吴三桂同清朝的军事斗争，大体经历了三个阶段：
第一阶段，从康熙十二年（1673年）十一月三桂起兵，到十四年（1675年）底，三桂发动战略进攻，清朝战略退却；
第二阶段，从康熙十五年（1676年），到十六年（1677年）底，双方进入战略相持，展开了互有胜负的拉锯战，而清在局部地区如甘肃、陕西、江西、浙江等处逐渐转入战略性进攻；
第三阶段，从康熙十七年（1678年）到二十年（1681年）十二月，清军战略反攻，吴军全面退却，直至被彻底消灭。战争的全过程，显示了它的内在规律性，颇有节奏地向前发展着，变化着。
在战争的第一阶段的二年中，吴三桂乘清军无备，突然发动武装政变，并以迅猛的攻势，连续夺取了云南、贵州、广东、湖南、四川及江西部分地区，并把这些省份和地区置于周王政权的控制之下。吴军前锋直抵长江南岸。三桂“散布伪札，煽惑人心，各省兵民，相率背叛”《清圣祖实录》，卷99，10页。。福建耿蕃夺取了福建及江西、浙江大部分地区；王辅臣叛于陕西，除了个别地区，陕西与甘肃绝大部分都陷入叛军之手。康熙十四年三月二十五日，从长城脚下又传来了警报：蒙古察哈尔部布尔尼也乘三桂叛变，“兴兵造反”。布尔尼为林丹汗后裔，太宗时被剿灭，扶植其子额哲为亲王，嫁一公主，为清朝额驸。布尔尼为公主所生，与朝廷是血肉至亲。布尔尼煽动蒙古各部造反，只有奈曼王扎木山响应，其参加叛变的，仅有二旗。四月六日，圣祖命将出师，以多罗信郡王鄂扎为“抚远大将军”，以大学士都统图海为副将军，护军统领哈克山、副都统吴丹、洪世禄同为军务参赞，率满洲八旗兵和调取蒙古诸部兵马讨布尔尼。《清圣祖实录》，卷53，22页；卷54，3~4页。
北疆出了事，西部也不安宁。西藏受到吴三桂的煽惑与收买，不时地挑起军事摩擦。它在政治上同情吴三桂，对清朝怀有动摇，若即若离。《清圣祖实录》，卷54，16页。从全国情况看，除了关外的辽东地区以及山东、河南等少数地区还较稳定，再也找不到一块安静的土地！叛乱所及，波连十余省，“贼势益猖獗”《逆臣传·吴三桂传》，卷1，8页。。战事仅一年，圣祖不禁惊呼：“逆贼得据大江（长江）之南！”《清圣祖实录》，卷51，7~8页。战事还在向北发展，直抵长城内外。所谓“东、南、西、北，在在鼎沸”赵翼：《皇朝武功纪盛》，卷1，“平定三逆述略”。。就是战争第一阶段的生动概括！
在王辅臣叛于宁羌州后，带动陕甘两省纷纷叛离清朝，圣祖深感局势的严重性，一时性急，打算御驾亲征。他对几位大学士说：“朕欲亲至荆州，相机调遣，速灭贼渠吴三桂。若吴三桂既灭，则所在贼党，不攻自息，生民得安。”他要求他们跟议政王大臣密议，大臣们当然不会赞同圣祖出征。因为此事关系重大，圣祖离京，京师为根本重地，倘生意外，谁也负不了这个责任！至祖接受了劝告，暂停亲征。圣祖的这个举动，足以说明当时局势的严重程度。
因战争而引起的混乱，有一发而不可收拾之势。清朝所处的国际形势，也潜伏着危险。康熙十三年七月，两广总督金光祖密报：“交趾（越南）知孙延龄叛逆，乘机蠢动，陈兵边界，其情叵测，请加防御。”圣祖不得不增兵，“防守险隘”《清圣祖实录》，卷48，23页。。交趾陈兵边界，其意图不外是，担心中国内战蔓延到该国，以事先封锁边界，防止窜入。但鉴于它与中国的关系，欲乘中国内乱侵入，获取中国领土，这个可能性也是比较大的。它毕竟力量不足，只能小心谨慎从事。
还有朝鲜李氏王朝，它原与明朝的关系密切，在受到清朝两次武力入侵而被迫称臣，内心一直不屈服。吴三桂发动叛乱后。它密切注视中国政情变化。一些大臣和知识分子（儒生）甚至上疏国王，要求乘时起兵复仇。儒生罗硕佐、赵显期等于康熙十三年（李氏显宗十五年）五月，相继上疏，大意是，吴三桂“既据南方，蒙古亦不亲附，天下事变，近在目前，乘此机会，练兵峙粮，大可以复仇雪耻，小可以安国保民”《朝鲜李朝实录中的中国史料》下编，卷2，3988页。。七月，有一“布衣臣”叫尹，他进一长篇密疏，痛陈以往所受国耻，要求乘三桂起兵，朝鲜可与之配合行动，内称：“我国精兵劲矢，闻于天下，大炮飞丸，足以方行；得选卒万队，北首燕山，规恢进取，以拊其背，而扼其吭；开海洋一路，约郑人（台湾郑经）并势，以挠其腹里；以传檄燕、蓟、辽河以北野春诸部，日域诸岛，青齐（山东）、淮浙（安徽、浙江）等处，以通于西蜀（四川），使同仇疾，兴共奋起……我顾不难横据医闾（辽宁锦州北之山），薄逐幽沈，而为天下请兵矣！……”《朝鲜李朝实录中的中国史料》下编，卷2，3992页。这篇奏疏，表达了朝鲜统治集团与知识界对清朝的愤激的情绪。说起来容易，做起来未必顺利。国王持慎重态度，未予批答，要视形势而定。看得出来，南边的交趾，东北的朝鲜都对清朝抱有敌意。只是因为清朝很快转败为胜，形势见好，这些抱有敌意的国家才没敢采取行动。
交趾、朝鲜等国蠢蠢欲动，深刻地表明，吴三桂叛乱所产生的政治与军事震动已远远超出中国境内，而在交趾、朝鲜等国发生了强大的政治影响，如发展下去，有可能使这些国家与三桂联合，将清朝置于空前孤立的地位。当然，形势的变化，最终没有出现这个结果。这对清朝来说，的确是一次幸运！
这就是战争第一阶段所出现的一系列结果。确如三桂和他的谋士们在起兵前所预想，兵出云贵，旗开得胜，一路势如破竹，前锋直抵湖北境内、长江南岸的松滋（今松滋北），隔江与清军大本营荆州相望。三桂饮马长江，翘首北望，已摆出渡江北进之态势。至此，三桂的军事进攻已达到了顶峰。
吴军进至松滋，举足即可渡江。此时，清军未集，江北已是风声鹤唳，人心不固。如能迅速渡江，独占长江之险，军事主动权稳操在手，并在政治上进一步扩大影响，动员江北乃至黄河流域的汉官汉将参加，清朝将无法收拾局面，势必继续退至黄河北岸，以图固守。奇怪的是，吴军进至松滋，屯驻已三个多月，却毫无北进的迹象。他的将领们都很着急，一般人士也感到不解，在云南留守的三桂核心中的人物对军事停顿不前，大军不过江甚是诧异。三桂的谋士刘玄初急忙起草了一份报告，陈述了他的战略主张。信的大致内容如下：
此时，应为直捣“黄龙府”而痛饮。可是，现在却屯兵不进、河上逍遥，坐失良机，等待清四方之兵集结，我真不知这究竟是为什么？这是不是王（指三桂）特送诸大臣入朝为王请命？诸大臣都是辱国之臣，自救性命不暇，怎能为王请命！如说待世子（指吴应熊）回来吗？我以为朝廷宁可失掉四海疆土，决不会令世子回归云南！一般来说，弱者与强者斗，弱者之利在于行动迅速，而强者利于较量实力。富者与贫者打官司，贫者乐意尽快使案子完结，而富者乐意把案子拖得长久。如今云南系一隅之地，抵不上东南一郡。而吴越（指江浙地区）之财货，山（西）陕（西）之武勇，都集中在荆州、襄阳、长江、汉水之间，王按兵不进，想与清兵久持，这与弱者同强者较量实力、贫者与富者比赛财富有什么不同！
刘玄初写到这里，不胜感叹：唉！只盼望上天早降圣人，以安定中华吧！《广阳杂记》，卷4，179~180页。
吴三桂读了这封信，无动于衷，置之不理，没有给以答复。
在此关键时刻，三桂没有听从刘玄初的忠告，犯了一个战略上的致命错误，而这个错误最终导致他的彻底失败。刘玄初对形势和双方力量的对比分析是完全正确的。拿吴氏集团的实力与清朝相比，两者强弱分明，贫富悬殊。表面看，三桂起兵时，具有相当的实力，而一年后，有各地的响应，实力大增，可以同清军相抗衡。但他毕竟是以一隅之地云贵为老本，后劲不足，况且各地响应者不过各自为战，形成不了一个统一指挥的强大的军事力量。清朝占据全国统治者的地位，可以在政治上进行动员，在军事上可以四处征调军队，又拥有广大的领土和人口，无论在人力物力上都具有很大的潜力，当它一旦发挥出来，将产生不可抗拒的力量。在战争的第一阶段，它虽然遭到了失败，但其实力并没遭受过大的损失。因为滇、黔、闽、两粤等主要叛乱地区，多属三藩的汉军、绿旗兵，而满洲八旗、蒙古八旗兵多集中在北方，故其军事实力未减。清朝所占有的条件，使它的后劲远远胜过吴三桂集团。得明显，三桂只利在速战，不可久持，宜乘胜进军，借助各地起兵反清的有利形势，乘清军无备，兵力未集，清统治集团惊慌之时，一鼓作气，挥戈渡江，北涉黄河，直逼北京，可收全胜之局。清朝以全国的兵力和物力，利在较量实力，不怕持久之战。如战争拖延下去，固然双方都将困难重重，但对吴军更不利，只能消耗掉它的有限力量，从而使清军转败为胜。三桂的致命错误，进至长江南岸，即停止进兵，使圣祖从容而有步骤地部署兵力同吴军展开决战而胜之。这步棋，在吴氏集团中一些有识之士已有所察觉，除了刘玄初力主迅速渡江北上，还有主张下九江，扼长江、淮河、以绝清朝的南北运道；也有的劝三桂据巴蜀，塞殽函以自固。这些主张，各有侧重，但从战略上，有一个共同点，这就是都力主进兵，而不能停顿下来。可惜三桂都不听，一到湖南，就屯兵不进，坐失机宜。《四王合传·吴三桂传》，4页。三桂的悲剧，即源于此！
吴三桂为什么不愿北进？他久历战阵，娴熟战略战术，应该说，已成老谋深算，对于是否继续进兵，自有打算。他考虑问题，也许自以为比他人更老成持重。他的一个基本的想法，“欲出万全，不肯弃滇、黔根本”。他苦心经营云贵十多年，视此为根基所在，北上意味着弃根本，另辟新天地。倘若大事不顺，中道受挫，就使自己陷入进退失据的危险境地。屯兵长江以南，巩固阵地，站稳脚跟，即使大事不成，尚可“划江为国”，立半壁江山。这番考虑，虽属稳，却难保胜利。兵法上说，有进无退。只有进攻，才能取得和巩固已得的胜利。而军事进攻一旦停顿下来，变为防御，就将使自己被动挨打。三桂的这种军事上的保守主义，使自己的军队很快丧失掉进取的锐气。从刘玄初的信中，看出三桂还顾虑儿子吴应熊尚在北京，指望以儿子作为交换条件，把应熊放回江南，他就不过江。他以为在强大的军事压力下，清朝会接受他的条件，跟他“裂土议和”《清鉴纲目》，卷4。。圣祖作出了有力的回答：削去他的亲王爵，处死吴应熊父子，跟他势不两立！三桂顿时气沮，精神低落，无法振作起来。
据说，吴三桂很迷信，对于是否渡江北上这件大事，求诸占卜。他进驻衡阳后，听说衡山岳神庙里有一只白色的小龟，其大小如一枚铜钱，居此庙已有年头了，当地人以为鬼神之使，把它奉为神灵，藏在帏中，按时敬祀它，用它来占卜吉凶祸福之事。三桂就自己的前程想问卜此龟。他择一吉日，前去庙中祀神。他把全国山川地图铺放在神座前，将白龟置于地图上，心里默默祝祷，看此龟究竟走向何方。只见小龟在地图上蹒跚而行，始终不出长沙、常德、岳州之间，然后回转至云南而止。占卜了三次，都是一个结果。三桂暗暗吃惊，信以为真，不敢轻出湖南，亦不敢渡江。《大有奇书》，转引自《爝火录》（下），“附记”，卷1，969页。
这则故事，剥去迷信的色彩，只能说明吴三桂有自己的政治目标，不便渡江罢了。此系后话，事情还得从头说起。
康熙十三年四月，三桂在湖南常德给圣祖写去一封信，交给被扣留的礼部侍郎折尔肯和翰林院学士傅达礼，释放他们回去，转呈圣祖。走时，还给他们备了厚礼携带回京。折尔肯和傅达礼离开常德，先到了武汉，“镇南将军”尼雅翰立即向朝廷写去了报告。
圣祖还没有见到三桂的信，就给“宁南靖寇大将军”多罗顺承郡王勒尔锦等人发去指示：
朕思吴三桂素多狡诈，此中疑有诡计。如吴三桂服罪请降，王及将军等，仍议招致之，益加警备，毋坠奸谋，即吴三桂束身归命，王等但以礼受降，其官属益加严防，不可分散兵力，急于前进，务相机以行。《清圣祖实录》，卷47，1~2页。
圣祖从三桂遣返折尔肯、傅达礼等回京一事，估计他的奏章可能有归降之意，因此一方面表示可以受降；一方面嘱咐保持高度警惕，切勿受骗上当，误中奸计。事实并非如此。当他看到了三桂的奏章，就对兵部、刑部官员说：他本来期待三桂“悔过自新，束身待罪，未忍加诛（吴应熊）”。但“近览吴三桂奏章，词语乖戾，妄行乞请。诸王大臣咸以吴三桂怙恶不悛，其子孙即宜弃市，义难宽缓”《清圣祖实录》，卷47，6~7页。。
吴三桂的这份奏章内容，官书不载，他书亦失载，迄今鲜为人知。从圣祖的话中，有三桂“妄行乞请”、“词语乖戾”等语，把这句话联系起来看，可以肯定地说，三桂并无降意，亦无服罪的表示。在圣祖看来，三桂的话皆属荒谬悖伦，是他所不能接受的。这大抵就是“词语乖戾”的意思。所谓“妄行乞请”，联系圣祖读了三桂的奏章，便决定处死其子吴应熊和孙子，还毁掉了他在关外的祖坟，王一元：《辽左见闻录》，参见《逆臣传·吴三桂传》，卷1。38页。可以推知，三桂“乞请”，赦免他的儿孙，他不北进，划江为国等事。关于这个问题，圣祖于康熙十四年四月在答复西藏达赖喇嘛的信中透露，达赖曾给他上过奏章，其中有为三桂请命的话：“若吴三桂力穷，乞免其死罪；万一鸱张，莫若裂土罢兵。”此事系三桂贿买达赖从中斡旋，代为恳请。仅此证明，三桂的“乞请”，必是包括了讲和、划江为国的内容。圣祖断然拒绝三桂和达赖的要求，驳斥说：“三桂乃明时微弁，父死流贼，摇尾乞降。世祖章皇帝优擢封王，尚其子以公主，朕又宠加亲王，所受恩典，不但越绝封臣，盖自古所罕有！三桂负此殊恩，构衅残民，天人共愤。朕乃天下臣民之主，岂容裂土罢兵！但果悔罪来归，亦当待以不死。”《平定三逆方略》，卷14，7页，参见《清圣祖实录》，卷54，16~17页。圣祖的回答和处死他的儿孙，彻底绝了三桂的一切幻想，他颓然不振，无力北进了！
圣祖对吴三桂已经切齿痛恨，视为不共戴天的仇敌，他利用各种场合，予以痛斥和声讨，不止一次地向兵部、户部、刑部等各部臣揭露其劣行。例如，说“逆贼吴三桂心若虺蛇，行同枭獍，负恩谋叛，倡乱害民”。又说：“吴三桂反复乱常，不忠不孝，不仁不义，为一时之叛首，实万世之罪魁，行即悬首街，以泄神人之愤”《清圣祖实录》，卷46，14页。；又说：“吴三桂以枭獍之资，怀狙诈之计，阴图不轨，自启衅端……煽惑奸宄，荼毒生灵，极恶穷凶，神人共愤！”《清圣祖实录》，卷47，6页。如此等等，不一而足。看得出来，圣祖一旦把三桂擒住，虽碎尸万段也不解心头之恨！
康熙十三年六月，圣祖命多罗贝勒尚善为“安远靖寇大将军”，率师前赴岳州，授意他以个人名义给三桂写信，在政治上进一步揭露三桂。此信写得颇婉转而有力，现摘录如下：
王（指三桂）以亡国余生，乞师殄寇。蒙恩眷顾，列爵分藩，迄今三十年，富贵荣宠之盛，近代人臣罕比，而末路晚节顿效童昏，自取颠覆。仆（尚善谦称）窃谓王不解也。何者？王藉言兴复明室，则曩者大兵入关，奚不闻王请立明裔？且天下大定，犹为我计除后患，剪灭明宗，安在其为故主效忠哉？将为子孙谋创大业，则公主额驸曾偕至滇，其时何不遽萌反？至王遣子入侍，乃复背叛，以陷子于刑戮，可谓慈乎？王之投诚也，祖考皆膺封赐，今则坟茔毁弃，骸骨委于道路，可谓孝乎？为人臣仆，选事两朝，而未尝全忠于一主，可谓义乎？不忠、不孝、不义、不慈之罪，躬自踏之，而欲逞角力，收服人心，犹厝薪于火而云安，结巢于幕而云固也。何乃至是！殆由所属将弁，煽激生变耳。如即输诚悔罪，圣朝宽大，应许自新，毋踏公孙述、彭宠故辙，赤族湛身，为世大僇！《逆臣传·吴三桂传》，卷1，18~19页。
表面看，这封信内容，无不顺理成章，以忠、孝、义、慈所谓封建道德加以责备，想三桂是不能推辞掉的。但其主旨在于，三桂已事两朝之主，均不能终守臣节。他揭露三桂此次起兵，声言匡复明室，实乃骗局。尚善质问三桂，当初清军入关时，为什么没听说你请立明朝后人？此话出自尚善之口，却不出自圣祖，这是因为圣祖对此历史公案，实有难言之隐，让尚善说出去，以解世人之惑，并以此驳斥三桂于天下安定之后忽然要匡复明朝，不过是掩饰个人的政治目的。尚善特别反驳他对清朝灭掉明朝的指责，指出，正是三桂献计并亲临缅甸，擒获永历，诛灭明宗室。这一点颇为有力，连汉人士大夫也为三桂此种行径所不齿！最后，尚善劝其悔过自新，以求得朝廷宽大处理。
三桂已骑上“虎背”，岂肯下来！尚善与三桂相识，有过来往，《漫游纪略》，“楚游下”，卷4，10页。圣祖利用他们之间的关系来斥说三桂。信中所说，确使三桂难以回答。所以他对尚善的信只好抱以沉默，而心里未必能心安理得！
三桂领兵不进，这就给圣祖调兵遣将、集结兵力、加强布防争取到了充裕的时间。截至康熙十四年四月，圣祖已初步完成了对各战略要地的兵力部署：
镇南将军尼雅翰、都统朱满、巴尔布等率师由武昌水陆进取岳州、长沙，直入广西；
都统宜里布等率师驻彝陵，都统范达礼、副都统德叶立等率师驻镇郧襄；安西将军赫叶、副将军胡礼布、西安将军瓦尔喀等率师由汉中进取四川；
副都统扩尔坤、吴国祯等率师驻防汉中；
镇西将军席卜臣等率师驻防西安，复遣尚书莫洛经略陕西等处（不久，即被叛兵击死），率大军居中调度；
镇东将军喇哈达等率师于山东、河南、江南要地驻防；
安南将军华善等率满汉官兵，同镇海将军王之鼎等于京口水陆驻防；
扬威将军阿密达等率师同江宁将军额楚等防守江宁、安庆沿江险要；
平南将军赖塔率师由浙江平定福建，浙江将军图喇率师驻杭州，兼防海疆；
定南将军希尔根、副将军哈尔哈齐等率师由江西建昌、广信进兵福建；
平寇将军根特巴图鲁、席布等率师赴广东，会同尚可喜进剿叛军。《清圣祖实录》，卷47，16~17页。
圣祖分遣各方面军，任命各方面军的统帅——将军，迅速进入各自的战区，诸如武昌、荆州、彝陵、郧阳、襄阳、汉中、西安、京口、江宁、安庆、山东与河南等要地，以及江西建昌等地，都被圣祖划入战略地区。这些战略据点，凭借长江天险，以荆州为中心，重点布列在长江中游与下游地区，与长江南、山东、河南个别地区互有延伸交错，形成了一道颇为严密的军事攻守防线。
战争开始时，圣祖以为速胜，估计剿灭吴三桂“指日授首”《清圣祖实录》，卷48，2页。，只动用了满洲八旗和汉军绿旗兵。康熙十三年底，蒙古各部王公进京朝觐，主动要求提供马匹和军队助战，圣祖婉言谢绝。《清圣祖实录》，卷44，21页。但随着战争的扩大，圣祖已感兵力不敷，到康熙十四年六月，不得不征调蒙古各旗部队。先调察哈尔护军骁骑一半兵力，从蒙古四十九旗中先调距离北京稍近的科尔沁十旗、敖汉一旗、奈曼一旗、克西克腾一旗、归化城十旗，共出兵万人。其中抽出六千人和旗下兵的一半，约万余人，由固山贝子准达率往荆州；剩下四千名蒙古兵和旗下兵的一半，约万余人，由多罗贝勒尚善等率往岳州。圣祖限定，蒙古兵于八月一日以前至京。同时，圣祖命科尔沁部辅国公图纳黑、杜尔伯特台吉温布赴荆州听用，巴林部贝子温春、台吉格勒尔图赴岳州。《清圣祖实录》，卷48，7页。
清朝一向讳言用兵实数，多用旗下兵一半，各旗出护军若干各来表示用兵数，给我们统计兵力带来很大困难。估计战争的初期阶段，各路将军所率部队，加上动员蒙古兵，约近二十万。三桂的兵力多集中在湖南一线，约二十万左右，加上出征四川、两广、江西及留守云贵，占地兵力，约在三十万以上。
圣祖和他的将军们开始时对战争估计不足，以为可以在短期内取得全胜，恢复云贵疆土。到了康熙十三年三月间，宁南靖寇大将军勒尔锦、前锋统领硕岱等都还认为“进取云贵之期，不过八月”。就是说，到八月时，清军反攻，恢复云贵。这时，圣祖已认识到了事情并非如此简单，他告诫说：“朕思云贵，尚未可轻进，必俟四川全定，方图进取。”四川已被三桂掌握，如清军只顾进军云贵，四川叛军必挠其后路，而不得前进。再说进云贵，一路必经四川，此路不通，进军也难。就拿湖南情况来说，叛军未到，长沙、澧州、常德等处已叛投三桂，如等到八月，其他地方再发生叛变怎么办？圣祖问道：“你们分兵征讨吗？分兵则势单，以次剿取，马匹疲劳，不堪驰使，岂能胜利？如今之计，只有先取常德、长沙，以寒贼胆，方为制胜之策。”《清圣祖实录》，卷46，17~18页。
战争第一阶段的战况表明，一方面，三桂军事力量正处鼎盛，战果继续扩大，一方面，圣祖正调兵遣将，部署防线，未及展开全面攻击。因此，便出现了吴军进攻，清军防御的局面，双方都不可能速胜。在清军抵住了吴军的强大进攻之后，就不可避免地形成了对峙的新局势。