余名，缴获大金印14颗、小金印7颗、银印92颗、金策8件。见《八旗通志·章泰传》，卷138，3656页。又，《清圣祖实录》，卷98，16页及《清史稿·吴三桂传》等书载；破昆明城时，收降“伪官弁一千五百八十余员、兵五千一百三十余名。”
统帅部原约定，清军进城不得抢掠。可是他们并未执行，特别是诸将领带头争抢子女玉帛，连统帅们也自食其言，如蔡毓荣抢占了吴三桂的爱妾“八面观音”，穆占抢占了三桂的另一爱妾“四面观音”。只有赵良栋严格约束本部属，他自己亦分毫不取。《清史稿·赵良栋传》，卷255，9776页，《庭闻录》，卷6。
进城后，章泰、蔡毓荣、哈占、赵良栋等主要统帅举行会议，讨论如何处理吴世璠以下的骨干分子。议决：没收吴世璠家产，把他头割下，传送京师示众；将“首谋(反叛)献计”的方光琛和他的儿子方学潜、侄儿方学范立即于军前凌迟处死。《清圣祖实录》，卷98，16页。接着，又制定了处置“逆藩”人员条例：凡助贼肆恶、事迫投降的高启隆、张国柱、巴养元、郑旺、李继业等人皆处斩，妻女财产没收入官。将王永清、江义等人凌迟处死，他们的亲属一律处斩。《逆臣传·吴三桂传》，卷2。
吴三桂已死去三年多，朝廷仍不放过他。清军一进城，就搜查他的棺柩，准备戮尸示众。但查找多处，不得其真假，问三桂手下的至近人，也说不清楚。据有的书载，清军迫昆明时，吴世璠和他的岳父郭壮图为防万一，极其秘密地把三桂的尸骨改葬他处，此事只有世璠、壮图等极少数的几个人知道，可是他们都死了，他人无法知道三桂的真尸骨埋在何处。清军已挖掘过三桂的坟墓，但都是伪墓。清军到处搜寻，甚至一天中竟挖得十三具尸骨。连清统帅们也无法辨真伪，下令用火都烧掉。据传，三桂的真骸骨埋在远离昆明的中缅边界铜壁关外。《庭闻录》，卷6。有的书记载，清军搜查三桂尸骨，毫无踪迹可寻。这时，吴三桂的一个侄儿出首说：三桂的尸骨已焚化，骨灰匣藏在安福园石桥水底戽水。清军照此挖掘，果然找到一骨灰匣。然后将世璠的头与三桂尸骨一并送到京师。《平滇始末》。康熙二十一年(1682年)正月十九日，议政王大臣会议做出决定：“逆贼吴三桂骸骨分发各省，吴世璠首级交与刑部悬挂示众。”另将已押送京师的夏国相凌迟处死，巴养元等五人斩首示众。《清圣祖实录》，卷100，11页。
综合各书记载，朝廷所得三桂尸骨不一定是真的。因为世璠临败前，必将他的祖父的尸骨妥为保存，免致败后遭戮，伪造几个疑墓是完全可能的。如果三桂尸体已焚化，更难分出真假。反正随便拿出谁人尸骨，就说成是三桂的，又有谁去辨伪存真！朝廷的目的，不过是作为惩治三桂尸骨，以儆戒后人罢了，而对于一个死人，无任何实际意义！
最后，还须交代三桂最宠幸的爱妾陈圆圆的下落。当初，就是这个女人促使三桂“冲冠一怒”，弃明投清，从而改变了自己的命运。清军入昆明后，在三桂的籍簿上确无陈圆圆的名字，亦不见其人。她到哪里去了？下落何处？这已成为至今未解的一个历史之谜。据《平滇始末》、《平吴录》等书所载，城破时，圆圆同郭皇后，还有一个叫印太太的，一同自缢而死；又一说“陈沅(圆)不食死”；还有的说，她当了尼姑隐居起来而得善终；还有的说投滇池而死。众说不一。清代野史说，陈圆圆的墓在昆明商山寺，甚至说她死于康熙二十八年(1689年)。墓已不复存在，也难辨真假。直到20世纪80年代初，据报载，在贵州岑巩县水尾乡马家寨发现了陈圆圆墓，有碑一通，上面镌刻：“吴门聂氏之墓”六字。“吴门”非指为吴(三桂)家人，而暗示圆圆籍贯苏州，亦即“吴门”之意。至于“聂氏”，也是用他人之姓代用，这大概是为了避讳政治嫌疑才隐姓瞒名的，碑文明载当年圆圆由昆明来到贵州岑巩平西庵为尼(庵今仍存，在今岑巩县大有乡桐木寨)。何时到此？大抵是三桂反后，兵驻湖南，或许她为避祸，而悄悄远离昆明，来此僻地隐居，故能得以善终。又据报，这个寨子有三百多户人家，除一家之外，都姓吴。他们自称是吴三桂的后代，祖上有训，要为陈圆圆墓保密，所以墓才保存到今天。《中国旅游报》1986年11月11日，“陈圆圆及其墓地”。圆圆墓旁是三桂的心腹大将马宝的衣冠塚。这一切，都表明此墓的真实性。这一事实如能成立，那么，可以认为，圆圆早在昆明城破前已离开这一危地，三桂的后人或于破城前后也躲过清军盘察和追索，而与圆圆来到贵州岑巩这一穷乡僻壤，在这里了此终生了。这只是推测，还缺乏足够的史实依据。因此，有关圆圆晚年及死后埋葬地之谜，有待于进一步揭开。
与吴三桂同时代的清代著名诗人吴梅村唱出了《圆圆曲》，只道出了三桂与圆圆的初期恋情和历经曲折而重新结合的一段艳史，却是以吴氏全家的白骨为代价换取的。三十多年后，三桂与圆圆各走一途，又以吴氏灭族的血的代价而最终结束了这一度显赫世家的历史！吴氏家族的兴衰，乃是人间一出悲喜剧。从历史的眼光来看，三桂的一生是“恶的历史”，权势欲和政治上的野心最终毁灭了他自己，也毁灭了他的子孙，累及中国蒙受了八年之久的战争灾难。清朝为保持它的统治地位，不遗余力地进行了这场战争，取得了最后的胜利。这场
战争，是它对全国的重新统一。也许因为它进关后所得到的胜利来得太快、太容易，所以历史赋予它新的使命：从北到南，从东到西，重新进行统一战争，补了入关后的一课。战争无疑消耗了它的实力，损失了巨大的物力、财力和人力。然而它的胜利，足以弥补所受到的损失，并且变得空前强大，使它成为不可争辩的中国统治者！圣祖和他的大臣们已充分估计到赢得这场战争胜利的深远意义，这从康熙的《滇平》一诗中，得到了充分的反映。这首诗是圣祖在得到清军克取昆明，三桂的余党投降的消息时，不由得感慨万端，挥毫而成：
通往云南的道路何等艰难！可是，胜利的捷报仍然在半夜传送到北京。赢得这场战争的胜利，并非是专用武力征讨，而是恩威并重，使云南的各民族受到感化。幸喜战事结束，开始减少对云南军队征调和物资的征收。在南天边收复了昆明，兵士们可以解下穿在身上感到寒冷的铠甲征衣了。回想起过去几年来的焦虑和艰辛，至今日才同天下百姓举国同欢。
这首诗，道出了圣祖接到捷报瞬间的奔涌的感情，充满了激情和无限的喜悦。他首先想到的是云南各族百姓从此可以获得安宁，广大兵士们解甲，不再遭受征伐的牺牲和痛苦。全国人民同他都忍受了数年的艰辛，终于迎来了与天下同欢的新局面！
彻底平息吴三桂发动的大规模的武装反抗斗争，从根本上消除“三藩”的隐患和威胁，国家重归一统，由大乱走向大治，大清江山从此得到巩固。圣祖和廷臣们都把这一件事，视为清建国史上特大盛事。京内外百官纷纷上表庆贺，行贺礼。圣祖则于康熙二十年(1681年)十二月二十日，“颁诏天下”，其文略曰：
朕缵承丕绪，统御寰区，仰惟天地眷佑之庥，祖宗付托之重，圣祖母太皇太后慈训之殷，蚤夜孜孜，勤求化理，期于兵革寝息，海宇安。不意逆贼吴三桂，负国深恩，倡为变乱，阴结奸党，同恶相援，抗违诏令，窃据疆土，滇、黔、闽、浙、楚、蜀、陇、两粤、豫章之间，所在驿骚，肆骋痛毒。吴三桂僭称伪号，逆焰弥滋，负罪尤甚。
朕恭行天讨，分命六师，剿抚并施，德威互济，或絷颈于阙下，或骈戮于师中。擒扑诛除，以次收服。乃吴三桂即膺神殛(指三桂病故)，逆孙吴世璠，犹复鸱张，据大诏之一隅，延残喘以拒命。朕惟贼患一日不除，则生民一日不靖，策厉将士，屡趣师期。于是虎旅协心，进逼城下，贼众计穷势蹙，通款军门，约日献城，凶渠授首，师克之日，市肆不扰，边境晏如，捷书既至……神人胥悦，遐迩腾欢。
念自变乱以来，军民荼苦，如在水火，披坚执锐，卒岁靡宁，行齎居送，千里相望，被兵之地，既罹于锋刃，供亿之众，复困于征输。朕悯恤民艰，不忍辄加额赋，间施权宜之令，用济征缮之需，意在除残，事非获已。而身处宫寝之内，外厪闾阎之依，中夜屡兴，旰食不暇，惄焉思治，八载于兹。今群逆削平，疆圉底定，悉剪除历年之蟊贼，永消异日之隐忧，用是荡涤烦苛，维新庶正，大沛宽和之泽……诞告天下，咸使闻知。《清圣祖实录》，卷99，14~16页。参见《明清史料》丁编第10本，988~990页、《实录》删除《明清史料》所全载“恩诏”即对有功人员的奖励和对负罪之人的宽大处理的部分。
这是一篇典型的官样文章，完全是从清朝的立场对这一事件做了总结，观点未必尽正确，事实未必尽真切。不管怎么说，清朝大胜了，吴三桂大败了。清朝完全有理由也有权力来按自己的政治需要书写历史！