同在其他战场一样，清军在东南战场进剿不力，跟耿精忠叛军的激战反复进行，呈现出相持不下的拉锯状态。平定王辅臣的陕甘叛乱后，这里却仍在继续交战，一时胜负难分，争夺十分激烈。
耿精忠叛变，把整个福建据为己有，进而分三路出兵；以总兵曾养性出东路，攻击浙江，陷温州、台州、处州等地；以总兵白显忠出西路，进攻江西，陷广信、建昌、饶州等地；
以藩属部统马九玉出仙霞岭（今仍名，地界福建、浙江、江西三省交汇处），进攻浙江金华、衢州，并联络严州、徽州“土寇”，以壮声势。耿精忠的战略意图是，占领江西，跟吴三桂的湖南叛军连成一片；占领浙江；领有东南沿海地带，据长江下游地区，跟三桂所据长江中游成掎角之势。
圣祖最担心耿部叛军窜入江西、浙江，与三桂合军，势难剿除。鉴于清军进攻不足，他先采取守势，派遣重兵严守各战略要地，堵御耿军，使之不得入江、浙。他急命“平南将军”都统贝子赖塔赴浙江、“定南将军”希尔根赴江西，另以杭州、镇江水师分防海口，阻断耿军北进与西进之路。随后，又命康亲王杰书为“奉命大将军”、贝子傅喇塔为“宁海将军”，赴浙江，共同防剿耿军。
从耿精忠于康熙十三年三月叛变，至年底，连续攻占了江浙二十余城。清援兵陆续赶来，分占南昌、杭州、衢州、吉安、袁州、九江、金华、广信、饶州、建昌、萍乡等各战略要地。双方在这些据点及附近地区展开争夺战，次数之多，规模之大，远远胜过西北战场。双方各有胜负，损失相当。清军没能阻止住耿军进入江、浙，但却有效地阻挡住了它的猛烈进攻，使之最终没能进入湖南省境。吴三桂占领联结江西与湖南的江西省境的萍乡、吉安等要地，也没能达到与耿军汇合的目的。
进入康熙十四年，也就是耿叛变的第二年，清与耿军的交战，有增无减，更激烈的战斗则集中在若干个具有战略意义的据点附近反复进行。还在年前，圣祖已命令大将军康亲王杰书、将军希尔根分别由浙江、江西“作速进剿闽境”，命平南王尚可喜派部队克复潮州后，即发兵救援困守在漳浦的海澄公黄芳度。黄正受到台湾郑经的侍卫赵得胜的攻击。《清圣祖实录》，卷51，21~22页。圣祖为防止郑氏在大陆立足，决定必须尽快平定福建。
清军摆出了直捣福建的态势，除了坚守要地，已开始主动出击，目标是收复江浙失地。
在江西：
吉安为一战略之地，耿军一直没有放弃对它的进攻。该郡万安县（今仍名），是“赣南水陆咽喉之地，贼寇出没靡常。”康熙十四年正月，清军败叛军于西塘，又败之于诏口罗塘湾。《清圣祖实录》，卷52，9页。
二月间，清南赣总兵官刘进宝在黄土关，横岭两处击败耿军，恢复龙泉县（遂川）；《清圣祖实录》，卷53，11页。其郡赣州，为耿军固守，清游击李天桂等分兵，在黄潭地方夹剿，斩杀2 000余人、头领20余人。《清圣祖实录》，卷53，15页。
四月间，招抚奉新（今仍名）、都昌、冷口、南湖、西湖等地耿军头目91人，兵19 800余；《清圣祖实录》，卷54，1~2页。招抚赣南宝石寨叛军17 900余人；《清圣祖实录》，卷54，4页。又在铜鼓营、强山、东乡、余干、奉新等地招抚叛军头目97人、兵33 300余人。《清圣祖实录》，卷54，9页。
四月二十五日，安亲王岳乐率部取建昌县，在长兴县与耿军相遇。这次战斗规模很大，以邵连登为首的耿军多达8万余人，分水陆迎战。岳乐与将军希尔根分率官兵与耿军激战，耿军终被击败，弃城而逃，建昌遂为清军所得。与此同时，清军又恢复了宁州。《清圣祖实录》，卷55，3~4页。
这期间，在浙江战场，清军与叛军的争夺同样激烈。正月，盘踞龙游、兰溪、寿昌三县交界的深山之中的耿军，被清军击败于白马、黄塘源等处，又在下盛村、大堰头、仙洞源击败叛军。《清圣祖实录》，卷52，14页。清副都统马哈达，总兵李荣、陈世凯等大败耿军总兵徐尚朝，击杀耿军1 000余人，乘机收复了永康（今仍名）、缙云（今仍名）两县。《清圣祖实录》，卷52，18页。
差不多同时，清军在处州附近的桃花岭打了一个大胜仗。此处与缙云县逼近，是通往处州的要路，地势险要，易守难攻。耿精忠派其总兵沙有祥驻守处州，据桃花岭险要设防，阻止清军前进。清副都统马哈达、总兵官李荣等奉命往攻。战斗从上午一直进行到傍晚，清军奋勇剿杀，毁其栅木而入，当即招抚了耿军游击张汉皋等将领，击杀耿军500余人，越桃花岭，乘胜克服处州。《清圣祖实录》，卷53，6页。
耿军失掉处州后，向仙居逃窜。清军副都统穆赫林等奉命统率满汉兵分三路追击，于正月二十五日追至白水洋地方，与耿精忠部将“镇海都督”林冲部相遇。耿军扎营十三座，约万余人，与清军展开大战，从午后二时左右开战，至四、五时，还未见胜负，穆赫林等主要将领亲自上阵督战，攻入耿军第一营盘，打开了一个缺口，后队清军勇猛插入，耿军全线动摇，继而阵势大乱，向后败退，清军直追至仙居城下，精忠的大将曾养性正好派来一千援军，坚守城池，拒不投降。穆赫林以署护军参领额库纳率军埋伏在城西侧，而令署参领禅拜等率大队人马各架云梯三面攻城，责成署护军参领齐林布等在后督战。清军攻势很猛，耿军支持不住，开西门逃跑，被清伏兵截杀，几无一人漏网，生擒都督佥事朱富等人，缴获大小火炮258门及其他军资不计其数。清军占领了仙居，分兵取黄岩。另一支清军在参将王国祥等率领下，大破曾养性部总兵胡双奇于天峰寺地方。游击田万候大败耿军于武义县（今仍名）夏阳地方，追至宣平县（武义南，处州西北）大王岭，再败耿军数千。《清圣祖实录》，卷53，7~8页。
三月初三日，在宣平县前坞地方，田万候率清军同精忠大将冯公辅展开激战，直抵宣平县城外，追耿军于宣平大旗口地方，冯公辅伏兵杀出，作殊死斗，清军也以死中求生之望，全力抗击。这一战从早一直战到中午，始将耿军击败，耿军弃营而逃。此役双方死伤都很惨重。同月，精忠大将马九玉部于衢州与清将副都统喇哈胡图、总兵官王廷梅等激战，耿军被击败，死千余人。《清圣祖实录》，卷53，22~23页。
清军在浙江的战略意图，备齐舟师，消灭台州耿军，“再酌机宜，共图进取”《清圣祖实录》，卷53，14页。。但是，到了四、五月之交，无论在江西，还是在浙江战场，争城夺地更趋激烈，得而复失，失而复得，呈现出反复拉锯的状态，特别是一些战略要地，成了双方反复争夺的主要目标。
清军夺取浙江处州后，耿精忠因失去一战略之地而深感不安。四月，他命总兵官徐尚朝率部由处州东南的温州，骑都尉连登云由处州西南的龙泉、松溪（今仍名）两路进兵，必欲将处州夺回。清军拼死力固守，击退了耿军的进攻，精忠的意图未能如愿。《清圣祖实录》，卷54，2页。
浙江衢州为浙江通往江西、福建一门户，与它东面的重镇金华甚近，仍被耿军占据。五月初，清军分路东进，意在取金华。清军在大埂余村、上路源（均在衢州附近）、峡口（衢州北）、汤溪（金华西侧）、周、黄塘等处奋力阻击，暂时挡住了耿军的攻势《清圣祖实录》，卷55，5页。。
农历五月的江南，已是炎夏季节，对北军不利。耿军分守各处要隘，实力尚强，清军很难迅速进入福建。圣祖指示：时当炎热，安亲王岳乐酌量留兵固守江西建昌处要隘，率大军暂回南昌养马，等到秋凉，或取湖南，或攻福建，候旨意再行动。将军额楚、副都统席布应速平定广信（江西上饶）叛军，临分水关（江西与福建交界处），阳为进兵，断仙霞后路，吸引住叛军注意力，而康亲王杰书即命将军赖塔等攻取仙霞关，或者杰书与额楚等兵两路并进，夹攻江西与浙江交界的江山县（属浙江，今仍名）叛军。互为声势，等待机会，进取福建。《清圣祖实录》，卷55，10~11页。仙霞关位江西、浙江、福建三省交界，属浙江省境，为进福建之咽喉。圣祖时刻关注此处，寻找机会，欲从此处突入福建，只要降服或消灭耿精忠，其他各处叛军可不战而瓦解。所以，圣祖不以别处为意，而专注于尽速入闽。
由于清军暂时后撤至南昌休整，耿军趁机发动了新的大规模进攻。闰五月，耿军又攻陷了浙江武义县，各路叛军互相应援，威胁金华。浙江总督李之芳与“平南将军”赖塔亲自指挥，拼力给叛军以一定的杀伤。《清圣祖实录》，卷55，22页。清军紧急增援，在宣平、武义两县大王岭、东陇隘口、上套寨、下五塘等地屡败叛军，招抚其头目一百三十余人、兵士一万余人。《清圣祖实录》，卷55，30页。耿军三路进攻处州，企图夺回，被清军击败，清军乘势收复松阳县（处州西）。严重的是，乐平（今仍名，位饶州东）诸处耿军乘隙进攻饶州，再次攻陷，直接威胁南昌。圣祖急令岳乐速回南昌固守，居中调度，分兵收复饶州。《清圣祖实录》，卷55，23页。将军希尔根奉命夺饶州，于闰五月二十六日进至余干（今仍名，位饶州南）大败耿军，二十九日至饶州，耿军已于前一天晚上逃跑，清军重新收回饶州。《清圣祖实录》，卷56，2页。
已退据天台的曾养性已于三月间协同大将祖弘勋率总兵八人、骑兵六千余、步兵数万，进据台州附近，在南至长石岭，北至三江，延袤数十里的地带，连屯二十五营，深沟高垒，暗排炮火地雷，与清军隔江相对。另派遣大将朱飞熊、都督张恭万、许英率总兵四员、水师万余、舟船三百余艘，泊于城东小梁山下。清将傅喇塔组织清军万余人马进击，由仙居凉棚地方抄山路从背后袭击叛军，在茂头地方，将朱飞熊斩杀于阵中。养性退据茂平岭，据险阻清军。清军初得仙居，即议决取黄岩。但养性据此岭，恰好挡住清军进黄岩之路。清军无法前进。《逆臣传·曾养性传》，卷2，40页；参见《清圣祖实录》，卷56，3~4页。经侦察，已探明有土木岭可以通过，北走茂平岭路程更近。从台州至黄岩计三百里，不能骑马的路，有四十里。耿军以此处险要，没有派兵守卫。傅喇塔与杰书密商由此进兵。迟至八月初，副都统纪尔他布统率福建提督段应举满汉官军，从土木岭间道突袭，出茂平岭之背，耿军大为惊惧，无心恋战，纷纷逃窜，清军乘胜趋黄岩。曾养性被迫放弃营寨，退入城内拒守。傅喇塔挥军围城，养性不敢久守，乘夜突围，败走温州而去。八月十日，剩余耿军自知守不住，逃跑不及，开门迎降。地处沿海要地的黄岩落入清军之手。《逆臣传·曾养性传》，卷2，41页；参见《文献丛编增刊》，“清三藩史料”（五），454~456页；《清圣祖实录》，卷57，9页。十二日，清军又向温州进军；太平的耿军献城投降。
十三日，清军继续追击，恢复大荆寨城。二十日至乐清，耿军已逃得无影无踪，清军安然进城。原来，曾养性尽将叛军撤往温州、青田两处固守。清军在乐清暂歇，于三十日起兵，从山后小路抄袭，于九月三日至永嘉上塘地方，与曾部三万余水军遭遇，展开了空前规模的大战，从早晨一直鏖战到傍晚，双方均无退缩之意，都发挥出最大的战斗力，拼命攻击对方。终于，清军占了上风，阵斩耿军将官六十余员、兵一万有余，击沉耿军船九只，俘获副将以下官三十五人、共五百余人，缴获的其他军用物资多如山积！清将称此役“大战大胜，从古所仅有”。至十九日，清军直取青田县城。一个月之内，清军连夺四城，创造了优异的战绩。《文献丛编增刊》，“清三藩史料”（五），486~487页。
江西的局势，在经过短暂的反复之后，从五月下旬，清军开始取得进展。副都统朱喇禅在江西北部、临近湖北的武义县（今仍名）击败耿军；都统觉罗画特从江西东部重镇建昌出击，攻克新城县（黎川）。《清圣祖实录》，卷55，27页。将军额楚亲自督率进攻广信，沿途不断击败耿军，收复万年县，继续向东进军，至弋阳（今仍名），耿将蒋德弘率五万兵马坚守，总兵柯升以五千人马从广信赶来应援，另立六营，企图以重兵阻击清军，使之不得达广信。额楚率满洲兵与土默特蒙古兵奋战优势的耿军，歼灭二万余人，突进至城下，耿军已
逃跑，广信剩空城一座，遂为清军所得。《清圣祖实录》，卷55，27~28页。此后，清“定南将军”希尔根等以招抚之策，先后招降了泰和、龙泉、永新，庐陵等县叛军头目二百七十余员、兵士与家口六万五千六百余人；还在景德镇等地擒斩叛军参将以下十余员、歼灭八千余人，进而恢复浮梁、乐平二县。《清圣祖实录》，卷56，19~20页。参见《文献丛编增刊》（五），418~420页。但是，清军在个别战役也严重失利。清军攻克建昌后，欲一举扫荡盘踞在建昌附近的叛军，于六月二十五日攻取石峡（建昌东，临福建省境）。因为天气炎热，人马困乏，丧失警惕，误中耿军埋伏，死伤惨重，副都统雅赖等将官战死阵中，清军被迫退回新城。《清圣祖实录》，卷56，17页。福建方面，清海澄公黄芳度仍坚守城池，受到郑经兵猛攻，持续一个月有余。康熙十四年十一月二十日城陷，芳度与家属全部被害，漳州也被郑兵攻占。《清圣祖实录》，卷59，11~12页。
清军个别地方和战役的失利，并不影响整个战局的顺利发展。随着江浙两省各处战斗的不断进行，逐渐向各大战略中心地点扩展，战争的结局亦取决于双方在这些地区的最后胜负。
在清军逐步取得优势、频频击败叛军的有利形势下，圣祖想尽快解决福建问题，以便全力对付吴三桂。他抓住时机，直接向耿精忠发出了招抚的信息。康熙十四年八月二十三日，兵部向圣祖报告：安亲王岳乐已遵圣旨，曾派陈廉前往福建再次劝告耿精忠接受朝廷招抚。这次精忠没有扣留使者，还给与银两、衣服，放他回来，传回话说：“我承王（指岳乐）差人来，意欲投顺，但我属下人心不一，将我属下人安顿，我差人往王爷处去。我已极王位，仅欲何为！我所反者，俱系范（承谟）总督逼反，今仍将范总督留存，俟我何日投顺，面见皇上之时，将范总督作一对头。”兵部认为，“耿精忠回答言语，并无悖谬之词”，“似有悔罪之心”。因此建议，继续招抚，应令精忠亲弟耿继忠捧奉皇帝敕谕发往浙江康亲王杰书处，再商酌派人转送福建，重申朝廷已宽免其弟聚忠、昭忠及族中官员、一切亲属及精忠属下官兵之罪，向精忠“明白晓谕招抚”，促其投诚。精忠态度比前有所软化，这是因为军事上连遭失败，已感信心不足，不得不在政治上留此后路，但他把自己谋反的责任都推到范承谟身上，却是讲了假话。他说留下范承谟，将来可以对质，不过是一权宜之计。圣祖看他有悔罪投顺之意，于当天就批准“依议速行”。中国第一历史档案馆：《三藩档案》，案字748号。
次日，二十四日，圣祖向精忠颁发一道敕谕：
尔祖父宣力累朝，勋猷茂著，俾世袭王爵，格外加恩。逮尔父病殁，令尔袭封，仍镇闽疆，方谓尔克绍前猷，殚忠报国。不意尔反为吴逆狡谋所惑，蹂躏土地，戕害生民。朕犹念尔祖父前功，终不忍绝，将尔在京诸昆弟，及所属人员，概行宽宥，给还官职，恩礼如常。今大军云集，时势昭然，尔自知之。朕复念尔变乱，必有所由，或为逼迫所致，故复下敕书，遣尔弟耿聚忠赍至军前，明谕朕意，尔若即悔罪，率众归诚，当复尔王爵，仍旧镇守，所属人员职任俱各如故，兵民人等照前安插；倘能剿除海寇，共奏肤功，仍优叙加以爵赏。前使臣周襄绪等不遣之归，或别有故，朕不介意。朕以诚待天下，断不食言，尔勿听信煽惑之言，终怀疑惧，负朕始终保全至意。《清圣祖实录》，卷57，8~9页。
圣祖把他的诏书交付精忠弟聚忠，奔赴浙江，执行招抚的任务。聚忠到了杭州，与杰书商定后，亲自去见他的哥哥精忠。不料行至衢州，精忠拒不接纳。《逆臣传·耿精忠传》，卷2，31页。平心而论，圣祖对精忠的政策相当宽大，所犯叛逆之事，一概免究，官复原职，袭爵位不变，甚至对扣留使臣事，他也毫“不介意”。显出推诚相见，令人无可怀疑。话是这么说，为了急于解决福建问题，任何许诺都可以给，事后如何对待，又有谁能担保呢！精忠当然明白朝廷的心理，自知所犯罪过重大，不能轻易相信圣祖说话算数，种种疑惧，也使他不能马上投降。
精忠拒绝招抚，圣祖只能从军事上彻底解决福建问题，他指派援军继续增强清军的实力。在江西的清军，除了八旗兵，还在南昌、饶州、广信、吉安等要地增添了绿旗兵，“已足调遣”。《清圣祖实录》，卷58，6~7页。至康熙十四年冬，清军先后在浮梁、贵溪等县境击败叛军，收复县城，《清圣祖实录》，卷58，11页。招抚了大量叛军投降。清军在浙江温州地区连败叛军，招抚温州、台州地等叛军总兵官二百余人、兵四千余人、难民十一万人。《清圣祖实录》，卷58，14页。
到年底，耿精忠部军饷普遍匮乏。恣意掠取，充作军饷仍不足供应。据清侦探亲见：叛军在淦关南路马坊前等村焚劫，掠去数十家猪牛什物无数。在东路漳陂地方，焚烧房屋三十余间，杀死百姓陈喜七等，烧死百姓陈忝七等，“惨毒异常”，又据报，在北路新市桑村、田、谭家坊、乌头堎等处房屋片瓦无存，粮食悉灰烬，可怜百姓日夜奔窜，“露宿野栖，男啼女哭，逃生无路”。“今贼肆虐无忌，出没靡常，日掳夜劫……”《文献丛编增刊》，“清三藩史料”（六），551页。叛军乏食，士卒不断逃亡，百姓怨恨，内部已出现分裂迹象：
总兵张存有兵八千，屯于顺昌，不听精忠调遣，总兵罗元生统兵固守，邵武总兵彭世勋等按兵不动。他们已暗通清军，表示如进攻福建，愿作内应。《清圣祖实录》，卷58，18页。
圣祖命速进福建。康熙十五年（1676年）二月，傅喇塔誓师黄岩，向温州进军，所经之地，连破耿军，但抵温州地区时，遭到曾养性的顽强抵抗。他凭江固守，激战累月，也未进至城下。浙江总督李之芳献策：直捣仙霞关，实为摧坚制胜之策。他说：进取之路，不在温、处，而在三衢，今“悍贼”悉萃于此，此处叛军破，诸处叛军必然惊散。虽然敌将马九玉、朱怀德等抗拒河西，而江、常之间有间道可袭，清军进击，使叛军首尾不相顾，从此处入闽；可奏荡平矣。《清朝先正事略·李之芳传》，卷4，25页。圣祖对此谋略非常赞赏，即准依此计而行。他命李之芳饬兵固守衢州、金华；命傅喇塔继续进攻温州，处州地区叛军；命康亲王杰书从金华移师衢州，进征福建。
圣旨已下，何时进兵福建，仍无日期。领兵的皇室贵胄迟迟不行，拖延时日。此时，圣祖已发起长、岳之战，突然，三桂派大将高得捷出醴陵，进江西，经萍乡，一举攻陷吉安。《清圣祖实录》，卷59，30页。吉安是通向湖南的咽喉，也是通南康、赣州水路孔道，此地一失，已影响到进兵福建，简亲王被迫撤广信，专力攻吉安。圣祖大为震惊，严厉斥责江西方面军的各统兵将帅，说：江西离京师四千里，朕知之甚悉。简亲王喇布以宗室懿亲，不实心于国家，料理军务，恢复地方，只坐守省会南昌，“日事骑射，以图安逸”，殊负委任之意。今“逆贼”高得捷窃据吉安，朕旨到日，即宜刻期攻取。副将军希尔根，“不思报国，日驻省城．安逸自便，性尤偏执”，只偏袒右翼军，今后宜痛改前非，力图报效。还有将军觉罗舒恕、莽依图、穆承格驻赣州、南安。圣祖命令他们要协力攻取吉安。《清圣祖实录》，卷62，2页。
康熙十五年六月六日，精忠叔父耿继善焚毁营盘。从建昌、新城撤走。圣祖认为，精忠被“海寇（指郑经）所逼无疑，我兵宜乘机前进”。他命令大将军杰书，贝子傅喇塔、赖塔，江西总督李之芳等“速剿闽寇，酌量招抚，勿坐失事机”。《清圣祖实录》，卷61，20页。
事实正是这样。原来郑经与耿精忠关系破裂，郑经派兵攻打耿军，“将耿逆杀得大败。妻孥财物尽被郑贼抢空，耿逆数骑残兵逃往邵武去了”《文献丛编增刊》，“清三藩史料”（六），523页。。郑兵已夺取了漳州、泉州、汀州、邵武诸府，圣祖便乘耿郑交恶，内乱之时，大举进兵。
七月，康亲王杰书、总督李之芳、赖塔等清军统帅抵衢州，各路合军，集议进取福建。
耿军大将马九玉等统数万人马据守衢州府江西岸，营寨于九龙山，另分万人由大将林福等统率，扎营于衢州南，衢江（今港山江）右岸的大溪滩，为马九玉部保护和押运粮饷。
衢州位衢江右岸，顺流而下可通金华；溯流而上可通仙霞关。此为通福建的孔道，而且自衢州至仙霞很近，实为通闽省一便捷之路。耿军集结于此，全力阻止清军入闽，并企图夺取衢州。于是，衢州就成了双方势所必争之地。
康亲王等人面对实力雄厚的叛军，谋划破敌之计，决定先断叛军饷道，以夺其优势，动摇其军心，八月十五日，赖塔等率满汉大军乘夜进兵，直扑耿军储粮之地大溪滩。耿军不为备，仓促迎战。清军奋击，将耿军击败，夺取了大溪滩，乘胜克取了大溪滩附近的江山县城。马九玉得知饷道被断，立时慌了手脚，不敢久留，急忙拔营而逃。《清圣祖实录》，卷62，18页；参见《清朝先正事略·李之芳传》，卷4，25页。康亲王杰书遣副都统胡图等率兵追杀，大破耿军，一举收复常山县。马九玉看清清军意图，势必夺仙霞关入闽。他率残部绕道趋仙霞关，企图依险阻击清军。杰书已遣赖塔、副都统马哈达疾驰仙霞关，于二十日赶到关前，堵住要路，分路夹攻，马九玉只身仅与三十余骑逃跑了。守关的耿军参将金应虎势穷力竭，被迫献关迎降，清军长驱而入，涌进福建，从北向南，马不停蹄疾行，于二十三日，进至浦城（今仍名），挥军攻克。《清圣祖实录》，卷63，1页；参见《逆臣传·耿精忠传》，卷2。该县石塘地方是由浙入闽的要隘，精忠派都尉连登云以重兵防守。清军至，即大战不已，清军连破叛军九营，将其杀败，打开了通往福建腹心的通路。《清圣祖实录》，卷63，4页。
清军入闽境后，势如破竹，九月三日进抵建阳县城（今仍名），击败耿军，克取县城，再追至建宁，叛军不守，一哄而溃。《清圣祖实录》，卷63，10页。耿军已成惊弓之鸟，闻风溃败！
这时，留守江西的安亲王岳乐命将军希尔根击败精忠大将白显忠。恢复建昌、饶州，“江宁将军”额楚收复广信。白显忠降清。《圣武记》，卷2，75页。精忠失去白显忠一路军，势益孤立。而台湾的郑经乘虚逼其后，侵扰兴化（莆田）、福州；清军逼其前，他的部众望风而逃，已到了穷途末路。他不想顽抗到底，最后的出路，只有投降。可他又害怕降后被处死。他最畏惧的是，被拘押的范承谟势必揭发他的叛逆之罪，这关系到他的生死！承谟一直坚守臣节，无论怎样逼诱，他都不改初衷。留下他，对精忠是个严重威胁。精忠决计在降前
杀人灭口。
康熙十五年九月三十日《清圣祖实录》，卷63，5页记为九月乙末为十六日，今从《清史稿·范承谟传》，卷252。，半夜时候，精忠派他的党羽前往拘留处，逼范承谟自尽。精忠必欲斩草除根，把承谟的幕客、生员嵇永仁、王龙光、沈天成、从弟范承谱，下至看守他的隶卒，共53人，统统秘密处死。然后，将承谟尸体焚烧，余烬骸骨丢到野外，不留任何痕迹。
康亲王杰书抵建阳时，根据圣祖的指示，再次写给精忠一封招降信，写道：
尔蒙累朝厚恩，世受王爵，正当遇时立功以承先诸，乃溺于奸计，自取诛夷。圣上念尔祖父之功，凡尔在京诸弟，俱留原职，如旧豢养，复遣尔弟招抚，因不得前进还京。今大兵屯仙霞岭，长驱直入，攻拔漳城、浦城，乃闽省财赋和要地，咽喉既塞，粮运不通，建宁、延平旦夕可下。与其系颈受戮，曷（何）若率众归诚，仍受王爵，保全百万生灵，况郑经与尔有仇，尔当助大兵进剿，立功雪耻，何久事仇人为！
精忠得信，立即答复：“自愿归诚，恐部众不从，致兹变患，望赐明诏，许赦罪立功，以慰众心，乃可率属降。”《逆臣传·耿精忠传》，卷2，33~34页。
精忠此刻出于畏惧自己的罪重，不得赦免，他还希图朝廷再下一道赦诏，才放心投降。康亲王当然不能答应。因为正在关键时刻，再向朝廷请示，往返需多少时间！如中间情况有变，他岂能负得起责任？他不理睬精忠的要求，催促大军继续向福州进军，经建宁府，于九月底抵延平（今南平市），守城的大将耿继美献城投降。福州已遥遥在望。精忠闻听这一消息，惊慌失措，急忙投降，派他的一名官员刘蕴祥等赴延平，献上“总统将军”印。接着，派他的儿子耿显祚同被扣留的前使臣周襄绪、陈嘉猷一起前往迎接康亲王来福州。十月一日，康亲王遣官侍读学士尹泰携带圣祖已颁赦免诏书先到福州宣布，接受投降。
十月四日，耿精忠率文武官员出福州城外，迎接康亲王杰书与诸将入城，献上所属官兵册籍。
康亲王杰书把耿精忠投降的报告，飞送北京，圣祖大为欣喜，迅速作出决定：精忠仍保留靖南王爵，率所属部众随大军征剿台湾郑兵，“图功赎罪”。原藩下官员与所属两镇标下武弁仍留原任，兵丁有愿归农的，可到原籍安插。《清圣祖实录》，卷63，16~17页。
耿精忠投降，其他叛军将领纷纷放弃抵抗。固守温州的大将曾养性“势迫无所归”，只好献城降清，十二月，自温州率部至福州。《逆臣传·曾养性传》，卷2，40页。广东原潮州总兵刘进忠、碣石总兵苗之秀，也随之投降。圣祖命他们仍任原职，另加授刘进忠为“征逆将军”。《清圣祖实录》，卷66，10页。散留在江西、浙江的残余叛军，失去依靠，都放下了武器，纷纷前去清营缴械。两省的战事已停，局势很快稳定下来。只有沿海一些城镇还被台湾的郑军占据。清军发起进攻，于康熙十六年正月收复兴化城，二月初，攻克泉州。郑军闻风丧胆，弃漳州、海澄等城，逃回台湾。清军未经多少战斗，恢复了漳州等十个县城。“闽地悉平”。《清圣祖实录》，卷66，66页，3页。
“时东西两巨寇（包括王辅臣）既降，乃得以全力办三桂。”《皇朝武功纪盛》，卷1，“平定三逆述略”。圣祖和他的大臣们对剿灭吴三桂，比任何时候都更充满了信心！